Presentación de la Plataforma Bioinformática de Andalucía.
1. PLATAFORMA
ANDALUZA DE
BIOINFORMÁTICA
La Plataforma Andaluza de
Bioinformática: cómo utilizar la
bioinformática sin morir en el intento
M. Gonzalo Claros
Departamento de Biología Molecular y Bioquímica
2. Vamos a situarnos...
Centro de Supercomputación y
Bioinformática (UMA) Plataforma de Genómica,
Proteómica y Biocomputación
Plataforma Andaluza
Genómica y Proteómica
de Bioinformática
(SCAI, UCO)
Mare Nostrum
HP SuperDome
Investigación
Soporte a los
Red Española Plataforma
usuarios (formación)
de Super- Computacional
Acceso a recursos
computación de la UMA
bioinformáticos
3. Objetivos
• Poner a disposición del entorno Ciencia-Tecnología-
Empresa andaluz la infraestructura, tecnología, y personal
altamente cualificado para el acceso eficiente a las nuevas
tecnologías denominadas «ómicas»
• Potenciar a los grupos de investigación y unidades I+D+I
al poner a su disposición las herramientas necesarias para
incrementar su competitividad y proyección
internacional, así como fomentar la transferencia de
tecnología.
BOE 172 del 20-7-2005, 25926-33
4. Funcionamiento
Supercomputador
SuperDome HP
• Acceso a los programas sin necesidad de instalarlos.
• Programas comerciales (garantizado por 5 años).
• Espacio para almacenar datos, con backup.
• Acceso a bases de datos comerciales.
• Computación de altas prestaciones
40. Investigación
• Úselo usted mismo
• Colaboración científica
• Analizar resultados e interpretarlos
• Diseño de bases de datos, portales y algoritmos a medida
• Desarrollo de flujos de trabajo estándares para la investigación
• Socio bionformático para proyectos ómicos.
• Ejemplos:
• Proyecto piloto nacional para la secuenciación de Pinus
pinaster (UMA. IP: Francisco M. Cánovas)
• European Animal Disease Genomics Network of Excellence for
animal health and food safety (UCO. IP: Juan José Garrido)
43. Análisis de micromatrices 2C
•Datos normalizados
•Genes con expresión
Datos
diferencial
(GenePix,
•Visualización de los
QScan)
resultados
Script propio
•Calidad de los datos
48. Un ejemplo de resultado
Cytosol
Mitochondria
!quot;#$quot;$% !quot;quot;#$
Plastid
D.P. Villalobos 2008
49. Mejor normalización (Affymetrix)
El mejor El 2.º mejor
Datos brutos
Variability
Sólo la normalización no basta
Normalizar disminuye variabilidad
VSN se basa en disminuir variabilidad
Pérez-Florido et al 2009
50. Mejor normalización (Affymetrix)
El mejor El 2.º mejor
Datos brutos
Variability
Sólo la normalización no basta
Normalizar disminuye variabilidad
VSN se basa en disminuir variabilidad
Pérez-Florido et al 2009
51. Mejor normalización (Affymetrix)
El mejor El 2.º mejor
Datos brutos
Los datos brutos tienen poca correlación
Los otros métodos son parecidos
RMA y GCRMA se basan en mejorar la
correlación de los datos
Variability
Sólo la normalización no basta
Normalizar disminuye variabilidad
VSN se basa en disminuir variabilidad
Pérez-Florido et al 2009
52. Mejor normalización (Affymetrix)
El mejor El 2.º mejor
Datos brutos
correlation
Spearman
RMA es el que mejor se comporta
VSN es una buena alternativa
Los datos brutos tienen poca correlación
Los otros métodos son parecidos
RMA y GCRMA se basan en mejorar la
correlación de los datos
Variability
Sólo la normalización no basta
Normalizar disminuye variabilidad
VSN se basa en disminuir variabilidad
Pérez-Florido et al 2009
53. Mejor normalización (Affymetrix)
El mejor El 2.º mejor
Datos brutos
correlation
Spearman
RMA es el que mejor se comporta
VSN es una buena alternativa
Los datos brutos tienen poca correlación
Los otros métodos son parecidos
RMA y GCRMA se basan en mejorar la
correlación de los datos
Variability
Sólo la normalización no basta
Normalizar disminuye variabilidad
VSN se basa en disminuir variabilidad
Pérez-Florido et al 2009
54. Ensamblaje de un BAC de pino
Pirosecuenciación
Fragmentación (media: 200 pb)
Ensamblaje
ADN pino
Vector pIndigoBAC536
Genómico E. coli
Allcontig
Filtrado
Largecontig ( > 500 pb)
55. Estrategias de ensamblaje
Secuencias
Otros
ensambladores
probados
Newbler® SeqTrim SeqTrim
PCAP
Contig Cap3
MIRA2 Newbler®
Contig
Large
EULER-SR
contigs
AmosValidate
Celera
SeqTrim Reliable contigs
Assembler
Estrategia FLX Estrategias