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2016一番好きな論文アドベントカレンダー
- 2. 1. 今年⼀番好きな論⽂紹介 2. 論⽂のポイント・結果解説 3. 関連研究について 4. まとめ 構成 http://www.adventar.org/calendars/1785 Twitter ハッシュタグ #今年読んだ⼀番好きな論⽂2016
- 3. 1. 今年⼀番好きな論⽂紹介 2. 論⽂のポイント・結果解説 3. 関連研究について 4. まとめ 構成
- 7. 系統樹・・・？
- 10. 1. 今年⼀番好きな論⽂紹介 2. 論⽂のポイント・結果解説 3. 関連研究について 4. まとめ 構成
- 11. 1. 最新にして最⼤のTree of lifeの1つ (環境中から同定された細菌のゲノムを1000個 以上新たに使⽤) 論⽂のポイント
- 12. 1. 最新にして最⼤のTree of lifeの1つ (環境中から同定された細菌のゲノムを1000個 以上新たに使⽤) 2. その細菌群集はコロラドの地下⽔の メタゲノム解析で明らかに 論⽂のポイント
- 13. 論⽂のポイント ある環境中に存在する全ての遺伝⼦を検出 →どんな細菌がいるか/どんな遺伝⼦を持つ かがマルッとわかる 1. 最新にして最⼤のTree of lifeの1つ (環境中から同定された細菌のゲノムを1000個 以上新たに使⽤) 2. その細菌群集はコロラドの地下⽔の メタゲノム解析で明らかに
- 14. 結果
- 15. The tree of life! バクテリア アーキア 真核⽣物 Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. 1 より
- 16. The tree of life! バクテリア アーキア 真核⽣物 Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. 1 より
- 17. The tree of life! バクテリア アーキア カビ・キノコ 動物 植物etc Ex)⼤腸菌 Ex)カンピロバクター Ex）ラン藻 Ex）納⾖菌 Ex）ビフィズス菌 Ex）マイコプラズマ 真核⽣物 Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. 1 より
- 18. The tree of life! バクテリア アーキア カビ・キノコ 動物 植物etc Ex)⼤腸菌 Ex)カンピロバクター Ex）ラン藻 Ex）納⾖菌 Ex）ビフィズス菌 Ex）マイコプラズマ 真核⽣物 培養に成功して いないがメタゲノム などで⾒つかって いるグループ Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. 1 より
- 19. The tree of life! バクテリア アーキア 真核⽣物 培養に成功して いないがメタゲノム などで⾒つかって いるグループ CPR* *: Candidate Phyla Radiation Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. 1 より
- 20. CPRがやばい
- 21. 1. 最新にして最⼤のTree of lifeの1つ (環境中から同定された細菌のゲノムを 1000個以上新たに使⽤) 2. その細菌群集はコロラドの地下⽔の メタゲノム解析で明らかに 3. 前年⾒つかった、CPR群集を⼊れた 系統樹 論⽂のポイント
- 22. 1. 今年⼀番好きな論⽂紹介 2. 論⽂のポイント・結果解説 3. 関連研究について 4. まとめ 構成
- 26. CPRの⾯⽩いところ 1. 細胞サイズ以外にゲノムも⼩さい 平均75万塩基対※ 2. リボソームにイントロンが存在 従来のユニバーサルプライマーが 結合しないものがCPR全体の半分前後 3. 0.2μm以下の画分では全体の6割以上 0.2μm以上の画分では1〜5割 4. 代謝機能などに関わる遺伝⼦を多く⽋損 * ヒト：30億塩基対 ⼤腸菌：460万塩基対 nkjmの対象細菌(海洋性)：292万塩基対 nkjmの対象細菌(0.2μm以下の菌)：160万塩基対
- 27. 界： 動物界 ⾨： 脊索動物・節⾜動物・刺胞動物・軟体動物・・ 綱： 哺乳綱・⿃網・爬⾍綱・両⽣網・⿂網・・・ ⽬： 霊⻑⽬・⻑⿐⽬・奇蹄⽬・⾷⾁⽬・・・ 科： ヒト科・キツネザル科・アイアイ科・・・ 属： ヒト属 種： ヒト (Homo sapiens) 1. CPRに属する8個のcomplete genome、 789個のdraft genomeを決定！ （それらが最新のtree of lifeに使われている） 2. それらは35以上の「⾨」に分かれそう 既知の⾨は、動物で30数個、細菌で29個 その他のポイント
- 29. その他のポイント データベース上のSSU rRNAを特定の相同性毎に括り、 何種・属・・・⾨相当がありそうかを⾒積もった Yarza et al., 2014 Box1より
- 30. データベース上のSSU rRNAを特定の相同性毎に括り、 何種・属・・・⾨相当がありそうかを⾒積もった その他のポイント 「⾨」 1500以上？ Yarza et al., 2014 Box1より
- 31. その他のポイント • バクテリアには⾨は1500以上・・・？ SSU rRNA(種同定の⽬安となる遺伝⼦の⼀部)の相同性75％ 同⼠で1つの⾨とした場合 • この研究で決定したゲノム以外にも、CPR 全体では250以上の⾨で構成されている かもしれない ∴250/1500=16.7%
- 36. The tree of life! バクテリア ＊ (Nakai et al., 2014) Oligoflexia綱＊ (当時ゲノム情報がなく ここには⼊っていない) この辺に位置する
- 37. The tree of life! バクテリア Elusimicrobia⾨* ＊ (Geissinger et al., 2009)
- 38. The tree of life! アーキア
- 39. The tree of life! アーキア DPANN系統 (すべて未培養なので暫定)
- 40. The tree of life! アーキア Aenigmarchaeota⾨*3 Diapherotrites⾨*1 Parvarchaeota⾨*2 Nanoarchaeota⾨*4 Nanohaloarchaeota⾨*5 ＊1 (Rinke et al., 2013) ＊2(Baker et al., 2006) ＊3(Rinke et al., 2013) ＊4 (Huber et al., 2002) ＊5 (Ghai et al., 2011)
- 41. ちなみに
- 42. The tree of life 別verも 論⽂中に バクテリア アーキア 真核⽣物 CPR Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. 2 より
- 43. さらに
- 44. Supplementary figure 1は 詳細ver 1種1種何の 配列か ⾒られる 各⾊は、 Fig.1, 2 と対応。 ⾨・綱などで ⾊分け Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. S1 より⼀部抜粋
- 45. Supplementary Figure 2は SSU rRNAで描いた系統樹 Fig. 1, 2は リボソームタンパク質の 配列を使って描いたもの。 こちらはSSU rRNA 両者の形はちゃんと維持 されているようである Nature Microbiology1, Article number: 16048 (2016) Fig. S2 より⼀部抜粋
- 48. 1. 今年⼀番好きな論⽂紹介 2. 論⽂のポイント・結果解説 3. 関連研究について 4. まとめ 構成