Biotecnologia

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
BIOTECNOLOGÍA
TEMA:
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL AGAROSA UTILIZANDO EL
PROGRAMA SNAPGENE CON DATOS DEL ARTICULO CIENTÍFICO
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas
de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas - Perú”
ALUMNOS:
HUAMANTUMA CHIRE, TATIHANA
DOCENTE:
Dr. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
ILO – PERÚ

2. INDICE
I. INTRODUCCIÓN ................................................................................................................ 3
II. OBJETIVOS ......................................................................................................................... 4
2.1. Objetivo general............................................................................................................ 4
2.2. Objetivos específicos..................................................................................................... 4
III. MARCO TEÓRICO.......................................................................................................... 4
3.1. Electroforesis................................................................................................................. 4
3.2. Gel de agarosa............................................................................................................... 5
3.3. SnapGene ...................................................................................................................... 5
3.4. Centro Nacional para la Información Biotecnológica NCBI ........................................ 6
IV. MARCO METODOLÓGICO........................................................................................... 6
4.1. MATERIALES ............................................................................................................. 6
4.2. METODOLOGIA ......................................................................................................... 6
V. RESULTADOS................................................................................................................... 10
VI. CONCLUSIONES .......................................................................................................... 10
VII. BIBLIOGRAFIA............................................................................................................. 11

3. I. INTRODUCCIÓN
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se diseñó a principios de los años 30 y que
sirve para separar moléculas en función de su tamaño y su carga, existe varios tipos de
electroforesis, pero el trabajo está enfocado en la electroforesis en gel de agarosa también
llamada poliacrilamida es una de las metodologías más utilizadas en el laboratorio en todo lo
relacionado con el trabajo con ácidos nucleicos.
Existen programas como el SnapGene que ayudan a simular estos procesos, para poder conocer
anticipadamente los resultados de la manipulación que se realicen. Es un software de clonación
que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN. SnapGene hace que sus
manipulaciones de ADN sean fáciles de visualizar y simular, y le advierte de los errores antes
de que sucedan.
El presente informe muestra el paso a paso de cómo se realizó la simulacion de electroforesis
en gel agarosa utilizando el programa SnapGene con datos del articulo científico designado por
el docente, haciendo uso también del NCBI.

4. II. OBJETIVOS
2.1.Objetivo general
- Realizar una simulación de electroforesis en gel agarosa utilizando el programa
SnapGene.
2.2.Objetivos específicos
- Adquirir conocimiento acerca del manejo del software SnapGene y sus diversas
funciones para realizar simulación de electroforesis.
- Aplicar los conocimientos del manejo del NCBI.
III. MARCO TEÓRICO
3.1. Electroforesis
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se diseñó a principios de los años 30 y
que sirve para separar moléculas en función de su tamaño y su carga. Esta técnica se basa
en el diferente movimiento de las moléculas cargadas eléctricamente a través de la
superficie hidratada de un medio sólido. Al hacer pasar una corriente sobre el medio, las
moléculas con una carga negativa, se mueven hacia el ánodo (+), mientras que las
moléculas con carga positiva, se ven atraídas hacia el cátodo (-).
Existen varios tipos de electroforesis, dependiendo del modo en el que se realicen:
▪ Electroforesis en acetato de celulosa: se trata de un tipo de electroforesis en las que
el soporte es un papel, que se coloca horizontalmente en un medio hidratado. Su
utilización permite la separación de proteínas de una forma rápida.
▪ Electroforesis en gel de agarosa: en este caso, se utiliza como soporte sólido un gel
preparado con agarosa. Normalmente se utiliza para separar moléculas de gran
tamaño, como ácidos nucleicos.

5. ▪ Electroforesis en gel de poliacrilamida: en este tipo de electroforesis, se utiliza gel
de poliacrilamida como soporte. Este gel es considerado como uno de los mejores
soportes para electroforesis, pero tiene una desventaja: es neurotóxico, por lo que
debe ser utilizado con precaución.
▪ Electroforesis capilar: en la electroforesis capilar, el soporte es un fino tubo de sílica
fundida. Al contrario que en el resto de tipos, la electroforesis capilar requiere de un
dispositivo que permita detectar la migración de las moléculas en el soporte y que
transmita los resultados a un ordenador. Esta técnica es bastante eficiente y requiere
unos niveles menores de muestra y de reactivos que el resto de electroforesis.
▪ Isoelectroenfoque: se trata de una técnica que separa las moléculas por la acción de
un campo eléctrico y un gradiente de pH. Esta particularidad aumenta la resolución
de la técnica, que permite separar mejor las moléculas.
▪ Electroforesis bidimensional: es la combinación de una isoelectroenfoque y una
electroforesis en gel de poliacrilamida. Permite separar mejores soluciones con una
gran cantidad de proteínas diferentes.
3.2. Gel de agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se obtiene
disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando un microondas,
hasta obtener una solución homogénea y transparente. La disolución se vacía en un molde
y se coloca un peine (el peine forma unos pozos donde se depositan las muestras). Se deja
enfriar para polimerizar para formar una matriz porosa variando el tamaño del poro según
la concentración de agarosa contenida en la disolución.
3.3. SnapGene
Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN.
SnapGene hace que sus manipulaciones de ADN sean fáciles de visualizar y simular, y
le advierte de los errores antes de que sucedan. Cada manipulación de ADN en SnapGene
se registra automáticamente, por lo que puede ver exactamente lo que hizo y recuperar
las secuencias de construcciones ancestrales.

6. 3.4. Centro Nacional para la Información Biotecnológica NCBI
El NCBI se encarga de la creación de sistemas automatizados para almacenar y analizar
conocimientos sobre biología molecular, bioquímica y genética asi también como facilitar
el uso de dichas bases de datos y software por parte de la comunidad médica y de
investigación; coordinar esfuerzos para recopilar información biotecnológica tanto a nivel
nacional como internacional; y realizar investigaciones sobre métodos avanzados de
procesamiento de información por computadora para analizar la estructura y función de
moléculas biológicamente importantes.
IV. MARCO METODOLÓGICO
4.1. MATERIALES
▪ Laptop
▪ Programa SnapGene
▪ NCBI
▪ Artículo
4.2. METODOLOGIA
1. Nos dirigimos al artículo “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”, buscamos la Tabla de Identificación molecular
de las cepas Bacterianas aisladas y copiamos cada uno de los N° de Accesión.
2. Luego abrimos la página de NCBI y procedemos a buscar uno por uno los N° de
Accesión. Descargamos cada secuencia con su nombre identificado.

7. 3. Habiendo ya descargado las 13 secuencias. Creamos una carpeta exclusiva para que
sea más fácil ubicar los archivos. Seguidamente abrimos la aplicación de software
SnapGene y hacemos clic en OPEN y nuevamente clic en Open files.
Hacemos clic en el nombre que nos aparece y
automáticamente se abre una nueva pagina
Seguidamente hacemos clic en (enviar a) –
(archivo) y en formato (rápido) y finalmente
hacemos clic en “crear un archivo”
1
2
Procedemos a abrir uno por uno
de las secuencias en orden.

8. 4. Automáticamente se abrirá el programa. Nos dirigimos a la barra FILE seleccionamos
SAVE AS y procedemos a guardar todos los archivos en formato SnapGene DNA.
5. Luego abrimos el primer archivo guardado, se abrirá el programa SnapGene y nos
dirigiremos a la barra de Herramientas TOOLS seleccionamos SILUMATE
AGAROSE GEL

9. 6. Finalmente seleccionamos a 16 lanes y la aplicaremos a 1.0 % de agarosa y
agregaremos las demás secuencias en orden.
Luego de haber seleccionado la simulación de agarosa se abrirá una nueva
ventana, donde podemos apreciar el rango de PCR y demás características.

10. V. RESULTADOS
VI. CONCLUSIONES
➢ Se logró realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el
programa SnapGene, viendo su facilidad de uso.
➢ Se logro aprender a usar el programa SnapGene lo mejor posible, entendiendo
prácticamente que la aplicación nos ayuda con los nucleótidos, porque es muy fácil y
sencillo trabajar con artículos de datos científicos.
➢ Usar las páginas del NCBI es muy útil porque nos da el gen o ADN que es manipulado
por la computadora porque nos da los resultados de la cantidad de agarosa usada
para observar los nucleótidos.

11. VII. BIBLIOGRAFIA
➢ (RUBÉN, 2022) Electroforesis: ¿Qué es y para qué sirve? Obtenido de
https://genotipia.com/electroforesis/
➢ Principios y práctica de la electroforesis en gel de agarosa. (2016). Obtenido de
https://www.edvotek.com/site/pdf/101sp.pdf.
➢ Castillo Rogel, Rosita T., More Calero, Francis J., Cornejo La Torre, Melitza, Fernández
Ponce, Jaime N., & Mialhe Matonnier, Eric L.. (2020). Aislamiento de bacterias con
potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por
derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú. Revista de Investigaciones
Altoandinas, 22(3), 215-225. https://dx.doi.org/10.18271/ria.2020.656