nosocomial infection

1. Les infections nosocomiales : définitions,
épidémiologie, diagnostic et prévention
Dr SADAOUI.A
Faculté de médecine
CHU d’Oran
Laboratoire de Microbiologie

2. Plan
Introduction
I. Définitions
1-Infection nosocomiale
2-Infection liée aux soins
II. Epidémiologie général des infections
nosocomiales
1-Prévalence
2-agents d’infections nosocomiales
3- facteurs de risque
4-Réservoirs
5-Transmission
6-Mode de contamination
7-Principales portes d’entrée
8- mode épidémiologique
III. Principale formes clinique des infections
nosocomiales
A-Infections nosocomiales bactériennes
1-Infections urinaires nosocomiales
2-Pneumonies nosocomiales
3-Infections du site opératoire
4-Infection sur cathéter
5-Autres
b-Infections nosocomiales virales
1-Gastro-entérites virales nosocomiales
2-Viroses respiratoires nosocomiales
3-Hépatites virales nosocomiales
4-Infections par les rétrovirus
5-Infections cutanéo-muqueuses
nosocomiales
6-Autres IVAS
IV. Diagnostic
V. Conclusion

3. Introduction
• Réel problème de santé public à l’échelle mondial
• 8,7%des malades hospitalisés (OMS)
• Service à risque: réanimation et unité de soins intensifs, services de
chirurgie d’urgence et d’orthopédie
• Responsable une morbidité (1,4 million de personnes dans le monde
souffrent de complications infectieuses acquises à l’hôpital)et parfois une
mortalité importante (taux 3,6 %) OMS
• Ces infections: Bactériennes(BMR), virales, parasitaires
• Rôle de laboratoire de microbiologie: surveillance ( lutte+++)
détection des BMR, détection des épidémies
• Prévention: acte multidisciplinaire (médecin –microbiologiste), supervisé
par un CLIN au niveau de chaque structure de soin

4. Définitions
Infection nosocomiales:
• infection acquise à l’hôpital, qui n'était ni présente, ni en incubation à l'admission
• Un délai de 48 à 72 heures est généralement retenu entre l'admission et le début
de l'infection
• Délai: 30jours (intervention), 1ans(prothèse)
Infections associées aux soins: IAS:
• Infection survenant au cours ou à la suite d’une prise en charge (diagnostique,
thérapeutique, préventive) d’un patient
• Comprend: l’IN (sens classique) et les infections rencontrées lors de soins délivrés
hors établissements de santé

5. Epidémiologie Général
1-Prévalence:
Mondial
• Selon une enquête de prévalence réalisée par OMS:
8,7 % des patients hospitalisés sont touchés par une IN
1,4 million de personnes dans le monde souffrent de complications infectieuses
acquises à l’hôpital
• Fréquences max: hôpitaux des régions de la Méditerranée orientale (11,8 %) et de l’Asie du
Sud-est 10 %
• Les taux les plus élevés: soins intensifs (13,3 %), en chirurgie (13,1 %) et dans les services
orthopédiques (11,2 %).
• La population touchée: Enfants <1 ans (13,5 %) ,âgés> 64 ans (12%)
• Etude 27 hôpitaux du bassin méditerranéen en 2010 : 10,5%
Données Algériennes:
Enquête Nationale sur la Prévalence des infections Nosocomiales (IN) réalisée en 2005 par le
ministère: 14%
Enquête sur prévalence des infections nosocomiales au niveau du Chu Bab el oued alger,
10,3 %

6. La prévalence des IN varie:
• Selon l’établissement et selon les services:
Réanimation+++, chirurgie, néonatalogie ,oncologie
• Selon le site de l’infection:
IUN: 40 % PN: 20 % ISO: 15% ILC: 15 %
• Selon l’agent pathogène en cause :
• Bactéries+++ dans 90% des cas
BGN :60% (E.coli 25% , Pseudomonas sp 15%)
CGP 30%

7. Facteurs de risques
Liés au patient :
-Age extrême
-Etat général du patient ( ID,AEG, maladies
associés, état nutritionnel……)
--Traitement ATB prolongé et itératif
Lié à l’agent infectieux
-Virulence
-Résistance aux antibiotiques, pouvoir d’adhérence
par le slime
-Biofilm++++: Pseudomonas aeruginosa
Liés aux techniques diagnostiques et
thérapeutiques
-Service d’hospitalisation
-Durée de séjour à l’hôpital
-Charge de travail
-Formation des personnels sur le risque d’IN

8. Agents d’infections nosocomiales
Bactéries
90%
Virus
5%
Levures et
parasites
Prions
BGN, CGP, Anaérobies, Legionnelles
Virus respiratoires, VHB – VHC – VIH ++,
Rotavirus, VHA +, virus de la FHV
Candida albicans,
Aspergillus spp.
Cryptosporidies chez
ID
Très rares

9. Réservoirs des micro-organismes
• Hommes : patients +++, personnels du santé et visiteurs
-Flore cutanée, digestive, oro-pharyngée
-Portage nasal de Staphylococcus aureus, portage digestif des BMR et VRE
• Eau (Legionella, Pseudomonas sp …)
• Surface (Acinetobacter baumannii…), matériel médical (endoscopes…)
• Air (Aspergillus …)
• Végétaux (fleurs coupées), aliments (fruits, légumes...)

10. Transmission
 Transmission directe
-Contacts cutanéomuqueux,
-voies aériennes,
- Féco-oral
-AES
 Transmission indirecte
-Le plus souvent par du matériel contaminé (cathéters,
endoscopes, respirateurs…) ou parfois les antiseptiques

11. Mode de contamination
PATIENT
Auto-
infection
Hétéro-
infection
Exo-
infection
Xéno-
infection
• Infection endogène/ déficit
immunitaire
• Infection per-opératoire

12. Principales portes d’entrée dans l’organisme
Urinaire
• Cathéter vésical
• Sonde à demeure
Respiratoire
• Sonde endo-trachéale avec respirateur
• Trachéotomie
Vasculaire
• Cathéters veineux ou artériels, périphériques ou centraux
• Liquides de perfusion
Divers
• Foyer opératoire, Plaie traumatique, brûlures

13. Mode épidémiologique
Cas sporadiques : le plus souvent dans les services exposés (Réa,Chirurgie)
 Anadémie : Augmentation brutale de l’incidence d’un même germe avec
contamination à une même source sans passage d’homme à homme
Ex: Legionelles et climatiseurs
 Epidémie : Augmentation du taux d’infection au même germe avec
transmission interhumaine

14. Classification
Infections
nosocomials
bactériennes
Infections
nosocomials
virales

15. Les principales formes cliniques infections nosocomiales
bactériennes

16. Infections urinaires nosocomiales (IUN)
1/ Définitions :
a) Les colonisations urinaires (anciennement Bactériurie asymptomatique)
- Présence d’un (ou de plusieurs micro-organismes) dans l’arbre urinaire sans qu’il ne
génère par lui-même de manifestations cliniques
-Seuil de bactériurie à 105 UFC /ml
-NB: Bactériurie asymptomatique (ou colonisation) du champ de l’infection
nosocomiale.

17. b) Les infections urinaires nosocomiales
1.IU:
-Agression d’un tissu de tractus urinaire par un (ou plusieurs)
microorganisme, générant une réponse inflammatoire, des signes et
symptômes de nature et d’intensité variable selon le terrain
2.IUN: acquise dans une établissement soins ou d’une manière plus générale
reliée à la prise en charge du patient (IAS)
Ni présente ni en incubation à l’admission ou lors de la mise en place d’une
sonde urinaire
-Les IUN: liées à un sondage dans 80% des cas

18. Epidémiologie
Fréquence:
• 1ere place:30 à 50 % IN
• 3ème porte d’entrée des bactériémies
• 3% des hospitalisés
• Liées au sondage vésical+++ (60-80% des cas)
Fréquence varie selon:
• Service: Unité de Soin intensif, chirurgie +++++
• Germe: E. coli ++++
• Taux de mortalité: faible (0.1%), elles prolongent la durée de séjour
des patients de 2à 4 jours

19. Agents étiologiques
Bactéries
E.coli
Klebsiella
pneumonia
Pseumonas sp
Enterocoque
autres
entérobact-éries
Candida sp

20. Liés au patients
• Age
• Sexe: F
• Existence de pathologie sous jacente:
urologique, neurologique
• ID
• Diarrhées nosocomiale chez le sujet sondé
Liés à l’hôpital
 Défaut d’hygiène( manu-portage des
personnels soignants)
 Manœuvres instrumentales sur les voies
urinaires (5 à 10 % des cas)
 Antibiothérapie à large spectre
Liés au sondage 80% des cas
 Modalités de sondage (types, conditions de réalisation)
 Durée de sondage
Rôle des sondes dans la promotion des IU
 Altération des défenses immunitaires( altération des muqueuse)
 Perturbation de transit urinaire
 Production de biofilm
Facteurs favorisants l’IUN

21. Mécanismes d’acquisition des IUN
•Voie extra-luminale précoce
•Introduction des bactéries de la flore
urétrale dans la vessie lors du sondage
Acquisition lors de
la mise en place
de la sonde
•Système ouvert
•Migration des bactéries de l’intérieur de
sachet collecteur (urines contaminées)
vers la vessie
Acquisition par
voie endoluminale
•Bactéries d’origine digestive qui colonise
le méat puis migrent à la surface externe
de la sonde vers l’urétre puis le vessie
Acquisition par
voie extra-
luminale: +++
A-Présence d’une sonde vésicale +++

23. B- absence de sonde(idem que les IU communautaire)
• Ascendante+++
• Hématogène( rare)
C- Iatrogène
• IU après cystoscopie et autres manœuvres intra-vésicales
• IU sur cathéter sus-pubien
• IU sur étui pénien
• IU après lithotritie extra-corporelle

24. Définition
On définit deux types de pneumonie associée aux soins :
• Pneumonie Acquise sous Ventilation Mécanique (PAVM) :
- invasive: tube endo-trachéal ou trachéotomie
- non invasive: masque facial ou autre procédé
• Une PAVM est considérée comme liée à l’intubation si elle
survient 48 heures après le début de l’intubation et moins de 2
jours après l’extubation
• Pneumonie survenant en l’absence de ventilation mécanique
(PAH) :
Diagnostic microbiologique, voire radiologique difficile et parfois
impossible à établir

25. Epidémiologie
Fréquence:
• 2ème cause des IN en terme de fréquence 20%
• 20-40% chez les patients sous ventilation mécanique
• 1ère place IN 9-60% en service de réanimation
• 1er cause de mortalité associé à une IN (30 et 60 %)
• Augmente la durée de séjour de 4 à 13 jrs

26. Agents responsables
Etiologies
Bactéries
Virus
Champignons
BGN (60%):Pseudomonas sp (30%), Acinetobacter sp
(10%), Groupe KES (80%)
Staphylocoque: S.aureus : 30%, S. épidermidis 10%
Streptocoque pneumonie H.influenzae
Anaérobies
L.pneumophila
VRS ( pédiatrie)++++20%
Virus de la grippe
Aspergillose
Candida sp
Pneumocystis carinii
Les PN plurimicrobiennes sont fréquentes (30 à 40% des cas)

27. Classification des pneumonies et germes en cause
Pneumonies précoces
Flore commensale
• S. pneumonie
• H.influenzae
• S.aureus Méti-S
• E.coli
Pneumonies tardives
Germes hospitaliers multi-résistants
• Entérobactéries multiR
• Pseudomonas sp,
• Acinetobacter sp, (complexe
baumanii)++++
• Staphylocoque aureus méti-R
• L. pneumophila
• Champignons

28. Facteurs de risque
Liés au malade Ventilation
Intervention
médicale
-Age
-Chirurgie abdominale
haute et/ou thoracique
-Durée du séjour pré-op
- Pathologie sous-jacente
(BPCO,IRC, asthme)
- Antibiothérapie
préalable
- Ventilation
prolongée
- Type : assisté+++
- Contamination des
appareils
-Sonde naso-
gastrique,
-alimentation
entérale
-Corticoïdes
- Antiacide
-Anti-H2

29. Mécanisme
d’acquisition
Voie aérienne++: inhalation des
sécrétions contaminées par les B
• Endogènes: digestive, oropharyngx++
• Exogènes: Manuportées
 Matériel de ventilation:
nébulisateurs, humidificateurs
Contamination par voisinage
(infection intrabdominale haute)
Contamination par voie hématogène
(rare)

30. ISO
Définition:
 ISO = Infection du Site Opératoire
 Présence de pus et/ou inflammation au niveau de l’incision, ou entre
l’aponévrose et la peau, ou en provenance du drain
 30jrs après l’intervention ou dans l’année s’ il y a eu mise en place d’un implant ou
prothèse
On distingue:
Infections superficielles
de l’incision
Infections profondes de
la plaie opératoire
Infection de l’organe du
site ou de l’espace
Peau, muqueuses, tissus
s/cutané ,tissus au dessus
de l’aponévrose
Tissus au niveau ou au
dessous de l’aponévrose
Organe ou espace autre que
l’incision, ouvert ou manipulé
durant l’intervention

31. Epidémiologie
Fréquence
• 3ème cause d’IN
• variable selon le type de la chirurgie
• Mortalité ( directe ou indirecte) : 0,6- 4,6%
Agents étiologiques :
 CGP(70%): Staphylocoques, Streptocoques, Enterocoque
 BGN: Enterobactéries, Pseudomanas aeruginosa+++, A. complex baumanii
 Dépend du type de chirurgie, du site opératoire, de l’antibioprophylaxie …
Les ISO sont souvent pluri microbiennes

32. Facteurs de risque
Facteurs
de
risques
Terrain
Durée+
Préparation pré-
op
Type de
chirurgie
Intervention

33. Source de l’infection:
 Erreur technique
 Faute d’asepsie
Mécanisme:
• Manuportée++++
• Accessoirement liée à
l'environnement

34. Infections liée au cathéter
• Définition: Inflammation et/ou suppuration au niveau du site d’insertion du
cathéter (KT)
Infection locale Infection sur KT avec bactériémie

35. Epidémiologie
Fréquence
 18 à 25% des IN
 Fréquente dans les bactériémies nosocomiales
 Taux de mortalité : 6-20%
Agents étiologiques
 Staphylocoques (30 à 50 %): S.aureus++ que S. epidermidis)
 BGN (Pseudomonas sp, Acinétobacter sp, Entérobactéries)
 Levures
Facteur de risque:
 Hôte : Age, ID, foyer infectieux à proximité(lésion cutanée , abcès…)
 Environnement : flore cutanée modifiè, Hygiène , manipulation des lignes de
perfusions, alimentation parentérale
 Cathéter : condition de pose, KT multi-luminale, localisation, matière PVC

36. Mécanismes de l’infection
• Voie cutanée ou Exoluminale:
Colonisation du site d’insertion
• Voie endo-luminale:
manipulations des raccords, solution perfusée
contaminée
• Voie hématogène: rare

37. Autres infections nosocomials
Bactériémies
Gastro-entérites
Méningites
Oestéo articulaire
Cardio-vasculaire
ORL
Génitale

38. Infections virales associées aux soins (IVAS)
Définition
• infection acquise à l'hôpital (ou dans tout autre établissement de soins)
qui n'était ni présente ni en incubation à l'admission du malade
• Durée d'incubation: variable
• Peuvent se déclarer après la sortie du sujet de l'hôpital ou être
asymptomatiques

39. Particularités des IN virales
 Prévalence: sous estimée
 Variabilité de période d’incubation: (24h à plusieurs mois)
INV révélées après l’hospitalisation
 Populations cibles
– Âges extrêmes
– ID, polytransfusés, hémodialysés
– Personnel soignant
 Contagiosité
 Source de contamination: multiples
-Exogènes: -Personnel soignant -Visiteurs
-Matériel médical -Environnement
-Endogène: Réactivation

40. Principales IVAS
• Gastro-entérites virales nosocomiales
• Viroses respiratoires nosocomiales
• Hépatites virales nosocomiales
• Infections par les rétrovirus
• Infections cutanéo-muqueuses nosocomiales
• Autres IVAS :
Hématologiques : CMV, parvovirus
Atteintes polyviscérales : chez l’ID, FHV
Infections du SNC : Enterovirus

41. Gastro-entérites virales nosocomiales
Rotavirus
Classification
F: Reoviridae
G:Rotavirus
Structure
• nu
• Capside: icosaédrique
• Virus à ARN double brin
Epidémiologie:
• 1er cause des IVAS chez NRS < 3 ans
Calcivirus
Classification
F: Calciviridae
G: Norovirus Sapovirus
Structure Nu
• Capside: icosaédrique
• Virus à ARN+
Epidémiologie:
GEV+++ (adulte et nourrissons)

42. Adénovirus
Classification
F: Adénoviridae
G: Mastadenovirus
Sérotype:40-41 GE
Structure
• nu
• Capside: icosaédrique
• Virus à ADN bicaténaire linéaire
Epidémiologie:
Épidémie dans IN
Svt bénignes sauf ID
Enterovirus
Classification
F: Picornaviridae
G: Enterovirus
E: Enterovirus A,B,C,D
Enterovirus A: 16 sérotypes(coxackie
virus,enterovirus
Structure Nu
• Capside: icosaédrique
• Virus à ARN+
Epidémiologie: tte les sérotypes
Enterovirus11
Coxackie virus B1,B2,B3,B4,B5 (néonatal+++++)

43. Viroses respiratoires nosocomiales
VRS
Classification
F: Paramyxoviridae
G:Pneumovirus
E:Virus Respiratoire Syncytial
humain
Structure
• Enveloppée
• Virus à ARN
• Capside hélicoidale
Epidémiologie:
Hivernal
Fréquent: enfant(50% des
nourrissons hospitalisés), adulte,
personnes âgées+++, ID
Influenza virus
Classification
F: Orthomyxoviridae
G:Influezae virus A( homme et
animal),B,C (homme)
Structure pléimorphe
• Enveloppée avec 2Gp (HE,NA)
• Virus à ARN segmenté
Epidémiologie:
3modes: Sporadique, Epidémique,
Pandémique
Fréquent: enfant(50% des
nourrissons hospitalisés), adulte,
personnes âgées+++, ID

44. Coronavirus
Classifiction
F: Coronaviridae
Genre bêta-coronavirus
SARS-CoV( épidémie2003)
MERS-CoV 2012-2019
nCoV 2019
Structure: virus de grande taille
• Enveloppée
• Virus à ARN Sb
Epidémiologie:
Pandemie
Mortalité+++
Autres:
Rhinovirus
Adénovirus

45. Infections cutanéo-muqueuses nosocomiales
Herpès virus
Classifiction
F: Herpesviridae
G: alpha Herpès virus
E: HSV1,2
E:VZV
Structure
• Enveloppée
• Virus à ADN bicaténaire
• Capiside: icosaédrique
Epidémiologie:
VZV+++
Autres:
Adénovirus
Enterovirus
Kératoconjonctivite (ophtalmo)

46. Hépatites virales nosocomiales
HBV
Classifiction
F: Hepadnaviridae
G: Orthohépadnavirus
E: HBV
Structure
• Enveloppée
• Virus à ADN circulaire partiellement
bicaténaire
• Capside icosaédrique
Epidémiologie:
Hémodialyse+++ (En Algérie)
HCV
Classifiction
F: Filoviridae
G: Hepacivirus
E: HCV
Structure
• Enveloppée
• Virus à ARN Sb+
• Capside icosaédrique
Epidémiologie:
polytransfusés

47. Infections par les rétrovirus
VIH
Classifiction
F: Rétroviridae
G: Lentivirus
E: Virus de l’immunodéfiscience humain
Structure
• Enveloppée
• Virus à ARN (2 copies identique)
• Capside:complexe
• Epidémiologie:
AES

48. Mode de transmission
Féco orale
-Rotavirus
-Calicivirus
Astrovirus
-Hépatite A, E
-Adenovirus
-Enterovirus (polio)
Etc….
Respiratoire
-VRS
-Virus influenza
-Coronavirus
-Virus parainfluenza
-Adénovirus
-Rhinovirus
-Metapneumovirus
Etc…..
Transfusionnels
-Hépatite B, C
-HIV
-HTLV
-CMV, EBV,
-Parvovirus…
Transmission par contact avec les
liquides biologiques infectés: CCFV,
Ebola, Crimé-congo-Lassa virus
Cutanéo-muqueuse
VZV, rougeole

49. Diagnostic des infection nosocomials bactériennes

50. Diagnostic des IUN
Prélèvement:
• Urinaire:
-½ du jet (4h dans la vessie)
-Site spécifique de dispositif du sonde urinaires
-Ponction sus-pubienne
• Extra-urinaire
• Fiche de renseignement: bien remplie +++++
• Transport et conservation

51. Examen microscopique:
• Numération des leucocytes
• Noter la présence :cellules épithéliales, Bactéries, levures
• La numération se fait:
Systèmes manuels
Systèmes automatisés
ECBU
Seuil de Leucocyturie: 10
leuco/mm3 / (104 Leuco/mm3 )

52. L’anse calibrée (la + utilisée, mais peut être à l’origine de 50%
d’erreur)
Lame immergée
Dilution (Méthodes de Kass, Veron)
• Choix des milieu :
½ ordinaires: GN+++,CLED, BCP, HK, MC CONKEY Sabouraud
½ chromogènes: Urisélect
• Condition d’incubation:
• 35±2°C, 24 à 48h, atm ordinaire
Ensemencement

53.  Lecture et Numération des colonies: Bactériurie (103 ,104 ,105 Selon les
groupes)
 Identification:
 Identification du Genre
Aspect des col (lac+, lac-) , Gram , catalase , oxydase
 Identification d’espèce:
Galeries classiques, Galerie miniaturisée (Api20E, Api staph, Api strep), identification
automatisée

54. Interprétation:
doit prendre en compte
• Les renseignements cliniques (terrain,
symptomatologie clinique, une antibiothérapie
éventuelle)
• Les conditions de réalisation du prélèvement
• Transport et conservation du prélèvement
• Leucocyturie
• Bactériurie (seuil, le nombre et le type des espèces)
Groupe de
bactéries
Espèces
bactériennes
Seuil significatif Sexe
Groupe1 E. coli
S. saprophyticus
103 UFC/ml Homme/Femme
Groupe 2 Autres
entérobactéries
Enterocoques
C.Uréalyticum
P. aeruginosa
S.aureus
103 UFC/ml Homme
104 UFC/ml Femme
Groupe3 SCN
Acinotobacter
Autres
pseudomonas s
StreptocoqueB
105 UFC/ml Homme/Femme
Groupe4

55. Casdepvtau½dujetchezunsujetnonsondé
Signes
cliniques
Leucocyturie Cellules
épithéliales
Bactériurie Interprétation
Cas 1 - - <104 absence - <103 Absence d’IU
Cas 2 + + ≥104 absence + ≥103 IU
Cas 3 + + ≥104 Présence 1seul type,
2types
Prélèvement
contaminé
Cas 4 + + ≥104 absence - <103 LSB
IU décapité /
ATB
Autres
étiologie
Cas 5 +/- - <104 absence + ≥103 BSL
ID
Début d’IU
Cas 6 - variable absence + ≥105 Colonisation si
les 2 ECBU+ au
même germe
Cas 7 + + ≥104 absence 2 types (Gp1
103+ et GP 2
104)
IU par une
bactérie de
GP1

56. Signes cliniques Leucocyturie Type de la sonde Bactériuries
UFC/ml
Interprétation
Sonde à demeure ≥105 (max 2
germes)
IU
Sondage «aller-
retour»
103 groupes 1à 3
Sonde à demeure ≥105 sur 2 ECBU Colonisation
Sondage «aller-
retour»
103 groupes 1à 3
sur 2 ECBU
Cas de pvt chez un sujet sondé ou sonde retirée il y’a ≤ 7jrs
+
-
Ponction sus-pubienne: Seuil de détection 1colonie quel que soit le germe
isolés

57. Etude de la sensibilité aux ATB
*Antibiogramme:(fascicule: Standardisation de l’antibiogramme
en Médecine humaine à l’échelle nationale selon les
recommandations de CLSI)
*Détermination de la concentration minimale inhibitrice ou
CMI: Technique de référence, donnant un résultat quantitatif,
permet d'adapter la posologie en fonction du seuil de sensibilité
de la souche

58. Tests complémentaire
• Détection de la BLSE :
Test de synergie:
conditions standards de l’antibiogramme
AMC C3G
TCC CAZ
30mm
Pseudomonas sp
Acinetobacter sp
Enterobactéries
Confirmation:
Test de double disque
• Test à la Cloxacilline: rechercher une CHN

59. Rechercher carbapénèmase
Suspicion d’une carbapénèmase
• Sensibilité diminué (I/R) à ERT
Détection
 Méthodes phénotypique
1-Tests de Hodge modifié
2-TDR
*Tests colorimétriques: CarbaNP+++
*Tests IC: OXA-48+++, KPC
 Méthodes génotypiques: typage moléculaires / PCR

60. Entérocoque
1.Détection de la production de pénicillinase
par E.faecalis
• Test chromogénique à la céfinase
• Tests microbiologiques (Tests de trèfle )
2.Détection Enterococcus résistant à la
vancomycine
 Critères de présomption (d’alerte)
• Diamètre Vanco < 17 mm et Teic < 14 mm
• ≠diamètre entre Vanco, Teic ≥ 3 mm
• Col dans le diamètre d’inhibition à la Vanco,
Teic
• Echec thérapeutique
 Test de screening
• BHI agar + 6mg/ l de vancomycine
• Réaliser un spot d’une suspension de 0,5 Mc
• Incubation 24h à 35°C
• Si > 1colonies : il faut passer aux CMI
 Tests de confirmation
• CMI par dilution en ½ gélosé
• CMI par E-Test en ½ gélosé

61. Pneumonies nosocomiales
• Prélèvements
• Transport: < 2h
Fiche de renseignement: bien rempli
Prélèvements pulmonaire Prélèvement extra-pulmonaire
Non protégé Protégé
PDP
LBA
Expectoration
Aspiration bronchique
AET
Hémoculture
Liquide pleural
Urine
Sang sur tube sec (Sérologie)

62. Examen microscopique
• ED: Crachat, liquide pleural, LBA,AET
• Cellule hématimétrique
• Lame et lamelles
Critères de sélection des expectorations pour la poursuite de l'étude
bactériologique

63. Examen après coloration
• Coloration MGG, Bleu de
méthylène: typer la réaction
cellulaire (PNN-lymphocytaire)
• Coloration Gram: noter la
présence des bactéries et leur
caractères morpho-tinctoriales

64. Mise en culture
Prélèvement Technique de mise en
culture
Seuil de +
Crachat Fluidification
Deux dilution10-2 et 10-4
(Râteau)
107 (50col)
Aspiration bronchique Fluidification
Dilution 10-2 (Râteau)
107 UFC/ml
LBA/ AET D (ose calibrée)
Dilution 10-2 (Râteau)
104 UFC/ml
PDP Homogénéisation
D (ose calibrée)
Dilution 10-1 , 10-2 , 10-3
(Râteau)
104 UFC/ml
Liquide pleural Culture direct
• Choix des milieux: GSC, GSF,(GSC+polyvitex)+HK
• Incubation à 35°C sans CO2(HK) avec CO2 (les milieux enrichi)
• Identification

65. Etude de la sensibilité aux antibiotiques
• Antibiogramme standard
• CMI
• Tests complémentaire
Haemophilus influenzae :
 B-lactamases systématique :
chromogéniques, microbiologiques
(test trèfle) et iodométriques
 Sensibilité diminuée aux β-lactamines
:BLNAR
PSDP :
Détection: Oxa1ug≤19mm Oxa5ug
≤25mm
CMI bandelettes E-Test
Confirmation: CMI en milieu liquide
BGN :BLSE, CHN, carbapénémase
Staphylococcus aureus: MRSA:
Détection: Fox ≤21mm
Confirmation:
Recherche du gène mecA et mecC par PCR
Détermination de la CMI OXA≥4µg/ml
Screening test à l’oxacilline
Recherche de la PLP2a

66. Prélèvement extra-respiratoire
ensemencées parallèlement
pour augmenter la fiabilité de l’étude bactériologique
Hémoculture
• Détection des antigènes urinaires
• Immuno-chromatograpique
• S. pneumoniae, Legionella pneumophila1,
• Dépistage rapide et précoce,
• Spécificité de 99% et sensibilité de 80%
Urines

67. Diagnostic par biologie moléculaire
• PCR syndromique
• Recherche de plusieurs pathogènes respiratoires dans un même
prélèvement, incluant bactéries, virus, parasites et champignons
PCR multiplex en temps
réel
L. Pneumophila
Sérologie
Diagnostic indirect

68. Signes cliniques Diagnostic
microbiologique
Critères de diagnostic
ET un des critères suivants:
Diagnostic radiologique
Sérologie positive
opacités parenchymateuses
anormales, récentes et
évolutives
-T> à 38,5 °C d’apparition
récente
-Sécrétions trachéales purulentes
chez les malades ventilés
-Augmentation des besoins en
oxygène
-Hyperleucocytose ou
leucopénie
L.pneumophila
-Prélèvement non
respiratoire:+
-Prélèvement
respiratoire+

69. Diagnostic clinique ISO
Infection superficielle
-Présence de pus au niveau de l’incision ou drain
Infections profondes
-Suppuration: drain chirurgical
-Déhiscence spontanée de l’incision
-Abcès ou autre signe d’infection lors d’une ré-intervention
 Infection de l’organe du site ou de l’espace
-Pus ( organe-espace)
-Infection lors d’une ré-intervention chirurgicale

70. Diagnostic microbiologique :ISO
Prélèvement :
• Pus: Superficielle Profond
• Hémocultures si on suspecte une bactériémie
Le prélèvement peut se faire soit
• Ecouvillonnage
• Ponction à la seringue
Fiche de renseignements : bien rempli+++
Transport

71. ECB pus
Ecouvillon Seringue
MGG/ bleu de méthylène
Gram
Examen
microscopique
Culture
Culture
(GSC,HK)
Identification Genre
Espèce
Epuisement
Culture (GSC, HK)
Incubation: 35°C, (S/Co2 pour la GSC) pendant 24H
Numération des leucocytes
MGG/bleu de méthylène
Gram
Etude de
sensibilité aux ATB
Antibiogramme standard
CMI
Tests complémentaire (agents incriminés)

72. Diagnostic ILC
Prélèvement
Avant le retrait du KT:
 Hémoculture périphérique
 Hémoculture sur KT
 Ecouvillonnage du point d’insertion (stérilement)
Après le retrait du KT
 Extrémité du KT
 Fiche de renseignement:++++
 Transport

73. Techniques de diagnostic KT en place
Hémoculture appariées qualitatives Hémoculture appariées quantitatives(
le système isolator)
Hémoc (KT) se + au moins 2h avant
hémoc (périphérique)
Nbre de germes hémoc(KT) > 5 Nbre
de germe hémoc périphérique
Objectif:
*Diagnostique d’une bactériémie à partir du KT
*Incriminer le KT dans la survenue da la bactériémie
1-Hémoculture appariées
2-Ecouvillonnage du point d’insertion: explore la colonisation extra-
luminale
Inutile pour cathétérisations à long court

74. Techniquesdediagnostic après ablationduKT
-L’extérieur distale du KT
est roulée sur un gélose
Seuil de (+)≥ 15UFC/ml
Spécifique mais sensibilité
-Recueillir le cathéter dans 1
ml de sérum physiologique
et vortexer pendant 1’
-Ensemencer 10ul sur gélose
par l’ose calibrée
-Seuil de(+) ≥103UFC/ml
(10col)
-Sensible
Technique semi-
quantitative de Maki
Technique quantitative
de Brun Buisson
Technique quantitative
de Cléri
-Saisir le cathéter avec une
pince stérile et
-Passer 1ml de sérum Φ
stérile
-Recueillir le bouillon et le
cathéter dans un tube
stérile et vortexer 30’’
-Ensemencer10 μl sur les
(GSC+HK)/ ose calibrée
Seuil de(+) :103UFC/ml
(10col)
Incubation Identification Etude de sensibilité aux ATB
Ensemencement

75. Interprétation
Diagnostic de l’ILC
Absence de bactériémie
*Pus franc /liquide purulent au niveau du point d’insertion du KT
*Régression totale ou partielle des signes infectieux dans les 48H suivant l’ablation
du KT
*Culture positive du KT
Bactériémie
HMC périphérique positive+ un des critères suivants:
 Avant le retrait du KT:
* Culture (+) du site d’insertion = même microorganisme
* Nbre de germes hémoc(KT) > 5 Nbre de germe hémoc périphérique (syst isolator)
*Hémoc (KT) se + au moins 2h avant hémoc (périphérique)
Après l’ablation du KT :
Culture+ du KT au mm microorganisme que l’HMC

76. Diagnostic IVAS
IVAS Prélèvement Technique de diagnostic
GEV selles Immuno-chromatographique
(rotavirus, calcivirus,
Adénovirus)
Virus respiratoires Sécrétions respiratoires Le DC: clinique +++
Pas de diagnostic en routine
Hépatites viral(HBV, HCV et
parfois HAV)
Sang sur tube sec -Sérologie
-Charge viral
Rétrovirus (VIH) Sang sur tube EDTA
Sang sur tube sec
Biologie moléculaire:Charge
viral (AES)
Sérologie
CMV, EBV Sang sur tube sec Sérologie
Virus à transmission cutanéo-
muqueuse (VZV, HSV1)
Sang sur tube EDTA
Sang sur tube sec
Le DC: clinique+++
PCR
Sérologie
FHV Sang sur tube EDTA
Sang sur tube sec
Le DC: clinique+++
PCR
Sérologie

77. Prévention

78. A. Organisation de la lutte contre les infections nosocomiales :
La prévention contre les infections nosocomiales est un travail d’équipe,
supervisé par un CLIN au niveau de chaque structure de soin
Les missions du CLIN:
- Centre de réflexion et de proposition d’un programme de lutte et de prévention des
IN
- Dispositif d'intervention (enquêtes épidémiologiques)

79. C. Les méthodes de prévention
L’hygiène hospitalière est à la base de la prévention des infections
nosocomiales.
a) Le lavage des mains
- Lavage simple des mains : prévenir la transmission manuportée et
d’éliminer la flore transitoire.
- Lavage antiseptique des mains : d’éliminer la flore transitoire et de
diminuer la flore commensale.
b) Le port de gants
-Contact avec un liquide biologique
c) La tenue professionnelle

80. • Les isolements
-Isolement protecteur : pour protéger un patient fragile ou immunodéprimé
-Isolement septique : indiqué à chaque fois qu’un patient est atteint d’une maladie
contagieuse ou porteur d’un agent infectieux susceptible de disséminer lors de gestes
de soins
e) Elimination des déchets
f) Les antiseptiques
g) Les désinfectants

81. IUN
• Limiter les indications et la durée du sondage vésical à
demeure
• Utiliser des sonde avec un système clos pour diminuer la
contamination intra-luminale (site de prélèvement des urines,
valve anti-reflux)
• Toilette quotidienne du méat urinaire
• Sondage alternatif
• Privilégier matériaux en silicone, Téflon
• Préférer le sondage intermittent

82. PN
Lutte contre la transmission endogène
- Patient en position demi-assise
- Eviter les médicaments sédatifs
Lutte contre la transmission exogène
- Matériel à usage unique (sondes nasales, masque à oxygène, sondes d'intubation
pour ventilation assistée et canules de trachéotomie)
- Utilisation d'eau stérile pour l'oxygénothérapie
• Diminuer la durée de l’intubation
• Sevrage
• Kinésithérapie répétées si le patient est encombré
• Lutte contre le risque liée au matériel de ventilation
• Stérilisation, utilisations système clos d’aspiration est recommandé, utilisation d'une
sonde stérile, rincée à l'eau stérile entre 2 aspirations

83. ISO
Avant l'intervention :
-Limiter la durée de séjour avant l'intervention
-Préparation pré-op du patient
Pendant l'intervention
-Respect des règles générales d'hygiène au bloc
-Bonne préparation du champ cutané avec asepsie
-Stérilisation du matériel
-Contrôles réguliers de la contamination des surfaces, de l'air et de
l'eau
Après l'intervention
Asepsie+++ rigoureuse pour la manipulation des drains et pour les
soins de cicatrice (pansement)

84. ILC
Choix du matériel
• polyuréthane, élastomère de silicone car matériaux moins thrombogènes
• La voie sous-clavière doit être préférée que la voie fumoral
• Le site d’insertion du cathéter doit être surveillé quotidiennement
• La date de pose du C.V.C. doit être notée
Pansement du site d'insertion

85. IAVS
• Mesures d’hygiène en milieu hospitalier
• Isolement des malades pour certains virus (Coronavirus, Virus de FH)
• Formation de personnel soignant sur le risque IVAS
• Vaccination :HBV (Personnel de santé, Hémodialysés, Greffés)
Grippe(Personnel de santé, sujets fragiles)
• Dépistages systématiques chez les donneurs du sang (HCV, VIH, HBV)
• Dépistage systématiques chez les donneurs d’organe: CMV,EBV, HCV,HIV)

86. Les infections associées aux soins sont responsables d’un taux
de morbidité ou de mortalité élevé. Elles nécessitent donc une
meilleure prise en charge thérapeutique d’où le rôle du
microbiologiste qui contribue d’une part au diagnostic étiologique
de ces infections et d’autre part à la surveillance de leur
évolution. Toutefois il faut mettre l’accent sur les mesures
préventives notamment l’hygiène qui reste le meilleur remède
contre les infections associées aux soins

87. Référence bibliographique
• Pneumopathies nosocomiales, Ch. Girault Service de Réanimation Médicale et Groupe de
Recherche sur le Handicap Ventilatoire 2007
• Epidemiology of nosocomial bacterial infections in a neonatal and pediatric Tunisian intensive
care unit,N. Ben Jaballah*et al 2007
• Infections urinaires nosocomiales sur sonde en réanimation : physiopathologie, épidémiologie
et prophylaxie M. Léone,2000
• JL Trouillet. Pneumopathies acquises sous ventilation mécanique 5e conférence de consensus
commune SFAR-SRLF). Réanimation Médicale, Institut de Cardiologie, GH Pitié Salpêtrière
PARIS 19e 2010
• K. Amazian, J. Rossello, A. Castella, S. Sekkat, S. Terzaki, L. Dhidah, T. Abdelmoumene, J. Fabry et
les membres du réseau NosoMed Prévalence des infections nosocomiales dans 27 hôpitaux de
la région méditerranéenne,2010
• Pseudomonas aeruginosa Anaerobic Respiration in Biofilms: Relationships to Cystic Fibrosis
Pathogenesis October, 2002