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Андрей Гаража. Биоинформатика

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Андрей Гаража. Биоинформатика

  1. 1. Биоинформатика Анализ больших геномов и транскриптомов
  2. 2. Первичная структура <ul><ul><li>ДНК, РНК (4 буквы) </li></ul></ul><ul><ul><li>… AACTAATCCGTGACAAATTACCAGATTAATTTTGTAC … </li></ul></ul><ul><ul><li>Белки (20 букв) </li></ul></ul><ul><ul><li>… SNIEEVRARGGQLYVFADQDAGFVSSDNMHIIEMPH … </li></ul></ul>
  3. 3. Геном человека <ul><ul><li>длина ≈ 3.2 млрд. пар оснований </li></ul></ul><ul><ul><li>экзоны ≈ 1,5 % </li></ul></ul><ul><ul><li>гены ≈ 35% </li></ul></ul><ul><ul><li>области повторов >60% </li></ul></ul><ul><ul><li>отличие людей друг от друга ≈ 0. 1 % </li></ul></ul><ul><ul><li>отличие людей от шимпанзе ≈ 1.2 % </li></ul></ul>
  4. 4. Рост накопления данных
  5. 5. Постановка задачи 3, 2 млрд. 100-10000
  6. 6. Создание сервиса обработки данных >> GTACAACTAATCCGTGACAAATTACCAGATTAATTTTACTTTATTTCTTCAGGCCTGGGGTTTTTCGATGACTTCAAATTTGGGATCTTCAAATTTGAAGGTGGGAAATGTATTCATGTCTGCATTACCAAACATTTGCTTGAGCTTAAAAAGCTCCCTCTCCAGCTCTTGCTGATACTCTGAACTAGCATCAACAGGTCCTCCAGATGTCTGTCGCTTAGATTTGTATTCTCTAATCTTGTCCACAAAGAGTTTCTGTATAGGATCAAGTTCCTTATTAAATGCCACTGCTGTAACACCAATGTTCCTCCGCAAATGGACTGAGACGGCTGACCGAATGACAGAGGAGAACCTGAAGAGCCTCTGAAGAATCATGCTGATTCGGCCAAAGGTTAGTAGGTTTCCTCCAGATGTCTGTGTCCTCCAGATGTCTGTTCCTCCAGATG
  7. 7. Создание многопользовательского сервиса >> GTACAACTAATCCGTGACAAATTACCAGATTAATTTTACTTTATTTCTTCAGGCCTGGGGTTTTTCGATGACTTCAAATTTGGGATCTTCAAATTTGAAGGTGGGAAAT >> GTTTTTCGATGACTTCAAATTTGGGATCTTCAAATTTGAAGGTGGGAAATGTATTCATGTCTGCATTACCAAACATTTGCTTGAGCTTAAAAAGCTCCCTCTCCAGCT >> TGTATAGGATCAAGTTCCTTATTAAATGCCACTGCTGTAACACCAATGTTCCTCCGCAAATGGACTGAGACGGCTGACCGAATGACAGAGGAGAACCTGAAGAG
  8. 8. Спасибо за внимание! Андрей Гаража, МФТИ, ИБХ РАН [email_address]

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