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Génétique_-_Acides_nucléiques__chapitre_1.pdf

DaasRamzi
17. Feb 2023
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  1. ‫الرحيم‬ ‫الرحمان‬ ‫هللا‬ ‫بسم‬ Université de Tébessa Faculté de sciences exactes et sciences de nature et de la vie Année Universitaire: 2019-2020 M. BENLAKEHAL Amar
  2. Plan de cours: Introduction 1.1. Nature chimique du matériel génétique. 1.2. Structure des acides nucléiques (ADN-ARN). 1.3. Organisation en chromosomes. 2 M. BENLAKEHAL Amar
  3. ‫حيم‬ ّ‫ر‬‫ال‬ ‫حمان‬ ّ‫ر‬‫ال‬ ‫هللا‬ ‫بسم‬ ‫قال‬ ‫تعالى‬ : « ‫ا‬َ‫ه‬ُّ‫ي‬‫َّأ‬‫ي‬ ‫اس‬َّ‫ن‬‫ال‬ ‫وا‬‫ق‬َّ‫ت‬ِ‫ا‬ ‫م‬‫َّك‬‫ب‬َ‫ر‬ ‫ي‬ِ‫ذ‬‫ال‬ ‫م‬‫ك‬َ‫ق‬َ‫ل‬َ‫خ‬ ‫ن‬ِ‫م‬ ‫س‬‫ف‬َّ‫ن‬ ‫ة‬َ‫د‬ ِ‫اح‬ َ‫و‬ َ‫ق‬َ‫ل‬َ‫خ‬ َ‫و‬ ‫ا‬َ‫ه‬‫ن‬ِ‫م‬ ‫ا‬َ‫ه‬َ‫ج‬‫و‬ َ‫ز‬ َ‫و‬ َّ‫ث‬َ‫ب‬ ‫ا‬َ‫م‬‫ه‬‫ن‬ِ‫م‬ ‫ا‬‫ل‬‫ا‬َ‫ج‬ ِ ‫ر‬ ‫ا‬‫ا‬‫ير‬ِ‫ث‬َ‫ك‬ َ‫و‬ ‫ا‬‫ء‬‫ا‬َ‫س‬ِ‫ن‬ ‫وا‬‫ق‬َّ‫ت‬‫ا‬ َ‫و‬ َ‫للا‬ ‫ي‬ِ‫ذ‬‫ال‬ َ‫ون‬‫ل‬َ‫ء‬‫ا‬َّ‫س‬َ‫ت‬ ِ‫ه‬ِ‫ب‬ َ‫و‬ َ‫ام‬َ‫ح‬‫ر‬َ‫ل‬‫ا‬ َّ‫ن‬ِ‫إ‬ َ‫للا‬ َ‫ان‬َ‫ك‬ ‫م‬‫ك‬‫ي‬َ‫ل‬َ‫ع‬ ‫ا‬‫ا‬‫يب‬ِ‫ق‬َ‫ر‬ » ‫و‬ ‫يقول‬ ‫أيضا‬ : « ‫ا‬َّ‫و‬ِ‫ا‬ ‫َا‬‫ى‬ْ‫ق‬َ‫ل‬َ‫خ‬ َ‫ان‬َ‫س‬ْ‫و‬ِ‫ال‬َ‫ا‬ ‫ه‬ِ‫م‬ ‫ة‬َ‫ف‬‫ط‬ُّ‫ن‬ ِ‫َاج‬‫ش‬‫م‬َ‫ا‬ ِ‫ه‬‫ي‬ِ‫ل‬َ‫ت‬‫ب‬َّ‫ن‬ ‫َاي‬‫ى‬ْ‫ل‬َ‫ع‬َ‫ج‬َ‫ف‬ ‫يعا‬ِ‫م‬َ‫س‬ ‫يرا‬ ِ ‫ص‬َ‫ب‬ » 3 M. BENLAKEHAL Amar
  4. Chaque être vivant est doté du pouvoir de donner naissance à des descendants qui lui sont à peu près identiques (morphologique, physiologique et moléculaire). la molécule permettant la transmission des ces caractéristiques d’un individu a un autre, nommée: m a t é r i e l g é n é t i q u e . 4 M. BENLAKEHAL Amar
  5. Les molécules constituants le matériel génétique doivent posséder plusieurs propriétés fondamentales: 1. Permettre le stockage d’une information, 2. Assurer la réalisation du programme qu’elles renferment, 3. Etre capables de se reproduire à l’identique (Réplication), et 4. Permettre et tolérer une certaine variabilité, condition indispensable à une évolution: (Mutation). 5 M. BENLAKEHAL Amar
  6. Reconnaissance de l’ADN comme support génétique: 1. G.MENDEL: l’existence d’entités formelles contrôlant des caractères morphologiques, ultérieurement nommés gènes. 2. F.GRIFFITH réalise sa célèbre expérience sur la transformation bactérienne in vivo de Pneumocoques (Fig. 1) = Un principe transformant. 3. Avery, MacLeod, McCarty: Approche enzymatique; Un principe transformant= Acide Desoxyribonucléotide ADN (Fig. 2) . 6 M. BENLAKEHAL Amar
  7. Figure 1: Principe de l’expérience de transformation bactérienne réalisée par GRIFFITH 7 M. BENLAKEHAL Amar
  8. Figure 2: Expérience d’Avery, Mac Leod et Mac Carthy (approche enzymatique) 8 M. BENLAKEHAL Amar
  9. 1.1. Nature chimique du matériel génétique: Contrairement aux polysaccharides et aux lipides, les acides nucléiques (ADN; ARN) et les protéines portent l’information génétique. 1.1.1.L’acide phosphorique: Liaison ester: (acide phosphorique + groupement hydroxyle libre) Liaison anhydride acide: (condensation d’un phosphate et autre acide) 9 𝐴𝑐𝑖𝑑𝑒𝑛𝑢𝑐𝑙é𝑖𝑞𝑢𝑒=𝐴𝑐𝑖𝑑𝑒𝑝ℎ𝑜𝑠𝑝ℎ𝑜𝑟𝑖𝑞𝑢𝑒 𝑃𝑂4𝐻3 +𝑂𝑠𝑒𝑠 𝑝𝑒𝑛𝑡𝑜𝑠𝑒𝑠 +𝐵𝑎𝑠𝑒𝑠𝑎𝑧𝑜𝑡é𝑒𝑠 M. BENLAKEHAL Amar
  10. 10 Figure 4: Liaison phospho-anhydride Figure 3: Liaison ester M. BENLAKEHAL Amar
  11. 1.1.2. L’ose: ADN: Désoxyribose (le groupement hydroxyle en position 2’ est remplacé par un hydrogène) ARN: Ribose 11 M. BENLAKEHAL Amar
  12. 1.1.3. Les bases azotées: Les bases azotées des acides nucléiques appartiennent à deux classes de molécules selon le noyau aromatique qui en constitue le squelette. Pyrines: (Adénine et Guanine) contiennent deux hétérocycle. ADN ARN ARN ADN Figure 5: Les bases puriques 12 M. BENLAKEHAL Amar
  13. Pyrimidine: (Thymine, Cytosine et Uracile). Contiennent un seul hétérocycle six atomes (4 carbones et 2 azotes) ADN ARN ADN seulement ARN seulement Figure 6: Les bases pyrimidiques 13 M. BENLAKEHAL Amar
  14. La base azotée est reliée au pentose par une liaison glycosidique: C1’ sucre-N9 base purique et C1’ pentose-N1 base pyrimidique. Figure 7: Liaison glycosidique (N-osidique) 14 M. BENLAKEHAL Amar
  15. 1.2. Structure des acides nucléiques: Les acides nucléiques (ADN ou ARN) sont des macromolécules (polymères) composées de monomères appelés nucléotides. 1.2.1- Les nucléotides Un nucléotide résulte de l’assemblage de trois composants: Figure 8: Nucléoside et Nucléotide 15 M. BENLAKEHAL Amar
  16. Figure 9: Structure détaillée d’un désoxynucléoside triphosphate précurseur de l’ADN 16 M. BENLAKEHAL Amar
  17. 1.2.1.1. Nomenclature Les noms des nucléosides ont comme suffixe : « osine » pour les nucléosides puriques « idine » pour les nucléosides pyrimidiques Bases Nucléoside Nucléotide Abréviation Purines Adénine (A) Désoxyadénosine 2’-Désoxyadénosine 5’ triphosphate dATP Guanine (G) Désoxyguanosine 2’-Désoxyguanosine 5’ triphosphate dGTP Pyrimidines Cytosine (C) Désoxycytidine 2’-Désoxycytidine 5’ triphosphate dCTP Thymine (T) Désoxythymidine 2’-Désoxythymidine 5’ triphosphate dTTP Uracile Uridine Uridine triphosphate UTP Tableau 1: Nucléotides précurseurs de l’ADN. 17 M. BENLAKEHAL Amar
  18. 1.2.2. Structure primaire des acides nucléiques Un acide nucléique est un polymère formé par l’alternance de sucres et de phosphates. Un polynucléotide est une succession de nucléotides dans laquelle le phosphate est relié par une liaison covalente, d’une part au carbone 3’ d’un sucre , et d’autre part au carbone 5’ du sucre adjacent (polymérisation des acides nucléiques). Cette liaison porte le nom de liaison phosphodiester. 18 M. BENLAKEHAL Amar
  19. Figure 10: Liaison phosphodiester (Polymérisation d’ADN) 19 Liaison phosphodiester M. BENLAKEHAL Amar
  20. 20 Figure 11: Formation d’un brin d’ADN par polymérisation des nucléotides (Représentation simplifiée) M. BENLAKEHAL Amar
  21. Tout brin d’acide nucléique linéaire se trouve ainsi orienté avec une extrémité 5’ phosphate libre, et une autre extrémité 3’ hydroxyle libre . D’après une convention, on écrit les séquences avec extrémité 5’ à gauche. Exemple: ADN: 5’-ATAAGCTCA-3’ou ATAAGCTCA ARN: 5’-AUAGCUUGA-3’ou AUAGCUUGA Comme la chaîne est orientée: ATAAG n’est pas identique à GAATA. 21 M. BENLAKEHAL Amar
  22. 1.2.3. Structure secondaire des acides nucléiques (ADN): L’ADN est un acide nucléique bicaténaire (deux brins), associés par des liaisons hydrogène (H). Deux polynucléotides enroulées l’une au tours de l’autre = Double hélice. (formule de Watson et Crick). Ce modèle a les caractéristiques suivantes: M. BENLAKEHAL Amar 22 Figure 12: Structure secondaire de l’ADN (Watson et Crick)
  23. 1.2.3.1. Bicaténaire et Antiparallèles:  Bicaténaire: ADN = 2 brins Purique/Pyridine = 1  Antiparallèle: Les 2 brins sont parallèles mais orientés dans 2 sens différents (L’un 5’ 3’ et l’autre 3’ 5’). 23 Figure 13: Structure détaillée de deux brins antiparallèles d’ADN M. BENLAKEHAL Amar
  24. 1.2.3.2. Complémentarité: appariement spécifique par des liaisons hydrogène 24 Figure 14: Association des bases complémentaires de deux brins par les liaisons hydrogène. M. BENLAKEHAL Amar
  25. 1.2.3.3. Règle de Chargaff: 25 Lorsque: ADN bicatenaire  Complémentarité: (Appariement spécifique) [A]=[T] [G]=[C] Règle de Chargaff (A+G)/(T+C)=1 Cependant le rapport (A+T)/(G+C) [Rapport d’asymétrie]varie considérablement selon l’origine des molécules d’ADN. M. BENLAKEHAL Amar
  26. 1.2.3.4. Un aspect irrégulière: présence d’une alternance d’un sillon mineur et un sillon majeur (grande importance pour: l’interaction avec les protéines au cours la réplication et l’expression de l’information génétique). 26 Figure 15: Représentation schématique de la double hélice d’ADN 3,4 M. BENLAKEHAL Amar
  27. 1.2.3.5. Autres caractères:  La distance moyenne entre deux bases successives = 3,4 Å.  10 paires de bases successives = un tour.  Pas d’hélice = 34 Angström.  Le diamètre d’hélice d’ADN = 20Å (2,0 nm). La double hélice est dextre = a pas droite. 27 M. BENLAKEHAL Amar
  28. 1.2.4. Différentes conformation de l’ADN: La forme idéale de la plupart d’ADN in vivo est la conformation B (Formule de Watson et Crick), mais également les acides nucléiques sont retrouvés sous forme de divers types d’hélices: Conformation A et Conformation Z 28 M. BENLAKEHAL Amar
  29. Tableau 2: Comparaison entre les différentes conformation d’ADN 29 Conformation B Conformation A Conformation Z Sens de l’hélice droit droit gauche Diamètre 2.0 nm 2.6 nm 1.8 nm Résidu par tour +10 pb 11 pb 12 pb Ecarte entre 2 pb 0.34 nm 0.26 nm 0.37 nm Pas de l’hélice 3.4 nm 2.8 nm 4.5 nm Où se trouvent ? 95% d’ADN *Hybridation ADN-ARN * Hygrométrie Alternance des bases purique et pyrimidique M. BENLAKEHAL Amar
  30. Une structure d’ordre supérieur: Super hélice 30 La molécule d’ADN : L’état relâché Comment est-il possible qu’autant d’ADN plus long soit contenu dans une espace aussi petit? 1.2.5. Structure de l’ADN: Superhélice: La taille de la molécule de l’ADN>La taille de la cellule La machinerie moléculaire de l’ADN: (Réplication et Transcription) M. BENLAKEHAL Amar
  31. 31 Structure de superhélice Un superenroulement négatif: Enroulement vers la gauche (direction opposée): La forme la plus dominante. Un superenroulement positif: Enroulement vers la droite.  Topoisomérase II (gyrase)  Topoisomérase I Ces modifications topologiques de la molécule d’ADN s’effectuent sous l’effet des enzymes spécifiques: Les topoisomérases M. BENLAKEHAL Amar
  32. 32 Figure 16: Mode d’action de topoisomérase II M. BENLAKEHAL Amar Cassure du duplex circulaire et passage de la partie non coupée à travers la coupure Ressoudure
  33. 33 Figure 17:Mode d’action de topoisomérase I M. BENLAKEHAL Amar
  34. Le superenroulement a deux conséquences importantes:  Compacter l’ADN et diminuer ainsi le volume qu’il occupe dans le noyau.  Influencer les interactions des protéines avec l’ADN (l’expression de l’information génétique). 34 Figure 18: Les topoisomères d’une molécule d’ADN M. BENLAKEHAL Amar
  35. 1.3. Propriétés physico-chimiques: 1.3.1. La taille et la masse des acides nucléiques: L’ADN peut s’exprimer en trois formules : 1.3.1.1. Le nombre de paire de base: 𝑁𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑝𝑏 = 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑛𝑢𝑐𝑙é𝑜𝑡𝑖𝑑𝑒𝑠/2 1.3.1.2. La longueur: 𝐿𝑜𝑛𝑔𝑢𝑒𝑢𝑟 Å = 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑝𝑏 × 3,4 1.3.1.3. Le poids moléculaire: 𝑃𝑜𝑖𝑑𝑠 𝑑′ 𝐴𝐷𝑁 = 𝑝𝑜𝑖𝑑𝑠 𝑚𝑜𝑙é𝑐𝑢𝑙𝑎𝑖𝑟𝑒 𝑚𝑜𝑦𝑒𝑛 𝑑′ 𝑢𝑛 𝑛𝑢𝑐𝑙é𝑜𝑡𝑖𝑑𝑒 × 𝑛𝑜𝑚𝑏𝑟𝑒 𝑑𝑒 𝑛𝑢𝑐𝑙é𝑜𝑡𝑖𝑑𝑒. 35 M. BENLAKEHAL Amar
  36. Exercice 01: Le pourcentage de nucléotide A observé dans l’ADN isolé du foie humaine est de 30.7% . Quel est le pourcentage attendu de T, G et de C? Exercice 02: Soit un ADN double brin de masse moléculaire 4.5*106 daltons. Calculer le nombre de paires de bases, la longueur, le nombre de tours d’hélice de cette molécule. On donne: pas d’hélice d’ADN=3.4 nm; nombre de pb par tours d’hélice =10 ; masse moléculaire moyenne d’un nucléotide =308 Da. 36 M. BENLAKEHAL Amar
  37. 1.3.2. Dénaturation: 1.3.2.1. Définition: Sous l’effet de la chaleur et de certains produits chimique l’ADN double brin peut dissocier en deux simples brins. La dénaturation (fusion) s’effectue par la rupture des liaisons hydrogènes, et par conséquence les deux chaines se déroulent et les deux brins se séparent. On parle alors de température de fusion ou de Tm; c’est le point de transition où la moitié (50%) des brins sont dissociés. La Tm est fonction de la proportion GC de l’ADN. 1.3.2.2. Intérêt: L’analyse des profils de fusion permet de caractériser chaque molécule d’ADN et d’estimer sa composition en bases. 37 M. BENLAKEHAL Amar
  38. 1.3.2.3. Mesure: La dénaturation d’ADN peut être suivie au moyen de l’hyperchromicité (mesure de l’absorption de la lumière UV à 260 nm):  ADN natif: absorption modéré (viscosité élevée).  ADN dénaturé: augmentation de l’absorption des UV (diminution de viscosité). 38 M. BENLAKEHAL Amar Figure 19: Courbe de dénaturation de l’ADN en fonction de température.
  39. 1.3.3. Renaturation: 1.3.3.1. Définition: Si on abaisse graduellement la T° d’une solution d’ADN qui a été dénaturée par chauffage, les deux brins d’ADN dénaturé se réassocient par complémentarité de bases. Ce phénomène s’appelle: Renaturation (Hybridation) 1.3.3.2. Intérêt: Principe largement utilisé en biologie moléculaire, pour : identifier des séquences d’un acide nucléiques à tester souvent mal compris par l’utilisation des oligonucléotides bien caractérisées. 39 M. BENLAKEHAL Amar
  40. 1.4. Conditionnement cellulaire des acides nucléiques : L’organisation des génomes des cellules procaryotes et eucaryotes est différentes: 1.4.1. Organisation de l’ADN des bactéries: L’ADN chromosomique bactérien (généralement circulaire organisé en super hélice) est associé à des protéines sous la forme d’un nucléoïde. N.B: éventuellement présence additionnelle de plasmide (conférant à la cellule procaryote des propriétés spécifiques: métaboliques). M. BENLAKEHAL Amar 40 Figure 20: Chromosomes d’E. coli (super-enroulés)
  41. 1.4.2. Organisation d’ADN nucléaire des eucaryotes: 1.4.2.1. Structure de chromatine: L’ADN dans une cellule eucaryote est constitué d’un certain nombre d’unités appelées: Chromosomes. L’ADN de chaque chromosome serait composé d’une seule molécule linéaire. Tout cet ADN doit être empaqueté dans le noyau ; en effet , dans leur forme extrêmement condensées (concentration d’ADN élevée). Exemple: Longueur totale de l’ADN chromosomique : ≈1,8 m , taille du noyau ≈10 μm. L’empaquetage est accomplit par la formation d’un complexe: 41 M. BENLAKEHAL Amar ADN + protéines (Histones) = Chromatine
  42. 1.4.2.1.1. Les histones: M. BENLAKEHAL Amar 42 Histones  𝑯𝟐𝑨, 𝑯𝟐𝑩, 𝑯𝟑, et 𝑯𝟒 (histones cœurs) et 𝑯𝟏.  Riches en acides aminés basiques (charge +) (Lysine et Argénine) dans l’extrémité 𝑵𝑯𝟐. Une forte association avec l’ADN (charge négative): Formation de chromatine Des segments d’ADN (environ 160 pb) effectuent un double enroulement négatif autour d’un octamére d’histones (2 H2A, 2H2B, 2H3, et 2 H4 ), formant les nucléosomes (aspect de collier de perles) = nucléofilaments. L’histone 𝐇𝟏 se lie à l’ADN enroulé autour des autres histones. Elle s’associe également à l’ADN internucléosomique ce qui favorise les interactions entre nucléosomes pour donner des fibres épaisses de 30 nm de section. Nucléosome + 𝐻1 = Chromatosome
  43. 43 M. BENLAKEHAL Amar Histone H1 Chromatosome ADN lieur (linker) Octamère Collier de perle Figure 21: Structure simplifiée de la chromatine.
  44. 1.3.2.2. Condensation de l’ADN nucléaire en chromosomes: Chez les eucaryotes l’ADN nucléaire est replié d’une manière ordonnée qui assure le stockage d’une grande quantité d’ADN dans le noyau. Cependant; Au cours de cycle cellulaire, les chromosomes passent d’une structure très condensée (Métaphase) à une forme beaucoup plus diffuse (Interphase). Plusieurs étapes de condensation: 1. Premier niveau: le nucléosome : 2 nm d’ADN enroulée en nucléosomes de 11 nm de diamètre. (facteur de condensation=6). 44 M. BENLAKEHAL Amar
  45. 2. Deuxième niveau: Empaquetage ou compaction (enroulement des perles) (facteur de condensation = 40). 3. Troisième niveau: (constituant de chromosomes métaphasiques). (facteur de condensation = 1000 «chromosomes interphasiques» et FC = 10000 chromosomes mitotiques»). 45 M. BENLAKEHAL Amar Solénoïdes (30 nm Ø) Fibre de chromatine (11 nm Ø) Solénoïde = nombreux nucléosomes enroulés ensemble Solénoïdes (30 nm Ø) Fibre de chromatine (300 nm Ø) Fibre de chromatine (300 nm Ø) Chromatide (700 nm Ø) Domaines en boucles Repliement à l’intérieur de bras
  46. 46 Figure 22: Nucléosome, fibre de chromatine et chromosome. M. BENLAKEHAL Amar N.B: facteur de condensation= le rapport entre la longueur d’ADN et celle de la structure qui le contient.
  47. 47 Figure 23:Organisation et empaquetage de la chromatine. M. BENLAKEHAL Amar
  48. Chez les eucaryotes la chromatine présente sous plusieurs forme ; on distingue:  La chromatine condensée (hétérochromatine = solénoïde en superboules): hétérochromatine constituve (centromères, télomères) facultative (chromosome X chez les femelles)  La chromatine diffuse (euchromatine = fibre de solénoïde non reployée). Seule la chromatine décondensée est accessible à la machinerie moléculaire assurant la transcription et la réplication. Ceci signifie que lors des divisions cellulaires, toute activité moléculaire est exclue, les chromosomes étant alors uniquement constitués d’hétérochromatine. 48 M. BENLAKEHAL Amar
  49. Structure d’ARN 1. Propriétés: À quelques exceptions près, les ARN sont des molécules simple brin. Cependant, de courtes régions d’une molécule d’ARN peuvent s’apparier par complémentarité des bases. Ces structures portent le nom de structures secondaires. 2. Types d’ARN: Les trois principaux types d’ARN connus sont: 1) les ARN ribosomiques (ARNr) [80% ARN totaux] 2) les ARN de transfert (ARNt) [15% ARN totaux] 3) les ARN messagers (ARNm) [5% ARN totaux] 49 M. BENLAKEHAL Amar
  50. Que faut il retenir 1. Caractéristique de matériel génétique: (Réplication, stockage, expression des informations génétiques, mutations). 2. Nature des acides nucléiques: Les motifs constituants d’un acide nucléique (ose, acide phosphate, base azotée et les différentes types de liaisons chimiques entres ces trois constituants). 3. Structure des acides nucléiques: Primaire, secondaire et spatiale. 4. Propriétés physico-chimique des acides nucléiques: Dénaturation, renaturation (hybridation) et dégradation. 5. Conditionnement cellulaire des acides nucléiques  Chez les procaryotes et les eucaryotes.  La différence entre euchromatine et hétérochromatine. 50 M. BENLAKEHAL Amar
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