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Geoestad´stica con R
                           ı
                                  Jorge Gaspar Sanz Salinas

                                              Septiembre de 2005

Resumen: – A lo largo de la asignatura de doctorado Prediccion y analisis de modelos
                                                              ´        ´
superficiales mediante sistemas de informacion geografica se ha cubierto el desarrollo
                                             ´        ´
del estudio de la distribucion espacial de una o varias variables, as´ como su modeli-
                            ´                                        ı
zacion mediante m´ todos geoestad´siticos (krigeado). En este trabajo se presenta un
      ´             e              ı
resumen de dicho desarrollo utilizando los mismos datos de partida pero empleando
para el mismo herramientas de Software Libre, principalmente una herramienta es-
tad´stica R y un Sistema de Informacion Geografica, GRASS, ambos funcionando bajo
    ı                                  ´        ´
el Sistema Operativo Linux.

´ndice
I                                                                 3.5. Diagramas de dispersion      ´
                                                                       cruzados . . . . . . . . . . . 20
                                                                  3.6. Scripts . . . . . . . . . . . . . 20
0. Introduccion´                                          4
   0.1. R . . . . . . . . .   .   .   .   .   .   .   .   4                 ´
                                                               4. Estimacion. M´ todos determi-
                                                                                    e
   0.2. gstat . . . . . . .   .   .   .   .   .   .   .   4       nistas                                 24
   0.3. GRASS . . . . . .     .   .   .   .   .   .   .   5       4.1. Scripts . . . . . . . . . . . . . 27
   0.4. Datos de trabajo      .   .   .   .   .   .   .   5
                                                               5. Continuidad espacial de V                30
              ´
1. Descripcion univariada                  6                      5.1. Variograma omnidireccional          30
   1.1. Carga y visualizacion de los
                             ´                                    5.2. Variograma superficial . . .         30
        datos . . . . . . . . . . . . . . 6                       5.3. Variogramas direccionales .         30
                                                                  5.4. Variogramas cruzados . . . .        33
   1.2. M´ todos graficos para la
          e          ´
                                                                  5.5. Scripts . . . . . . . . . . . . .   36
        descripcion univariada . . . 6
                  ´
   1.3. M´ todos num´ ricos . . . . . 9
          e            e                                                      ´
                                                               6. Modelizacion del variograma ex-
   1.4. Scripts . . . . . . . . . . . . . 10                      perimental                             39
                                                                  6.1. Estimacion automatizada
                                                                                ´
              ´
2. Descripcion bivariada                  12                           del modelo . . . . . . . . . . 41
   2.1. M´ todos graficos . . . . . . . 12
          e         ´                                             6.2. Scripts . . . . . . . . . . . . . 44
   2.2. M´ todos num´ ricos . . . . . 13
          e            e
   2.3. Scripts . . . . . . . . . . . . . 14                   8. Kriging                                  45
                                                                  8.1. wlc . . . . . . . . . . . . . . .   45
             ´
3. Descripcion espacial                                   15      8.2. Krigeado Ordinario (KO) . . .       45
   3.1. Visualizacion espacial de
                    ´                                             8.3. Krigeado Universal (KU) . . .       46
        datos . . . . . . . . . . . . . .                 15      8.4. Krigeado por bloques (KUB)          46
   3.2. Ventanas moviles y el efecto
                      ´                                           8.5. Krigeado Local (KUL) . . . .        46
        proporcional . . . . . . . . .                    18      8.6. Cokrigeado (CKO) . . . . . .        48
   3.3. Continuidad espacial . . . .                      18      8.7. Resultados . . . . . . . . . .      51
   3.4. Variograma . . . . . . . . . .                    20      8.8. Scripts . . . . . . . . . . . . .   56
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                       2


´ndice de figuras
I                                                 27. Variogramas direccionales .           32
                                                  28. Deteccion de ejes de aniso-
                                                                ´
  1.    Distribucion de U y V . . . .
                    ´                        6        trop´a . . . . . . . . . . . . .
                                                           ı                                33
  2.    Histograma de V . . . . . . .        7    29. Variogramas por toleran-
  3.    Histograma acumulado de V            7        cias (i) . . . . . . . . . . . . .    34
  4.    Grafico de probabilidad
           ´                                      30. Variogramas por toleran-
        uniforme de V . . . . . . . .        7        cias (ii) . . . . . . . . . . . . .   35
  5.    Grafico de probabilidad
           ´                                      31. Variogramas cruzados . . . .          35
        normal . . . . . . . . . . . . .     8
                                                  32. Modelos de variogramas
  6.    Grafico de probabilidad log-
           ´
                                                      disponibles . . . . . . . . . .       39
        normal . . . . . . . . . . . . .     8
                                                  33. Modelos esf´ rico de ran-
                                                                         e
  7.    Grafico de caja y bigotes de V
           ´                                 9
                                                      go 30 y meseta parcial de
  8.    Grafico de caja y bigotes de
           ´
                                                      92000ppm . . . . . . . . . .          40
        VyU. . . . . . . . . . . . . .       12
  9.    Grafico de cuantiles de V y U
           ´                                 12   34. Modelos de variograma
  10.   Grafico de dispersion . . . .
           ´                  ´              13       combinados . . . . . . . . . .        40
  11.   Distribucion de V . . . . . .
                    ´                        15   35. Modelo de variograma de V
  12.   Mapa graduado de color de V          16       ajustado . . . . . . . . . . . .      41
  13.   Mapa graduado de tamano       ˜           36. Modelado interactivo del va-
        de V . . . . . . . . . . . . . .     16       riograma . . . . . . . . . . . .      42
  14.   Mapas de indicadores . . . .         17   37. Descripcion de geoR del
                                                                    ´
  15.   Mapa de superficie interpo-                    conjunto de datos . . . . . .         43
        lada . . . . . . . . . . . . . .     18   38. Modelo ajustado por geoR .            43
  16.   Media y varianza en venta-                39. Conjunto de datos wlc . . . .         45
        na de 3x3 . . . . . . . . . . .      19   40. Error del Krigeado ordinario          46
  17.   Grafico de dispersion de
           ´                     ´                41. Error del Krigeado universal          47
        media y varianza . . . . . . .       19   42. Error del Krigeado univer-
  18.   h-Scatterplots de direccion   ´               sal por bloques . . . . . . . .       47
        N-S . . . . . . . . . . . . . . .    20
                                                  43. Error del Krigeado local
  19.   h-Scatterplots de direccion   ´
                                                      universal . . . . . . . . . . .       48
        E-W . . . . . . . . . . . . . .      21
                                                  44. Diferencias con wlc de la
  20.   h-Scatterplots cruzado de U
                                                      modelizacion de U . . . . . .
                                                                      ´                     50
        y V en direccion N-S . . . . .
                        ´                    21
  21.   Distribucion de wlm . . . . .
                    ´                        24   45. Prediccion en la modeliza-
                                                                 ´
  22.   Mapas generados por GRASS            25       cion de V (wlm) . . . . . . . .
                                                        ´                                   51
  23.   Histogramas de los conjun-                46. Desviacion t´pica en la mo-
                                                                  ´     ı
        tos de datos . . . . . . . . . .     26       delizacion de V (wlm) . . . . .
                                                                ´                           52
  24.   Variogramas omnidireccio-                 47. Diagramas de caja y bigote
        nales (i)) . . . . . . . . . . . .   31       de las diferencias . . . . . . .      53
  25.   Mapa del variograma su-                   48. Prediccion en la modeliza-
                                                                 ´
        perficial . . . . . . . . . . . .     31       cion de U (wlm) . . . . . . . .
                                                        ´                                   54
  26.   Isol´neas del variograma
             ı                                    49. Desviacion t´pica en la mo-
                                                                  ´     ı
        superficial . . . . . . . . . . .     32       delizacion de U (wlm) . . . . .
                                                                ´                           54

´ndice de cuadros
I                                                 2.   Estad´sticos de los errores
                                                             ı
                                                       en los m´ todos de krigeado
                                                                e
                                                       de V . . . . . . . . . . . . . . 52
  1.    Resumen de estad´sticos de
                           ı                      3.   Estad´sticos de los errores
                                                             ı
        datos de validacion y esti-
                          ´                            en los m´ todos de krigeado
                                                                e
        mados . . . . . . . . . . . . . 26             de U . . . . . . . . . . . . . . 55
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                  3


´ndice de listados
I                                              8.    Script para ps.map del
                                                     m´ todo RST . . . . . . . . . .
                                                       e                               28
  1.   R-Script del tema 1 . . . . . .    10   9.    Script para ps.map del
  2.   R-Script del tema 2 . . . . . .    14         m´ todo Pol´gonos de in-
                                                       e          ı
  3.   R-Script en Linux del tema 3 .     22         fluencia . . . . . . . . . . . .   29
  4.   R-Script en Windows del te-
                                               10.   Funciones para imprimir
       ma 3 . . . . . . . . . . . . . .   23
                                                     variogramas . . . . . . . . . .   36
  5.   R-Script del tema 4 . . . . . .    27
  6.   Script para GRASS . . . . . .      27   11.   R-Script del tema 5 . . . . . .   36
  7.   Script para ps.map del                  12.   R-Script del tema 6 . . . . . .   44
       m´ todo IDW . . . . . . . . .
         e                                28   13.   R-Script del tema 8 . . . . . .   56
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                  4


                 ´
Tema 0 Introduccion
0.1. R
      R [5] es un conjunto integrado de herramientas para manipular datos, realizar todo
tipo de calculos con los mismos y tambi´ n es capaz de realizar toda clase de graficos
         ´                               e                                      ´
estad´sticos.
      ı
   En [4] se citan las siguientes caracter´sticas:
                                          ı

        es multiplataforma,

        almacenamiento y manipulacion efectiva de datos,
                                   ´

        operadores para calculo sobre variables indexadas (Arrays), en particular matri-
                         ´
        ces,

        una amplia, coherente e integrada coleccion de herramientas para analisis de
                                                 ´                         ´
        datos,

        posibilidades graficas para analisis de datos, que funcionan directamente sobre
                        ´            ´
        pantalla o impresora,

        y un lenguaje de programacion bien desarrollado, simple y efectivo, que incluye
                                      ´
        condicionales, ciclos, funciones recursivas y posibilidad de entradas y salidas.
        (Debe destacarse que muchas de las funciones suministradas con el sistema
        estan escritas en el lenguaje R).
           ´

   R puede extenderse mediante paquetes. En Linux, basta con ejecutar el comando
install.packages(paquete) para conectar a la red de servidores CRAN (Comprehen-
sive R Archive Network) descarga el codigo fuente y si se dispone de los compiladores
                                         ´
pertinentes (C++, Fortran, ...) genera los binarios adaptados perfectamente a la maqui-
                                                                                     ´
na. En Windows, al ejecutar dicho comando se descargan directamente los binarios.
En esta ultima plataforma se dispone de una interfaz grafica un poco mas elaborada
         ´                                                    ´               ´
y permite ademas exportar al formato Windows MetaFile.
                 ´
   Los paquetes empleados en el trabajo, ademas de los que se incluyen por defecto en
                                                   ´
R son los paquetes de geoestad´stica gstat [3], y geoR [6], y el paquete para presentacion
                                  ı                                                     ´
de graficos lattice [7].
      ´
   En definitiva, se dispone de un sistema ampliable que se maneja como una consola
de entrada de comandos que permite adquirir datos desde ficheros, manipularlos,
crear nuevos datos y por ultimo o bien ver las graficas por pantalla o mandarlas a
                              ´                       ´
ficheros PostScript o raster. Otra caracter´stica importante es la posibilidad de ejecutar
                                            ı
secuencias de comandos en forma de scripts.

0.2. gstat
      gstat [2] es un software para llevar a cabo modelizacion, prediccion y simulacion de
                                                            ´           ´            ´
datos geoestad´sticos. Al igual que el anterior, es Software Libre bajo licencia (GNU1 ).
               ı
Puede usarse de muy diversas formas, directamente tanto de forma no interactiva
(mediante ficheros de parametros) como interactiva mostrando los resultados utili-
                            ´
zando el programa para presentacion de graficos gnuplot. Pero su uso mas interesante
                                     ´       ´                             ´
es integrado con otras herramientas. En este sentido se ha conseguido que gstat fun-
cione con GRASS, Idrisi, PCRaster y con R.
  1
      http://www.gnu.org
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                               5


   En este trabajo se ha usado con R porque este ultimo ofrece caracter´sticas muy
                                                       ´                   ı
interesantes para la manipulacion de datos, presentacion de todo tipo de graficas y
                                 ´                         ´                   ´
repeticion de tareas mediante sentencias de control (bucles, condicionales, etc). Por
        ´
otro lado, no ha sido posible compilar gstat para que trabaje conjuntamente con GRASS
en su version 6.
            ´

0.3. GRASS
    Este ya veterano software para la gestion de informacion geografica dispone de
                                           ´                ´        ´
herramientas para la modelizacion de variables espaciales mediante m´ todos deter-
                                  ´                                     e
min´sticos. Se ha usado en este trabajo para la obtencion de la modelizacion por
      ı                                                   ´                   ´
pol´gonos de influencia (Voronoi), Splines de tension y por el m´ todo de pesos inver-
    ı                                             ´              e
sos a la distancia.
    Ademas se ha utilizado para la presentacion de la cartograf´a, maquetando senci-
          ´                                  ´                 ı
llos mapas con salida PostScript.

0.4. Datos de trabajo
    Los datos con los que se va a trabajar durante todo el proyecto son los utilizados
en el libro Applied Geostatistics de Issaks y Srivastava. El conjunto de datos walker
esta a su vez dividido en tres grupos, wlc que es una malla de 78000 puntos que
    ´
sirven para validacion, wlm es la malla irregular de 470 puntos y wle una malla de 100
                      ´
puntos para algunos calculos estad´sticos.
                         ´            ı
    gstat dispone del conjunto wlm, los otros dos seran cargados desde ficheros de texto
                                                     ´
separados por comas (CSV) para poder operar con ellos.
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                              6


                ´
Tema 1 Descripcion univariada
                        ´
1.1. Carga y visualizacion de los datos
   En este cap´tulo se van a usar los datos wle redondeados a valores enteros. El
               ı
primer paso sera por tanto cargar el fichero walker10.asc, que es un fichero de
                 ´
texto separado por tabuladores que se puede importar directamente con la orden
read.delim2 para a continuacion redondearlo.
                              ´
   En la figura 1 se muestra la distribucion de los datos, as´ como los valores que
                                         ´                  ı
toman las variables U y V.
             250




                   15        12      24     27       30             0    2     18       18     18
                   81        77     103    112      123            19   40    111      114    120
                   16         7      34     36       29             7    4     18       18     20
                   82        61     110    121      119            77   52    111      117    124
             248




                   16         9     22      24       25            10    7     19       19     22
                   82        74     97     105      112            91   73    115      118    129
                   21         8      27     27       32             4   10     15       17     19
                   88        70     103    111      122            64   84    105      113    123
             246




                   21        18     20      27       29         19       7     16       19     22
                   89        88     94     110      116        108      73    107      118    127
         Y




                   15        16     16      23       24         25       7     15       21     20
                   77        82     86     101      109        113      79    102      120    121
             244




                   14        15     15         16   17          18      14         6    28     25
                   74        80     85         90   97         101      96        72   128    130
                   14        15     15         15   16             17   13         2    40     38
                   75        80     83         87   94             99   95        48   139    145
             242




                   16        17     11      29       37         55      11         3    34     35
                   77        84     74     108      121        143      91        52   136    144
                   22     28         4      32       38         20      0         14    31     34
                   87    100        47     111      124        109      0         98   134    144

                        12                14                  16             18              20

                                                          X



                                  Figura 1: Distribucion de U y V
                                                      ´


      e         a                       ´
1.2. M´ todos gr´ ficos para la descripcion univariada
    El m´ todo grafico mas utilizado es el histograma, en el que debemos integrar la
         e       ´       ´
variable en clases. La variable V se var´a entre 0ppm y 145ppm por lo que dividirla en
                                        ı
clases de 10 unidades es conveniente (fig. 2 en la pagina siguiente).
                                                     ´
    Otro grafico interesante es el histograma acumulado en el que a partir de las
            ´
mismas clases del histograma anterior se muestra la suma acumulada (fig 3 en la
pagina siguiente).
  ´
    El grafico de probabilidad acumulada muestra la proporcion de datos para cada
         ´                                                    ´
punto que son menores que el (fig 4 en la pagina siguiente)
                              ´               ´
    Las figuras 5 en la pagina 8 y 6 en la pagina 8 muestran la similitud de nuestra
                          ´                   ´
muestra con la distribucion normal y lognormal. Las l´neas trazadas pasan por el
                            ´                             ı
primer y tercer cuartil.
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                                                                                                  7




                                                                                                                                                       17




                                                                    16
                                                                                                                                        15
                                                                                                                              14                  14




                                                                    14
                                                                                                                                                             12




                                                                    12
                                                                                                                                             11




                                                                    10
                                             Frequency

                                                                    8
                                                                    6
                                                                                                                                                                        4
                                                                    4

                                                                                                                     3                                            3
                                                                                                  2         2
                                                                    2




                                                                              1    1         1
                                                                                        0
                                                                    0




                                                                          0                           50                                      100                           150

                                                                                                                              V




                                                                                  Figura 2: Histograma de V
                                                                    100
                                                                    80
                                             Frecuencia acumulada

                                                                    60
                                                                    40
                                                                    20
                                                                    0




                                                                              0   10   20   30   40    50       60       70        80    90 100        120        140

                                                                                                                         Variable




                                                                    Figura 3: Histograma acumulado de V
                                     1.0
                                     0.8
            Probabilidad acumulada

                                     0.6
                                     0.4
                                     0.2
                                     0.0




                                                                    0                                 50                                            100                           150

                                                                                                                              V



                                           Figura 4: Grafico de probabilidad uniforme de V
                                                       ´
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                 8




                                    2
            Theoretical Quantiles

                                    1
                                    0
                                    −1
                                    −2




                                         0                  50                      100          150

                                                                 Sample Quantiles



                                             Figura 5: Grafico de probabilidad normal
                                                         ´
                                    2
            Theoretical Quantiles

                                    1
                                    0
                                    −1
                                    −2




                                         3.0          3.5               4.0               4.5   5.0

                                                                 Sample Quantiles



                                         Figura 6: Grafico de probabilidad lognormal
                                                     ´
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                9


1.3. M´ todos num´ ricos
      e          e
                            ´
1.3.1. Medidas de localizacion
    Se puede solicitar una descripcion sencilla de nuestros datos con el comando
                                     ´
summary(V) que devuelve tanto los valores maximos y m´nimos, la media, la me-
                                               ´           ı
diana y el segundo y tercer cuartil. En cualquier caso estan disponibles comandos
                                                           ´
como min, max, mean y median.
    Para calcular la moda no hay un comando definido, pero a partir de la tabla defi-
nida del corte de V (tcutV) donde se almacenan las frecuencias relativas en las clases
definidas previamente (secV), podemos solicitar aquella clase que almacene el valor
maximo con el comando tcutV[tcutV==max(tcutV)].
  ´
    En resumen:

                                    M´nimo
                                     ı              0
                                   Maximo
                                     ´            145
                                     Media      100.5
                                   Mediana      97.55
                                      Moda    110-120
                                     Rango        145

   R puede calcular cualquier cuantil de una muestra, por ejemplo los cuartiles con
el comando quantile y pasando un vector con los valores de los cuantiles a obtener,
en este caso una secuencia de 0 a 1 cada 0.25 unidades:
> print(cuantiles<-quantile(V,seq(0,1,.25)))
    0%    25 %   50 %   75 %  100 %
  0.00 81.75 100.50 116.25 145.00

    Una forma grafica de ver tanto los cuantiles como la distribucion de la muestra y
                  ´                                                  ´
si existen valores alejados de la media (outliers) es el diagrama de caja y bigotes (box
and whisker). La figura 7 muestra el de la variable V.
                      V




                             0          50          100        150




                          Figura 7: Grafico de caja y bigotes de V
                                      ´


                          ´
1.3.2. Medidas de dispersion
   Las medidas de dispersion como la varianza, la desviacion t´pica y el rango inter-
                             ´                            ´   ı
cuantil son sencillos de calcular:
> dt<-sqrt(var(V))
> dtˆ2;dt;as.numeric(cuantiles["75 %"]-cuantiles["25 %"])
Modelizacion geoestad´stica con R
              ´          ı                                                                    10


    [1] 695.3409
    [1] 26.36932
    [1] 34.5


    1.3.3. Medidas de forma
       El coeficiente de sesgo o asimetr´a (skewness) se calcula a partir de la formula
                                       ı                                        ´
                                            1
                                            n
                                                  n
                                                  i=1 (xi   − m)3
                                    CS =                                                      (1)
                                                     σ3
       El coeficiente de curtosis o apuntalamiento se calcula como

                                                n   (xi −m)4
                                                i=1     n
                                       K=                      −3                             (2)
                                                    σ4
      El coeficiente de variacion no es mas que el cociente entre la desviacion t´pica y la
                                ´        ´                                  ´   ı
    media, siendo trivial su calculo.
                              ´
      En R estos tres coeficientes se calculan como:
    > media<-mean(V);
    > print(CS<-sum((V-media)ˆ3)/(length(V)*dtˆ3))
    [1] -0.7665234
    > print(K<-sum((V-media)ˆ4/length(V))/dtˆ4-3)
    [1] 1.187891
    > print(CV<-dt/media)
    [1] 0.2703159


    1.4. Scripts

         Listado 1: R-Script del tema 1           25   dev.off()
                     ´                            26
1 #TEMA 1 - DESCRIPCION UNIVARIADA
                                                  27   #Discretizar V para hallar frecuencias
2 ps.options(family="Bookman",pointsize
                                                  28   lsecV<-length(secV)
        =15)
                                                  29   cutV<-cut(V,secV)
3   rm(list=ls())
                                                  30   tcutV<-table(cutV)
4
                                                  31   #Obtener las frecuencias acumuladas
5   #Cargar wle y redondearlo
                                                  32   sumfreq<-rep(0,length(secV))
6   wle<-read.delim2("walker10.asc")
                                                  33   for (i in 1:lsecV){ sumfreq[i]<-length(V
7   wle<-round(wle,0)
                                                           [V<secV[i]])}
8
                                                  34   #Imprimir el histograma
9  #Adjuntar los datos de wle para acceder
                                                  35   postscript("imgs/01/histAcumV.ps")
       directamente
                                                  36   barplot(sumfreq,xlab="Variable",ylab="
10 attach(wle)
                                                           Frecuencia acumulada",names.arg=secV
11
                                                           )
12 #Ver los datos U y V
                                            37         dev.off()
13 postscript("imgs/01/UyV.ps")
                                            38
14 plot(X,Y,xlim=c(min(X),max(X)*1.01),ylim
                                            39         #Gr´fico de probabilidad acumulada
                                                          a
       =c(min(Y)*.999,max(Y)*1.001),pch=3)
                                            40         postscript("imgs/01/probUnif.ps")
15 text(X+.3,Y+.2,U)
                                            41         plot.ecdf(V,pch=1,xlab="V",ylab="
16 text(X+.3,Y-.2,V)
                                                           Probabilidad acumulada",main="")
17 dev.off()
                                            42         dev.off()
18
                                            43
19 #Mostrar el histograma de V
                                            44       #Gr´fico de probabilidad normal y
                                                        a
20 secV<-seq(0,150,10)
                                                         lognormal
21 postscript("imgs/01/histV.ps")
                                            45       postscript("imgs/01/probNormal.ps")
22 hist(V,breaks=secV, labels=TRUE, col="
                                            46       qqnorm(V,datax=TRUE,pch=3,main="");
       lightgray", axes=FALSE,main="")
                                                         qqline(V,datax=TRUE)
23 axis(2,at=seq(0,18,2))
                                                  47 dev.off()
24 axis(1,at=seq(0,150,50))
Modelizacion geoestad´stica con R
               ´          ı                                                            11


48                                            62 print(as.numeric(cuantiles["75 %"]-
49 logV<-log(V)[is.finite(log(V))]                  cuantiles["25 %"]))
50 postscript("imgs/01/probLogNormal.ps")     63
51 qqnorm(logV,datax=TRUE,pch=3,main="");     64 #Diagrama de caja y bigotes de V
        qqline(logV,datax=TRUE)               65 postscript("imgs/01/cajaybig.ps")
52 dev.off()                                  66 boxplot(V,horizontal=TRUE,col="lightgray
53                                                  ",ylab="V")
54 #Medidas de localizaci´n, dispersi´n,
                         o           o        67 dev.off()
       etc                                    68
55 media<-mean(V)                             69 #Medidas de forma: sesgo, apuntalamiento
56 dt<-var(V)                                        y variaci´n
                                                              o
57 print("Cuartiles")                         70 print("Sesgo, apuntalamiento y variaci´n
                                                                                       o
58 print(cuantiles<-quantile(V,seq(0,1,.25)         ")
       ))                                     71 print(CS<-sum((V-media)ˆ3)/(length(V)*dt
59 print("Varianza, desviaci´n t´pica y
                            o   ı                   ˆ3))
       rango intercuart´lico")
                       ı                      72 print(K<-sum((V-media)ˆ4/length(V))/dt
60 print(dtˆ2)                                      ˆ4-3)
61 print(dt)                                  73 print(CV<-dt/media)
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                   12


                ´
Tema 2 Descripcion bivariada
2.1. M´ todos gr´ ficos
      e         a
    La visualizacion de pares de histogramas y sobre todo de graficos de caja y bigotes
                  ´                                            ´
( 8)pueden aportar informacion de como son dos variables.
                              ´       ´
                                  U
                      Variables

                                  V




                                        0            50                   100                150




                                      Figura 8: Grafico de caja y bigotes de V y U
                                                  ´

   El diagrama de cuantiles muestra cada cuantil de una variable contra el mismo
cuantil de la otra formando un grafico de puntos. Si estos puntos adoptan la forma de
                                 ´
una l´nea significa que ambas variables son similares pero su localizacion y dispersion
     ı                                                                 ´            ´
son diferentes.



                                                                                             100%


                 50                                       U=V



                 40



                 30
             U




                                                                                 75%


                 20                                                       50%
                                                                    25%

                 10

                                                                                 Cuartiles
                                  0%
                 0

                                   0                50                     100                     150

                                                                V



                                        Figura 9: Grafico de cuantiles de V y U
                                                    ´

   Por ultimo, el diagrama de dispersion ( 10 en la pagina siguiente)puede mostrar
       ´                              ´              ´
informacion sobre las tendencias de ambas variables y la existencia de outliers que
          ´
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                           13


pueden ser susceptibles de ser eliminados.




                 50
                 40
                 30
             U

                 20
                 10
                 0




                      0                  50                  100           150

                                                    V



                             Figura 10: Grafico de dispersion
                                          ´               ´


2.2. M´ todos num´ ricos
      e          e
   El coeficiente de correlacion o de Pearson es el indicador mas utilizado para com-
                              ´                                 ´
probar la relacion entre variables, en R se corresponde con el comando cor(U,V).
                ´
                                     1   n
                                     n   i=1 (xi− mx ) (yi − my )
                               ρ=                                                (3)
                                               σx · σy
   El numerador de esta ultima ecuacion es otro indicador, la covarianza, que se
                            ´              ´
obtiene con el comando cov(U,V).
   El coeficiente de correlacion de orden utiliza el orden en que aparece un valor
                               ´
determinado en lugar de su propio valor. Por esta razon este coeficiente es menos
                                                         ´
sensible a valores extremos y por tanto, si difiere mucho del coeficiente de Pearson
indica la existencia de estos valores extremos. En R se obtiene con el mismo comando
que el de correlacion, pero cambiando el m´ todo.
                   ´                         e
                                     1   n
                                     n   i=1 (Rxi   − mRx ) (Ryi − mRy )
                          ρOrden =                                               (4)
                                                   σRx · σRy

> cov(U,V);cor(U,V,method="pearson");cor(U,V,method="spearman")
[1] 218.2778
[1] 0.8393395
[1] 0.8576604
Modelizacion geoestad´stica con R
               ´          ı                                                                 14


     2.3. Scripts

          Listado 2: R-Script del tema 2                (U,seq(0,1,.05)),pch=21,bg="
                                                        lightgray")
                      ´
 1 #TEMA 2 - DESCRIPCION BIVARIADA             23   points(quantile(V,seq(0,1,.25)),quantile
 2 ps.options(family="Bookman",pointsize                (U,seq(0,1,.25)),pch=21,bg="white")
         =15)                                  24   # Texto en los cuartiles
 3   rm(list=ls())                             25   text(quantile(V,seq(0,1,.25))-2,quantile
 4                                                      (U,seq(0,1,.25))+2,c("0 %","25 %","50 %
 5   #Cargar wle y redondearlo                          ","75 %","100 %"))
 6   wle<-read.delim2("walker10.asc")          26   # Linea con U=V y su texto
 7   wle<-round(wle,0)                         27   lines(c(0,150),c(0,150),type="l")
 8                                             28   text(60,50,"U=V")
 9 #Adjuntar los datos de wle para acceder     29   # Leyenda
       directamente                            30   legend(100,8,c("Cuartiles"),bg="white",
10 attach(wle)                                          pch=21)
11                                             31   dev.off()
12 #Diagrama de caja y bigotes de V y U        32
13 postscript("imgs/02/cajaybig.ps")           33   #Diagramas de dispersi´n
                                                                          o
14 boxplot(data.frame(V,U),horizontal=TRUE,    34   postscript("imgs/02/dispers.ps")
       col="lightgray",ylab="Variables",       35   plot(V,U,pch=21,bg="lightgray")
       boxwex=0.5)                             36   dev.off()
15 dev.off()                                   37
16                                             38   #Covarianza y coeficientes de
17 # Diagrama qqplot                                    correlaci´n
                                                                 o
18 postscript("imgs/02/qqnorm.ps")             39   print("Covarianza y coeficiente de
19 # Dibuja s´lo los ejes
             o                                          correlaci´n de Pearson y de Spearman
                                                                 o
20 qqplot(V,U,xlab="V",ylab="U",las=1,xlim=             ")
       c(-1,148),ylim=c(0,57),type="n")        40   print(covar<-cov(U,V))
21 # Dibuja los puntos por cuantiles del 5 %   41   print(rho<-cor(U,V,method="pearson"))
        y los cuartiles                        42   print(spear<-cor(U,V,method="spearman"))
22 points(quantile(V,seq(0,1,.05)),quantile
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                            15


                ´
Tema 3 Descripcion espacial
                ´
3.1. Visualizacion espacial de datos
                          ´
3.1.1. Mapas de localizacion
    Se trata de trazar un mapa de puntos e indicar por ejemplo los 10 valores maximos
                                                                               ´
y los 10 valores m´nimos. En R se trata de obtener los conjuntos de datos de wle con
                    ı
los valores maximos y m´nimos y pintarlos sobre un mapa de localizacion de V.
               ´          ı                                              ´
        250




              81      77     103   112   123        19   40   111   114   120

              82      61     110   121   119        77   52   111   117   124
        248




              82      74     97    105   112        91   73   115   118   129

              88      70     103   111   122        64   84   105   113   123
        246




              89      88     94    110   116       108   73   107   118   127

              77      82     86    101   109       113   79   102   120   121
    Y

        244




              74      80     85     90    97       101   96    72   128   130

              75      80     83     87    94        99   95    48   139   145
        242




              77      84     74    108   121       143   91    52   136   144

              87      100    47    111   124       109   0     98   134   144

                   Máximos
        240




                   Mínimos


                     12            14              16         18          20

                                               X



                              Figura 11: Distribucion de V
                                                   ´


3.1.2. Mapas de s´mbolos graduados
                 ı
   Utilizando la biblioteca lattice, se pueden generar mapas de s´mbolos graduados
                                                                 ı
por color con el comando levelplot. R dispone de diferentes paletas de color, pero
en este caso se usara una escala de grises.
                      ´
   Otro tipo de mapa es el de gradacion de s´mbolos por tamano. En este caso el
                                         ´     ı                ˜
paquete gstat proporciona el comando bubble. El resultado es mejorable, pero sirve
a modo de ejemplo.

3.1.3. Mapas de indicadores
    Se trata de mapas graduados de color con solo dos niveles. El umbral entre ambos
                                               ´
niveles se va variando y se observa el conjunto de mapas generados. Estos mapas
pueden mostrar alineaciones en la distribucion espacial de la variable y la ubicacion
                                             ´                                     ´
de maximos y m´nimos. Las figuras 14(c) y 14(d) muestran la alineacion norte-sur de
      ´          ı                                                   ´
los datos.
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                         16




                                                                                        140




                                                                                        120
                           248



                                                                                        100




                           246                                                          80
                     Y




                                                                                        60


                           244

                                                                                        40




                                                                                        20
                           242



                                                                                        0



                                          12        14            16        18
                                                              X




                                 Figura 12: Mapa graduado de color de V




                                                             V



                     250




                     248




                     246                                                              0
                                                                                      81.75
                                                                                      100.5
                 y




                                                                                      116.25
                                                                                      145


                     244




                     242




                                     12        14            16        18        20
                                                         x




                           Figura 13: Mapa graduado de tamano de V
                                                           ˜
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                           17




                               Umbral = 73.375                                      Umbral = 81.75


                                                        140                                                140




                                                        120                                                120


            248                                                   248

                                                        100                                                100




            246                                         80        246                                      80
        Y




                                                              Y
                                                        60                                                 60


            244                                                   244


                                                        40                                                 40




            242                                                   242
                                                        20                                                 20




                                                        0                                                  0
                  12      14              16      18                    12     14             16      18
                                      X                                                   X



                       (a) Cuantil 12.5 %                                    (b) Cuantil 25 %
                               Umbral = 89.125                                      Umbral = 100.5


                                                        140                                                140




                                                        120                                                120


            248                                                   248

                                                        100                                                100




            246                                         80        246                                      80
        Y




                                                              Y




                                                        60                                                 60


            244                                                   244


                                                        40                                                 40




            242                                                   242
                                                        20                                                 20




                                                        0                                                  0
                  12      14              16      18                    12     14             16      18
                                      X                                                   X



                       (c) Cuantil 37.5 %                                    (d) Cuantil 50 %
                               Umbral = 109.875                                     Umbral = 116.25


                                                        140                                                140




                                                        120                                                120


            248                                                   248

                                                        100                                                100




            246                                         80        246                                      80
        Y




                                                              Y




                                                        60                                                 60


            244                                                   244


                                                        40                                                 40




            242                                                   242
                                                        20                                                 20




                                                        0                                                  0
                  12      14              16      18                    12     14             16      18
                                      X                                                   X



                       (e) Cuantil 62.5 %                                    (f) Cuantil 75 %

                                          Figura 14: Mapas de indicadores
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                             18


3.1.4. Mapas de superficies interpoladas
    Es posible interpolar polinomios de un orden determinado, que pasen por todos
los puntos de la muestra. Estos polinomios suelen ofrecer superficies suavizadas pero
que muestran las tendencias y la distribucion de la variable.
                                            ´
    Para poder obtener estos polinomios en R, se ha de cargar el paquete spatial que
dispone de la funcion surf.ls que obtiene el mejor polinomio de hasta grado 6 que se
                    ´
ajusta a los datos mediante m´nimos cuadrados (fig. 15). Este mapa ha sido generado
                               ı
en Windows ya que el paquete spatial no ha sido posible instalarlo en Linux, por lo
que el script que genera este grafico esta separado del resto del tema.
                                 ´      ´
                250
                248
                246
                244
                242




                       12           14        16         18          20




                      Figura 15: Mapa de superficie interpolada


               ´
3.2. Ventanas moviles y el efecto proporcional
    Se pueden trazar mapas en las que el valor de cada punto es la media o la varianza
de sus vecinos. Por lo tanto se crea una ventana movil de tamano impar que va
                                                        ´             ˜
recorriendo los valores. En R esta operacion requiere algo de programacion que se
                                            ´                               ´
incluye en el script del tema y que se presenta en la figura 16 en la pagina siguiente.
                                                                        ´
    Un grafico de dispersion entre las medias y las varianzas demuestra la existencia
         ´                 ´
de una relacion entre ambas. En este caso, en la figura 17 en la pagina siguiente, se
              ´                                                     ´
puede ver que ambas medidas no estan correladas, siendo el coeficiente de correlacion
                                      ´                                             ´
(ρ) bastante bajo.

3.3. Continuidad espacial
                            ´
3.3.1. Diagramas de dispersion de tipo h
    Este tipo de diagramas muestran contrapuestas la variable contra esta a una dis-
                                                                      ´
tancia determinada. Cuando los datos estan en forma de malla, se pueden obtener
                                           ´
de forma sencilla los mapas de dispersion en las direcciones norte-sur y este-oeste a
                                       ´
diferentes distancias.
    Obtener estos diagramas en R es relativamente sencillo debido a la flexibilidad en
la manipulacion de variables indexadas (arrays). Se han obtenido los diagramas con
               ´
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                              19




        250




                                85.22     95.56    111.33    97.67     78.44     76.56     94.56     117.67
                                235.94    409.53   75.75    1095.75   1332.03   1165.53   955.28       35.5
                                85.22     94.67    111.11   102.44     88.22     85.78     98.67     117.22
        248




                                255.19    443.25   72.86    428.53    616.94    468.19    553.25      53.69
                                87.22     94.67    107.78   104.33     93.67     91.11    100.67     117.22
                                111.69    220.5    79.94    300.25    459.75    342.86    353.25      68.19
                                86.33     93.89    105.78     106      96.44     92.78    100.11     115.11
        246




                                90.25     186.86   122.94     281     457.78    320.44    299.61      76.86
    Y




                                83.89     90.67    98.67      105      99.11     94.56     99.44     113.89
                                39.36     92.75    123.5      69.5    219.86    248.78    441.03     334.86
                                80.22       86     92.44       99      98.11     89.44     97.67     111.67
        244




                                17.94      42.5    74.03     69.75     93.36    392.78    828.75     1042.25
                                79.11     85.67    93.22    104.44    104.11     88.56     95.22     110.44
                                18.61     91.25    199.44   311.53    288.36    823.28    1163.69    1659.03
                                78.56       86     94.33    110.67     97.33     81.67     88.11     115.56
        242




                                201.78    377.5    611.5    289.25    1628.25    1753     2227.36    1588.03



                                 12                 14                  16                      18             20

                                                                  X



                                Figura 16: Media y varianza en ventana de 3x3
                         2000




                                                                              ρ = −0.11
                         1500
              varianza

                         1000
                         500
                         0




                                         80           90                100               110

                                                                media



                         Figura 17: Grafico de dispersion de media y varianza
                                      ´               ´
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                                            20


distancia (h) variando de 1 a 4 puntos y en las direcciones norte-sur (fig. 18) y este-
oeste (fig:03:vew). Se aprecia la alta correlacion en las direcciones N-S (0,5 < ρ < 0,7) y
                                               ´
la baja correlacion en direccion E-W (−0,4 < ρ < 0,3).
                 ´            ´

                                           h=1                                                               h=2
                 140




                                                                              140
                 120




                                                                              120
                           ρ = 0.74                                                          ρ = 0.59
                 100




                                                                              100
          V(t)




                                                                       V(t)
                 80




                                                                              80
                 60




                                                                              60
                 40




                                                                              40
                             x=y                                                               x=y
                 20




                                                                              20
                       0              50              100      150                   0                  50            100   150

                                           V(t+h)                                                            V(t+h)




                                           h=3                                                               h=4




                                                                              120
                                                                                             ρ = 0.48
                 120




                           ρ = 0.56

                                                                              100
                 100




                                                                              80
                 80
          V(t)




                                                                       V(t)

                                                                              60
                 60




                                                                              40
                 40




                             x=y                                                               x=y
                 20




                                                                              20




                       0              50              100      150                   0                  50            100   150

                                           V(t+h)                                                            V(t+h)




                                   Figura 18: h-Scatterplots de direccion N-S
                                                                       ´


3.4. Variograma
   La funcion del variograma muestra la variacion de la variable agrupando los datos
            ´                                  ´
segun sus distancias relativas. Ha de establecerse por tanto el numero de ((cajas))
    ´                                                               ´
o lags en los que queremos dividir los datos. Por otro lado, como en el apartado
anterior, podemos obtener el variograma en una direccion determinada o en todas
                                                         ´
direcciones (variograma omnidireccional). Formalmente la funcion del variograma se
                                                                ´
expresa como:
                                                                     N (h)
                                                             1
                                                    γ(h) =                          (vi − vi+h )2                                 (5)
                                                           2N (h)
                                                                     i=1

   En R existen diversos paquetes que calculan el variograma pero probablemente el
mas completo es el paquete gstat. El uso de esta funcion se hara en el tema 5.
 ´                                                     ´       ´

                          ´
3.5. Diagramas de dispersion cruzados
   El ultimo grafico que se va a mostrar en este tema es el de dispersion cruzada
       ´         ´                                                          ´
entre dos variables. Es un h-Scatterplot en el que en lugar de ccontrastarla misma
variable se utiliza el valor de otra. Se ha calculado solo la variacion en la direccion
                                                       ´             ´               ´
N-S de las variables U y V.

3.6. Scripts
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                                              21




                                                  h=1                                                          h=2


                140




                                                                              140
                120




                                                                              120
                100




                                                                              100
                           ρ = 0.21                                                     ρ = −0.41
                80




                                                                              80
         V(t)




                                                                       V(t)
                60




                                                                              60
                40




                                                                              40
                                       x=y                                                          x=y
                20




                                                                              20
                0




                                                                              0
                       0                     50            100   150                0                     50            100   150

                                                  V(t+h)                                                       V(t+h)




                                                  h=3                                                          h=4
                140




                                                                              140
                120




                                                                              120
                100




                                                                              100
                           ρ = −0.35
                                                                                         ρ = 0.3
                80
         V(t)




                                                                       V(t)

                                                                              80
                60




                                                                              60
                40




                                       x=y
                                                                              40
                20




                                                                                                    x=y
                                                                              20
                0




                       0                     50            100   150                0                     50            100   150

                                                  V(t+h)                                                       V(t+h)




                                         Figura 19: h-Scatterplots de direccion E-W
                                                                             ´




                                                  h=1                                                          h=2
                                                                              40
                50




                                                                              30




                                                                                                    x=y
                40
                30




                                       x=y
         U(t)




                                                                       U(t)




                                                                                        ρ = 0.45
                                                                              20




                            ρ = 0.6
                20




                                                                              10
                10
                0




                                                                              0




                       0                     50            100   150                0                     50            100   150

                                                  V(t+h)                                                       V(t+h)




                                                  h=3                                                          h=4
                35




                                                                              35
                30




                                                                              30




                                       x=y                                                          x=y
                25




                                                                              25




                           ρ = 0.36                                                     ρ = 0.28
                20




                                                                              20
         U(t)




                                                                       U(t)
                15




                                                                              15
                10




                                                                              10
                5




                                                                              5
                0




                                                                              0




                       0                     50            100   150                0                     50            100   150

                                                  V(t+h)                                                       V(t+h)




                      Figura 20: h-Scatterplots cruzado de U y V en direccion N-S
                                                                           ´
Modelizacion geoestad´stica con R
               ´          ı                                                                22


      Listado 3: R-Script en Linux del tema 3   48 postscript("imgs/03/indics %02d.ps",
                                                        onefile=FALSE)
                                                49 for (i in 1:length(sec2)){
                      ´
 1 #TEMA 3 : DESCRIPCION ESPACIAL               50         tit<-as.expression(substitute(
 2 ps.options(family="Bookman",pointsize                       Umbral==p,list(p=sec2[i])))
       =15)                                     51         lv<-levelplot(V˜X*Y,wle,col.
 3 rm(list=ls())                                               regions=c("lightgray","white
 4                                                             "),at=c(min(V),sec2[i],max(V
 5   #Cargar paquetes                                          )),main=tit);
 6   library(lattice)                           52         print(lv)
 7   library(gstat)                             53         }
 8                                              54 dev.off()
 9   #Cargar wle y redondearlo                  55
10   wle<-read.delim2("walker10.asc")           56
11   wle<-round(wle,0)                          57 # Mapas de isol´neas y de superficies
                                                                  ı
12                                                      interpoladas en Windows
13 #Adjuntar los datos de wle para acceder      58
       directamente                             59 #Conseguir una matriz con los valores de
14 attach(wle)                                            V
15                                              60   imgV<-xyz2img(wle,"V",2,1)
16 #Gr´fico de V con m´ximos y m´nimos
      a               a         ı               61   matVtemp<-imgV$z
17 #Obtener los 10 valores m´ximos y
                            a                   62   matV<-matVtemp*0
         m´nimos
          ı                                     63   m<-dim(matVtemp)[1]
18   Vmax=sort(V)[90:100][1]                    64   n<-dim(matVtemp)[2]
19   Vmin=sort(V)[1:10][10]                     65   for(i in 1:m){for(j in 1:n){matV[i,j]<-
20   dfVmax= subset(wle,V>=Vmax)                         matVtemp[m+1-i,j] }}
21   dfVmin= subset(wle,V<=Vmin)                66
22   #Ya se puede hacer el dibujo               67 imgV2<-list(sort(imgV$y),sort(imgV$x,
23   postscript("imgs/03/maxmin.ps")                     decreasing=TRUE),matV)
24   plot(X,Y,pch=3,xlim=c(11,20.2),ylim=c    68     names(imgV2)<-c("x","y","z")
         (239.5,250.5))                       69
25   text(X+0.2,Y+0.2,V)                      70     #Calcular una media y varianza 3x3
26   points(dfVmax$X,dfVmax$Y,bg="black",pch  71     media3<-matV*0
         =21)                                 72     var3<-media3
27   points(dfVmin$X,dfVmin$Y,bg="lightgray", 73     seqm<-seq(2,m-1)
         pch=21)                              74     seqn<-seq(2,n-1)
28   legend(11,240.8,c("M´ximos","M´nimos"),
                         a         ı          75
         pch=21,pt.bg=c("black","lightgray")) 76     for(i in seqm){
29   dev.off()                                77             for(j in seqn){
30                                            78                     i1<-i-1;
31   #Gr´fico de s´mbolos graduados
        a         ı                           79                     i2<-i+1;
32   postscript("imgs/03/simbs.ps")           80                     j1<-j-1;
33   lv<-levelplot(V˜X*Y,wle,col.regions=gray 81                     j2<-j+1;
         (seq(1,0.3,len=18)),aspect=mapasp(   82                     matVtemp<-array(matV[i1:
         wle))                                                           i2,j1:j2]);
34   print(lv)                                  83                   media3[i,j]<-mean(
35   dev.off()                                                           matVtemp);
36                                              84                   var3[i,j]<-var(matVtemp)
37 #Gr´fico de burbujas
      a                                         85           }
38 postscript("imgs/03/bubbles.ps")             86   }
39 # bub<-bubble(wle,1,2,"V",key.entries=       87   media3<-round(media3[seqm,seqn],2)
       quantile(V,seq(0,1,.25)))                88   var3<-round(var3[seqm,seqn],2)
40 bub<-bubble(wle,1,2,"V",fill=TRUE,pch        89
       =21,key.entries=quantile(V,seq           90 #Mostrar resultados
       (0,1,.25)))                              91 postscript("imgs/03/mediavar.ps")
41 print(bub)                                   92 plot(X,Y,pch=3)
42 dev.off()                                    93 for(i in seqm){
43                                              94         for(j in seqn){
44 #Mapas de indicadores (por 12.5 %, 25 %,     95                 text(imgV2$x[i],imgV2$y[
        37.5 %, 50 %, 62.5 %, 75 %)                                    j]+0.25,media3[j-1,i
45 # sec2<-quantile(V,c                                                -1]);
        (12.5,25,37.5,50,62.5,75)/100)          96                 text(imgV2$x[i],imgV2$y[
46 sec1<-seq(0.125,.75,.125)                                           j]-0.25,var3[j-1,i
47 sec2<-quantile(V,sec1)
Modelizacion geoestad´stica con R
                ´          ı                                                                23


                          -1])                  139           lines(c(0,150),c(0,150));text
 97           }                                                   (40,30,"x=y");
 98   }                                         140           text(10,90,as.expression(
 99   dev.off()                                                   substitute(rho==ro,list(ro=
100                                                               round(cor(matV1,matV2),2))))
101 #Gr´fico de media contra varianza 3x3
       a                                                          )
102 postscript("imgs/03/mediavar2.ps")       141              title(as.expression(substitute(h
103 media<-array(media3,dim=64)                                   ==hh,list(hh=h))))
104 varianza<-array(var3,dim=64)             142      }
105 plot(media,varianza,pch=21,bg="lightgray 143      dev.off()
        ",xlab="media",ylab="varianza")      144
106 text(105,2000,as.expression(substitute( 145     #Continuidad espacial en V cruzado con U
        rho==ro,list(ro=round(cor(media,     146    imgU<-xyz2img(wle,"U",2,1)
        varianza),2)))))                     147    matUtemp<-imgU$z
107 dev.off()                                148    matU<-matUtemp*0
108                                             149 m<-dim(matUtemp)[1]
109                                             150 n<-dim(matUtemp)[2]
110 #Continuidad espacial en V                  151 for(i in 1:m){for(j in 1:n){matU[i,j]<-
111 #NS                                                 matUtemp[m+1-i,j] }}
112 postscript("imgs/03/V-NS %02d.ps",onefile 152
        =FALSE)                               153 #NS
113 for(i in 1:4){                            154 postscript("imgs/03/VU-NS %02d.ps",
114         h<-i;                                     onefile=FALSE)
115         fil1<-seq(1+h,m);                 155 for(i in 1:4){
116         col1<-seq(1,n);                   156         h<-i;
117         matV1<-array(matV[fil1,col1],dim 157          fil1<-seq(1+h,m);
                =length(fil1)*length(col1)); 158          col1<-seq(1,n);
118         fil2<-seq(1,m-h);                 159         matV1<-array(matV[fil1,col1],dim
119         col2<-seq(1,n);                                   =length(fil1)*length(col1));
120         matV2<-array(matV[fil2,col2],dim 160          fil2<-seq(1,m-h);
                =length(fil2)*length(col2)); 161          col2<-seq(1,n);
121         plot(matV1,matV2,xlab="V(t+h)", 162           matU2<-array(matU[fil2,col2],dim
                  ylab="V(t)");                                   =length(fil2)*length(col2));
122           lines(c(0,150),c(0,150));text    163            plot(matV1,matU2,xlab="V(t+h)",
                  (40,30,"x=y");                                  ylab="U(t)");
123           text(40,120,as.expression(       164            lines(c(0,150),c(0,150));text
                  substitute(rho==ro,list(ro=                     (40,30,"x=y");
                  round(cor(matV1,matV2),2)))) 165            text(10,20,as.expression(
                  )                                               substitute(rho==ro,list(ro=
124           title(as.expression(substitute(h                    round(cor(matV1,matU2),2))))
                  ==hh,list(hh=h))))                              )
125   }                                         166           title(as.expression(substitute(h
126   dev.off()                                                   ==hh,list(hh=h))))
127                                             167 }
128   #EW                                       168   dev.off()
129   postscript("imgs/03/V-EW %02d.ps",onefile
          =FALSE)
130   for(i in 1:4){                                  Listado 4: R-Script en Windows del tema 3
131           h<-i;                               1   orden<-6
132           fil1<-seq(1,m);                     2   V.ls<-surf.ls(orden,wle$X,wle$Y,wle$V)
133           col1<-seq(1+h,n);                   3   V.tr<-trmat(V.ls,11,20,241,250,150)
134           matV1<-array(matV[fil1,col1],dim 4
                  =length(fil1)*length(col1)); 5      ps.options(family="Bookman",pointsize
135           fil2<-seq(1,m);                             =15)
136           col2<-seq(1,n-h);                   6   postscript("imgs/03/interp.ps")
137           matV2<-array(matV[fil2,col2],dim 7      image(V.tr,col=gray(seq(0.93,0.3,l=50)))
                  =length(fil2)*length(col2)); 8      contour(V.tr,add=TRUE,labcex=.8)
138           plot(matV1,matV2,xlab="V(t+h)",     9   dev.off()
                  ylab="V(t)");
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                             24


               ´
Tema 4 Estimacion. M´ todos deterministas
                    e
   En esta seccion se va a estimar el valor de la variable V en toda la extension de
                  ´                                                              ´
trabajo a partir de los valores en el conjunto de datos wlm (fig. 21).
   Este conjunto de datos se obtiene facilmente al estar presente en el paquete gstat
                                        ´
y cargandose con ejecutar el comando data(walker).
      ´




                      250




                      200




                      150
                  Y




                      100




                      50




                               50      100       150   200    250
                                             X



                            Figura 21: Distribucion de wlm
                                                 ´

   La estimacion de estos datos se ha realizado desde GRASS, para ello primero se ha
                ´
exportado este conjunto de datos a un fichero csv para a continuacion importarlo en
                                                                     ´
GRASS como una cobertura vectorial (GRASS ya no utiliza sites).
   En GRASS se han utilizado las funciones v.voronoi, v.surf.idw y v.surf.rst
que implementan el m´ todo de pol´gonos de influencia, el de pesos inversos a la dis-
                        e            ı
tancia y el de splines de tension respectivamente. Ademas de las coberturas raster con
                               ´                        ´
los valores estimados se han obtenido las curvas de nivel cada 250ppm. Finalmente
se han maquetado tres sencillos mapas con los resultados de estos tres m´ todos.
                                                                           e
   Al final del tema se presenta el script en GRASS que genera los mapas y exporta a
ficheros csv los valores de los tres mapas para poder estudiarlos en R. Igualmente se
presentan los tres ficheros que indican la maquetacion de los mapas.
                                                      ´
   A continuacion se importa el conjunto de datos wlc que consiste en 78000 puntos
                  ´
de validacion y que se entiende como valores correctos..
            ´
   En el cuadro 1 se muestran los estad´sticos de estos cuatro conjunto de datos y
                                            ı
en la figura 23 en la pagina 26 se pueden ver los histogramas. Se pueden observar
                          ´
las siguientes caracter´sticas:
                        ı

     Se observa como el m´ todo de Pol´gonos de influencia es el que mejor mantiene
                            e          ı
     las caracter´sticas estad´sticas.
                 ı            ı
Leyenda on geoestad´stica con R
   Modelizaci ´       ı                                                     25
                 1400
                   1400

                   1200
                   1200

                   1000
                   1000
                           Splines de a de distancia (T=100)
                            Polígonos la influenciade V
                             Inverso Tensión de V de V
                   800
                   800
                                                     Escala
                   600
                                               0                 50
                   400
                   400
                   200
                   200                  Equidistancia de curvas = 250ppm
                   0
                   0




                                  100




                                                                      200
200




100




                          Figura 22: Mapas generados por GRASS
Modelizacion geoestad´stica con R
          ´          ı                                                                                                                            26


       Cuadro 1: Resumen de estad´sticos de datos de validacion y estimados
                                 ı                           ´

                                                             wlc           Voronoi                          IDW              RST
                                     M´n.
                                       ı                 0.00                  0.00                           0.46           -47.51
                                     Q1                 67.79                 70.70                         163.00           121.20
                                     Median.           221.30               224.40                          297.20           277.90
                                     Media             278.00               275.10                          316.80           277.90
                                     Q3                428.30               425.90                          428.50           379.50
                                     Max.
                                       ´              1631.00              1528.00                         1498.00          1530.00
                                     σ2              62423.16             60039.41                        39458.06         44820.41
                                     σ                 249.84               245.03                          198.64           211.71
                                     Simetr.             0.90                  0.89                           0.63             0.76
                                     Apunt.              0.77                  1.25                           1.39             2.44
                                     CV                  0.90                  0.89                           0.63             0.76



    El m´ todo de Splines de tension ofrece resultados negativos pese a calcularse
        e                          ´
    con un valor de tension alto (100).
                         ´

    Cabe destacar la diferencia entre los m´ todos estad´sticos y wlc en el apuntala-
                                           e            ı
    miento, claramente observable en los histogramas.


                                             WLC                                                                             Vor
                      25000




                                                                                              20000
                      20000




                                                                                              15000
                      15000
         Frecuencia




                                                                                 Frecuencia

                                                                                              10000
                      10000




                                                                                              5000
                      5000
                      0




                                                                                              0




                              0      500           1000            1500                               0          500               1000    1500

                                              V                                                                               V




                                             IDW                                                                             RST
                      15000




                                                                                              15000
                      10000
         Frecuencia




                                                                                 Frecuencia

                                                                                              10000
                      5000




                                                                                              5000
                      0




                                                                                              0




                              0        500                1000            1500                            0          500            1000   1500

                                              V                                                                               V




                                  Figura 23: Histogramas de los conjuntos de datos
Modelizacion geoestad´stica con R
               ´          ı                                                              27


     4.1. Scripts

          Listado 5: R-Script del tema 4            ="Frecuencia")
                                              49 hist(datos[[2]],main="Vor",xlab="V",ylab
                     ´
 1 #TEMA 4 - ESTIMACION                             ="Frecuencia")
 2 ps.options(family="Bookman",pointsize      50 hist(datos[[3]],main="IDW",xlab="V",ylab
         =15)                                       ="Frecuencia")
 3   rm(list=ls())                            51 hist(datos[[4]],main="RST",xlab="V",ylab
 4                                                  ="Frecuencia")
 5   #Cargar los datos wlm                    52 dev.off()
 6   library(lattice)
 7   library(gstat)
 8   data(walker)
                                                      Listado 6: Script para GRASS
 9   wlm<-walker                              1 # CREAR MAPA DE SPLINES
10   attach(wlm)                              2 g.remove rast=splines vect=spcontour
11                                            3 v.surf.rst input=wle elev=splines
12 #Ver wlm                                         zcolumn=u tension=100
13 postscript("imgs/04/wlm.ps")               4 r.contour input=splines output=spcontour
14 xy<-xyplot(Y˜X,wlm,pch=3,aspect=mapasp(           step=250
       wlm))                                  5 r.colors map=splines rules=grey
15 print(xy)                                  6
16 dev.off()                                  7
17                                            8 # CREAR MAPA DE VORONOI
18 #Importar valores reales wlc               9 g.remove rast=rvorwle vect=clvorwle,
19 wlc<-read.csv("wlc.csv",sep=";",dec=".",         vorwle
        header=TRUE)                          10 v.voronoi input=wle ouput=vorwle
20                                            11 v.clean input=vorwle output=clvorwle
21 #Importar los valores estimados en GRASS          type=boundary,line,centroid,area
22 idw<-read.csv(file="˜/geo/r/mapasgrass/           tool=break,rmdupl,snap
        idw.values.asc",sep="|")              12 g.region vect=clvorwle
23 vor<-read.csv(file="˜/geo/r/mapasgrass/    13 r.colors map=rvorwle rast=splines
        voronoi.values.asc",sep="|")        14
24 splines<-read.csv(file="˜/geo/r/         15   # CREAR MAPA IDW
       mapasgrass/splines.values.asc",sep=" 16   g.remove rast=idw vect=idwcontour
       |")                                  17   v.surf.idw input=wle output=idw col=u
25                                          18   r.colors map=idw rast=splines
26 # #Mostrar medias, varianzas y demas.... 19   r.contour input=idw output=idwcontour
27 Desv<-function(datos){sqrt(var(datos))}           step=250
28 CS<-function(V){sum((V-mean(V))ˆ3)/(     20
       length(V)*Desv(V)ˆ3)}                21   # GENERAR MAPAS PS
29 K<-function(V){sum((V-mean(V))ˆ4/length( 22   ps.map input=splines.psmap output=
        V))/Desv(V)ˆ4-3}                             splines.ps
30 CV<-function(V){Desv(V)/mean(V)}           23 ps.map input=voronoi.psmap output=
31                                                   voronoi.ps
32 datos<-list(wlc$V,vor$value,idw$value,     24 ps.map input=idw.psmap output=idw.ps
         splines$value)                       25
33   print("Resumen")                         26 # EXPORTAR A CSV
34   print(lapply(datos,summary))             27 r.to.vect input=idw output=idw feature=
35   print("Varianza")                              point #convertir a puntos
36   print(lapply(datos,var))                 28 r.to.vect input=splines output=splines
37   print("Desviaci´n T´pica")
                    o   ı                           feature=point #convertir a puntos
38   print(lapply(datos,Desv))                29 r.to.vect input=rvorwle output=voronoi
39   print("Simetr´a")
                  ı                                 feature=point #convertir a puntos
40   print(lapply(datos,CS))                  30
41   print("Apuntalamiento")                  31 echo "SELECT * FROM idw" | db.select >
42   print(lapply(datos,K))                         idw.values.asc #valores
43   print("Coeficiente de Variaci´n")
                                  o           32 echo "SELECT * FROM splines" | db.select
44   print(lapply(datos,CV))                         > splines.values.asc #valores
45                                            33 echo "SELECT * FROM voronoi" | db.select
46 postscript("imgs/04/hist %01d.ps",onefile         > voronoi.values.asc #valores
       =FALSE)                               34
47 # layout(matrix(1:4,2,2,byrow=TRUE))      35 #v.out.ascii input=idw output=idw.coor.
48 hist(datos[[1]],main="WLC",xlab="V",ylab         asc format=point # si quisieramos
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Geoestadística con R

  • 1. Geoestad´stica con R ı Jorge Gaspar Sanz Salinas Septiembre de 2005 Resumen: – A lo largo de la asignatura de doctorado Prediccion y analisis de modelos ´ ´ superficiales mediante sistemas de informacion geografica se ha cubierto el desarrollo ´ ´ del estudio de la distribucion espacial de una o varias variables, as´ como su modeli- ´ ı zacion mediante m´ todos geoestad´siticos (krigeado). En este trabajo se presenta un ´ e ı resumen de dicho desarrollo utilizando los mismos datos de partida pero empleando para el mismo herramientas de Software Libre, principalmente una herramienta es- tad´stica R y un Sistema de Informacion Geografica, GRASS, ambos funcionando bajo ı ´ ´ el Sistema Operativo Linux. ´ndice I 3.5. Diagramas de dispersion ´ cruzados . . . . . . . . . . . 20 3.6. Scripts . . . . . . . . . . . . . 20 0. Introduccion´ 4 0.1. R . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ´ 4. Estimacion. M´ todos determi- e 0.2. gstat . . . . . . . . . . . . . . 4 nistas 24 0.3. GRASS . . . . . . . . . . . . . 5 4.1. Scripts . . . . . . . . . . . . . 27 0.4. Datos de trabajo . . . . . . . 5 5. Continuidad espacial de V 30 ´ 1. Descripcion univariada 6 5.1. Variograma omnidireccional 30 1.1. Carga y visualizacion de los ´ 5.2. Variograma superficial . . . 30 datos . . . . . . . . . . . . . . 6 5.3. Variogramas direccionales . 30 5.4. Variogramas cruzados . . . . 33 1.2. M´ todos graficos para la e ´ 5.5. Scripts . . . . . . . . . . . . . 36 descripcion univariada . . . 6 ´ 1.3. M´ todos num´ ricos . . . . . 9 e e ´ 6. Modelizacion del variograma ex- 1.4. Scripts . . . . . . . . . . . . . 10 perimental 39 6.1. Estimacion automatizada ´ ´ 2. Descripcion bivariada 12 del modelo . . . . . . . . . . 41 2.1. M´ todos graficos . . . . . . . 12 e ´ 6.2. Scripts . . . . . . . . . . . . . 44 2.2. M´ todos num´ ricos . . . . . 13 e e 2.3. Scripts . . . . . . . . . . . . . 14 8. Kriging 45 8.1. wlc . . . . . . . . . . . . . . . 45 ´ 3. Descripcion espacial 15 8.2. Krigeado Ordinario (KO) . . . 45 3.1. Visualizacion espacial de ´ 8.3. Krigeado Universal (KU) . . . 46 datos . . . . . . . . . . . . . . 15 8.4. Krigeado por bloques (KUB) 46 3.2. Ventanas moviles y el efecto ´ 8.5. Krigeado Local (KUL) . . . . 46 proporcional . . . . . . . . . 18 8.6. Cokrigeado (CKO) . . . . . . 48 3.3. Continuidad espacial . . . . 18 8.7. Resultados . . . . . . . . . . 51 3.4. Variograma . . . . . . . . . . 20 8.8. Scripts . . . . . . . . . . . . . 56
  • 2. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 2 ´ndice de figuras I 27. Variogramas direccionales . 32 28. Deteccion de ejes de aniso- ´ 1. Distribucion de U y V . . . . ´ 6 trop´a . . . . . . . . . . . . . ı 33 2. Histograma de V . . . . . . . 7 29. Variogramas por toleran- 3. Histograma acumulado de V 7 cias (i) . . . . . . . . . . . . . 34 4. Grafico de probabilidad ´ 30. Variogramas por toleran- uniforme de V . . . . . . . . 7 cias (ii) . . . . . . . . . . . . . 35 5. Grafico de probabilidad ´ 31. Variogramas cruzados . . . . 35 normal . . . . . . . . . . . . . 8 32. Modelos de variogramas 6. Grafico de probabilidad log- ´ disponibles . . . . . . . . . . 39 normal . . . . . . . . . . . . . 8 33. Modelos esf´ rico de ran- e 7. Grafico de caja y bigotes de V ´ 9 go 30 y meseta parcial de 8. Grafico de caja y bigotes de ´ 92000ppm . . . . . . . . . . 40 VyU. . . . . . . . . . . . . . 12 9. Grafico de cuantiles de V y U ´ 12 34. Modelos de variograma 10. Grafico de dispersion . . . . ´ ´ 13 combinados . . . . . . . . . . 40 11. Distribucion de V . . . . . . ´ 15 35. Modelo de variograma de V 12. Mapa graduado de color de V 16 ajustado . . . . . . . . . . . . 41 13. Mapa graduado de tamano ˜ 36. Modelado interactivo del va- de V . . . . . . . . . . . . . . 16 riograma . . . . . . . . . . . . 42 14. Mapas de indicadores . . . . 17 37. Descripcion de geoR del ´ 15. Mapa de superficie interpo- conjunto de datos . . . . . . 43 lada . . . . . . . . . . . . . . 18 38. Modelo ajustado por geoR . 43 16. Media y varianza en venta- 39. Conjunto de datos wlc . . . . 45 na de 3x3 . . . . . . . . . . . 19 40. Error del Krigeado ordinario 46 17. Grafico de dispersion de ´ ´ 41. Error del Krigeado universal 47 media y varianza . . . . . . . 19 42. Error del Krigeado univer- 18. h-Scatterplots de direccion ´ sal por bloques . . . . . . . . 47 N-S . . . . . . . . . . . . . . . 20 43. Error del Krigeado local 19. h-Scatterplots de direccion ´ universal . . . . . . . . . . . 48 E-W . . . . . . . . . . . . . . 21 44. Diferencias con wlc de la 20. h-Scatterplots cruzado de U modelizacion de U . . . . . . ´ 50 y V en direccion N-S . . . . . ´ 21 21. Distribucion de wlm . . . . . ´ 24 45. Prediccion en la modeliza- ´ 22. Mapas generados por GRASS 25 cion de V (wlm) . . . . . . . . ´ 51 23. Histogramas de los conjun- 46. Desviacion t´pica en la mo- ´ ı tos de datos . . . . . . . . . . 26 delizacion de V (wlm) . . . . . ´ 52 24. Variogramas omnidireccio- 47. Diagramas de caja y bigote nales (i)) . . . . . . . . . . . . 31 de las diferencias . . . . . . . 53 25. Mapa del variograma su- 48. Prediccion en la modeliza- ´ perficial . . . . . . . . . . . . 31 cion de U (wlm) . . . . . . . . ´ 54 26. Isol´neas del variograma ı 49. Desviacion t´pica en la mo- ´ ı superficial . . . . . . . . . . . 32 delizacion de U (wlm) . . . . . ´ 54 ´ndice de cuadros I 2. Estad´sticos de los errores ı en los m´ todos de krigeado e de V . . . . . . . . . . . . . . 52 1. Resumen de estad´sticos de ı 3. Estad´sticos de los errores ı datos de validacion y esti- ´ en los m´ todos de krigeado e mados . . . . . . . . . . . . . 26 de U . . . . . . . . . . . . . . 55
  • 3. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 3 ´ndice de listados I 8. Script para ps.map del m´ todo RST . . . . . . . . . . e 28 1. R-Script del tema 1 . . . . . . 10 9. Script para ps.map del 2. R-Script del tema 2 . . . . . . 14 m´ todo Pol´gonos de in- e ı 3. R-Script en Linux del tema 3 . 22 fluencia . . . . . . . . . . . . 29 4. R-Script en Windows del te- 10. Funciones para imprimir ma 3 . . . . . . . . . . . . . . 23 variogramas . . . . . . . . . . 36 5. R-Script del tema 4 . . . . . . 27 6. Script para GRASS . . . . . . 27 11. R-Script del tema 5 . . . . . . 36 7. Script para ps.map del 12. R-Script del tema 6 . . . . . . 44 m´ todo IDW . . . . . . . . . e 28 13. R-Script del tema 8 . . . . . . 56
  • 4. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 4 ´ Tema 0 Introduccion 0.1. R R [5] es un conjunto integrado de herramientas para manipular datos, realizar todo tipo de calculos con los mismos y tambi´ n es capaz de realizar toda clase de graficos ´ e ´ estad´sticos. ı En [4] se citan las siguientes caracter´sticas: ı es multiplataforma, almacenamiento y manipulacion efectiva de datos, ´ operadores para calculo sobre variables indexadas (Arrays), en particular matri- ´ ces, una amplia, coherente e integrada coleccion de herramientas para analisis de ´ ´ datos, posibilidades graficas para analisis de datos, que funcionan directamente sobre ´ ´ pantalla o impresora, y un lenguaje de programacion bien desarrollado, simple y efectivo, que incluye ´ condicionales, ciclos, funciones recursivas y posibilidad de entradas y salidas. (Debe destacarse que muchas de las funciones suministradas con el sistema estan escritas en el lenguaje R). ´ R puede extenderse mediante paquetes. En Linux, basta con ejecutar el comando install.packages(paquete) para conectar a la red de servidores CRAN (Comprehen- sive R Archive Network) descarga el codigo fuente y si se dispone de los compiladores ´ pertinentes (C++, Fortran, ...) genera los binarios adaptados perfectamente a la maqui- ´ na. En Windows, al ejecutar dicho comando se descargan directamente los binarios. En esta ultima plataforma se dispone de una interfaz grafica un poco mas elaborada ´ ´ ´ y permite ademas exportar al formato Windows MetaFile. ´ Los paquetes empleados en el trabajo, ademas de los que se incluyen por defecto en ´ R son los paquetes de geoestad´stica gstat [3], y geoR [6], y el paquete para presentacion ı ´ de graficos lattice [7]. ´ En definitiva, se dispone de un sistema ampliable que se maneja como una consola de entrada de comandos que permite adquirir datos desde ficheros, manipularlos, crear nuevos datos y por ultimo o bien ver las graficas por pantalla o mandarlas a ´ ´ ficheros PostScript o raster. Otra caracter´stica importante es la posibilidad de ejecutar ı secuencias de comandos en forma de scripts. 0.2. gstat gstat [2] es un software para llevar a cabo modelizacion, prediccion y simulacion de ´ ´ ´ datos geoestad´sticos. Al igual que el anterior, es Software Libre bajo licencia (GNU1 ). ı Puede usarse de muy diversas formas, directamente tanto de forma no interactiva (mediante ficheros de parametros) como interactiva mostrando los resultados utili- ´ zando el programa para presentacion de graficos gnuplot. Pero su uso mas interesante ´ ´ ´ es integrado con otras herramientas. En este sentido se ha conseguido que gstat fun- cione con GRASS, Idrisi, PCRaster y con R. 1 http://www.gnu.org
  • 5. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 5 En este trabajo se ha usado con R porque este ultimo ofrece caracter´sticas muy ´ ı interesantes para la manipulacion de datos, presentacion de todo tipo de graficas y ´ ´ ´ repeticion de tareas mediante sentencias de control (bucles, condicionales, etc). Por ´ otro lado, no ha sido posible compilar gstat para que trabaje conjuntamente con GRASS en su version 6. ´ 0.3. GRASS Este ya veterano software para la gestion de informacion geografica dispone de ´ ´ ´ herramientas para la modelizacion de variables espaciales mediante m´ todos deter- ´ e min´sticos. Se ha usado en este trabajo para la obtencion de la modelizacion por ı ´ ´ pol´gonos de influencia (Voronoi), Splines de tension y por el m´ todo de pesos inver- ı ´ e sos a la distancia. Ademas se ha utilizado para la presentacion de la cartograf´a, maquetando senci- ´ ´ ı llos mapas con salida PostScript. 0.4. Datos de trabajo Los datos con los que se va a trabajar durante todo el proyecto son los utilizados en el libro Applied Geostatistics de Issaks y Srivastava. El conjunto de datos walker esta a su vez dividido en tres grupos, wlc que es una malla de 78000 puntos que ´ sirven para validacion, wlm es la malla irregular de 470 puntos y wle una malla de 100 ´ puntos para algunos calculos estad´sticos. ´ ı gstat dispone del conjunto wlm, los otros dos seran cargados desde ficheros de texto ´ separados por comas (CSV) para poder operar con ellos.
  • 6. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 6 ´ Tema 1 Descripcion univariada ´ 1.1. Carga y visualizacion de los datos En este cap´tulo se van a usar los datos wle redondeados a valores enteros. El ı primer paso sera por tanto cargar el fichero walker10.asc, que es un fichero de ´ texto separado por tabuladores que se puede importar directamente con la orden read.delim2 para a continuacion redondearlo. ´ En la figura 1 se muestra la distribucion de los datos, as´ como los valores que ´ ı toman las variables U y V. 250 15 12 24 27 30 0 2 18 18 18 81 77 103 112 123 19 40 111 114 120 16 7 34 36 29 7 4 18 18 20 82 61 110 121 119 77 52 111 117 124 248 16 9 22 24 25 10 7 19 19 22 82 74 97 105 112 91 73 115 118 129 21 8 27 27 32 4 10 15 17 19 88 70 103 111 122 64 84 105 113 123 246 21 18 20 27 29 19 7 16 19 22 89 88 94 110 116 108 73 107 118 127 Y 15 16 16 23 24 25 7 15 21 20 77 82 86 101 109 113 79 102 120 121 244 14 15 15 16 17 18 14 6 28 25 74 80 85 90 97 101 96 72 128 130 14 15 15 15 16 17 13 2 40 38 75 80 83 87 94 99 95 48 139 145 242 16 17 11 29 37 55 11 3 34 35 77 84 74 108 121 143 91 52 136 144 22 28 4 32 38 20 0 14 31 34 87 100 47 111 124 109 0 98 134 144 12 14 16 18 20 X Figura 1: Distribucion de U y V ´ e a ´ 1.2. M´ todos gr´ ficos para la descripcion univariada El m´ todo grafico mas utilizado es el histograma, en el que debemos integrar la e ´ ´ variable en clases. La variable V se var´a entre 0ppm y 145ppm por lo que dividirla en ı clases de 10 unidades es conveniente (fig. 2 en la pagina siguiente). ´ Otro grafico interesante es el histograma acumulado en el que a partir de las ´ mismas clases del histograma anterior se muestra la suma acumulada (fig 3 en la pagina siguiente). ´ El grafico de probabilidad acumulada muestra la proporcion de datos para cada ´ ´ punto que son menores que el (fig 4 en la pagina siguiente) ´ ´ Las figuras 5 en la pagina 8 y 6 en la pagina 8 muestran la similitud de nuestra ´ ´ muestra con la distribucion normal y lognormal. Las l´neas trazadas pasan por el ´ ı primer y tercer cuartil.
  • 7. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 7 17 16 15 14 14 14 12 12 11 10 Frequency 8 6 4 4 3 3 2 2 2 1 1 1 0 0 0 50 100 150 V Figura 2: Histograma de V 100 80 Frecuencia acumulada 60 40 20 0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 120 140 Variable Figura 3: Histograma acumulado de V 1.0 0.8 Probabilidad acumulada 0.6 0.4 0.2 0.0 0 50 100 150 V Figura 4: Grafico de probabilidad uniforme de V ´
  • 8. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 8 2 Theoretical Quantiles 1 0 −1 −2 0 50 100 150 Sample Quantiles Figura 5: Grafico de probabilidad normal ´ 2 Theoretical Quantiles 1 0 −1 −2 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 Sample Quantiles Figura 6: Grafico de probabilidad lognormal ´
  • 9. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 9 1.3. M´ todos num´ ricos e e ´ 1.3.1. Medidas de localizacion Se puede solicitar una descripcion sencilla de nuestros datos con el comando ´ summary(V) que devuelve tanto los valores maximos y m´nimos, la media, la me- ´ ı diana y el segundo y tercer cuartil. En cualquier caso estan disponibles comandos ´ como min, max, mean y median. Para calcular la moda no hay un comando definido, pero a partir de la tabla defi- nida del corte de V (tcutV) donde se almacenan las frecuencias relativas en las clases definidas previamente (secV), podemos solicitar aquella clase que almacene el valor maximo con el comando tcutV[tcutV==max(tcutV)]. ´ En resumen: M´nimo ı 0 Maximo ´ 145 Media 100.5 Mediana 97.55 Moda 110-120 Rango 145 R puede calcular cualquier cuantil de una muestra, por ejemplo los cuartiles con el comando quantile y pasando un vector con los valores de los cuantiles a obtener, en este caso una secuencia de 0 a 1 cada 0.25 unidades: > print(cuantiles<-quantile(V,seq(0,1,.25))) 0% 25 % 50 % 75 % 100 % 0.00 81.75 100.50 116.25 145.00 Una forma grafica de ver tanto los cuantiles como la distribucion de la muestra y ´ ´ si existen valores alejados de la media (outliers) es el diagrama de caja y bigotes (box and whisker). La figura 7 muestra el de la variable V. V 0 50 100 150 Figura 7: Grafico de caja y bigotes de V ´ ´ 1.3.2. Medidas de dispersion Las medidas de dispersion como la varianza, la desviacion t´pica y el rango inter- ´ ´ ı cuantil son sencillos de calcular: > dt<-sqrt(var(V)) > dtˆ2;dt;as.numeric(cuantiles["75 %"]-cuantiles["25 %"])
  • 10. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 10 [1] 695.3409 [1] 26.36932 [1] 34.5 1.3.3. Medidas de forma El coeficiente de sesgo o asimetr´a (skewness) se calcula a partir de la formula ı ´ 1 n n i=1 (xi − m)3 CS = (1) σ3 El coeficiente de curtosis o apuntalamiento se calcula como n (xi −m)4 i=1 n K= −3 (2) σ4 El coeficiente de variacion no es mas que el cociente entre la desviacion t´pica y la ´ ´ ´ ı media, siendo trivial su calculo. ´ En R estos tres coeficientes se calculan como: > media<-mean(V); > print(CS<-sum((V-media)ˆ3)/(length(V)*dtˆ3)) [1] -0.7665234 > print(K<-sum((V-media)ˆ4/length(V))/dtˆ4-3) [1] 1.187891 > print(CV<-dt/media) [1] 0.2703159 1.4. Scripts Listado 1: R-Script del tema 1 25 dev.off() ´ 26 1 #TEMA 1 - DESCRIPCION UNIVARIADA 27 #Discretizar V para hallar frecuencias 2 ps.options(family="Bookman",pointsize 28 lsecV<-length(secV) =15) 29 cutV<-cut(V,secV) 3 rm(list=ls()) 30 tcutV<-table(cutV) 4 31 #Obtener las frecuencias acumuladas 5 #Cargar wle y redondearlo 32 sumfreq<-rep(0,length(secV)) 6 wle<-read.delim2("walker10.asc") 33 for (i in 1:lsecV){ sumfreq[i]<-length(V 7 wle<-round(wle,0) [V<secV[i]])} 8 34 #Imprimir el histograma 9 #Adjuntar los datos de wle para acceder 35 postscript("imgs/01/histAcumV.ps") directamente 36 barplot(sumfreq,xlab="Variable",ylab=" 10 attach(wle) Frecuencia acumulada",names.arg=secV 11 ) 12 #Ver los datos U y V 37 dev.off() 13 postscript("imgs/01/UyV.ps") 38 14 plot(X,Y,xlim=c(min(X),max(X)*1.01),ylim 39 #Gr´fico de probabilidad acumulada a =c(min(Y)*.999,max(Y)*1.001),pch=3) 40 postscript("imgs/01/probUnif.ps") 15 text(X+.3,Y+.2,U) 41 plot.ecdf(V,pch=1,xlab="V",ylab=" 16 text(X+.3,Y-.2,V) Probabilidad acumulada",main="") 17 dev.off() 42 dev.off() 18 43 19 #Mostrar el histograma de V 44 #Gr´fico de probabilidad normal y a 20 secV<-seq(0,150,10) lognormal 21 postscript("imgs/01/histV.ps") 45 postscript("imgs/01/probNormal.ps") 22 hist(V,breaks=secV, labels=TRUE, col=" 46 qqnorm(V,datax=TRUE,pch=3,main=""); lightgray", axes=FALSE,main="") qqline(V,datax=TRUE) 23 axis(2,at=seq(0,18,2)) 47 dev.off() 24 axis(1,at=seq(0,150,50))
  • 11. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 11 48 62 print(as.numeric(cuantiles["75 %"]- 49 logV<-log(V)[is.finite(log(V))] cuantiles["25 %"])) 50 postscript("imgs/01/probLogNormal.ps") 63 51 qqnorm(logV,datax=TRUE,pch=3,main=""); 64 #Diagrama de caja y bigotes de V qqline(logV,datax=TRUE) 65 postscript("imgs/01/cajaybig.ps") 52 dev.off() 66 boxplot(V,horizontal=TRUE,col="lightgray 53 ",ylab="V") 54 #Medidas de localizaci´n, dispersi´n, o o 67 dev.off() etc 68 55 media<-mean(V) 69 #Medidas de forma: sesgo, apuntalamiento 56 dt<-var(V) y variaci´n o 57 print("Cuartiles") 70 print("Sesgo, apuntalamiento y variaci´n o 58 print(cuantiles<-quantile(V,seq(0,1,.25) ") )) 71 print(CS<-sum((V-media)ˆ3)/(length(V)*dt 59 print("Varianza, desviaci´n t´pica y o ı ˆ3)) rango intercuart´lico") ı 72 print(K<-sum((V-media)ˆ4/length(V))/dt 60 print(dtˆ2) ˆ4-3) 61 print(dt) 73 print(CV<-dt/media)
  • 12. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 12 ´ Tema 2 Descripcion bivariada 2.1. M´ todos gr´ ficos e a La visualizacion de pares de histogramas y sobre todo de graficos de caja y bigotes ´ ´ ( 8)pueden aportar informacion de como son dos variables. ´ ´ U Variables V 0 50 100 150 Figura 8: Grafico de caja y bigotes de V y U ´ El diagrama de cuantiles muestra cada cuantil de una variable contra el mismo cuantil de la otra formando un grafico de puntos. Si estos puntos adoptan la forma de ´ una l´nea significa que ambas variables son similares pero su localizacion y dispersion ı ´ ´ son diferentes. 100% 50 U=V 40 30 U 75% 20 50% 25% 10 Cuartiles 0% 0 0 50 100 150 V Figura 9: Grafico de cuantiles de V y U ´ Por ultimo, el diagrama de dispersion ( 10 en la pagina siguiente)puede mostrar ´ ´ ´ informacion sobre las tendencias de ambas variables y la existencia de outliers que ´
  • 13. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 13 pueden ser susceptibles de ser eliminados. 50 40 30 U 20 10 0 0 50 100 150 V Figura 10: Grafico de dispersion ´ ´ 2.2. M´ todos num´ ricos e e El coeficiente de correlacion o de Pearson es el indicador mas utilizado para com- ´ ´ probar la relacion entre variables, en R se corresponde con el comando cor(U,V). ´ 1 n n i=1 (xi− mx ) (yi − my ) ρ= (3) σx · σy El numerador de esta ultima ecuacion es otro indicador, la covarianza, que se ´ ´ obtiene con el comando cov(U,V). El coeficiente de correlacion de orden utiliza el orden en que aparece un valor ´ determinado en lugar de su propio valor. Por esta razon este coeficiente es menos ´ sensible a valores extremos y por tanto, si difiere mucho del coeficiente de Pearson indica la existencia de estos valores extremos. En R se obtiene con el mismo comando que el de correlacion, pero cambiando el m´ todo. ´ e 1 n n i=1 (Rxi − mRx ) (Ryi − mRy ) ρOrden = (4) σRx · σRy > cov(U,V);cor(U,V,method="pearson");cor(U,V,method="spearman") [1] 218.2778 [1] 0.8393395 [1] 0.8576604
  • 14. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 14 2.3. Scripts Listado 2: R-Script del tema 2 (U,seq(0,1,.05)),pch=21,bg=" lightgray") ´ 1 #TEMA 2 - DESCRIPCION BIVARIADA 23 points(quantile(V,seq(0,1,.25)),quantile 2 ps.options(family="Bookman",pointsize (U,seq(0,1,.25)),pch=21,bg="white") =15) 24 # Texto en los cuartiles 3 rm(list=ls()) 25 text(quantile(V,seq(0,1,.25))-2,quantile 4 (U,seq(0,1,.25))+2,c("0 %","25 %","50 % 5 #Cargar wle y redondearlo ","75 %","100 %")) 6 wle<-read.delim2("walker10.asc") 26 # Linea con U=V y su texto 7 wle<-round(wle,0) 27 lines(c(0,150),c(0,150),type="l") 8 28 text(60,50,"U=V") 9 #Adjuntar los datos de wle para acceder 29 # Leyenda directamente 30 legend(100,8,c("Cuartiles"),bg="white", 10 attach(wle) pch=21) 11 31 dev.off() 12 #Diagrama de caja y bigotes de V y U 32 13 postscript("imgs/02/cajaybig.ps") 33 #Diagramas de dispersi´n o 14 boxplot(data.frame(V,U),horizontal=TRUE, 34 postscript("imgs/02/dispers.ps") col="lightgray",ylab="Variables", 35 plot(V,U,pch=21,bg="lightgray") boxwex=0.5) 36 dev.off() 15 dev.off() 37 16 38 #Covarianza y coeficientes de 17 # Diagrama qqplot correlaci´n o 18 postscript("imgs/02/qqnorm.ps") 39 print("Covarianza y coeficiente de 19 # Dibuja s´lo los ejes o correlaci´n de Pearson y de Spearman o 20 qqplot(V,U,xlab="V",ylab="U",las=1,xlim= ") c(-1,148),ylim=c(0,57),type="n") 40 print(covar<-cov(U,V)) 21 # Dibuja los puntos por cuantiles del 5 % 41 print(rho<-cor(U,V,method="pearson")) y los cuartiles 42 print(spear<-cor(U,V,method="spearman")) 22 points(quantile(V,seq(0,1,.05)),quantile
  • 15. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 15 ´ Tema 3 Descripcion espacial ´ 3.1. Visualizacion espacial de datos ´ 3.1.1. Mapas de localizacion Se trata de trazar un mapa de puntos e indicar por ejemplo los 10 valores maximos ´ y los 10 valores m´nimos. En R se trata de obtener los conjuntos de datos de wle con ı los valores maximos y m´nimos y pintarlos sobre un mapa de localizacion de V. ´ ı ´ 250 81 77 103 112 123 19 40 111 114 120 82 61 110 121 119 77 52 111 117 124 248 82 74 97 105 112 91 73 115 118 129 88 70 103 111 122 64 84 105 113 123 246 89 88 94 110 116 108 73 107 118 127 77 82 86 101 109 113 79 102 120 121 Y 244 74 80 85 90 97 101 96 72 128 130 75 80 83 87 94 99 95 48 139 145 242 77 84 74 108 121 143 91 52 136 144 87 100 47 111 124 109 0 98 134 144 Máximos 240 Mínimos 12 14 16 18 20 X Figura 11: Distribucion de V ´ 3.1.2. Mapas de s´mbolos graduados ı Utilizando la biblioteca lattice, se pueden generar mapas de s´mbolos graduados ı por color con el comando levelplot. R dispone de diferentes paletas de color, pero en este caso se usara una escala de grises. ´ Otro tipo de mapa es el de gradacion de s´mbolos por tamano. En este caso el ´ ı ˜ paquete gstat proporciona el comando bubble. El resultado es mejorable, pero sirve a modo de ejemplo. 3.1.3. Mapas de indicadores Se trata de mapas graduados de color con solo dos niveles. El umbral entre ambos ´ niveles se va variando y se observa el conjunto de mapas generados. Estos mapas pueden mostrar alineaciones en la distribucion espacial de la variable y la ubicacion ´ ´ de maximos y m´nimos. Las figuras 14(c) y 14(d) muestran la alineacion norte-sur de ´ ı ´ los datos.
  • 16. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 16 140 120 248 100 246 80 Y 60 244 40 20 242 0 12 14 16 18 X Figura 12: Mapa graduado de color de V V 250 248 246 0 81.75 100.5 y 116.25 145 244 242 12 14 16 18 20 x Figura 13: Mapa graduado de tamano de V ˜
  • 17. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 17 Umbral = 73.375 Umbral = 81.75 140 140 120 120 248 248 100 100 246 80 246 80 Y Y 60 60 244 244 40 40 242 242 20 20 0 0 12 14 16 18 12 14 16 18 X X (a) Cuantil 12.5 % (b) Cuantil 25 % Umbral = 89.125 Umbral = 100.5 140 140 120 120 248 248 100 100 246 80 246 80 Y Y 60 60 244 244 40 40 242 242 20 20 0 0 12 14 16 18 12 14 16 18 X X (c) Cuantil 37.5 % (d) Cuantil 50 % Umbral = 109.875 Umbral = 116.25 140 140 120 120 248 248 100 100 246 80 246 80 Y Y 60 60 244 244 40 40 242 242 20 20 0 0 12 14 16 18 12 14 16 18 X X (e) Cuantil 62.5 % (f) Cuantil 75 % Figura 14: Mapas de indicadores
  • 18. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 18 3.1.4. Mapas de superficies interpoladas Es posible interpolar polinomios de un orden determinado, que pasen por todos los puntos de la muestra. Estos polinomios suelen ofrecer superficies suavizadas pero que muestran las tendencias y la distribucion de la variable. ´ Para poder obtener estos polinomios en R, se ha de cargar el paquete spatial que dispone de la funcion surf.ls que obtiene el mejor polinomio de hasta grado 6 que se ´ ajusta a los datos mediante m´nimos cuadrados (fig. 15). Este mapa ha sido generado ı en Windows ya que el paquete spatial no ha sido posible instalarlo en Linux, por lo que el script que genera este grafico esta separado del resto del tema. ´ ´ 250 248 246 244 242 12 14 16 18 20 Figura 15: Mapa de superficie interpolada ´ 3.2. Ventanas moviles y el efecto proporcional Se pueden trazar mapas en las que el valor de cada punto es la media o la varianza de sus vecinos. Por lo tanto se crea una ventana movil de tamano impar que va ´ ˜ recorriendo los valores. En R esta operacion requiere algo de programacion que se ´ ´ incluye en el script del tema y que se presenta en la figura 16 en la pagina siguiente. ´ Un grafico de dispersion entre las medias y las varianzas demuestra la existencia ´ ´ de una relacion entre ambas. En este caso, en la figura 17 en la pagina siguiente, se ´ ´ puede ver que ambas medidas no estan correladas, siendo el coeficiente de correlacion ´ ´ (ρ) bastante bajo. 3.3. Continuidad espacial ´ 3.3.1. Diagramas de dispersion de tipo h Este tipo de diagramas muestran contrapuestas la variable contra esta a una dis- ´ tancia determinada. Cuando los datos estan en forma de malla, se pueden obtener ´ de forma sencilla los mapas de dispersion en las direcciones norte-sur y este-oeste a ´ diferentes distancias. Obtener estos diagramas en R es relativamente sencillo debido a la flexibilidad en la manipulacion de variables indexadas (arrays). Se han obtenido los diagramas con ´
  • 19. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 19 250 85.22 95.56 111.33 97.67 78.44 76.56 94.56 117.67 235.94 409.53 75.75 1095.75 1332.03 1165.53 955.28 35.5 85.22 94.67 111.11 102.44 88.22 85.78 98.67 117.22 248 255.19 443.25 72.86 428.53 616.94 468.19 553.25 53.69 87.22 94.67 107.78 104.33 93.67 91.11 100.67 117.22 111.69 220.5 79.94 300.25 459.75 342.86 353.25 68.19 86.33 93.89 105.78 106 96.44 92.78 100.11 115.11 246 90.25 186.86 122.94 281 457.78 320.44 299.61 76.86 Y 83.89 90.67 98.67 105 99.11 94.56 99.44 113.89 39.36 92.75 123.5 69.5 219.86 248.78 441.03 334.86 80.22 86 92.44 99 98.11 89.44 97.67 111.67 244 17.94 42.5 74.03 69.75 93.36 392.78 828.75 1042.25 79.11 85.67 93.22 104.44 104.11 88.56 95.22 110.44 18.61 91.25 199.44 311.53 288.36 823.28 1163.69 1659.03 78.56 86 94.33 110.67 97.33 81.67 88.11 115.56 242 201.78 377.5 611.5 289.25 1628.25 1753 2227.36 1588.03 12 14 16 18 20 X Figura 16: Media y varianza en ventana de 3x3 2000 ρ = −0.11 1500 varianza 1000 500 0 80 90 100 110 media Figura 17: Grafico de dispersion de media y varianza ´ ´
  • 20. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 20 distancia (h) variando de 1 a 4 puntos y en las direcciones norte-sur (fig. 18) y este- oeste (fig:03:vew). Se aprecia la alta correlacion en las direcciones N-S (0,5 < ρ < 0,7) y ´ la baja correlacion en direccion E-W (−0,4 < ρ < 0,3). ´ ´ h=1 h=2 140 140 120 120 ρ = 0.74 ρ = 0.59 100 100 V(t) V(t) 80 80 60 60 40 40 x=y x=y 20 20 0 50 100 150 0 50 100 150 V(t+h) V(t+h) h=3 h=4 120 ρ = 0.48 120 ρ = 0.56 100 100 80 80 V(t) V(t) 60 60 40 40 x=y x=y 20 20 0 50 100 150 0 50 100 150 V(t+h) V(t+h) Figura 18: h-Scatterplots de direccion N-S ´ 3.4. Variograma La funcion del variograma muestra la variacion de la variable agrupando los datos ´ ´ segun sus distancias relativas. Ha de establecerse por tanto el numero de ((cajas)) ´ ´ o lags en los que queremos dividir los datos. Por otro lado, como en el apartado anterior, podemos obtener el variograma en una direccion determinada o en todas ´ direcciones (variograma omnidireccional). Formalmente la funcion del variograma se ´ expresa como: N (h) 1 γ(h) = (vi − vi+h )2 (5) 2N (h) i=1 En R existen diversos paquetes que calculan el variograma pero probablemente el mas completo es el paquete gstat. El uso de esta funcion se hara en el tema 5. ´ ´ ´ ´ 3.5. Diagramas de dispersion cruzados El ultimo grafico que se va a mostrar en este tema es el de dispersion cruzada ´ ´ ´ entre dos variables. Es un h-Scatterplot en el que en lugar de ccontrastarla misma variable se utiliza el valor de otra. Se ha calculado solo la variacion en la direccion ´ ´ ´ N-S de las variables U y V. 3.6. Scripts
  • 21. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 21 h=1 h=2 140 140 120 120 100 100 ρ = 0.21 ρ = −0.41 80 80 V(t) V(t) 60 60 40 40 x=y x=y 20 20 0 0 0 50 100 150 0 50 100 150 V(t+h) V(t+h) h=3 h=4 140 140 120 120 100 100 ρ = −0.35 ρ = 0.3 80 V(t) V(t) 80 60 60 40 x=y 40 20 x=y 20 0 0 50 100 150 0 50 100 150 V(t+h) V(t+h) Figura 19: h-Scatterplots de direccion E-W ´ h=1 h=2 40 50 30 x=y 40 30 x=y U(t) U(t) ρ = 0.45 20 ρ = 0.6 20 10 10 0 0 0 50 100 150 0 50 100 150 V(t+h) V(t+h) h=3 h=4 35 35 30 30 x=y x=y 25 25 ρ = 0.36 ρ = 0.28 20 20 U(t) U(t) 15 15 10 10 5 5 0 0 0 50 100 150 0 50 100 150 V(t+h) V(t+h) Figura 20: h-Scatterplots cruzado de U y V en direccion N-S ´
  • 22. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 22 Listado 3: R-Script en Linux del tema 3 48 postscript("imgs/03/indics %02d.ps", onefile=FALSE) 49 for (i in 1:length(sec2)){ ´ 1 #TEMA 3 : DESCRIPCION ESPACIAL 50 tit<-as.expression(substitute( 2 ps.options(family="Bookman",pointsize Umbral==p,list(p=sec2[i]))) =15) 51 lv<-levelplot(V˜X*Y,wle,col. 3 rm(list=ls()) regions=c("lightgray","white 4 "),at=c(min(V),sec2[i],max(V 5 #Cargar paquetes )),main=tit); 6 library(lattice) 52 print(lv) 7 library(gstat) 53 } 8 54 dev.off() 9 #Cargar wle y redondearlo 55 10 wle<-read.delim2("walker10.asc") 56 11 wle<-round(wle,0) 57 # Mapas de isol´neas y de superficies ı 12 interpoladas en Windows 13 #Adjuntar los datos de wle para acceder 58 directamente 59 #Conseguir una matriz con los valores de 14 attach(wle) V 15 60 imgV<-xyz2img(wle,"V",2,1) 16 #Gr´fico de V con m´ximos y m´nimos a a ı 61 matVtemp<-imgV$z 17 #Obtener los 10 valores m´ximos y a 62 matV<-matVtemp*0 m´nimos ı 63 m<-dim(matVtemp)[1] 18 Vmax=sort(V)[90:100][1] 64 n<-dim(matVtemp)[2] 19 Vmin=sort(V)[1:10][10] 65 for(i in 1:m){for(j in 1:n){matV[i,j]<- 20 dfVmax= subset(wle,V>=Vmax) matVtemp[m+1-i,j] }} 21 dfVmin= subset(wle,V<=Vmin) 66 22 #Ya se puede hacer el dibujo 67 imgV2<-list(sort(imgV$y),sort(imgV$x, 23 postscript("imgs/03/maxmin.ps") decreasing=TRUE),matV) 24 plot(X,Y,pch=3,xlim=c(11,20.2),ylim=c 68 names(imgV2)<-c("x","y","z") (239.5,250.5)) 69 25 text(X+0.2,Y+0.2,V) 70 #Calcular una media y varianza 3x3 26 points(dfVmax$X,dfVmax$Y,bg="black",pch 71 media3<-matV*0 =21) 72 var3<-media3 27 points(dfVmin$X,dfVmin$Y,bg="lightgray", 73 seqm<-seq(2,m-1) pch=21) 74 seqn<-seq(2,n-1) 28 legend(11,240.8,c("M´ximos","M´nimos"), a ı 75 pch=21,pt.bg=c("black","lightgray")) 76 for(i in seqm){ 29 dev.off() 77 for(j in seqn){ 30 78 i1<-i-1; 31 #Gr´fico de s´mbolos graduados a ı 79 i2<-i+1; 32 postscript("imgs/03/simbs.ps") 80 j1<-j-1; 33 lv<-levelplot(V˜X*Y,wle,col.regions=gray 81 j2<-j+1; (seq(1,0.3,len=18)),aspect=mapasp( 82 matVtemp<-array(matV[i1: wle)) i2,j1:j2]); 34 print(lv) 83 media3[i,j]<-mean( 35 dev.off() matVtemp); 36 84 var3[i,j]<-var(matVtemp) 37 #Gr´fico de burbujas a 85 } 38 postscript("imgs/03/bubbles.ps") 86 } 39 # bub<-bubble(wle,1,2,"V",key.entries= 87 media3<-round(media3[seqm,seqn],2) quantile(V,seq(0,1,.25))) 88 var3<-round(var3[seqm,seqn],2) 40 bub<-bubble(wle,1,2,"V",fill=TRUE,pch 89 =21,key.entries=quantile(V,seq 90 #Mostrar resultados (0,1,.25))) 91 postscript("imgs/03/mediavar.ps") 41 print(bub) 92 plot(X,Y,pch=3) 42 dev.off() 93 for(i in seqm){ 43 94 for(j in seqn){ 44 #Mapas de indicadores (por 12.5 %, 25 %, 95 text(imgV2$x[i],imgV2$y[ 37.5 %, 50 %, 62.5 %, 75 %) j]+0.25,media3[j-1,i 45 # sec2<-quantile(V,c -1]); (12.5,25,37.5,50,62.5,75)/100) 96 text(imgV2$x[i],imgV2$y[ 46 sec1<-seq(0.125,.75,.125) j]-0.25,var3[j-1,i 47 sec2<-quantile(V,sec1)
  • 23. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 23 -1]) 139 lines(c(0,150),c(0,150));text 97 } (40,30,"x=y"); 98 } 140 text(10,90,as.expression( 99 dev.off() substitute(rho==ro,list(ro= 100 round(cor(matV1,matV2),2)))) 101 #Gr´fico de media contra varianza 3x3 a ) 102 postscript("imgs/03/mediavar2.ps") 141 title(as.expression(substitute(h 103 media<-array(media3,dim=64) ==hh,list(hh=h)))) 104 varianza<-array(var3,dim=64) 142 } 105 plot(media,varianza,pch=21,bg="lightgray 143 dev.off() ",xlab="media",ylab="varianza") 144 106 text(105,2000,as.expression(substitute( 145 #Continuidad espacial en V cruzado con U rho==ro,list(ro=round(cor(media, 146 imgU<-xyz2img(wle,"U",2,1) varianza),2))))) 147 matUtemp<-imgU$z 107 dev.off() 148 matU<-matUtemp*0 108 149 m<-dim(matUtemp)[1] 109 150 n<-dim(matUtemp)[2] 110 #Continuidad espacial en V 151 for(i in 1:m){for(j in 1:n){matU[i,j]<- 111 #NS matUtemp[m+1-i,j] }} 112 postscript("imgs/03/V-NS %02d.ps",onefile 152 =FALSE) 153 #NS 113 for(i in 1:4){ 154 postscript("imgs/03/VU-NS %02d.ps", 114 h<-i; onefile=FALSE) 115 fil1<-seq(1+h,m); 155 for(i in 1:4){ 116 col1<-seq(1,n); 156 h<-i; 117 matV1<-array(matV[fil1,col1],dim 157 fil1<-seq(1+h,m); =length(fil1)*length(col1)); 158 col1<-seq(1,n); 118 fil2<-seq(1,m-h); 159 matV1<-array(matV[fil1,col1],dim 119 col2<-seq(1,n); =length(fil1)*length(col1)); 120 matV2<-array(matV[fil2,col2],dim 160 fil2<-seq(1,m-h); =length(fil2)*length(col2)); 161 col2<-seq(1,n); 121 plot(matV1,matV2,xlab="V(t+h)", 162 matU2<-array(matU[fil2,col2],dim ylab="V(t)"); =length(fil2)*length(col2)); 122 lines(c(0,150),c(0,150));text 163 plot(matV1,matU2,xlab="V(t+h)", (40,30,"x=y"); ylab="U(t)"); 123 text(40,120,as.expression( 164 lines(c(0,150),c(0,150));text substitute(rho==ro,list(ro= (40,30,"x=y"); round(cor(matV1,matV2),2)))) 165 text(10,20,as.expression( ) substitute(rho==ro,list(ro= 124 title(as.expression(substitute(h round(cor(matV1,matU2),2)))) ==hh,list(hh=h)))) ) 125 } 166 title(as.expression(substitute(h 126 dev.off() ==hh,list(hh=h)))) 127 167 } 128 #EW 168 dev.off() 129 postscript("imgs/03/V-EW %02d.ps",onefile =FALSE) 130 for(i in 1:4){ Listado 4: R-Script en Windows del tema 3 131 h<-i; 1 orden<-6 132 fil1<-seq(1,m); 2 V.ls<-surf.ls(orden,wle$X,wle$Y,wle$V) 133 col1<-seq(1+h,n); 3 V.tr<-trmat(V.ls,11,20,241,250,150) 134 matV1<-array(matV[fil1,col1],dim 4 =length(fil1)*length(col1)); 5 ps.options(family="Bookman",pointsize 135 fil2<-seq(1,m); =15) 136 col2<-seq(1,n-h); 6 postscript("imgs/03/interp.ps") 137 matV2<-array(matV[fil2,col2],dim 7 image(V.tr,col=gray(seq(0.93,0.3,l=50))) =length(fil2)*length(col2)); 8 contour(V.tr,add=TRUE,labcex=.8) 138 plot(matV1,matV2,xlab="V(t+h)", 9 dev.off() ylab="V(t)");
  • 24. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 24 ´ Tema 4 Estimacion. M´ todos deterministas e En esta seccion se va a estimar el valor de la variable V en toda la extension de ´ ´ trabajo a partir de los valores en el conjunto de datos wlm (fig. 21). Este conjunto de datos se obtiene facilmente al estar presente en el paquete gstat ´ y cargandose con ejecutar el comando data(walker). ´ 250 200 150 Y 100 50 50 100 150 200 250 X Figura 21: Distribucion de wlm ´ La estimacion de estos datos se ha realizado desde GRASS, para ello primero se ha ´ exportado este conjunto de datos a un fichero csv para a continuacion importarlo en ´ GRASS como una cobertura vectorial (GRASS ya no utiliza sites). En GRASS se han utilizado las funciones v.voronoi, v.surf.idw y v.surf.rst que implementan el m´ todo de pol´gonos de influencia, el de pesos inversos a la dis- e ı tancia y el de splines de tension respectivamente. Ademas de las coberturas raster con ´ ´ los valores estimados se han obtenido las curvas de nivel cada 250ppm. Finalmente se han maquetado tres sencillos mapas con los resultados de estos tres m´ todos. e Al final del tema se presenta el script en GRASS que genera los mapas y exporta a ficheros csv los valores de los tres mapas para poder estudiarlos en R. Igualmente se presentan los tres ficheros que indican la maquetacion de los mapas. ´ A continuacion se importa el conjunto de datos wlc que consiste en 78000 puntos ´ de validacion y que se entiende como valores correctos.. ´ En el cuadro 1 se muestran los estad´sticos de estos cuatro conjunto de datos y ı en la figura 23 en la pagina 26 se pueden ver los histogramas. Se pueden observar ´ las siguientes caracter´sticas: ı Se observa como el m´ todo de Pol´gonos de influencia es el que mejor mantiene e ı las caracter´sticas estad´sticas. ı ı
  • 25. Leyenda on geoestad´stica con R Modelizaci ´ ı 25 1400 1400 1200 1200 1000 1000 Splines de a de distancia (T=100) Polígonos la influenciade V Inverso Tensión de V de V 800 800 Escala 600 0 50 400 400 200 200 Equidistancia de curvas = 250ppm 0 0 100 200 200 100 Figura 22: Mapas generados por GRASS
  • 26. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 26 Cuadro 1: Resumen de estad´sticos de datos de validacion y estimados ı ´ wlc Voronoi IDW RST M´n. ı 0.00 0.00 0.46 -47.51 Q1 67.79 70.70 163.00 121.20 Median. 221.30 224.40 297.20 277.90 Media 278.00 275.10 316.80 277.90 Q3 428.30 425.90 428.50 379.50 Max. ´ 1631.00 1528.00 1498.00 1530.00 σ2 62423.16 60039.41 39458.06 44820.41 σ 249.84 245.03 198.64 211.71 Simetr. 0.90 0.89 0.63 0.76 Apunt. 0.77 1.25 1.39 2.44 CV 0.90 0.89 0.63 0.76 El m´ todo de Splines de tension ofrece resultados negativos pese a calcularse e ´ con un valor de tension alto (100). ´ Cabe destacar la diferencia entre los m´ todos estad´sticos y wlc en el apuntala- e ı miento, claramente observable en los histogramas. WLC Vor 25000 20000 20000 15000 15000 Frecuencia Frecuencia 10000 10000 5000 5000 0 0 0 500 1000 1500 0 500 1000 1500 V V IDW RST 15000 15000 10000 Frecuencia Frecuencia 10000 5000 5000 0 0 0 500 1000 1500 0 500 1000 1500 V V Figura 23: Histogramas de los conjuntos de datos
  • 27. Modelizacion geoestad´stica con R ´ ı 27 4.1. Scripts Listado 5: R-Script del tema 4 ="Frecuencia") 49 hist(datos[[2]],main="Vor",xlab="V",ylab ´ 1 #TEMA 4 - ESTIMACION ="Frecuencia") 2 ps.options(family="Bookman",pointsize 50 hist(datos[[3]],main="IDW",xlab="V",ylab =15) ="Frecuencia") 3 rm(list=ls()) 51 hist(datos[[4]],main="RST",xlab="V",ylab 4 ="Frecuencia") 5 #Cargar los datos wlm 52 dev.off() 6 library(lattice) 7 library(gstat) 8 data(walker) Listado 6: Script para GRASS 9 wlm<-walker 1 # CREAR MAPA DE SPLINES 10 attach(wlm) 2 g.remove rast=splines vect=spcontour 11 3 v.surf.rst input=wle elev=splines 12 #Ver wlm zcolumn=u tension=100 13 postscript("imgs/04/wlm.ps") 4 r.contour input=splines output=spcontour 14 xy<-xyplot(Y˜X,wlm,pch=3,aspect=mapasp( step=250 wlm)) 5 r.colors map=splines rules=grey 15 print(xy) 6 16 dev.off() 7 17 8 # CREAR MAPA DE VORONOI 18 #Importar valores reales wlc 9 g.remove rast=rvorwle vect=clvorwle, 19 wlc<-read.csv("wlc.csv",sep=";",dec=".", vorwle header=TRUE) 10 v.voronoi input=wle ouput=vorwle 20 11 v.clean input=vorwle output=clvorwle 21 #Importar los valores estimados en GRASS type=boundary,line,centroid,area 22 idw<-read.csv(file="˜/geo/r/mapasgrass/ tool=break,rmdupl,snap idw.values.asc",sep="|") 12 g.region vect=clvorwle 23 vor<-read.csv(file="˜/geo/r/mapasgrass/ 13 r.colors map=rvorwle rast=splines voronoi.values.asc",sep="|") 14 24 splines<-read.csv(file="˜/geo/r/ 15 # CREAR MAPA IDW mapasgrass/splines.values.asc",sep=" 16 g.remove rast=idw vect=idwcontour |") 17 v.surf.idw input=wle output=idw col=u 25 18 r.colors map=idw rast=splines 26 # #Mostrar medias, varianzas y demas.... 19 r.contour input=idw output=idwcontour 27 Desv<-function(datos){sqrt(var(datos))} step=250 28 CS<-function(V){sum((V-mean(V))ˆ3)/( 20 length(V)*Desv(V)ˆ3)} 21 # GENERAR MAPAS PS 29 K<-function(V){sum((V-mean(V))ˆ4/length( 22 ps.map input=splines.psmap output= V))/Desv(V)ˆ4-3} splines.ps 30 CV<-function(V){Desv(V)/mean(V)} 23 ps.map input=voronoi.psmap output= 31 voronoi.ps 32 datos<-list(wlc$V,vor$value,idw$value, 24 ps.map input=idw.psmap output=idw.ps splines$value) 25 33 print("Resumen") 26 # EXPORTAR A CSV 34 print(lapply(datos,summary)) 27 r.to.vect input=idw output=idw feature= 35 print("Varianza") point #convertir a puntos 36 print(lapply(datos,var)) 28 r.to.vect input=splines output=splines 37 print("Desviaci´n T´pica") o ı feature=point #convertir a puntos 38 print(lapply(datos,Desv)) 29 r.to.vect input=rvorwle output=voronoi 39 print("Simetr´a") ı feature=point #convertir a puntos 40 print(lapply(datos,CS)) 30 41 print("Apuntalamiento") 31 echo "SELECT * FROM idw" | db.select > 42 print(lapply(datos,K)) idw.values.asc #valores 43 print("Coeficiente de Variaci´n") o 32 echo "SELECT * FROM splines" | db.select 44 print(lapply(datos,CV)) > splines.values.asc #valores 45 33 echo "SELECT * FROM voronoi" | db.select 46 postscript("imgs/04/hist %01d.ps",onefile > voronoi.values.asc #valores =FALSE) 34 47 # layout(matrix(1:4,2,2,byrow=TRUE)) 35 #v.out.ascii input=idw output=idw.coor. 48 hist(datos[[1]],main="WLC",xlab="V",ylab asc format=point # si quisieramos