How to use pubmed...

1. UTILISER PUBMED
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Auteur: Dr Clara BRICHANT-PETITJEAN
Relecteur: Dr Pierre Alexis GEOFFROY

3. PUBMED
Fonctionnalités pour consulter la base de données MEDLINE produite par la
National Library of Medicine (NLM) aux Etats-Unis.
Références de plus de 21 millions d’articles scientifiques
indexés par la NLM depuis 1947 et couvrant différents domaines,
(particulièrement domaine biomédical et plus largement celui des sciences
de la vie).
Version électronique créée en 1966.
Les références des articles parus entre 1947 et 1965 ont été indexés par la
suite.
Les articles parus entre 1947 et 1975 n’ont pas de résumé.
5000 périodiques sont analysés (90% en langue anglaise)

5. Résultats d’une recherche sur la page d’accueil

6. Fonctionnalités principales du site
1. Recherche avancée (“Advanced”)
2. “Show additional filters” pour filtrer les résultats de
la recherche
3. “Display settings” pour afficher les résultats de la
recherche dans l’ordre de votre choix
4. “Send to” pour récupérer les données

7. Recherche avancée
(“Advanced”)

10. BUILDER
Bien faire attention au(x) terme(s) utilisé(s) dans la barre de recherche qui peut correspondre à un champ précis
renseigné dans la base de données (Author/Book/Date/Publisher/Journal/Full Text/Abstract/Title)
Les opérateurs booléens :
 1/ L’utilisation de l’opérateur « AND » permet de combiner des termes qui doivent obligatoirement entrer
dans la référence des articles recherchés (intersection de plusieurs termes)
Ex terme A seul : 20000 ref ; termes A AND B : 2000 ref et termes A AND B AND C : 200 ref
 2/ L’utilisation de l’opérateur « OR » pour combiner deux termes permet d’obtenir les résultats que
donnent la réunion de deux ou plusieurs termes : cette stratégie sert habituellement à associer des
synonymes ou concepts liés entre eux.
Ex (A OR B) AND C
 3/ La recherche peut être restreinte en utilisant l’opérateur « NOT » qui exclut les résultats liés au terme
qu’il introduit
Ex « methadone intoxication » NOT « children »

12. HISTORY (Historique des recherches)
Pour chaque recherche :
Search n°
Add to builder
Query
Items found (nombre de références)
Time
L’historique sera perdu après 8 heures d’inactivité
Possibilité de sauver/enregistrer sur fichier (« download ») ou d’éliminer
(« clear »)

14. “Show additional filters”
pour filtrer les résultats de la
recherche

17. Possibilité de sélectionner et d’afficher tous (ou une
partie) des typologies de filtres proposés pour affiner la
recherche
Ces différentes thématiques de filtres = déjà paramétrées
ou paramétrables
Pour chacune des typologies affichées, vous choisissez le
filtre souhaitez

18.  Text availability (abstract/full text)
 PubMed Commons (reader comments)
 Publication dates (5, 10 ans…)
 Species (humans vs animaux)
 Language
 Sex
 Subjects (AIDS, cancer…)
 Journal categories (core clinical, dental, nursing journals…)
 Ages (par tranches d’âges)

20. “Display settings” pour
afficher les résultats de la
recherche dans l’ordre de votre
choix

23. Format (Summary/Abstract)
 « Summary » = auteur +titre + source = intéressant si liste des
résultats longue ; format par défaut, il donne les réf de l’article
(auteurs, titre, journal source, date, type publi) + related articles +
mention gratuité article sur Pubmed Central le cas échéant
 « Abstract » = « summary » + résumé + lien vers article en
ligne
Items per page (5-200)
Sort by (Recently Added/Pub Date/First Author)

25. “Send to” pour récupérer les
données

28. Choose destination: cliquer sur le menu déroulant et cocher votre
choix :
File = création d’un fichier; le nom par défaut est “pubmed-result.txt.” (5000 ref
max)
Clipboard = permet de réunir et sauvegarder pdt 8 heures les différents résultats
Collections = permet d’enregistrer les réf dans le compte utilisateur “my NCBI”
“my NCBI” : enregistrer son propre compte utilisateur; le créer avec password,
équivalent dossier web qui permet de sauvegarder des recherches et des résultats, de
recevoir des alertes par email et de choisir la périodicité d’envoi des nouvelles réf
transmises automatiquement
E-mail = permet d’envoyer la liste des references à une adresse e-mail
Order

29. Pour s’enregistrer sur pubmed
(et par la suite se créer des alertes sur un sujet)

30. PubMed Single Citation Matcher
Dans PubMed Tools : “Single Citation Matcher” = outil
qui permet de vérifier la référence complète d’un article recensé dans
Pubmed, à partir de qques éléments biblio
Ex. journal/date/volume/issue/first page/author name/title
words

32. A droite :
articles lies à la thématique de recherche

33. A droite :
historique des recherches

34. De nombreux autres supports de cours ici:
www.asso-aesp.fr