A poluição das águas pode ser causada por efluentes industriais, domésticos ou agro-pecuários e pode ter consequências para a saúde humana e dos ecossistemas. Alguns tipos de poluição incluem eutrofização, quando há excesso de nutrientes, e marés negras causadas por derrames de petróleo. Medidas de controle incluem tratamento de efluentes e controle na aplicação de químicos.