PubMed        Eine Einführung in die Recherche mit PubMed© Steinrisser-Allex Gregor H.                                    ...
Inhaltsverzeichnis1.     Was ist PubMed......................................................................................
1. Was ist PubMedPubMed (Public Medline) ist der direkte und kostenfreie Zugang zur NLM Medline-Datenbank. PubMed enthält ...
2. MyNCBI   2.1. Was ist MyNCBIMit MyNCBI ist es möglich einzelne Nachweise oder eine gesamte Suche über einenlängeren Zei...
Für Alerts ist es notwendig seineEmail Adresse anzugeben.                                    5
Für individuelle Filter in PubMed    Zurück zum MyNCBI MenuDie gewünschten Filternacheinander auswählen.                  ...
Seine Institution suchen, auswählen und                speichernZurück zum MyNCBI Menu                                    ...
3. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen   3.1. Suchregeln in PubMedWährend einer Recherche ist es oft notwendig, ...
Umlaute wie ä, ö, ü können von PubMed interpretiert werden und werdenautomatisch durch a, o, u ersetzt.   3.2. Boolesche O...
NOTMit NOT kann man einzelne Begriffe von einer Suche ausschließen.Es werden damit aber Nachweise nicht angezeigt, die auc...
4. Recherche in PubMed   4.1. Einfache Suche in PubMed                                                      Eingabe der Su...
Bei dieser Suche nach „decubitus“ hat PubMed automatisch                             den MeSH „pressure ulcer“ in die Such...
Dieses Automatic Term Mapping kann aber nur funktionieren, wenn keineOperatoren oder Trunkierungen in der Suche verwendet ...
Dritte Suche nach: temporomandibular* disorder*Ergebnis: +11.000 TrefferSearch Details: temporomandibular[All Fields] OR t...
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Im Ergebnis sind die gesetzten Limits ersichtlich.                             Und solange die Limits nicht gelöscht oder ...
Für einen Email Alert muss eine Email                                    Adresse eingeben sein und man kann               ...
Neue Collection erstellen oder eine existierendeCollection auswählen.                                  Diese URL kann per ...
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4.6. Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm   4.7. Volltexte über PubMed lesenWenn PubMed über die Homepage der Bi...
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4.8. Search TagsIn PubMed gibt es Search Tags mit denen es möglich ist, PubMed bereits imSuchfeld anzuzeigen, auf welche B...
5. Advanced Search   5.1. Allgemeines zur Advanced SearchMit der Advanced Search ist es möglich über die Search History se...
Für dieses Beispiel wird die Fragestellung nach dem PICO System zerlegt.PICO steht für:P – PATIENT or POPULATION        be...
Der nächste Schritt ist mit allen Suchbegriffen einer Kategorie eine Recherchedurchführen und dann die einzelnen Recherche...
5.3. Weitere Funktionen der Advanced SearchWenn mit der linken Maustaste auf die Nummer der Suche geklickt wird, dann ist ...
6. MeSH Database   6.1. Allgemeines zu MeSHDer in Medline integrierte Thesaurus soll die Recherche nach spezifischenmedizi...
Beispiel zu einem MeSH:Der Begriff „Ernährungswissenschaft“ hat den MeSH „Nutritional Sciences“.„Nutritional Sciences“ ist...
Jetzt könnte man alle untergeordneten MeSH in die Suche miteinschließen oderauch ausschließen, je nachdem wie spezifisch d...
6.2. Recherche in der MeSH Database                                      30
In den Search Builder verschieben                                              und Operator auswählen und                 ...
7. Weitere nützliche PubMed Tools   7.1. Single Citation MatcherSollte man über ein unvollständiges Zitat verfügen, dann i...
7.2. Clinical QueriesMit Clinical Queries kann man Suchen zu speziellen klinischen Fragestellungendurchführen. Im Grunde s...
8. Tipps bei zu vielen TreffernUm weniger Treffer zu erhalten empfiehlt es sich immer Limitierungen über die Limitszu setz...
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  1. 1. PubMed Eine Einführung in die Recherche mit PubMed© Steinrisser-Allex Gregor H. Graz, 14.11.2012 Bibliothek der Medizinischen Universität Graz A-8010 Graz, Stiftingtalstraße 24 Tel. ++43 316 385-73050, Fax -73059 Email: bibliothek@medunigraz.at Homepage: www.medunigraz.at/bmed
  2. 2. Inhaltsverzeichnis1. Was ist PubMed............................................................................................................................... 32. MyNCBI ............................................................................................................................................ 42.1. Was ist MyNCBI ........................................................................................................................... 42.2. Anlegen eines MyNCBI Accounts ................................................................................................ 43. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen .......................................................................... 83.1. Suchregeln in PubMed ................................................................................................................ 83.2. Boolesche Operatoren................................................................................................................. 94. Recherche in PubMed ................................................................................................................... 114.1. Einfache Suche in PubMed ........................................................................................................ 114.1.1. Automatic Term Mapping ..................................................................................................... 114.2. Ansichten und Funktionen ........................................................................................................ 144.3. Limitieren eines Suchergebnisses.............................................................................................. 154.4. Speichern einer Suche in MyNCBI ............................................................................................. 164.5. Teilen eines Suchergebnisses .................................................................................................... 174.6. Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm ................................................................... 204.7. Volltexte über PubMed lesen .................................................................................................... 204.8. Search Tags ................................................................................................................................ 225. Advanced Search ........................................................................................................................... 235.1. Allgemeines zur Advanced Search............................................................................................. 235.2. Suchen in der Advanced Search ................................................................................................ 235.3. Weitere Funktionen der Advanced Search................................................................................ 266. MeSH Database ............................................................................................................................. 276.1. Allgemeines zu MeSH ................................................................................................................ 276.2. Recherche in der MeSH Database ............................................................................................. 307. Weitere nützliche PubMed Tools .................................................................................................. 327.1. Single Citation Matcher ............................................................................................................. 327.2. Clinical Queries .......................................................................................................................... 338. Tipps bei zu vielen Treffern ........................................................................................................... 349. Tipps bei zu wenigen Treffern ....................................................................................................... 34 2
  3. 3. 1. Was ist PubMedPubMed (Public Medline) ist der direkte und kostenfreie Zugang zur NLM Medline-Datenbank. PubMed enthält Nachweise, die auch noch keinen MeSH haben(in process citation), OldMedline-Daten (auch ohne MeSH) und außerdem nochNachweise von nicht in Medline indexierten Journalen, die außerhalb desAnwendungsbereiches der Medline Themen liegen. Dies sind vor allem allgemeineWissenschaft und allgemeine Chemie. Auch sind Nachweise aus PubMed Central,BioMedCentral und anderen Open Access Anbietern wie z.B. German MedicalScience (in PubMed Central indexiert) in PubMed indexiert, aber oftmals nicht inMedline.Auch kann in PubMed mit Hilfe der MeSH (Medical Subject Headings) recherchiertwerden. Sobald ein Zitat durch die NLM in Medline mittles MeSH indexiert wurde, istes auch über den zugewiesenen MeSH auffindbar. In der Regel werden etwamehrere MeSH pro Artikel vergeben. Die Zuordnung der MeSH erfolgt nichtautomatisch, sondern durch Fachpersonal. Deswegen gibt es eine zeitlicheVerzögerung zwischen Veröffentlichung eines Artikels und dem vollständigenNachweis mit MeSH in Medline. In PubMed werden solche Nachweise als„In-Process Citation“ gekennzeichnet.Nicht alle Nachweise in PubMed stammen aus Medline. Einige werden von denVerlagen selbst erstellt und sind vorerst als „as supplied by publisher“gekennzeichnet. Diese Nachweise erhalten aber im Laufe der Zeit den Status „inprocess citation“ und werden am Ende, nach Überprüfung und Bearbeitung durchMedline Fachpersonal den Status „indexed in Medline“ erhalten. as supplied by in process citation indexed in Medline publisherAlle anderen Nachweise werden als „Pubmed“ gekennzeichnet und sind vor allemNachweise aus Open Access Journalen, die noch nicht in Medline indexiert sind. 3
  4. 4. 2. MyNCBI 2.1. Was ist MyNCBIMit MyNCBI ist es möglich einzelne Nachweise oder eine gesamte Suche über einenlängeren Zeitraum zu speichern. Auch ist es möglich, dass man sich für einedurchgeführte Recherche Alerts (per E-Mail) anlegt, um über aktuelle Artikelinformiert zu werden.Auch ist es möglich, dass man eigene Filter für die PubMed Suchoberfläche anlegtund kann einen Zugriff auf seine Suchergebnisse für KollegInnen ermöglichen. 2.2. Anlegen eines MyNCBI AccountsSollte es nicht möglich sein einen MYNCBI Account über den PubMed Link derHomepage der Bibliothek der MUG anzulegen, gehen Sie bitte über folgenden Linkzu Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) und legen dort einen MyNCBIAccount an. Es sei aber darauf hingewiesen, dass der Ovid LinkSolver mit den Linkszu den lizenzierten Volltexten nur dann funktioniert, wenn man PubMed über denLink auf der Homepage der Bibliothek der MUG ansteuert. 4
  5. 5. Für Alerts ist es notwendig seineEmail Adresse anzugeben. 5
  6. 6. Für individuelle Filter in PubMed Zurück zum MyNCBI MenuDie gewünschten Filternacheinander auswählen. Zusätzliche Einstellungen wie LinkSolver etc. 6
  7. 7. Seine Institution suchen, auswählen und speichernZurück zum MyNCBI Menu 7
  8. 8. 3. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen 3.1. Suchregeln in PubMedWährend einer Recherche ist es oft notwendig, seine Suchbegriffe miteinander zuverknüpfen oder weiter zu spezifizieren. Um den Nutzer bei dieser Aufgabe zuunterstützen, gibt es in Katalogen, Datenbanken und den Suchdiensten im InternetSuchregeln. Einige Suchregeln sind von Suchoberfläche zu Suchoberflächeverschieden. Ein Beispiel dafür sind Trunkierungen (Platzhalter) und Wild Cards.Diese Suchregeln werden dazu verwendet, um Wörter automatisch zuvervollständigen oder verschiedene Schreibweisen mit nur einer einzelnen Sucheabzudecken. In PubMed ist die Trunkierung * üblich.Beispiel: die Suche mit nurs* ergibt nurse, nurses, nursing usw.Zu beachten ist dabei, dass PubMed nur die ersten 600 Variationen hinter dem *berücksichtigt. Das kann dazu führen, dass eine Recherche mit Trunkierung zuweniger Treffer führen kann, als eine Recherche ohne *. Als Beispiel sei hier derSuchbegriff therap* genannt. Bei solch einer durchgeführten Suche, wird wiebeschrieben nach der 600sten Variation die Suche abgebrochen. Das Problemhierbei ist aber, dass eben auf Grund dessen das Wort therapy nicht in die Suchemit eingeschlossen wurde. Es kann daraus aber nicht geschlossen werden, dassdies bei allen Suchbegriffen so geschieht und mit einem Suchbegriff alleine alleNachweise erfasst würden. Die größte Anzahl an Nachweisen würde man bei diesemBeispiel mit der Kombination beider Suchbegriffe therap* OR therapy finden.Eine weitere Möglichkeit eine Suche zu spezifizieren, ist die Phrasensuche. Setztman mehrere oder einen kompletten Satz unter Anführungszeichen („text“), dannwird eine Suche nach der genauen Wortfolge durchgeführt. Deswegen dürfen ineiner Phrasensuche keine Trunkierungen, Wild Cards oder Boolesche Operatorenverwendet werden. Diese Suchvariante funktioniert in PubMed nur, wenn maximalzwei Wörter als Phrase definiert sind. Bei mehr als zwei Wörtern wird derPhrasenindex durchsucht und wenn dort keine Übereinstimmung gefunden wird,dann wird die Phrase aufgeteilt und PubMed führt eine Suche nach den Regeln desAutomatic Term Mapping durch. 8
  9. 9. Umlaute wie ä, ö, ü können von PubMed interpretiert werden und werdenautomatisch durch a, o, u ersetzt. 3.2. Boolesche OperatorenAm bekanntesten sind die Booleschen Operatoren AND, OR, NOT. Mit Hilfe dieserOperatoren kann man Recherchen eingrenzen oder ausweiten. In PubMed wird derOperator AND automatisch zwischen zwei Suchbegriffen gesetzt.ANDMit der Verknüpfung AND kann eine Querschnittsumme zweier Begriffe(A, B) erreicht werden. Damit können nur Nachweise gefunden werden, die sowohlA als auch B beinhalten. A AND B A B Beispiel: cancer AND breastORMit der Verknüpfung OR kann ein Suchergebnis vergrößert werden, da sowohlNachweise gefunden werden, die die Begriffe A oder B oder beide beinhalten. A OR B A B Beispiel: cancer OR neoplasm OR tumor 9
  10. 10. NOTMit NOT kann man einzelne Begriffe von einer Suche ausschließen.Es werden damit aber Nachweise nicht angezeigt, die auch den Suchbegriff Aenthalten können („A AND B“ wird nicht angezeigt). A NOT B A B Beispiel: cancer NOT therapyKombinationMan kann auch mehrere Operatoren selbst miteinander kombinieren.Katalogen und Datenbanken haben dafür eigene Verknüpfungsfunktionen, mitwelchen man schnell und einfach eine solche Operation durchführen kann.Beispiel: (Prophylaxe OR Therapie) AND Dekubitus Dekubitus Therapie ProphylaxeMit dieser Recherche bekomme ich alle Nachweise, in denen mindestens einer derbeiden Begriffe „Prophylaxe“ oder „Therapie“ und in jedem Fall der Begriff„Dekubitus“ enthalten ist. 10
  11. 11. 4. Recherche in PubMed 4.1. Einfache Suche in PubMed Eingabe der Suchbegriffe in das Suchfeld. PubMed erkennt in der Regel von selbst, ob es sich um einen Autor, Titel, etc. handelt. Ansonsten gelten die Operatoren welche beschrieben wurden. 4.1.1. Automatic Term MappingPubMed führt in der Freitextsuche eine Analyse des Suchbegriffes im Hintergrunddurch. In dieser Analyse überprüft PubMed auch die existierenden MeSH-Terms(Schlagwörter) auf ihre Relevanz für die Suche und bezieht diese beiÜbereinstimmung automatisch mit in die Suche ein. Dieses „Automatic TermMapping“ verläuft nach vorgegebenen Regeln und muss nicht immer zuverlässigsein. Deswegen sollten unter dem Menüpunkt „Search Detail“ immer dieSuchbegriffe, die PubMed automatisch verwendet, angesehen werden. 11
  12. 12. Bei dieser Suche nach „decubitus“ hat PubMed automatisch den MeSH „pressure ulcer“ in die Suche mit eingeschlossen, als auch „pressure ulcer“ im Titel und im Abstract gesucht.Bei der Verwendung von mehreren Suchbegriffen und/oder Suchoperatoren gibt esbeim Automatic Term Mapping folgende Regeln zu beachten.Sobald zwei oder mehr Suchbegriffe in das Suchfeld eingegeben werden, suchtPubMed zuerst die gesamte Phrase im Schlagwortindex, Autorenindex, Journalindexusw. durch. Findet PubMed eine Übereinstimmung zum Beispiel im Schlagwortindex,wird auf eine weitere Suche in anderen Indices verzichtet. Erst wenn in keinem Indexeine Übereinstimmung gefunden wurde, wird die Phrase zerlegt und der Vorgangbeginnt neuerlich.Parallel dazu wird immer eine Suche nach den einzelnen eingeben Suchbegriffendurchgeführt und zwar in allen Feldern (Titel, Autorennamen, Abstract, Institutionen,Journalname, Schlagörter usw.).Danach wird die Summe beider Suchen zusammengefasst und als Ergebnis inPubMed angezeigt. 12
  13. 13. Dieses Automatic Term Mapping kann aber nur funktionieren, wenn keineOperatoren oder Trunkierungen in der Suche verwendet werden. Jeder BoolescheOperator oder das setzen eines * zerlegt die Phrase und die Suche vollzieht sichnach anderen Parametern.Als Beispiel sei hier die einfache Suche nach temporomandibular disorderdargestellt.Erste Suche nach: temporomandibular disorderErgebnis: +14.000 TrefferSearch Details: "temporomandibular joint disorders"[MeSH Terms] OR("temporomandibular"[All Fields] AND "joint"[All Fields] AND "disorders"[All Fields])OR "temporomandibular joint disorders"[All Fields] OR ("temporomandibular"[AllFields] AND "disorder"[All Fields]) OR "temporomandibular disorder"[All Fields]Es wird in den Search Details ersichtlich, dass PubMed nicht nur die beidenSuchbegriffe alleine durchsucht hat, sondern auch temporomandibular jointdisorders"[MeSH Terms=Schlagwort] in die Suche eingeschlossen hat. Zusätzlichwurden alle Suchbegriffe plus die neuen Begriffe (joint und disorders) einerTextwortsuche unterzogen.Zweite Suche nach: temporomandibular AND disorderErgebnis: +3200 TrefferSearch Details: temporomandibular[All Fields] AND ("disease"[MeSH Terms] OR"disease"[All Fields] OR "disorder"[All Fields])Zum Unterschied zur ersten Suche wird keine Suche mehr nach temporomandibularjoint disorders durchgefüht, weil der Operator AND eingefügt wurde und die Phrasetemporomandibular disorder unterbrochen wurde. Stattdessen wird mit jedemSuchbegriff einzeln ein Automatic Term Mapping durchgeführt. Aus diesem Grundwird für disorder das Schlagwort disease gefunden und der Suche hinzugefügt, alsSchlagwort (MeSH) als auch als Texwort (All Fields) und erhalte dadurch ein anderesErgebnis. 13
  14. 14. Dritte Suche nach: temporomandibular* disorder*Ergebnis: +11.000 TrefferSearch Details: temporomandibular[All Fields] OR temporomandibular/cervical[AllFields] OR temporomandibular/facial[All Fields] OR temporomandibulara[All Fields]OR temporomandibularana[All Fields] OR usw…Es wird für beide Suchbegriffe jede Wortvariation hinter dem Sternchen durchsuchtund im Ergebnis angezeigt. Es wird aber kein Automatic Term Mapping mehrdurchgeführt, weil mit dem Sternchen diese Funktion für diese Wörter deaktiviertwurde. 4.2. Ansichten und Funktionen Das Gesamtergebnis, oder durch anklicken der Kästchen vor dem Zitat, das Suchergebnis speichern oder per Email versenden. Mit „Display Settings“ Anzeigeformat für die gesamte oder eine ausgewählte Suche ändern, z.B. dass das Ergebnis auch Filterleiste in PubMed etwaige Abstracts mit anzeigen soll. 14
  15. 15. 4.3. Limitieren eines SuchergebnissesIn PubMed kann eine Recherchen nach einer Suche über Limits weiter eingrenztwerden. Dafür müssen im Suchfeld der Suchbegriff oder die Suchbegriffe die mankombiniert hat stehen, da ansonsten nichts limitiert wird.Wichtig ist, dass innerhalb eines Filters immer mit OR verknüpft wird und zwischenzwei Filtern immer mit AND. D.h. zwischen Article Type und Species z.B. wird immermit AND verknüpft. Wird eine alternative Verknüpfung gewünscht kann dies nur überzwei eigenständige Suchen und Verknüpfung beider Suchen geschehen. Auch wäreeine nachträgliche Änderung über die Funktion der Search Details möglich. 15
  16. 16. Im Ergebnis sind die gesetzten Limits ersichtlich. Und solange die Limits nicht gelöscht oder verändert werden, sind bei jeder neuen Suche die vorher gesetzten Limits wieder in Verwendung.4.4. Speichern einer Suche in MyNCBI 16
  17. 17. Für einen Email Alert muss eine Email Adresse eingeben sein und man kann dann einstellen wie häufig man benachrichtigt werden möchte. Es werden nur die neuesten Nachweise geschickt.4.5. Teilen eines Suchergebnisses 17
  18. 18. Neue Collection erstellen oder eine existierendeCollection auswählen. Diese URL kann per Email an jeden verschickt werden, um damit direkt auf die freigegebene Collection zugreifen zu können. 18
  19. 19. Diese Collection ist freigegeben 19
  20. 20. 4.6. Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm 4.7. Volltexte über PubMed lesenWenn PubMed über die Homepage der Bibliothek der MUG angesteuert wird, ist esmöglich nach Anmeldung mit seinem Medonline-Account, lizenzierte Volltexte derMUG zu lesen.Dafür muss immer das Gesamtergebnis oder der einzelne Treffer in derAbstract-Ansicht angezeigt werden. Kann damit alle oder ausgewählte Zitate mit dem Abstract (wenn vorhanden) anzeigen. 20
  21. 21. Link zum Volltext des Ovid LinkSolver – Link zum Angebot der Bibliothek.Verlages, wenn es dafür Kann darüber auch den Artikel direkt beim Literaturserviceeine Lizenz gibt. bestellen. Der Volltext sollte über den Ovid LinkSolver abgerufen werden, da man dort sicher zum Volltext kommt, wenn er lizenziert wurde. Wenn es für den Artikel einen Volltext gibt: Volltext Library Holdings Kann sehen ob sich die Zeitschrift, in der sich der Artikel befindet, im Bestand der Bibliothek ist, oder ob es dafür über die Elektronische Zeitschriftenbibliothek einen Zugang gibt. Wenn es für den Artikel keinen Volltext gibt: Den Artikel beim Literaturservice kostenpflichtig bestellen, wenn kein Volltext vorhanden ist. 21
  22. 22. 4.8. Search TagsIn PubMed gibt es Search Tags mit denen es möglich ist, PubMed bereits imSuchfeld anzuzeigen, auf welche Bereiche sich die Suche (nur Titel, nur Autor usw.)beschränken soll. Solche Search Tags werden den Suchbegriffen immer in […]angefügt. Es gibt eine Fülle von Tags, hier seien nur die wichtigsten genannt:[1AU] – Suche nach dem ersten Autor[AU] – Suche nach dem Autor[Journal] – Suche nach Titel des Journals[LASTAU] – Suche nach dem Letztautor[NM] – Suche nach einer Substanz die im Artikel diskutiert wird[TI] – Suche nach Titelwort[TIAB] – Suche nach dem Suchbegriff nur im Titel und im Abstract[TT] – Suche nach dem Titelwort im Originaltitel der Originaltitel eines z.B. deutschsprachigen Artikels ist in PubMed im Hintergrund hinterlegt, aber im Zitat selbst nicht ersichtlich. Nur über diesen Tag ist es möglich z.B. mit deutschen Suchbegriffen in PubMed zu recherchieren. Aber im Ergebnis sind selbstverständlich nur deutschsprachige Artikel nachgewiesen, aber in PubMed immer mit dem übersetzten Titel und Abstract in Englisch. 22
  23. 23. 5. Advanced Search 5.1. Allgemeines zur Advanced SearchMit der Advanced Search ist es möglich über die Search History seine Suchenmiteinander zu kombinieren und zuvor gesuchte Recherchen später noch in MyNCBIabzuspeichern. Auch ist es sinnvoll komplizierte Suchstrategien in der AdvancedSearch durchzuführen. 5.2. Suchen in der Advanced SearchFür folgende Fragestellung sollen mittels der Advanced Search in PubMedNachweise gefunden werden:How does enbrel compare with remicade in the treatment of rheumatoidarthtritis in children?Es empfiehlt sich immer komplexe Fragestellungen zu zerlegen. Für jedenSuchbegriff sollten Synonyme gesucht werden, welche in die Recherche miteinfließen sollten. Dies hat den Grund, dass für ein und dieselbe Sache oftmalsverschiedene Begriffe verwendet werden und im Titel und im Abstract eines Artikelauch immer nur einer Verwendung finden wird. Um nun alle verschiedenen Begriffemittels einer Recherche zu finden, ist es notwendig, möglichst viele Synonyme füreinen Begriff in seine Recherche einzubauen.Es gibt viele Möglichkeiten und Systeme Suchbegriffe zu zerlegen. Dies hängt auchimmer von der Fragestellung ab. 23
  24. 24. Für dieses Beispiel wird die Fragestellung nach dem PICO System zerlegt.PICO steht für:P – PATIENT or POPULATION beschreibt die wichtigsten Charakteristika des Patienten, der GruppeI – INTERVENTION; PROGNOSTIC FACTOR; EXPOSURE beschreibt die Intervention (Medikamente, Diagnose, Therapie, Test…)C – COMPARISON beschreibt die Alternative zu I (Placebo, andere Therapie, anderes Medikament, Gold Standard…)O – OUTCOME beschreibt das Ergebnis, oder was mit dieser Behandlung bezweckt werden soll (geringere Sterblichkeit usw.)Es müssen nicht zwangsläufig alle vier Punkte ausgefüllt sein. Es kann auch möglichsein, dass nur zwei oder drei Kategorien notwendig sind. Dies hängt auch stark vonder Fragestellung ab. Auch kann es sein, dass zwar alle vier Kategorien ausgefülltsind, aber auf Grund einer zu geringen Trefferanzahl, eine/zwei Kategorien zu vielsind.Für die anfangs genannte Fragestellung kann folgende Unterteilung gemacht werden(diese Aufteilung hat keinen Anspruch auf Vollständigkeit):P – juvenile rheumatoid arthritis OR juvenile idiopathic arthritis OR pediatric rheumatology OR juvenile-Onset Still* Disease OR Juvenile Chronic ArthritisI – enbrel OR TNTR-Fc OR etanercept ANDC – remicade OR infliximab OR MAb cA2O – treatment* OR therapy OR therap*Wichtig ist, dass innerhalb einer Kategorie in der Regel der Operator OR verwendetwird, um die Gesamtheit aller Begriffe zu erhalten. Zwischen den Kategorien wird inder Regel mit AND verbunden. Dies sind aber keine Gesetzmäßigkeiten und dierichtigen Operatoren sind immer verknüpft mit der Fragestellung an sich. 24
  25. 25. Der nächste Schritt ist mit allen Suchbegriffen einer Kategorie eine Recherchedurchführen und dann die einzelnen Recherchen miteinander kombinieren. Mit „Add to history“ bleibt man in der Advanced Search und kommt nicht direkt zum Ergebnis. Dies ist dann zu empfehlen, wenn mehrere Suchen miteinander kombiniert werden sollen.Diesen Vorgang nun für jede Kategorie wiederholen. Danach sollten in der SearchHistory alle vier Suchen enthalten sein.Jetzt müssen alle vier Suchen mit AND verknüpft werden. Dafür die „Add“-Funktion inder History verwenden. Damit werden automatisch die Suchen in das Suchfeldgesendet und der Operator AND ausgewählt. 25
  26. 26. 5.3. Weitere Funktionen der Advanced SearchWenn mit der linken Maustaste auf die Nummer der Suche geklickt wird, dann ist esüber das Kontextmenu auch möglich Suchen miteinander zu verknüpfen, indem dieSuche mit dem gewünschten Operator in das Suchfeld geschickt wird. Auch ist esmöglich eine Suche direkt zu löschen oder sich das Suchergebnis anzeigen zulassen. Und des Weiteren ist es möglich sich für die Suche die Search Detailsanzeigen zu lassen oder die Suche in MyNCBI zu speichern und sich dafür einenAlert per E-Mail zu setzen.Um sich das Ergebnis einer Suche anzeigen zu lassen, braucht man nur in derSpalte „Items Found“ auf die Zahl der Treffer klicken.Die Suchen in der History bleiben bis zu 8 Stunden auf dem PC gespeichert, auf demsie gemacht wurden. Danach werden diese automatisch gelöscht.Suchen die im MyNCBI Konto gespeichert werden, bleiben für immer erhalten. 26
  27. 27. 6. MeSH Database 6.1. Allgemeines zu MeSHDer in Medline integrierte Thesaurus soll die Recherche nach spezifischenmedizinischen Themen erleichtern. Dadurch, dass die Schlagwörter hierarchischmiteinander verbunden sind und nicht nur alphabetisch, kann eine Recherchepräziser und vollständiger durchgeführt werden. MeSH/Medical Subject Headingssind Oberbegriffe und haben oft Subheadings, welche wiederum eine Spezifizierungder Suche erlauben. Subheadings sind Ergänzungen der MeSH, welche das Umfeldbeschreiben, in dem die betreffende Forschungsarbeit stattgefunden hat.Zurzeit gibt es über 26.000 MeSH und nicht alle sind zur selben Zeit entstanden.Dadurch können veraltete Begriffe vorkommen. Auch kann es vorkommen, dass fürsehr aktuelle Forschungsfelder noch keine MeSH vergeben worden sind.In solchen Fällen ist es vorteilhaft, wenn man eine Schlagwortsuche und eineFreitextsuche miteinander kombiniert. Nur Medline-Datensätze enthalten MeSH. 27
  28. 28. Beispiel zu einem MeSH:Der Begriff „Ernährungswissenschaft“ hat den MeSH „Nutritional Sciences“.„Nutritional Sciences“ ist der übergeordnete MeSH für weitere MeSH wie „AnimalNutrition Sciences“, „Child Nutrition Sciences“ und „Dietetics“. Andererseits ist es einuntergeordneter MeSH des MeSH „Health Occupations“. Und daneben gibt esSubheadings für „Nutritional Sciences“. MeSH Subheadings MeSH-Tree mit allen übergeordneten und untergeordneten MeSH. Mit „Do not include…” kann man mögliche untergeordnete MeSH von der Suche ausschließen. Kann mit „Restrict Search to Major Topics headings only” die Suche auf “nutritional science” als Hauptthema beschränken. 28
  29. 29. Jetzt könnte man alle untergeordneten MeSH in die Suche miteinschließen oderauch ausschließen, je nachdem wie spezifisch die Recherche sein soll. Zusätzlichkönnen noch einzelne oder alle Subheadings ausgewählt werden, um so dieRecherche noch genauer zu spezifizieren. Man kann damit die Recherche auf alleBereiche der „Nutritional Science“ ausweiten, oder auf einen ganz spezifischenBereich wie „Nutritional Sciences und Ethics“ eingrenzen. Weiteres könnte der MeSHals „Major-Topic-Term“ für die Recherche definiert werden und somit nur nochNachweise von Artikeln erhalten, in welchen der MeSH „Nutritional Sciences“ alsHaupt-MeSH vergeben wurde. Diese wenigen „Major-Topic-Terms“ sind imSuchergebnis mit einem „*“ gekennzeichnet. Mit solch einer Suche können all jeneArtikel aussortiert werden, die zwar „Nutritional Sciences“ als MeSH haben, abereben nur als nachgereihten MeSH. Dies führt zu einer Spezifizierung und daher zueiner Verringerung der Trefferzahl. In der Abstract-Ansicht werden vorhandene MeSH-Terms nur angezeigt, wenn der Datensatz in Medline indexiert wurde. MeSH mit * sind Major- Topic für diesen Artikel. 29
  30. 30. 6.2. Recherche in der MeSH Database 30
  31. 31. In den Search Builder verschieben und Operator auswählen und Search PubMed klicken. Subheadings auswählen.Jede MeSH-Suche ist auch in der Search History in PubMed nachgewiesen undkann ebenfalls gespeichert, verknüpft mit anderen MeSH-Suchen werden aber auchmit einer normalen PubMed-Suche kombiniet werden oder wieder gelöscht werden. 31
  32. 32. 7. Weitere nützliche PubMed Tools 7.1. Single Citation MatcherSollte man über ein unvollständiges Zitat verfügen, dann ist in PubMed der SingleCitation Matcher zu empfehlen. Es werden sogar Resultate damit erzielen, wenn z.B.nur der Name des Autors und die Seitenanfangszahl des Artikels bekannt sind. Aberam effizientesten ist es, wenn so viel Information wie möglich verwendet wird.Als Suchbeispiel dient folgender Artikel:Storb, Rainer, u.a. Allogenic hematopoietic cell transplantation: from experimental biology to clinical care. In: Journal of Cancer Research and Clinical Oncology, 131/2005, 1-13. Eingabe vorhandener Information. Je mehr Information vorhanden, desto eher erhält man den gesuchten Artikel 32
  33. 33. 7.2. Clinical QueriesMit Clinical Queries kann man Suchen zu speziellen klinischen Fragestellungendurchführen. Im Grunde sind es von Fachleuten entwickelte Limits, die man miteinem Thema kombinieren kann und dann ein sehr spezifisches Ergebnis bekommt. Dieser Filter dient dazu, systematische Reviews zu einem Thema zu finden. Es gibt zu den Kategorien: therapy, diagnosis, prognosis, clinical prediction guides, etiology Suchstrategien, die man mit seiner eigenen Fragestellung kombinieren kann. broad, sensitive search: breit angelegte Suche narrow, specific search: sehr enge Suche Mit diesem Filter ist es möglich, Zitate und Abstracts zu Themen der medizinischen Genetik zu erhalten. 33
  34. 34. 8. Tipps bei zu vielen TreffernUm weniger Treffer zu erhalten empfiehlt es sich immer Limitierungen über die Limitszu setzen. Sind danach immer noch zu viele Treffer vorhanden wäre es möglichweitere Einschränkungsmöglichkeiten zu nutzen, immer mit dem Risiko einigerelevanten Treffer nicht zu finden, dafür viele irrelevanten Treffer auszuschließen(hohe Precision) • Spezifischere MeSH Begriffe verwenden anstatt der breiten Ober- Unterbegriffe • Passende Subheadings auswählen • MeSH Begriffe auf das Hauptthema (Major Topic) beschränken • Unterbegriffe von der Suche ausschließen („do not include…“) • Einschränken auf „human“ (über Limits) • Weitere Limits setzen (Type of Article, Subsets usw.)9. Tipps bei zu wenigen TreffernBei zu wenigen Treffern ist es immer möglich die Suche auszuweiten, aber es istimmer das Risiko dabei zu beachten, dass es einen höheren Anteil an irrelevantenTreffern geben kann (hoher Recall) • MeSH Begriffe nicht als Hauptthema (Major Topic) definieren • Ähnliche MeSH Begriffe in die Suche einschließen • Subheadings weglassen • In der Freitextsuche Synonyme verwenden 34

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