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Marcadores Genéticos  y  Pruebas de Filiación
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],EL GENOMA HUMANO
ADN PRESENTE EN EL GENOMA HUMANO DNA EXPRESIVO 30% DNA  NO CODIFICANTE 70% Secuencias repetidas en tándem  10% SINEs: Alu LINEs: L1 Minisatélites Microsatélites Satélites: Clásicos Alfoides Secuencias dispersas 15 - 20% ADN REPETITIVO 20 – 30%
CUÁL ES EL APORTE DEL PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003) ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
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[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],MINISATÉLITES
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],…  MINISATÉLITES
… MINISATELITES EJEMPLO Combinaciones de genotipos en seis individuos,  para tres alelos VNTR, llamados A, B, C : AA, BB, CC, AB, AC, BC
MICROSATELITES
MICROSATELITES ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
MICROSATELITES ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
MICROSATELITES ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
MICROSATELITES ,[object Object]
SECUENCIAS DISPERSAS ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Pruebas de Filiación
Qué son las pruebas de filiación y para qué sirven ? ,[object Object],[object Object]
Tarjetas FTA ,[object Object],[object Object]
Área de  extracción Calidad y aseguramiento Cabina de flujo laminar Pipetas debidamente calibradas  y uso de puntas anti-aerosol Trabajo en parejas Equipo de protección
DNA cadena templado Forward primer Reverse primer Amplificación con sets de primers específicos en multiplex  P C R Cómo se detectan las Short Tandem Repeats (STRs) – microsatélites ? 7 repeats 8 repeats AATG
170 bp 195 bp Diferentes sets de primers generan difentes productos de PCR  TCAT repeat unit
Cuáles son las características de la PCR multiplex para  microsatélites ? ,[object Object],[object Object],[object Object]
ABI Prism 3100  Equipo analizador genético Electroforesis de capilar Set de 16 capilares
Corrido electroforético capilar, en acrilamida, Determinación de perfiles Análisis de bandas por tamaños y fluorescencia Cómo lee los amplificados en el equipo 3100 ?
Electroforogramas  Con ladder
Power Plex 16  Genotipificación (mujer)
3 sistemas genéticos, uno exclusión Genotipificación (trio)
Presunto padre:  11, 12 Madre:    13, 14 Hijo:    12, 13 Cómo se determinan los AOPs ? AOP = 12 Comparando los alelos del hijo con los de la madre, se establece el alelo heredado de la madre y por descarte el paterno
DIVERSIDAD POBLACIONAL Por qué se requiere de cálculos estadísticos ? Cada grupo tiene diferente frecuencia de sus alelos
Población de Referencia Muestreo  poblacional 13 Loci  STR  La frecuencia de los alelos de un sistema son típicas para cada población
STRs Frecuencias alélicas HUM-TH01 * Proc. Int. Sym. Hum. ID (Promega)  1997, p. 34 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 6 7 8 9 9.3 10 Pob. Caucasica Pob. negra Pob. Hispanicas Alelos:  #  de repeticiones Frequencias
ADN Que tan probable es que sea el padre  una vez se ha demostrado que posee todos los AOPs. En qué consiste el Cotejo de paternidad ? Contrastar los resultados obtenidos con dos hipótesis
CALCULOS PROBABILISTICOS SI HAY NO EXCLUSION SE REALIZAN ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Cómo encontramos el  X  ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],1 3 10 13 11 10,13 11,13
Cómo la encontramos  Y   ? ,[object Object],[object Object],[object Object]
INDICE DE PATERNIDAD ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Cómo se informan los resultados ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Casos simples: PP, M, H ó Presunto Padre fallecido - ADN extraído de sus restos óseos . Cuáles son los casos que normalmente se procesan para pruebas de filiación ?
Determinar todo los posibles genotipo de un hijo de esta pareja de presuntos abuelos paternos Posibles hijos Caso complejo :  PP no disponible. Presuntos Abuelos Paternos, Madre, Hijo
Deducir el perfil genético del presunto padre con los AOPs de los hijos reconocidos. Perfil genético del PP Caso complejo : PP no disponible. Disponibles los hijos reconocidos del PP, Madre, Hijo
Cálculo de un índice de paternidad comparando únicamente la frecuencia  de los alelos compartidos  padre-hijo. Resultados PRUEBA DE Paternidad DNA TEST Caso complejo :  Ausencia de uno de los progenitores. Índice de paternidad o maternidad
Caracteristicas deseables de los STRS en la identificación Forense
CASO Planteamiento del Problema: Establecer la filiación entre una hija demandante con un presunto padre, se cuenta con madre biológica.
RESULTADOS STR’s AUTOSÓMICOS H AOP
PROBABILIDAD DE PATERNIDAD
CONCLUSIÓN Con  los resultados obtenidos del  análisis  de  los  STR’s  autosómicos  no es posible excluir al presunto padre ( PP ) de ser el padre biológico de la hija  H. IP acumulado es de :  127. 545,0257 W(Po:0.5) = 99.9992 % IP: Indice de Paternidad W: Probabilidad de Paternidad
Probabilidad de Paternidad - PW ,[object Object],[object Object]
RELACIÓN DE IP Y W ,[object Object]
EN GENERAL EL GRAN RETO DE LA PRUEBA EN GENÉTICA FORENSE ES LA CORRECTA VALORACIÓN DE LA PRUEBA, SU CORRECTA COMUNICACIÓN A LOS TRIBUNALES Y EL  CORRRECTO ENTENDIMIENTO POR ESTOS  DEL SIGNIFICADO DE  LA PROBABILIDAD Angel Carracedo
Single Nucleotide Polymorphisms  (SNPs )
Single Nucleotide Polymorphisms  (SNP ) ,[object Object],[object Object],International HapMap Project   ,[object Object],[object Object]
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Cuáles son las Características de los SNPs?
Dónde se localizan los SNP? ,[object Object],[object Object],[object Object],Genoma Humano
Para qué sirven de los SNPs? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Aplicaciones de los SNPs ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Por qué es importante el ADN Mitocondrial en identificación humana? HV I HV II Es una molécula circular Posee 16.569pb. Se localiza dentro de la matriz de la doble membrana de la mitocondria. Región Control  (No codificante) Región Codificante 16024-16365 73-340
[object Object],[object Object],Por qué es importante el ADN Mitocondrial en identificación humana? No recombinación Usualmente varían entre el 1-2% de las secuencias de ADN mitocondrial de individuos no relacionados en esa región hipervariable Transmite línea materna Alto número de copias por célula: 250-1000 Alta tasa de mutación:5-10 veces mayor que el ADN nuclear
Por qué es importante el ADN Mitocondrial en identificación humana? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
SNPs de ADN Mitocondrial Amplificación y Secuenciación directa de los fragmentos de interés
ADN mitocondrial: Interpretación y valoración de  resultados
ADN mitocondrial: Interpretación y valoración de  resultados -  Heteroplasmia: El ADNmt se hereda exclusivamente por vía materna, en un individuo cabe esperar un único tipo de ADNmt, sin embargo esto no es así siempre y por el contrario a lo que cabría esperar podemos encontrar individuos en los que coexisten más de un tipo de ADNmt. A este fenómeno lo denominamos  heteroplasmia La teoría de  bottleneck o cuello de botella
La teoría de  bottleneck o cuello de botella Un número  de genomas de ADNmt se reduce a un número relativamente pequeño durante un paso de la oogénesis.  Este subgrupo de la población de moléculas de ADNmt es trasmitida por el proceso de  bottleneck, y esta población fundadora se replicará hasta  producir aproximadamente 100.000 copias de ADNmt en el óvulo maduro. Este subgrupo, podría por tanto, contener una población homogénea de moléculas de ADNmt o una población heterogénea de genomas mitocondriales. La mezcla transmitida puede manifestarse presentando diferentes proporciones entre las distintas poblaciones de genomas mitocondriales para distintos descendientes y/o a lo largo de  diferentes genes
La secuencia de una muestra problema es inequívocamente diferente de una muestra de referencia, es decir, al menos se presentan dos puntos de discrepancia diferentes, en este caso  podemos excluir que el cabello proceda del sospechoso. Ambas muestras presentan numerosas discrepancias con respecto a la secuencia de Anderson, concretamente 6 para MD y otras 6 discrepancias para MR, a su vez entre las muestras MD y MR existen 8 puntos discrepantes entre ambas muestras.
La muestra dubitada, pelo (MD), como nuestra muestra de referencia, sangre del sospechoso (MR), presentan los mismo puntos de discrepancia con respecto la secuencia de Anderson y por tanto coinciden entre si nucleótido a nucleótido. En este caso  no podemos excluir que dicho pelo pueda proceder del sospechoso. Será obligatorio en  este caso de coincidencia evaluar el  peso de dicha coincidencia.
Métodos para el Análisis de SNPs ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Primer Extension Analysis: SNaPshot kit   ,[object Object],Análisis de SNPs SNP Molde Primer Figura 1.  Diseño de  Primer para SNaPshot .
Primer Extension Analysis: SNaPshot kit   ,[object Object],DNA MOLDE PURIFICADO Figura 2 . Reacción de Primer Extensión (Kit  SNaPshot ).
 
Primer Extension Analysis: SNaPshot kit   ,[object Object],Color=Genotipo Azul: G Rojo: T Verde: A Negro: C
 

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  • 40. Determinar todo los posibles genotipo de un hijo de esta pareja de presuntos abuelos paternos Posibles hijos Caso complejo : PP no disponible. Presuntos Abuelos Paternos, Madre, Hijo
  • 41. Deducir el perfil genético del presunto padre con los AOPs de los hijos reconocidos. Perfil genético del PP Caso complejo : PP no disponible. Disponibles los hijos reconocidos del PP, Madre, Hijo
  • 42. Cálculo de un índice de paternidad comparando únicamente la frecuencia de los alelos compartidos padre-hijo. Resultados PRUEBA DE Paternidad DNA TEST Caso complejo : Ausencia de uno de los progenitores. Índice de paternidad o maternidad
  • 43. Caracteristicas deseables de los STRS en la identificación Forense
  • 44. CASO Planteamiento del Problema: Establecer la filiación entre una hija demandante con un presunto padre, se cuenta con madre biológica.
  • 47. CONCLUSIÓN Con los resultados obtenidos del análisis de los STR’s autosómicos no es posible excluir al presunto padre ( PP ) de ser el padre biológico de la hija H. IP acumulado es de : 127. 545,0257 W(Po:0.5) = 99.9992 % IP: Indice de Paternidad W: Probabilidad de Paternidad
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  • 50. EN GENERAL EL GRAN RETO DE LA PRUEBA EN GENÉTICA FORENSE ES LA CORRECTA VALORACIÓN DE LA PRUEBA, SU CORRECTA COMUNICACIÓN A LOS TRIBUNALES Y EL CORRRECTO ENTENDIMIENTO POR ESTOS DEL SIGNIFICADO DE LA PROBABILIDAD Angel Carracedo
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  • 57. Por qué es importante el ADN Mitocondrial en identificación humana? HV I HV II Es una molécula circular Posee 16.569pb. Se localiza dentro de la matriz de la doble membrana de la mitocondria. Región Control (No codificante) Región Codificante 16024-16365 73-340
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  • 60. SNPs de ADN Mitocondrial Amplificación y Secuenciación directa de los fragmentos de interés
  • 61. ADN mitocondrial: Interpretación y valoración de resultados
  • 62. ADN mitocondrial: Interpretación y valoración de resultados - Heteroplasmia: El ADNmt se hereda exclusivamente por vía materna, en un individuo cabe esperar un único tipo de ADNmt, sin embargo esto no es así siempre y por el contrario a lo que cabría esperar podemos encontrar individuos en los que coexisten más de un tipo de ADNmt. A este fenómeno lo denominamos heteroplasmia La teoría de bottleneck o cuello de botella
  • 63. La teoría de bottleneck o cuello de botella Un número de genomas de ADNmt se reduce a un número relativamente pequeño durante un paso de la oogénesis. Este subgrupo de la población de moléculas de ADNmt es trasmitida por el proceso de bottleneck, y esta población fundadora se replicará hasta producir aproximadamente 100.000 copias de ADNmt en el óvulo maduro. Este subgrupo, podría por tanto, contener una población homogénea de moléculas de ADNmt o una población heterogénea de genomas mitocondriales. La mezcla transmitida puede manifestarse presentando diferentes proporciones entre las distintas poblaciones de genomas mitocondriales para distintos descendientes y/o a lo largo de diferentes genes
  • 64. La secuencia de una muestra problema es inequívocamente diferente de una muestra de referencia, es decir, al menos se presentan dos puntos de discrepancia diferentes, en este caso podemos excluir que el cabello proceda del sospechoso. Ambas muestras presentan numerosas discrepancias con respecto a la secuencia de Anderson, concretamente 6 para MD y otras 6 discrepancias para MR, a su vez entre las muestras MD y MR existen 8 puntos discrepantes entre ambas muestras.
  • 65. La muestra dubitada, pelo (MD), como nuestra muestra de referencia, sangre del sospechoso (MR), presentan los mismo puntos de discrepancia con respecto la secuencia de Anderson y por tanto coinciden entre si nucleótido a nucleótido. En este caso no podemos excluir que dicho pelo pueda proceder del sospechoso. Será obligatorio en este caso de coincidencia evaluar el peso de dicha coincidencia.
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