Authentification de l’origine des produits. Didier MONTET (CIRAD - UMR Qualisud)

1. Atelier « Authentification de l’origine géographique : intérêt pour
les signes de qualité»
Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique
des aliments ou discriminer les procédés alimentaires :
Applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits
Montet Didier, El Sheikha
Aly, Le Nguyen Doan Duy,
Leesing ratanaporn, Bigot
Céline, Meile J-Christophe
didier.montet@cirad.fr

2. Détermination de l’origine
Idée: L'environnement a un effet sur le
les micro-éléments présents sur l’aliment
Micro-organismes
Algues
Insectes (entiers ou non)
Résidus chimiques
Métaux lourds
Isotopes ...

3. PCR-DGGE
Aliment
Extraction des ADN
totaux (animaux,
végétaux, microbiens,
viraux)
Amplicons d’ADN
bactérien de même
taille (236 pb)
mais différents par la
séquence
Amplification spécifique des ADN
bactériens de régions variables du
gène de l’ARNr 16S par PCR
Séparation des ADN par DGGE
Analyse comparative des séquences et
détermination

4. Amplicons de même taille
Bactérie 1
Bactérie 2
Bactérie 3
GCCGGC
ATGC
CGGCCG
TACG
GC clamp

5. Pangasiculture dans le delta du Mékong
Photos J. Lazard

6. Empreintes DGGE des bactéries issues de poissons péchés
dans différentes fermes à la saison des pluies eu Vietnam
Chau Phu
An Phu
Chau Doc
L. plantarum
E. coli

7. CP1-R CP2-R CP3-R CP4-R CP5-R CP1-D CP2-D CP3-D CP4-D CP5-D
R: Saison des pluies
D: Saison sèche
L. plantarum
E. coli
Profil DGGE des bactéries des poissons issues de la même ferme à deux saisons
différentes (CP: Chau Phu)

8. 8
6
AP: An Phu
AP5-R
AP4-R
AP3-R
AP2-R
AP1-R
AP5-D
AP4-D
AP3-D
AP2-D
AP1-D
4
CD: Chau Doc
CD5-R
CD4-R
CD3-R
CD2-R
CD1-R
2
TC: Tan Chau
CD5-D
CD4-D
CD3-D
CD2-D
CD1-D
0
TC5-R
TC4-R
TC3-R
TC2-R
TC1-R
-2
CP5-R
CP4-R
CP3-R
CP2-R
CP1-R
TC5-D
TC4-D
TC3-D
TC2-D
TC1-D
Dimension 2 : 26.40% variances
-4
CP5-D
CP4-D
CP3-D
CP2-D
CP1-D
CP: Chau Phu
-6
-8
-12
-10
-8
-6
-4
-2
0
2
4
6
8
10
Dimension 1 : 46.24% variances
Analyse factorielle des profils DGGE des bactéries des poissons de 4 districts différents de la
province de Angiang au Vietnam à la saison des pluies et à la saison sèche
R: Saison des pluies ; D: Saison sèche

9. Profils DGGE des 26S rADN de différentes variétés de Physalis
de 4 régions d’Egypte
1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4
Q
Q: Qalyoubia
M: Minufiya
B: Beheira
A: Alexandria
(1,2) Fruits with husk;
(3,4) Fruits without husk
M
B
A

10. Analyse factorielle de variance des profils des bandes 26S rADN de
différentes variétés de Physalis de 4 régions d’Egypte
Minufiya
Beheira
Alexandria
Qalyoubia

11. DGGE de souches pures de
moisissures
1
Penicillium roquefortii
2
Cladosporium musae CMR55
3
Cladosporium musae C62
4
Fusarium avenaceum
5
Fusarium osyporum
6
Mucor racemosus
7
Aspergillus ochraceus
8
Aspergillus carbonarius
9
Aspergillus bombycis
10 Aspergillus nomius 549

12. Discrimination des aliments Bio des autres
pratiques culturales par analyse globale des
microorganismes par PCR-DGGE: Application aux
nectarines
Facteurs impactant les flores microbiennes
- Peu de produits chimiques (…cides/fertilisants)
- Pas d’OGM
- Contrôle biologique (Bacillus thuringiensis)
- Fertilisants organiques
12

13. Analyse factorielle (ACP
à la française) des profils
DGGE de levures (ADNr
26S) à partir de pêches
du verger ou récupérées
dans des plateaux de la
coopérative et issues de
trois types d’agriculture
Profils DGGE d’ADN levuriens
extraits de pêches récupérées dans
des plateaux ou dans le verger de la
coopérative
Analyse par Cluster
des profils génétiques
levuriens (ADNr 26S)
de pêches du verger
ou récupérées dans
des plateaux de la
coopérative et issues
de trois types
d’agriculture
13

14. Analyse par Cluster des
profils génétiques bactériens
(ADNr 16S) de cafés du
Mexique
(Biologiques et
conventionnels)
Profils DGGE d’ADN bactériens
extraits de graines de cafés verts
du Mexique
(Biologiques et conventionnelles)
Analyse factorielle (ACP à la
française) des profils DGGE
de bactéries (ADNr 16S) de
cafés du Mexique
(Biologiques et
conventionnels)
14

15. Conclusions
- Les traitements appliqués aux aliments ont une influence sur leur écologie
microbienne
- Variations de l’écologie microbienne sur les aliments est mesurable par une
technique d’approche globale
La discrimination des aliments en fonction des itinéraires techniques est donc
possible
15

16. Outil moléculaire global pour déterminer l’origine
géographique des aliments ou discriminer les procédés
alimentaires : Applications aux poissons d'aquaculture et aux
fruits
Questions
didier.montet@cirad.fr