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Was ist angesagt?
Was ist angesagt? (20)
バイオインフォマティクスで実験ノートを取ろう
- 12. 情報系の人のよくある言い訳 コンピューターの上での解析は、 もう一度完全に同じことが自動で できるから、もう一度同じコマンドを 走らせればいいじゃないか。 実験ノートなんて無くても あらゆるものが再現できるし、 あらゆる質問には答えられるはずだ。 ,j;;;;;j,. —一、 ｀ ―–‐、_ l;;;;;; ｛;;;;;;ゝ T辷iフ i f’辷jァ !i;;;;; ヾ;;;ハ ノ .::!lリ;;r゛ `Z;i 〈.,_..,. ノ;;;;;;;;> そんなふうに考えていた時期が ,;ぇハ、 、_,.ー-、_’,. ,ｆ゛: Y;;f. 俺にもありました ~”戈ヽ ｀二´ r’´:::. `!
- 13. 実際に起こった問題点１ • 純ＩＴ系のお仕事（研究）と比べて バイオインフォでは自動化していない 手作業が圧倒的に多い傾向にある。 (1) Excel でデータを貰ったが「ピンク色のセルが該当サンプルＩＤです」 と言われた。ピンク色のセルを抜き出すスクリプトを書くのは面倒 だったので 80 個のサンプルＩＤを手作業で抜き出した。 (2) FASTA ファイルで配列を貰ったが、名前付けに一貫性がなくその後の処 理が面倒になりそうだったので、約3% の配列について手作業で名前を 付け直した。 (3) プライマー配列を Excel で貰ったが、3000本中 15 本は配列が全角文字に なっており、数も少ないので半角文字に手作業で直した。6本はコドン に合わせて３文字ごとにスペースが入っていたが、手作業でスペースを 取り除いた。 (4) いろんな恨み辛みを思い出して辛い気分になってきたのでこのへんで ストップ。
- 14. 実際に起こった問題点２ • ソフトウェアが動かなくなる、 異なる動作をする。 (1) SunFire 15K (SPARC アーキテクチャ) で動かしたバイナリを持っていても いまどきの Linux (x86_64) では動かない・・・ (2) samtools のバージョンが上がって pileup サブコマンドとか無くなってる んですけど・・・。 (3) Cufflinks とかバージョンが変わったら出力結構違うし、当時使ったバー ジョンと逐一同じじゃなかったら結果が変わっても文句言えないですよ。 (4) ゲノムアセンブリーとか、マルチコアのタイミング問題で、同じデータ を入れても毎回微妙に結果変わるので、運が悪かったのがバグ踏んだの かは確定できないですよね・・。
- 15. 私の身についた習慣（過去） • こんなことをしたけどコストが大きくて ちょっと不毛だよね (1) ピンク色のセルはスクリプトで抜き出すようにした。 リネームも、スペースも全角文字も全部スクリプトで一括処理。 (2) ソフトウェアはなるべく解析ごとにソースコードもバイナリも データとともに全部とっておいてバージョンなどが分かるようにする。 (3) マルチコアで結果が変わる場合には中間ファイルも一応全部 取っておこう。 (4) 複数のコマンドを実行する場合には makefile を作り、make を 叩けば常に、コラボレ－ターから貰ったファイルから最終解析結果まで ノンストップで進むようにした。
- 17. バイオインフォの人も 実験ノートを取ろう • 実験ノートにいろいろ書こう • 調べたこと（文献・Web） • 実行したコマンド列やその短い結果など • ソフトウェアやライブラリ・ＯＳのバージョン • インストール方法なども • 自作のソフトなら git リポジトリアドレスと コミット値など • 実行時間やメモリー使用量 できれば、ラボ内の先輩や指導教員に 内容を見て貰って間違いや改善点を 指摘して貰おう。コメントを貰おう。
- 18. 個人的なお勧め • Markdown で書けるツールで実験ノートを 書こう • Qiita:Team とか esa.io とか inc とか Evernote+Marxico とか色々あるが・・・
- 19. Docbase いいよ Docbase ！
- 20. Docbase の良いところ • Markdown で書ける • 数式も書ける • コピペで図が貼れる • API 叩けばクラスター計算機から書ける • グループを分けて権限付与できる • あるグループだけ外部のコラボレ－ターに共有、 とかできる。
- 23. ・diff が取れる ・他人のノートへの watch/star/comment 機能 ・Slack/HipChat などへの通知機能 ・データのエクスポートももちろんできる ・一定以上の料金プランでは外部のコラボレーターを 無制限に招待可能 （コラボレーターにノートを見せるのが簡単。） ・開発が速い！！！ ・タグ（Qiita や Evernote のタグと同じ）やメンバー、グループなどで 検索ができる。 ・２段階認証もあるので比較的安心 その他の利点（順不同）