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Model of management and
sharing distributed information of
pollinators using biodiversity
portals


Pablo Salvanha (USP, São Paulo, Brazil) – salvanha@usp.br
Leandro Halle Najm (USP, São Paulo, Brazil) –
hallenajm@usp.br
Pedro Luiz P. Correa (USP, São Paulo, Brazil) -
pedro.correa@usp.br
Antonio Mauro Saraiva (USP, São Paulo, Brazil) –
saraiva@usp.br
Agenda
 Introdução
 Portais de Biodiversidade
    ◦ Portal IABIN
 Ferramenta de Coleta - Specify
 Modelo DarwinCore
 Modelo de Interação
 Conclusão
 Referencias Bibliográficas
Introdução
 Importância do estudo;
 Cenário atual para armazenamento de
  dados de biodiversidade;
 Informatização e distribuição da
  informação
 Controle e replicação;
 Armazenamento distribuído /
  centralizado;
Portais de Biodiversidade
 GBIF (Global
  BiodiversityInformationFacility)
 IABIN (Inter
  AmericanBiodiversityInformation
  Network)
 NBII
  (NationalBiologicalInformationInfrastru
  cture)
 WebBee (Rede de Informações sobre
  Diversidade Brasileira em Abelhas)
Portal IABIN
Ferramenta de Coleta -
Specify
 Facilidade na utilização;
 Personalização da interface e dados
  de entrada;
 Suporte aos protocolos atuais;
 Padronização no gerenciamento de
  coleções;
Ferramenta de Coleta -
Specify
Modelo DarwinCore
 Singularidade da informação;
 Padronização dos campos a serem
  distribuídos;
 Protocolos de acoplamento (DiGIR /
  TAPIR)
 Compatibilidade com atuais portais de
  biodiversidade (GBIF, IABIN, ...)
Modelo DarwinCore
Modelo de Interação
 Complemento ao cenário atual;
 Compatibilidade com os atuais
  protocolos;
 Suporte aos dados de interação;
 Checagem da integridade entre as
  ligações dos dados;
Processo de Harvest
Implementação
 Adaptação do software de coleta
  (Specify);
 Uso do protocolo TAPIR para o modelo
  DarwinCore e para o modelo de
  interação;
 Alteração no processo de Harvest para
  suporte ao modelo de interação;
    ◦ Checagem da integridade das informações
   Alteração na camada de apresentação
    do portal para exibição e consulta de
    dados de interação;
Conclusão
 Compatibilidade com as aplicações
  que utilizam somente modelo
  DarwinCore;
 Informatização no processo de coleta
  usando ferramenta adaptativa e
  gratuita;
 Fácil adequação para fornecimento de
  dados de interação;
 Distribuição de informação de
  polinizadores em portais, facilitando
Referências Bibliográficas
   J.L. Schnase, J. Cushing, and J.A. Smith, Biodiversity and ecosystem informatics,” J. Intell. Inf. Syst. 29, 1,
    August 2007.
   J. Soberon: “Linking biodiversity information sources,” Tree Elsevier Science, vol. 14, n.7, p.291, 7 July 1999.
   Specify, http://www.specifysoftware.org/Specify/specify
   N.A. Van House: Trust and epistemic communities in biodiversity data sharing,” 2nd ACM/IEEE-CS Joint
    Conference on Digital Libraries.Portland, Oregon, USA, July 2002.
   P.L.P. Corrêa, A.M. Saraiva, C.E.Cugnasca, andA.R.Hirakawa: “Uma arquitetura de sistemas voltada para a
    integração de bases de dados distribuídas de biodiversidade,” Revista Brasileira de Agroinformática, São Paulo,
    v. 6, n. 1, p. 1-20, 2004.
   IABIN, http://www.iabin.net
   DarwincoreSchema, http://www.tdwg.org/activities/darwincore/
   DiGIRProtocol, www.digir.net
   GBIF, http://www.gbif.org
   Tapir Protocol, http://www.tdwg.org/activities/tapir/
   R. Sundaravadivelu, R.J. White, A.C. Jones, and W.A Gray: “Web based middleware framework for
    interoperability between heterogeneous, distributed biodiversity data resources,” 25th Conference on IASTED
    international Multi-Conference: Software Engineering.Innsbruck, Austria, February 2007.
   TDWG, www.digir.net
   PlinianCoreschema, http://www.pliniancore.org/
   Interaction Extension, http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/InteractionExtension
   E.A.J.Cartolano, A.M. Saraiva, P.L.P. Corrêa, T.C. Giannini, and R. Giovanni: “Uma proposta de esquema de
    dados de relacionamento entre espécimes,” XXXIII Conferencia Latinoamericana de Informática – CLEI, San
    Jose 2007.
   M. T. Özsu, P. Valduriez: “Distributed Database Systems,” Prentice Hall. 22-23, 1999.
   Pollination Extension, http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/PollinationExtension

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Modelagem de gestão e compartilhamento de dados de polinizadores em portais de biodiversidade

  • 1. Model of management and sharing distributed information of pollinators using biodiversity portals Pablo Salvanha (USP, São Paulo, Brazil) – salvanha@usp.br Leandro Halle Najm (USP, São Paulo, Brazil) – hallenajm@usp.br Pedro Luiz P. Correa (USP, São Paulo, Brazil) - pedro.correa@usp.br Antonio Mauro Saraiva (USP, São Paulo, Brazil) – saraiva@usp.br
  • 2. Agenda  Introdução  Portais de Biodiversidade ◦ Portal IABIN  Ferramenta de Coleta - Specify  Modelo DarwinCore  Modelo de Interação  Conclusão  Referencias Bibliográficas
  • 3. Introdução  Importância do estudo;  Cenário atual para armazenamento de dados de biodiversidade;  Informatização e distribuição da informação  Controle e replicação;  Armazenamento distribuído / centralizado;
  • 4. Portais de Biodiversidade  GBIF (Global BiodiversityInformationFacility)  IABIN (Inter AmericanBiodiversityInformation Network)  NBII (NationalBiologicalInformationInfrastru cture)  WebBee (Rede de Informações sobre Diversidade Brasileira em Abelhas)
  • 6. Ferramenta de Coleta - Specify  Facilidade na utilização;  Personalização da interface e dados de entrada;  Suporte aos protocolos atuais;  Padronização no gerenciamento de coleções;
  • 8. Modelo DarwinCore  Singularidade da informação;  Padronização dos campos a serem distribuídos;  Protocolos de acoplamento (DiGIR / TAPIR)  Compatibilidade com atuais portais de biodiversidade (GBIF, IABIN, ...)
  • 10. Modelo de Interação  Complemento ao cenário atual;  Compatibilidade com os atuais protocolos;  Suporte aos dados de interação;  Checagem da integridade entre as ligações dos dados;
  • 12. Implementação  Adaptação do software de coleta (Specify);  Uso do protocolo TAPIR para o modelo DarwinCore e para o modelo de interação;  Alteração no processo de Harvest para suporte ao modelo de interação; ◦ Checagem da integridade das informações  Alteração na camada de apresentação do portal para exibição e consulta de dados de interação;
  • 13. Conclusão  Compatibilidade com as aplicações que utilizam somente modelo DarwinCore;  Informatização no processo de coleta usando ferramenta adaptativa e gratuita;  Fácil adequação para fornecimento de dados de interação;  Distribuição de informação de polinizadores em portais, facilitando
  • 14. Referências Bibliográficas  J.L. Schnase, J. Cushing, and J.A. Smith, Biodiversity and ecosystem informatics,” J. Intell. Inf. Syst. 29, 1, August 2007.  J. Soberon: “Linking biodiversity information sources,” Tree Elsevier Science, vol. 14, n.7, p.291, 7 July 1999.  Specify, http://www.specifysoftware.org/Specify/specify  N.A. Van House: Trust and epistemic communities in biodiversity data sharing,” 2nd ACM/IEEE-CS Joint Conference on Digital Libraries.Portland, Oregon, USA, July 2002.  P.L.P. Corrêa, A.M. Saraiva, C.E.Cugnasca, andA.R.Hirakawa: “Uma arquitetura de sistemas voltada para a integração de bases de dados distribuídas de biodiversidade,” Revista Brasileira de Agroinformática, São Paulo, v. 6, n. 1, p. 1-20, 2004.  IABIN, http://www.iabin.net  DarwincoreSchema, http://www.tdwg.org/activities/darwincore/  DiGIRProtocol, www.digir.net  GBIF, http://www.gbif.org  Tapir Protocol, http://www.tdwg.org/activities/tapir/  R. Sundaravadivelu, R.J. White, A.C. Jones, and W.A Gray: “Web based middleware framework for interoperability between heterogeneous, distributed biodiversity data resources,” 25th Conference on IASTED international Multi-Conference: Software Engineering.Innsbruck, Austria, February 2007.  TDWG, www.digir.net  PlinianCoreschema, http://www.pliniancore.org/  Interaction Extension, http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/InteractionExtension  E.A.J.Cartolano, A.M. Saraiva, P.L.P. Corrêa, T.C. Giannini, and R. Giovanni: “Uma proposta de esquema de dados de relacionamento entre espécimes,” XXXIII Conferencia Latinoamericana de Informática – CLEI, San Jose 2007.  M. T. Özsu, P. Valduriez: “Distributed Database Systems,” Prentice Hall. 22-23, 1999.  Pollination Extension, http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/PollinationExtension