Macromolecular Nanomachines In Action
20091116-17 Curso de Genómica Aplicada a la Medicina Clínica (MADRID) --- Las macromoléculas se comportan como diminutas máquinas para realizar sus funciones biológicas dentro de las células. Si bien la estructura (en los diferentes niveles) viede dada por la secuencia de las proteínas, la función más que a la propia estructura la deben a las diferentes conformaciones que pueden adoptar. Tanto la difracción de rayos X, como las técnicas de microscopía electrónica son capaces de resolver las estructuras 3D de un amplio rango de biomoleculas. Combinandolas obtenemos "modelos híbridos" que se benefician de las mejores caracteristicas de estas técnicas que se complementan. PeppeR es una aplicación de integración de datos, que permite ver los modelos híbridos almacenados en EMDB, junto con anotaciones de otras muchas bases de datos de genomica, proteomica, etc.
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- 1. macromolecularnanomachines IN ACTION José Ramón Macías
- 2. Hi, my name is: José Ramón Macías Bioinformatician
- 4. Sequence Structure
- 5. Sequence Structure Function
- 7. 10 nm 100 nm 1 mm
- 16. Simian Virus 40 Large T antigen
- 18. Large T antigen
- 19. High Middle Long & Short & curvature curvature straight straight
- 20. High Middle Long & Short & curvature curvature straight straight
- 21. Bacteriophage SPP1 replicative Helicase G40P
- 26. 26S proteasome
- 29. X-Ray High Requires Crystallography Resolution Crystals
- 30. X-Ray High Requires Crystallography Resolution Crystals 3D Electron Crystals Medium Microscopy Not required Resolution
- 31. X-Ray High Requires Crystallography Resolution Crystals 3D Electron Crystals Medium Microscopy Not required Resolution
- 32. X-Ray High Requires Crystallography Resolution Crystals 3D Electron Crystals Medium Microscopy Not required Resolution
- 33. X-Ray High Requires Crystallography Resolution Crystals 3D Electron Crystals Medium Microscopy Not required Resolution Hybrid Models
- 34. X-Ray High Requires Crystallography Resolution Crystals 3D Electron Crystals Medium Microscopy Not required Resolution Fitting Hybrid Models
- 35. 3D-EM model Atomic model
- 36. Hybrid model
- 37. GroEL chaperonin
- 40. Electron Microscopy Data Bank
- 44. 363 “since June 2002, the number of structures has increased steadily.” 266 193 117 67 40 10 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008
- 45. Today there are 629 entries Single Particle Icosahedral Helical Individual Structure 2D Crystal
- 46. 1 out of 3 structures are covered by more than one entry 369
- 70. Sequence Structure
- 71. adopting different conformations is what leads to function