SlideShare ist ein Scribd-Unternehmen logo
1 von 24
Rendre les standards de description de biopuces accessibles: réalisation d'un module de conversion inter-standard Pierre Marguerite – DESS Bioinformatique Lille EBI – Microarray Informatics Team 4 mai– 31 octobre 2004
Sommaire ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
S ervices   Banques de données R echerche  en bioinformatique et en biologie moleculaire Industrie Promouvoir des  standards Formation Heidelberg Hinxton UK Monterotondo Hamburg Grenoble Service Research Training Industry E uropean  M olecular  B iology  L aboratory EBI
 
S ervices   Banques de données R echerche  en bioinformatique et en biologie moleculaire Industrie Promouvoir des  standards Formation Heidelberg Hinxton UK Monterotondo Hamburg Grenoble Service Research Training Industry E uropean  M olecular  B iology  L aboratory EBI
l’équipe  Microarray   MicroArray Informatics Team ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
ArrayExpress
l’équipe  Microarray   MicroArray Informatics Team ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
la standardisation ? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],MAGE Ontologie MGED Recommandations MIAME
Le projet ,[object Object],[object Object]
Outil de conversion
Les descriptions d’agencement ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
MAGE-ML (MAGE-OM)
MAGE-ML (suite)
Array Design File adh adr adc Header contacts Informations  techniques
Array Design File adr adc Feature  /Reporter Features Reporters
Array Design File Composite Caractéristiques Liens avec les reporters
Contribution ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Validation  (une étape obligatoire) ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Implémentation - choix techniques ,[object Object],[object Object],[object Object],- Multiples formats de sortie
Problèmes rencontrés ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Une adresse :  http://www.ebi.ac.uk/adf http://www.ebi.ac.uk/adf/
Bilan ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
 

Weitere ähnliche Inhalte

Andere mochten auch

Fuentes del Derecho
Fuentes del DerechoFuentes del Derecho
Fuentes del Derechoariam31
 
¿Qué hacen en internet?
¿Qué hacen en internet?¿Qué hacen en internet?
¿Qué hacen en internet?Cecilia Mendez
 
Rerise expose2
Rerise expose2Rerise expose2
Rerise expose2charlesf62
 
DIREITO ADMINISTRATIVO - PF
DIREITO ADMINISTRATIVO - PFDIREITO ADMINISTRATIVO - PF
DIREITO ADMINISTRATIVO - PFNeon Online
 
Primera unidad simbología y normatividad
Primera unidad simbología y normatividadPrimera unidad simbología y normatividad
Primera unidad simbología y normatividadfernando hernandez
 
Trabajo final sobre el tránsito en la Ciudad
Trabajo final sobre el tránsito en la CiudadTrabajo final sobre el tránsito en la Ciudad
Trabajo final sobre el tránsito en la CiudadAlejandraAAP
 
Conclusión del bloque
Conclusión del bloqueConclusión del bloque
Conclusión del bloquePatii Moreno
 
Mathématiques et réalité - Dias 2014
Mathématiques et réalité - Dias 2014Mathématiques et réalité - Dias 2014
Mathématiques et réalité - Dias 2014Thierry Dias
 
Formatos de imágenes
Formatos de imágenesFormatos de imágenes
Formatos de imágenescmartinc15
 
Presentación arte gótico arquitectura
Presentación arte gótico arquitecturaPresentación arte gótico arquitectura
Presentación arte gótico arquitecturaencarnagonzalo
 
Ventaja competitiva
Ventaja competitivaVentaja competitiva
Ventaja competitivaIODI
 
6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...
6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...
6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...Alexander Decker
 
S+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzr
S+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzrS+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzr
S+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzrgezhu
 
Formatos multimedia: imagen, audio y video
Formatos multimedia: imagen, audio y videoFormatos multimedia: imagen, audio y video
Formatos multimedia: imagen, audio y videoIES Marqués de Lozoya
 
Windows 8: votre poste de travail réinventé
Windows 8: votre poste de travail réinventéWindows 8: votre poste de travail réinventé
Windows 8: votre poste de travail réinventéMicrosoft France
 
Formatos de multimedia más usados
Formatos de multimedia más usadosFormatos de multimedia más usados
Formatos de multimedia más usadosPavel Crisóstomo
 
0.0.0 componentes pc, el software,clases y tipos
0.0.0 componentes pc,  el software,clases y tipos0.0.0 componentes pc,  el software,clases y tipos
0.0.0 componentes pc, el software,clases y tiposJhon Martin
 

Andere mochten auch (20)

Fuentes del Derecho
Fuentes del DerechoFuentes del Derecho
Fuentes del Derecho
 
¿Qué hacen en internet?
¿Qué hacen en internet?¿Qué hacen en internet?
¿Qué hacen en internet?
 
Rerise expose2
Rerise expose2Rerise expose2
Rerise expose2
 
Guia 6.
Guia 6.Guia 6.
Guia 6.
 
Pnh
PnhPnh
Pnh
 
DIREITO ADMINISTRATIVO - PF
DIREITO ADMINISTRATIVO - PFDIREITO ADMINISTRATIVO - PF
DIREITO ADMINISTRATIVO - PF
 
Primera unidad simbología y normatividad
Primera unidad simbología y normatividadPrimera unidad simbología y normatividad
Primera unidad simbología y normatividad
 
Trabajo final sobre el tránsito en la Ciudad
Trabajo final sobre el tránsito en la CiudadTrabajo final sobre el tránsito en la Ciudad
Trabajo final sobre el tránsito en la Ciudad
 
Conclusión del bloque
Conclusión del bloqueConclusión del bloque
Conclusión del bloque
 
Mathématiques et réalité - Dias 2014
Mathématiques et réalité - Dias 2014Mathématiques et réalité - Dias 2014
Mathématiques et réalité - Dias 2014
 
Formatos de imágenes
Formatos de imágenesFormatos de imágenes
Formatos de imágenes
 
Presentación arte gótico arquitectura
Presentación arte gótico arquitecturaPresentación arte gótico arquitectura
Presentación arte gótico arquitectura
 
Ventaja competitiva
Ventaja competitivaVentaja competitiva
Ventaja competitiva
 
Antenas uft
Antenas uftAntenas uft
Antenas uft
 
6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...
6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...
6.[36 45]seven level modified cascaded inverter for induction motor drive app...
 
S+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzr
S+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzrS+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzr
S+¡s¢+såñs+úfæùséìs¦ªµ¦òs«¦s+äséìs+ûgzr
 
Formatos multimedia: imagen, audio y video
Formatos multimedia: imagen, audio y videoFormatos multimedia: imagen, audio y video
Formatos multimedia: imagen, audio y video
 
Windows 8: votre poste de travail réinventé
Windows 8: votre poste de travail réinventéWindows 8: votre poste de travail réinventé
Windows 8: votre poste de travail réinventé
 
Formatos de multimedia más usados
Formatos de multimedia más usadosFormatos de multimedia más usados
Formatos de multimedia más usados
 
0.0.0 componentes pc, el software,clases y tipos
0.0.0 componentes pc,  el software,clases y tipos0.0.0 componentes pc,  el software,clases y tipos
0.0.0 componentes pc, el software,clases y tipos
 

Ähnlich wie Presentation Dess Ebi

IODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data Science
IODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data ScienceIODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data Science
IODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data ScienceBorderCloud
 
0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics
0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics
0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analyticsCERTyou Formation
 
0 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v16
0 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v160 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v16
0 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v16CERTyou Formation
 
Ccimp rdv tic ged ecm vf
Ccimp rdv tic ged ecm vfCcimp rdv tic ged ecm vf
Ccimp rdv tic ged ecm vfCOMPETITIC
 
Normes et qualité et trac
Normes et qualité et tracNormes et qualité et trac
Normes et qualité et traccharlottejallut
 
Normes et qualité et trac
Normes et qualité et tracNormes et qualité et trac
Normes et qualité et traccharlottejallut
 
Normes et qualité et trac
Normes et qualité et tracNormes et qualité et trac
Normes et qualité et traccharlottejallut
 
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...ASIP Santé
 
Morning Tech#1 BigData - Oxalide Academy
Morning Tech#1 BigData - Oxalide AcademyMorning Tech#1 BigData - Oxalide Academy
Morning Tech#1 BigData - Oxalide AcademyOxalide
 
Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques
Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiquesPanorama des logiciels de gestion de références bibliographiques
Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiquesURFIST de Paris
 
Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?
Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?
Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?IRSST
 
Normes et qualité et Trac
Normes et qualité et TracNormes et qualité et Trac
Normes et qualité et TracnaPila
 
FAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdf
FAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdfFAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdf
FAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdfThomas DENECKER
 
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...CERTyou Formation
 
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...CERTyou Formation
 
Exigences de qualité des systèmes / logiciels
Exigences de qualité des systèmes / logicielsExigences de qualité des systèmes / logiciels
Exigences de qualité des systèmes / logicielsPierre
 
Captronic grenoble 01102014 version presentee
Captronic grenoble 01102014 version presenteeCaptronic grenoble 01102014 version presentee
Captronic grenoble 01102014 version presenteePatrick MOREAU
 

Ähnlich wie Presentation Dess Ebi (20)

Projet Domurpic
Projet DomurpicProjet Domurpic
Projet Domurpic
 
IODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data Science
IODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data ScienceIODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data Science
IODS : Retour d’expériences au sein du Center for Data Science
 
Gvieira cv
Gvieira cvGvieira cv
Gvieira cv
 
0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics
0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics
0 a104g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-text-analytics
 
SIP@iPLM2015
SIP@iPLM2015SIP@iPLM2015
SIP@iPLM2015
 
0 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v16
0 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v160 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v16
0 a005g formation-introduction-a-ibm-spss-modeler-et-au-data-mining-v16
 
Ccimp rdv tic ged ecm vf
Ccimp rdv tic ged ecm vfCcimp rdv tic ged ecm vf
Ccimp rdv tic ged ecm vf
 
Normes et qualité et trac
Normes et qualité et tracNormes et qualité et trac
Normes et qualité et trac
 
Normes et qualité et trac
Normes et qualité et tracNormes et qualité et trac
Normes et qualité et trac
 
Normes et qualité et trac
Normes et qualité et tracNormes et qualité et trac
Normes et qualité et trac
 
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...
 
Morning Tech#1 BigData - Oxalide Academy
Morning Tech#1 BigData - Oxalide AcademyMorning Tech#1 BigData - Oxalide Academy
Morning Tech#1 BigData - Oxalide Academy
 
Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques
Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiquesPanorama des logiciels de gestion de références bibliographiques
Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques
 
Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?
Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?
Une révolution technologique à nos portes ; nos organisations sont-elles prêtes?
 
Normes et qualité et Trac
Normes et qualité et TracNormes et qualité et Trac
Normes et qualité et Trac
 
FAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdf
FAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdfFAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdf
FAIRisation d’analyses bioinformatiques.pdf
 
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
 
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
B5252 g formation-ibm-cognos-framework-manager-concevoir-des-modeles-de-metad...
 
Exigences de qualité des systèmes / logiciels
Exigences de qualité des systèmes / logicielsExigences de qualité des systèmes / logiciels
Exigences de qualité des systèmes / logiciels
 
Captronic grenoble 01102014 version presentee
Captronic grenoble 01102014 version presenteeCaptronic grenoble 01102014 version presentee
Captronic grenoble 01102014 version presentee
 

Mehr von Pierre Marguerite

Dea Presentation 2eme Version
Dea Presentation 2eme VersionDea Presentation 2eme Version
Dea Presentation 2eme VersionPierre Marguerite
 
Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003
Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003
Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003Pierre Marguerite
 
Analyse Retrospective Des DonnéEs De Biopuces
Analyse Retrospective Des DonnéEs De BiopucesAnalyse Retrospective Des DonnéEs De Biopuces
Analyse Retrospective Des DonnéEs De BiopucesPierre Marguerite
 
Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004
Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004
Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004Pierre Marguerite
 
Group Meeting Vamsas Project Final
Group Meeting Vamsas Project FinalGroup Meeting Vamsas Project Final
Group Meeting Vamsas Project FinalPierre Marguerite
 

Mehr von Pierre Marguerite (8)

Dea Presentation 2eme Version
Dea Presentation 2eme VersionDea Presentation 2eme Version
Dea Presentation 2eme Version
 
Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003
Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003
Dea Presentation Pierre Marguerite 24 Juin 2003
 
Expose Alzheimer2
Expose Alzheimer2Expose Alzheimer2
Expose Alzheimer2
 
Affiches Pour Le Bureau
Affiches Pour Le BureauAffiches Pour Le Bureau
Affiches Pour Le Bureau
 
Analyse Retrospective Des DonnéEs De Biopuces
Analyse Retrospective Des DonnéEs De BiopucesAnalyse Retrospective Des DonnéEs De Biopuces
Analyse Retrospective Des DonnéEs De Biopuces
 
Friday Seminar 15 10 2004
Friday Seminar 15 10 2004Friday Seminar 15 10 2004
Friday Seminar 15 10 2004
 
Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004
Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004
Facilitating Standardization And Exchange Of Array Design 11 06 2004
 
Group Meeting Vamsas Project Final
Group Meeting Vamsas Project FinalGroup Meeting Vamsas Project Final
Group Meeting Vamsas Project Final
 

Presentation Dess Ebi

  • 1. Rendre les standards de description de biopuces accessibles: réalisation d'un module de conversion inter-standard Pierre Marguerite – DESS Bioinformatique Lille EBI – Microarray Informatics Team 4 mai– 31 octobre 2004
  • 2.
  • 3. S ervices Banques de données R echerche en bioinformatique et en biologie moleculaire Industrie Promouvoir des standards Formation Heidelberg Hinxton UK Monterotondo Hamburg Grenoble Service Research Training Industry E uropean M olecular B iology L aboratory EBI
  • 4.  
  • 5. S ervices Banques de données R echerche en bioinformatique et en biologie moleculaire Industrie Promouvoir des standards Formation Heidelberg Hinxton UK Monterotondo Hamburg Grenoble Service Research Training Industry E uropean M olecular B iology L aboratory EBI
  • 6.
  • 8.
  • 9.
  • 10.
  • 12.
  • 15. Array Design File adh adr adc Header contacts Informations techniques
  • 16. Array Design File adr adc Feature /Reporter Features Reporters
  • 17. Array Design File Composite Caractéristiques Liens avec les reporters
  • 18.
  • 19.
  • 20.
  • 21.
  • 22. Une adresse : http://www.ebi.ac.uk/adf http://www.ebi.ac.uk/adf/
  • 23.
  • 24.  

Hinweis der Redaktion

  1. Stage bioinformatique
  2. I nternational network of 5 research institutes dedicated to research and service in molecular biology es 2 subdivisions majeures de l'EBI entre Recherche et Service (fournir de DB biologique). les autres roles de l'EBI consistent a assurer une mission de formation (cours EMBO reguliers, 3 sessions annuelles pour les microarrays uniquement) ainsi que la presence d'une section plus particulierement dediee au support et lien avec les industriels. (grands groupes mais aussi PME)
  3. les 2 subdivisions majeures de l'EBI entre Recherche et Service (fournir de DB biologique). les autres roles de l'EBI consistent a assurer une mission de formation (cours EMBO reguliers, 3 sessions annuelles pour les microarrays uniquement) ainsi que la presence d'une section plus particulierement dediee au support et lien avec les industriels. (grands groupes mais aussi PME)
  4. Une biopuce est un petit outil d'analyse et de diagnostic d'environ 1 cm2. Elle se présente sous la forme d'un support en verre ou en silicium sur lequel sont fixés des protéines ou des milliers de fragments d' ADN ou d' ARN . Une biopuce permet d'identifier en un temps record un grand nombre de gènes (puces à ADN ou à ARN) et de protéines (puces à protéines) ou d'en étudier le fonctionnement. Dans le domaine médical, les puces à ADN et à ARN contribuent au diagnostic de maladies infectieuses ou génétiques , à la recherche de résistances aux antibiotiques des souches microbiennes, à l'analyse de mutations géné
  5. Une biopuce est un petit outil d'analyse et de diagnostic d'environ 1 cm2. Elle se présente sous la forme d'un support en verre ou en silicium sur lequel sont fixés des protéines ou des milliers de fragments d' ADN ou d' ARN . Une biopuce permet d'identifier en un temps record un grand nombre de gènes (puces à ADN ou à ARN) et de protéines (puces à protéines) ou d'en étudier le fonctionnement. Dans le domaine médical, les puces à ADN et à ARN contribuent au diagnostic de maladies infectieuses ou génétiques , à la recherche de résistances aux antibiotiques des souches microbiennes, à l'analyse de mutations géné MGED -Microarray Gene Expression Data-, elle travaille à la standardisation des données, de leurs échanges et de leurs stockages. Ce consortium est une organisation international de biologistes, de développer et d’analystes, afin de faciliter l’échange de données de biopuces obtenues par les expérience de génomique fonctionnelle et de protéomique.
  6. besoin de standard homogene, permettant des comparaison entre biopuces Application -> differents element DNA RNA protien Heterogeneite harmonization of terminologies
  7. Metadonnes description du protocole utilisé , commentaire (Les termes employés correspondent aux recommandations MIAME et sont des objets du modèle MAGE). Reporter: dont la principale est la séquence déposée, associée à l’échantillon biologique.
  8. 16 packages au total 6 pour design
  9. Redondance des informations Plus claire et plus lisible Facilement créable (tableur)
  10. Facile a lire et a comprenddre créer ->redondance d’information
  11. Facile a lire et a comprenddre créer ->redondance d’information
  12. Vocabulaire contrôlé
  13. Gestion de projet : être autonome , proposer et prendre des décisions