O documento discute a curadoria manual da anotação funcional de genomas procariotos. Ele explica que a anotação automática pode conter erros que precisam ser corrigidos, como atribuições funcionais incorretas e entradas erradas em bancos de dados. A curadoria manual usa ferramentas como Artemis e alinhamentos de sequências para revisar a anotação, corrigir problemas como regiões não cobertas e frameshifts, e melhorar a qualidade geral da anotação.

1. Curadoria da Anotação
funcional de genomas
procariotos
Alex Ranieri J Lima
Graduando em Biomedicina
Laboratório de Tecnologia Biomolecular – UFPA
CIT - IEC

2. Anotação Funcional
 Processo que adiciona informações a
uma sequência bruta de DNA.
 Automática (RAST, FgenesB_Annotator,
MaGe)
 Curadoria manual (Editores de
sequências, Artemis)

3. Anotação Automática
 Integra informações de diversos bancos
 Algoritmos de comparação (BLASTn)
 Evidência do gene (predito, confirmado)
 Regiões de RNA

7. Visualizando os Resultados
 Artemis
 ORFs (Open Read Frame)
 CDSs (CoDing Sequences)
 OriC (Genes de origem da replicação do
cromossomo)

9. Ocorrência de Erros
 Anotação funcional automatizada se
baseia em similaridade – atribuições
errôneas de funções.
 Erro do “melhor hit”.
 Entradas errôneas nos bancos de
dados.

10. Corrigindo Erros
 Regiões não cobertas;
 Erro na montagem;
 Utilização do Artemis e um visualizador
de alinhamentos (CLC Genomics
Workbench)

12. Resultado do Blast

14. Frameshifts

15. Frameshifts
 Realizar BLAST das duas CDSs
 Verificar se possuem os mesmos
identificadores, tamanho, produto, etc.
 Verificar o alinhamento das leituras e
tentar corrigir o problema – unir as
CDSs

16. 1ª CDS

17. 2ª CDS
 Tamanho total igual
 Mesmo Produto e identificador

18. Visualizar Alinhamento

20. Conclusões
 A curadoria manual da anotação
permite corrigir:
 Nomes de Genes e Produtos
 Identificar se pseudogenes são
verdadeiros ou falsos, neste último caso
corrigi-los
 Melhorar a qualidade da anotação