Les outils 2.0 pour la recherche : pourquoi ? comment ?

DEUXIÈME_LABO_
56 BD AUGUSTE BLANQUI
F_75013 – PARIS – FRANCE

Les outils 2.0 pour la
recherche :
pourquoi ? comment ?
séminaire
ResMO
-‐
Biarritz
29
janvier
2013

| Elifsu Sabuncu
|

|
28_01_2013 | co-fondatrice _ Deuxième labo

|

|
__________________|_____________________________________________________________

Deuxième labo
• Elifsu
Sabuncu

• Antoine
Blanchard

P_ 2
HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR
ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR

Plan...
• Web 2.0, science 2.0
• 2 belles histoires
• Des usages et des outils
– Prendre des notes de façon collaborative...
– Rendre ses articles accessibles sur le web
– Faire sa biblio et la partager
– Faire sa veille et la partager
– Parler de sa recherche
– Alimenter Wikipedia
– Se mettre en réseau avec d’autres chercheurs
– Discuter, veiller, recruter

• 3 dernières choses dont vous devez avoir entendu
parler
P_ 3

Web
2.0,
science
2.0
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belles
histoires
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Des
usages
et
des
ouEls
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choses

On a dit « web 2.0 » ?
• Déﬁnition (http://fr.wikipedia.org/wiki/Web_2.0)
• Un web accessible sans connaissance technique et
interactif (permettant à chacun, de contribuer, d'échanger et
de collaborer)
• Termes proches
– crowdsourcing : faire faire aux autres
– réseaux sociaux
• Et la science 2.0 ?
– le commentaire des pairs
– science contributive
– carnets de recherche
– résolution de problèmes à plusieurs sur un wiki dédié (avaient
commencé sur les blogs qui permettaient de suivre une discussion)

P_ 4

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Deux belles histoires

Web
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1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 1/3

«Tout démarre quand Xian-Jin Li publie sur le site de pré-publications arXiv une preuve de la mythique
hypothèse de Riemann, qui résiste depuis 150 ans aux mathématiciens du monde entier, le 1er juillet 2008.»
Texte extrait de : http://press.openedition.org/172
P_ 6

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«Le lendemain, un lecteur du blog du mathématicien et lauréat de la médaille Fields Terence Tao laisse un commentaire pour signaler cette
pré-publication, en ajoutant que ce n’est pas un canular vu la réputation de l’auteur. Un jour plus tard, le 3 juillet, Terence Tao répond en
expliquant qu’il y a une erreur dans l’équation (6.9) de la page 20 et que la démonstration ne tient pas.
Entre temps, un autre commentaire est déposé chez Alain Connes, fameux mathématicien et autre lauréat de la médaille Fields et
blogueur également, pour attirer l’attention des lecteurs vers la pré-publication de Xian-Jin Li. Alain Connes répond dans la foulée et souligne
une incohérence à la page 31. Nous sommes alors le 3 juillet.» Texte extrait de : http://press.openedition.org/172

P_ 7

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«Le 6 juillet, Xian-Jin Li retire la quatrième version de son article, amendé entre temps à cause d’une erreur à la page 29. En l’espace de quelques
jours et grâce à la combinaison d’un site de pré-publications et des blogs, ce travail potentiellement révolutionnaire aura donc été porté à la
connaissance de la communauté scientifique, analysé, modifié et définitivement traité. Surtout, la blogosphère ne s’est pas limitée à l’avis
« éclairé » de quelques mathématiciens reconnus et a arbitré, commenté, pris position, etc. La recherche, elle, peut poursuivre sa route, l’intégralité de
ces échanges restant disponible grâce aux rétroliens fournis par arXiv qui permettent de retrouver les blogs qui ont discuté la pré-publication.»
Texte extrait de : http://press.openedition.org/172
P_ 8

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2. Une collaboration née sur un blog 1/3

• Un article publié en novembre 2005 dans la fameuse revue Plant
Cell, propose une explication alternative à la nouvelle forme
d’hérédité (dite non mendélienne, car ne respectant pas les règles
établies par Gregor Mendel en 1866) observée quelques mois
auparavant chez la plante modèle Arabidopsis thaliana extrait
de
h*p://
press.openedi2on.org/172

P_ 9

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«Mais on pouvait prendre connaissance de ce morceau de recherche plus de six mois auparavant, en mars 2005, sur le
blog de Reed Cartwright. Comme de nombreux blogueurs, ce doctorant avait pris connaissance du résultat étonnant et de
tout le bruit qui fut fait autour, puis avait réagi sur son blog en proposant sa vision des choses et en critiquant la revue
Nature pour avoir survendu ce résultat. Et l’histoire aurait pu s’arrêter là : ce blogueur a fait connaître au monde entier son
point de vue et passe à autre chose.»
P_ 10 extrait
de
h*p://press.openedi2on.org/172

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«Sauf que le chercheur Luca Comai a eu exactement la même idée et l’a soumise à la revue Plant Cell. Il fait une recherche Google par
acquit de conscience et s’aperçoit qu’il a été scoopé par un blogueur ! Plusieurs options s’offrent à lui et il choisit la plus généreuse et
honnête, en proposant à Reed Cartwright de devenir co-auteur de l’article. Celui-ci accepte, tout heureux de ce concours de circonstances
qui lui apporte sur un plateau son premier article scientiﬁque !
Ce que montre cette histoire, c’est la façon dont les frontières se brouillent entre billet de blog et article académique, qui peuvent proposer
le même contenu et sont traités indifféremment par les moteurs de recherche Internet, mais aussi comment le blog accélère la recherche en
s’affranchissant du délai nécessaire pour écrire, soumettre et publier un article académique.»
extrait
de
h*p://press.openedi2on.org/172
P_ 11

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Prise de notes collaboratives
OuEls
possibles
:

•
les
«pads»
(Piratepad,
par
ex.)
•
les
ouEls
accessibles
en
se
créans
un
compte
Google
(google
docs,
etc.)
•
Skype
pour
travailler
ensemble
•
un
wiki

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Rendre accessibles ses articles en ligne ?

• Choisir de publier dans des revues en accès libre
(«open access gold»
• Auto-archivage sur le site web du labo («open
access green»)
• Archives ouvertes, ex. HAL http://hal.archives-
ouvertes.fr/ .

• Attention : règles différentes d’un éditeur à l’autre
• Voir aussi l’article http://phylogenomics.blogspot.fr/
2013/01/ten-simple-ways-to-share-pdfs-of-your.html
•

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Veille bibliographique partagée

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Bibliographies partagées : à savoir
• Sont souvent basés sur un réseau socio-numérique, permettant de suivre les bibliographies de vos
contacts, et de savoir qui lit le même article que vous. L'outil propose parfois des articles "similaires" ou
"proches", ce qui permet de diversiﬁer sa bibliographie.
• On peut souvent attacher les PDF en texte intégral à ces outils (mais pas les partager sauf dans des groupes
fermés), et avoir tout au même endroit. Annoter le PDF, rajouter des mots clés et des notes concernant
l'article, pour un meilleur usage futur.
• Les bases permettent souvent export et import de l'ensemble des références dans des formats compatibles.
Donc on peut passer de l’un à l’autre.
• Parfois les différentes communautés disciplinaires utilisent plus ou moins un outil : ça vaut la peine de
regarder.
• Il existe de nombreux comparateurs en ligne. Taper dans google les noms de plusieurs logiciels à la suite.
Ou chercher "reference manager". Même une page WP : http://en.wikipedia.org/wiki/
Comparison_of_reference_management_software
• Souvent il s’agit de services gratuits qu'on peut augmenter en payant.
• Souvent il y a d’une part une version en ligne et d’autre un logiciel à installer sur votre ordinateur. Même
avec les services en ligne, on peut synchroniser souvent avec les donnés en local. Il existe souvent des
versions iphone, ipad, etc.
• Comment se lancer ? Proﬁter de l'arrivée d'un étudiant qui aime le web dans votre labo pour s'y mettre. Se
répartir les références à entrer.
• Tenir à jour une bibliographie pointue et la rendre visible est également un outil de visibilité et de mise en
valeur de l’expertise personnelle/d’un groupe. Exemples http://www.deuxieme-labo.fr/biblio/index.php et
http://www.programme-repere.fr/biblio/

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Trois outils de gestion de bibliographie
• Zotero [http://www.zotero.org/] "Zotero is a free, easy-to-
use tool to help you collect, organize, cite, and share your
research sources. It lives right where you do your work—in
the web browser itself."

• Mendeley http://www.mendeley.com/ "Mendeley is a free
reference manager and academic social network that can
help you organize your research, collaborate with others
online, and discover the latest research."

• CiteUlike http://www.citeulike.org/ : "citeulike is a free
service for managing and discovering scholarly references"

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Partager ses pages préférées : le
« Bookmarking social »
• http://fr.wikipedia.org/wiki/Social_bookmarking
• Nombreux outils, pour tous les goûts : Delicious,
Digg, Diigo, Pearltrees, Reddit, Stumbleupon...
• Aller voir des comparateurs
• Usage minimal : avoir accès à ses propres «favoris»
sur différents ordinateurs.
• Permet également de découvrir des pages
intéressantes (on cherche dans une sous-partie du
web). Exemple : https://delicious.com/delifsu/
twitter+recherche# donne 2 articles parlant de
l’usage de Twitter dans des contextes de recherche
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Les ﬂux RSS : faire venir l’info des
sites dynamiques
• Les sites dynamiques (dont le contenu change souvent,
les sites d'information, les blogs, etc) produisent
automatiquement des ﬂux RSS avec les titres des derniers
articles consultables en ligne. Il suffit alors de les récolter.

• On peut les installer dans son navigateur (Firefox,
Chrome, Safari, etc.), son maileur , un logiciel dédié
(lecteur de RSS type RSSowl, Juice etc.) ou des services en
ligne (ex. Netvibes et google reader).

• Cela permet de retrouver au même endroit l'actualité de
tous les sites que l'on veut suivre.
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Les blogs de science et de recherche
• Les repérer > lire > laisser des
commentaires > écrire ses propres
articles ou dans le désordre :)

• Des « communautés » de blogs/
blogueurs
– Association «Café des sciences»
– Hypotheses.org

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La plateforme de blogs Hypotheses.org

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La plateforme de blogs
Café des sciences

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Le Café des sciences : les thèmes

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Que faire de Wikipedia ?

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Le modèle Wikipedia
• Comme le peer reviewing : une communauté s’organise
pour établir les règles de sa légitimité.
• Savoir construit, méthodologie rigoureuse. Possède un
protocole clair, méthodique, transparent, traçable, élaboré
collectivement et sur lequel vous pouvez agir !
• Surveillance a posteriori de plusieurs niveaux
• Traçabilité = Pages «modiﬁcations», «discussions»
• http://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip
%C3%A9dia#R.C3.A9daction
• Wikipédia : 7è place des sites les + consultés en France,
près de 16 millions de visiteurs uniques/mois
(Médiamétrie, août 2011) ; 2012 : 20 millions de visiteurs
unique
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Les « Facebook de chercheurs » 1/2
• http://academia.edu/
Academia.edu is a place to share and follow research.
Share your papers. See analytics on your proﬁle and
papers. Follow other people in your ﬁeld.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Academia.edu

• http://www.researchgate.net/
For Scientists. Your reputation. Your terms.
ResearchGate was built for scientists, by scientists, with
the idea that science can do more when it's driven by
collaboration.
http://fr.wikipedia.org/wiki/ResearchGATE
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Les « Facebook de chercheurs » 1/2
• Les espaces collaboratifs de travail mis en place par les
institutions.
• Fournissent généralement des outils de blog, de
forums, de partage de ﬁchiers, de mise en réseau des
proﬁls d'utilisateurs, de gestion de groupes
d'utilisateurs, d'agrégation de données, de gestion de
contenu, de moteurs de recherche, etc. Servent parfois
aussi de vitrine dynamique pour l’extérieur.
• Exemples
– CORE du CNRS https://intra.core-cloud.net/projets/sic2013/
SitePages/Accueil.aspx
– «Carnets» de l’Université Paris Descartes http://
carnets.parisdescartes.fr/
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Twitter : une magie difficile à décrire

Un guide pratique bientôt en ligne ici :
http://penserclasser.wordpress.com/2013/01/30/un-outil-des-usages-mes-
conseils-twitter/

http://twitter.theinfo.org/296552978901508097
Autres réponses reçues :
“@tmorsellino: @squintar veille, communauté, offre d'emploi, connaissances,
hotline, fast Q/A...”
“@K_rho: @squintar Twitter est une formidable hotline LaTeX :)”
“@Alexis_Verger: @squintar veille, création d'un réseau, instantanéité, entraide,
réactivité, convivialité, dissémination des ses résultats et projets.”

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Twitter : et la matière organique ? 1/2

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Twitter : et la matière organique ? 2/2

P_ 29
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1. Évaluation et activités de diffusion

• Pourquoi ne pas être évalué aussi sur ce qu’on fait en
dehors de ses publications scientiﬁques ?
• Nouvelles “métriques” pour mesurer l’impact d’une
publication en regardant sa diffusion sur les réseaux sociaux
=> http://www.altmetric.com/
• Eysenbach G. Can Tweets Predict Citations? Metrics of Social
Impact Based on Twitter and Correlation with Traditional
Metrics of Scientiﬁc Impact J Med Internet Res
2011;13(4):e123

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2. Les chercheurs ouverts sur la société
sont aussi les plus actifs académiquement !
• Étude statistique sur 3 500 chercheurs du CNRS (rapports
d’activité). Trois modalités de diffusion ont été étudiées : la
vulgarisation, l’obtention de contrats et l’enseignement.
• Résumé : les chercheurs qui vulgarisent, enseignent (un peu,
jusqu'à 30h par an) ou qui trouvent des contrats avec des
industriels ou des partenaires institutionnels sont plus actifs
également du point de vue académique (plus de publications et
à plus fort impact). Et contrairement aux idées reçues, ces
activités ne sont pas pénalisantes pour leur carrière.
• Réf. : Pablo Jensen, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Kreimer and
Yves Croissant, Science and Public Policy August 2008 Scientists
who engage with society perform better academically
• http://perso.ens-lyon.fr/pablo.jensen/spp.pdf
• http://perso.ens-lyon.fr/pablo.jensen/vulgaCNRS.pdf
P_ 32

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3. Communiquer, ça peut servir à être cité

•
Les
arEcles
avec
un
communiqué
de
presse
sont
plus
cités...par
les
chercheurs

eux-‐mêmes
!
Très
belle
étude
avec
très
belle
méthodo
(contrôle
historique,

astucieux
et
élégant)
hZp://www.nejm.org/doi/full/10.1056/
NEJM199110173251620

P_ 33

DEUXIÈME_LABO_
56 BD AUGUSTE BLANQUI
F_75013 – PARIS – FRANCE

À vous de jouer !

| Elifsu Sabuncu
|

|
28_01_2013 | co-fondatrice _ Deuxième labo

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