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DIAGNOSI PRENATALE NELLE MALATTIE
      RARE: aspetti della diagnosi citogenetica
                     e sul DNA



                 Gabriella Restagno

S.S. Diagnostica Molecolare e Test Genetici Integrati
               AO OIRM-S.Anna, Torino



      gabriella.restagno@oirmsantanna.piemonte.it




                                           Torino, 27 GIUGNO 2008
Questioni etiche
Qualche esempio:
  Cardiopatie congenite
  Sindrome di Prader-Willi
  Forme atipiche di fibrosi cistica
Le tecnologie impiegate per la diagnosi
Etica
L’etica ed i princìpi etici si estendono a tutte le
sfere dell’attività umana
Si applica ai rapporti interpersonali, con il mondo
animale e con l’ambiente
Deve governare le interazioni non solo nella
ricerca ma anche nella vita in genere e nella
società
Serve ad identificare i comportamenti buoni,
desiderabili o accettabili, e a dare le ragioni per
tali scelte comportamentali
Include l’intero campo della scienza morale, e va
aldilà dei princìpi morali e delle regole di
condotta
Etica e genetica
     I genetisti hanno l’obbiettivo e la responsabilità di
     favorire la salute e il benessere dei pazienti, delle loro
     famiglie e della comunità in cui prestano servizio.
     Questo criterio di responsabilità professionale non
     richiede semplicemente di eseguire i test genetici e di
     utilizzare le nuove tecnologie ma di utilizzarle in modo
     non acritico.
     L’etica può influenzare il genetista a diversi livelli:
1.   Etica personale
2.   Etica professionale
3.   Etica specifica della professione (protocolli scientifici e
     standard di organizzazione del laboratorio, e di
     avanzamento della professionalità)
Aspetti etici peculiari in
                   genetica
1.   L’etica del contatto indiretto con il paziente: il contatto con il
     paziente è generalmente mediato dal clinico. Ciò pone un
     problema sul principio di autonomia, ma anche su quelli di
     giustizia, beneficialità e non maleficenza.
2.   Il lavoro di laboratorio presenta rischi fisici sia per i laboratoristi
     sia per il paziente: per es, lo scambio di campioni può portare ad
     una diagnosi scorretta e ad un trattamento inappropriato per il
     paziente. Inoltre c’è il rischio dell’uso scorretto delle informazioni
     derivanti dall’analisi (informazioni sensibili, discriminazione).
3.   Conservazione dei campioni di DNA per controlli di qualità,
     sviluppi di nuove metodologie, ricerca: sorgente di informazioni
     aggiuntive successive sul paziente (e sui suoi familiari) cui il
     paziente può non avere dato il consenso
La diagnosi molecolare delle
     malattie genetiche
Lo sviluppo della genetica molecolare ha portato
all’individuazione di numerose mutazioni genetiche
che sottendono a malattie spesso di notevole gravità
e incurabili (ad es., la malattia di Huntington, il rene
policistico dell’adulto autosomico dominante ecc..)

Ciò permette di diagnosticare la malattia nel soggetto
sintomatico, ma ha fatto sorgere rilevanti problemi
etici.

    Diagnosi di malattie genetiche croniche nei
   soggetti asintomatici a rischio
    Identificazione di marcatori genetici di rischio di
   malattia
    Diagnosi prenatale di malattie genetiche croniche
Diagnosi prenatale di malattie
          genetiche croniche

La diagnosi prenatale di malattie genetiche è oggi molto
diffusa, in presenza di un rischio noto di trasmissione di
particolari malattie non curabili e clinicamente gravi,
quali la distrofia muscolare di Duchenne. È ovvio che
questa indagine prelude alla possibilità di interruzione
della gravidanza in caso di positività del test.

La diagnosi genetica prenatale pone almeno due
problemi etici:
   il primo è quello relativo alla sensibilità e al valore predittivo del
   test genetico
   il secondo quello relativo alla scelta di interruzione di gravidanza
   in caso di malattie genetiche scarsamente invalidanti o che si
   manifestano solo in età adulta o avanzata.
LE NUOVE TECNOLOGIE PONGONO
      NUOVI PROBLEMI ETICI


•Pannelli per l’analisi rapida delle
mutazioni più frequenti, determinate su
basi epidemiologiche (kit anche fai da
te)
•Analisi contemporanea di un elevato
numero di mutazioni note e non note,
anche in geni diversi: (multiplex PCR)
•Sequenziamento in tempo reale
•Analisi con microarray e macroarry
•WGA, CGH ecc…
Problemi etici in genetica: :
interpretazione del significato
        delle mutazioni
Database

Anamnesi familiare

Mutazioni “de novo”

Espressione variabile (geni modificatori,
eterogeneità allelica o di locus, fattori
ambientali, pleiotropismo)

Penetranza incompleta
Prevalenza delle cardiopatie congenite
                (CC)

Sono la forma più comune di difetto alla nascita
(1/145 nati vivi)
Un quarto associato a dismorfismi (diagnosi di
sindrome)
Nel 11.9% associate anomalie cromosomiche,
nel 7,4% mutazioni geniche
Nelle CC isolate raramente la causa è
monogenica; poiché la prevalenza nei familiari di
pazienti con CC isolata è superiore a quella solo
probabilistica (2%-16% contro 0,4%-0,8%) si
ipotizza una componente genetica
CAUSE GENETICHE NOTE DI CC (20%)


SINDROMI MENDELIANE

SINDROMI CROMOSOMICHE

EREDITA’ MENDELIANA-NON SINDROMICA

NON MENDELIANE-NON SINDROMICHE
I principali stadi dello sviluppo cardiaco nel topo e
        l’espressione delle proteine nella morfogenesi (studi
                            su topi “knockout”)




Da Nemer M, 2008
I siti delle CC maggiori. Lo stesso fattore di trascrizione è
 correlato a difetti differenti, e lo stesso difetto può essere
      causato da più di un gene (eterogeneità allelica ed
                     eterogeneità genetica)




Da Nemer M, 2008
Tecnologie di diagnosi citogenetica e sul DNA




                            DPN
                          invasiva
Cariotipo “classico”
Prepared from chromosome
metaphase spreads
Requires dividing cells
Each chromosome has its
unique staining pattern
Results need to be read and
interpreted by a certified
cytogeneticist
Resolution of technique is ~5
Mb
Test “rapidi” prenatali per le
    sindromi da aneuploidia
QF-PCR



FISH



Array- CGH
QF-PCR Triploidy




                   QF-PCR Trisomy 13
QF-PCR Trisomy 21




                    QF-PCR Trisomy 18
Casistica Centro Ecografia e Struttura di Genetica
         S.Anna Torino 2003- 2007 (6050 casi):
   - 4704 QF-PCR su LA
  - 1340 QF-PCR su CV


   Risultati patologici: 278/6050 (4,5%)
         163 trisomie 21 (2,7%)
         62 trisomie 18 (1,02%)
         20 trisomie 13 (0,3%)
          5 triploidie (0,08%)
         15 Turner s. (0,25%)
+21, +18 and +13 mosaicismi: 13 (0,21%)
METODICA FISH
FISH (fluorescence in situ hybridization)
Requires investigation of several dividing cells
Microscopic visualization of fluorescent probes
specifically binding to complementary regions of
the chromosome
Resolution 100 – 500 kb
FISH per Diagnosi di DiGeorge S.
SNPs per Diagnosi di DiGeorge S.
SNPs per Diagnosi di DiGeorge S.
aCGH permette il passaggio da dati soggettivi a dati
                    quantitativi




  Today’s predominant technology
Microscopic imaging of chromosomes




                                     aCGH provides a visual representation of data generated
La corretta diagnosi è fondamentale
 per il calcolo del rischio di ricorrenza




Journal of American College of
Cardiology, 2003, 42:923-29
Come sta cambiando la
classificazione genetica della
              FC
  Da malattia “monogenica” a malattia
               complessa
Basi genetiche “semplici” e basi genetiche
                     “complesse”




Ereditarietà “semplice”, correlazione
          Genotipo-fenotipo             Caratteri Complessi: interazione
                                               Geni + ambiente
Genotype-Phenotype Correlations
                                                 Sweat gland:
                                                      GOOD




       Genotype
                                       Pancreas: GOOD




                             Lung: BAD



                  Adapted from Welsh and Smith. Sci Am. 1995;273:52-59.
Mutazioni CFTR e conseguenze
             cliniche
           CBAVD,
            COPD,
Normale   pancreatite,   PS   CF    PI
             etc.
                          Scala di gravità



                                   Mutazioni tipiche



                          Mutazioni atipiche
Effettori del fenotipo CFTR
Genotipo CFTR


Difetto di base

                  Geni modificatori
   Sintomi
                  Fattori ambientali
Effettori di CF tipica e atipica
genotipo CFTR
                 Geni modificatori
  CF tipica      Fattori
                 ambientali

genotipo CFTR
                 Geni modificatori
 CF atipica      Fattori
                 ambientali
Potenziali geni modificatori

Inibitore delle Proteasi (PI): mutazioni Z e S

Emocromatosi ereditaria (HFE): Cys282Tyr

Transforming growth factor beta (TGFβ1)

Mannose Binding Lectin-2 (MBL2)
Esempi di malattie oligogeniche
Malattia        OMIM 1° locus   2° locus   Effetto
Fibrosi         603855 CFTR     CFM1       Soppressore
Cistica
Sordità         220290 GJB2     GJB6       Digenico
congenita
Retinite        180721 RDS      ROM1       Digenico
pigmentosa
Cistinuria      600918 SLC7A9   SLC3A1     Digenico?
tipoIII
Ipercolester.   143890 LDRL     13q        Soppressore
familiare
SMA             603011 SMN1     H4F5    Modifica
                                        gravità
SLA             147450 SOD1     CNTF    Modifica
                                        gravità
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Master Restagno 27 Giu 08

  • 1. DIAGNOSI PRENATALE NELLE MALATTIE RARE: aspetti della diagnosi citogenetica e sul DNA Gabriella Restagno S.S. Diagnostica Molecolare e Test Genetici Integrati AO OIRM-S.Anna, Torino gabriella.restagno@oirmsantanna.piemonte.it Torino, 27 GIUGNO 2008
  • 2. Questioni etiche Qualche esempio: Cardiopatie congenite Sindrome di Prader-Willi Forme atipiche di fibrosi cistica Le tecnologie impiegate per la diagnosi
  • 3. Etica L’etica ed i princìpi etici si estendono a tutte le sfere dell’attività umana Si applica ai rapporti interpersonali, con il mondo animale e con l’ambiente Deve governare le interazioni non solo nella ricerca ma anche nella vita in genere e nella società Serve ad identificare i comportamenti buoni, desiderabili o accettabili, e a dare le ragioni per tali scelte comportamentali Include l’intero campo della scienza morale, e va aldilà dei princìpi morali e delle regole di condotta
  • 4. Etica e genetica I genetisti hanno l’obbiettivo e la responsabilità di favorire la salute e il benessere dei pazienti, delle loro famiglie e della comunità in cui prestano servizio. Questo criterio di responsabilità professionale non richiede semplicemente di eseguire i test genetici e di utilizzare le nuove tecnologie ma di utilizzarle in modo non acritico. L’etica può influenzare il genetista a diversi livelli: 1. Etica personale 2. Etica professionale 3. Etica specifica della professione (protocolli scientifici e standard di organizzazione del laboratorio, e di avanzamento della professionalità)
  • 5. Aspetti etici peculiari in genetica 1. L’etica del contatto indiretto con il paziente: il contatto con il paziente è generalmente mediato dal clinico. Ciò pone un problema sul principio di autonomia, ma anche su quelli di giustizia, beneficialità e non maleficenza. 2. Il lavoro di laboratorio presenta rischi fisici sia per i laboratoristi sia per il paziente: per es, lo scambio di campioni può portare ad una diagnosi scorretta e ad un trattamento inappropriato per il paziente. Inoltre c’è il rischio dell’uso scorretto delle informazioni derivanti dall’analisi (informazioni sensibili, discriminazione). 3. Conservazione dei campioni di DNA per controlli di qualità, sviluppi di nuove metodologie, ricerca: sorgente di informazioni aggiuntive successive sul paziente (e sui suoi familiari) cui il paziente può non avere dato il consenso
  • 6. La diagnosi molecolare delle malattie genetiche Lo sviluppo della genetica molecolare ha portato all’individuazione di numerose mutazioni genetiche che sottendono a malattie spesso di notevole gravità e incurabili (ad es., la malattia di Huntington, il rene policistico dell’adulto autosomico dominante ecc..) Ciò permette di diagnosticare la malattia nel soggetto sintomatico, ma ha fatto sorgere rilevanti problemi etici. Diagnosi di malattie genetiche croniche nei soggetti asintomatici a rischio Identificazione di marcatori genetici di rischio di malattia Diagnosi prenatale di malattie genetiche croniche
  • 7. Diagnosi prenatale di malattie genetiche croniche La diagnosi prenatale di malattie genetiche è oggi molto diffusa, in presenza di un rischio noto di trasmissione di particolari malattie non curabili e clinicamente gravi, quali la distrofia muscolare di Duchenne. È ovvio che questa indagine prelude alla possibilità di interruzione della gravidanza in caso di positività del test. La diagnosi genetica prenatale pone almeno due problemi etici: il primo è quello relativo alla sensibilità e al valore predittivo del test genetico il secondo quello relativo alla scelta di interruzione di gravidanza in caso di malattie genetiche scarsamente invalidanti o che si manifestano solo in età adulta o avanzata.
  • 8. LE NUOVE TECNOLOGIE PONGONO NUOVI PROBLEMI ETICI •Pannelli per l’analisi rapida delle mutazioni più frequenti, determinate su basi epidemiologiche (kit anche fai da te) •Analisi contemporanea di un elevato numero di mutazioni note e non note, anche in geni diversi: (multiplex PCR) •Sequenziamento in tempo reale •Analisi con microarray e macroarry •WGA, CGH ecc…
  • 9. Problemi etici in genetica: : interpretazione del significato delle mutazioni Database Anamnesi familiare Mutazioni “de novo” Espressione variabile (geni modificatori, eterogeneità allelica o di locus, fattori ambientali, pleiotropismo) Penetranza incompleta
  • 10. Prevalenza delle cardiopatie congenite (CC) Sono la forma più comune di difetto alla nascita (1/145 nati vivi) Un quarto associato a dismorfismi (diagnosi di sindrome) Nel 11.9% associate anomalie cromosomiche, nel 7,4% mutazioni geniche Nelle CC isolate raramente la causa è monogenica; poiché la prevalenza nei familiari di pazienti con CC isolata è superiore a quella solo probabilistica (2%-16% contro 0,4%-0,8%) si ipotizza una componente genetica
  • 11. CAUSE GENETICHE NOTE DI CC (20%) SINDROMI MENDELIANE SINDROMI CROMOSOMICHE EREDITA’ MENDELIANA-NON SINDROMICA NON MENDELIANE-NON SINDROMICHE
  • 12. I principali stadi dello sviluppo cardiaco nel topo e l’espressione delle proteine nella morfogenesi (studi su topi “knockout”) Da Nemer M, 2008
  • 13. I siti delle CC maggiori. Lo stesso fattore di trascrizione è correlato a difetti differenti, e lo stesso difetto può essere causato da più di un gene (eterogeneità allelica ed eterogeneità genetica) Da Nemer M, 2008
  • 14. Tecnologie di diagnosi citogenetica e sul DNA DPN invasiva
  • 15. Cariotipo “classico” Prepared from chromosome metaphase spreads Requires dividing cells Each chromosome has its unique staining pattern Results need to be read and interpreted by a certified cytogeneticist Resolution of technique is ~5 Mb
  • 16. Test “rapidi” prenatali per le sindromi da aneuploidia QF-PCR FISH Array- CGH
  • 17. QF-PCR Triploidy QF-PCR Trisomy 13
  • 18. QF-PCR Trisomy 21 QF-PCR Trisomy 18
  • 19. Casistica Centro Ecografia e Struttura di Genetica S.Anna Torino 2003- 2007 (6050 casi): - 4704 QF-PCR su LA - 1340 QF-PCR su CV Risultati patologici: 278/6050 (4,5%) 163 trisomie 21 (2,7%) 62 trisomie 18 (1,02%) 20 trisomie 13 (0,3%) 5 triploidie (0,08%) 15 Turner s. (0,25%) +21, +18 and +13 mosaicismi: 13 (0,21%)
  • 20. METODICA FISH FISH (fluorescence in situ hybridization) Requires investigation of several dividing cells Microscopic visualization of fluorescent probes specifically binding to complementary regions of the chromosome Resolution 100 – 500 kb
  • 21. FISH per Diagnosi di DiGeorge S.
  • 22. SNPs per Diagnosi di DiGeorge S.
  • 23. SNPs per Diagnosi di DiGeorge S.
  • 24. aCGH permette il passaggio da dati soggettivi a dati quantitativi Today’s predominant technology Microscopic imaging of chromosomes aCGH provides a visual representation of data generated
  • 25. La corretta diagnosi è fondamentale per il calcolo del rischio di ricorrenza Journal of American College of Cardiology, 2003, 42:923-29
  • 26. Come sta cambiando la classificazione genetica della FC Da malattia “monogenica” a malattia complessa
  • 27. Basi genetiche “semplici” e basi genetiche “complesse” Ereditarietà “semplice”, correlazione Genotipo-fenotipo Caratteri Complessi: interazione Geni + ambiente
  • 28. Genotype-Phenotype Correlations Sweat gland: GOOD Genotype Pancreas: GOOD Lung: BAD Adapted from Welsh and Smith. Sci Am. 1995;273:52-59.
  • 29. Mutazioni CFTR e conseguenze cliniche CBAVD, COPD, Normale pancreatite, PS CF PI etc. Scala di gravità Mutazioni tipiche Mutazioni atipiche
  • 30. Effettori del fenotipo CFTR Genotipo CFTR Difetto di base Geni modificatori Sintomi Fattori ambientali
  • 31. Effettori di CF tipica e atipica genotipo CFTR Geni modificatori CF tipica Fattori ambientali genotipo CFTR Geni modificatori CF atipica Fattori ambientali
  • 32. Potenziali geni modificatori Inibitore delle Proteasi (PI): mutazioni Z e S Emocromatosi ereditaria (HFE): Cys282Tyr Transforming growth factor beta (TGFβ1) Mannose Binding Lectin-2 (MBL2)
  • 33. Esempi di malattie oligogeniche Malattia OMIM 1° locus 2° locus Effetto Fibrosi 603855 CFTR CFM1 Soppressore Cistica Sordità 220290 GJB2 GJB6 Digenico congenita Retinite 180721 RDS ROM1 Digenico pigmentosa Cistinuria 600918 SLC7A9 SLC3A1 Digenico? tipoIII Ipercolester. 143890 LDRL 13q Soppressore familiare SMA 603011 SMN1 H4F5 Modifica gravità SLA 147450 SOD1 CNTF Modifica gravità Usher tipoI 276903 USH3 MyoVIIA Sinergico