Climcor cyber-carotheque-v1 resomar-2014

CLIMCOR: paleoCLIMatic CORing: High Resolution and Innovations
Carottage paléoclimatique: Haute Résolution et Innovations
http://climcor-equipex.dt.insu.cnrs.fr
1
ANR-11-EQPX-0009-CLIMCOR
Dir. Denis-Didier Rousseau (denis.rousseau@lmd.ens.fr), Dir. Adj. Michel Calzas (michel.calzas@dt.insu.cnrs.fr)
Portail national des carottages Français
« Cyber-carothèque nationale »
Quels enjeux pour la gestion conservatoire
des carottes sédimentaires et de leurs méta-données ?
(maquette démonstrative)
****
Présenté par, Cécile Pignol , Coordinateur du projet (IE - Laboratoire EDYTEM – C2FN)
Fabien ARNAUD (EDYTEM), Arnaud CAILLO, Xavier CROSTA (EPOC)
Elodie GODINHO (DT INSU)
Loic PETIT DE LA VILLEON, Vanessa TOSELLO (IFREMER)
Eva Moreno (MNHN)
****
Colloque RESOMAR, Bordeaux, 24-26 Novembre 2014
Direction Denis-Didier Rousseau – Dir-Adj : Michel - ANR-11-EQPX-0009-CLIMCOR
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=> INITIATIVE TRANSVERSALE AUX 3 WP CLIMCOR
« PORTAIL NATIONAL DES CAROTTAGES SCIENTIFIQUES »
CAROTTAGES MARINS, CÔTIERS, LACUSTRES, FLUVIAUX, TERRESTRES
ADOSSEE AU C2FN Centre national de forage national
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Dans quel contexte s’inscrit ce projet de Cyber-carothèque ?
Volet «Cyber-carothèque nationale»
CONTEXTE NATIONAL
Retard dans la gestion des prélèvements et échantillons en France Concept de la gestion conservatoire (curation) carottes sédimentaires peut abordé en France
CONTEXTE DE LA MONTÉE EN PUISSANCE DE L’OPEN-DATA EN RECHERCHE
Incitation à valoriser & pérenniser les (méta)-données de la recherche H2020
CONTEXTE DE MOBILISATION INTERNATIONALE CROISSANTE
Projet E-infrastructures innovantes, … au EU et UE BELMONT-FORUM « E-Infrastructures & data management » DESC / EARTHCUBE «Community-led cyberinfrastructure to promote data sharing for Geosciences» SEADATANET «Cyberinfrastructure of data … of the seas and oceans »
Portails internationaux de diffusion de métadonnées NOAA/IMLGS - ICDP
Diffusion de « bonnes pratiques » de procédures de curating Consortium International des curateurs (16ème meeting, avr 2015, Texas), LaCORE
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Pourquoi est-ce le bon moment traiter de cette question ?
SCIENTIFIQUE
Accroissement de la mutualisation des prélèvements, des plateformes (demande des chercheurs & des financeurs)
Besoin d’accompagnement labos français, mise en oeuvre d’actions de curation
INSTITUTIONNEL
Cadre règlementaire français (Directive INSPIRE) obligatoire 2017
Cadre incitatif (H2020) pour le Libre Accès aux données de la recherche Open Research Data, en préconisant la définition préalable de Plan Management Données
TECHNIQUES
Moyens technologiques (BDr, interopérabilité, webservice, Persitant ID)
OPERATIONEL
Nouveaux investissements
-Moyens de forages (Equipex Climcor)
-Saturation, agrandis. / modernisation ou transfert de carothèques physiques (EPOC, IFREMER, EDYTEM, CHRONO-ENVIRON.)
 OUVRE DE NOUVELLES PERSPECTIVES ET APPROCHES DMP 6 concepts fondamentaux qui déterminent l’ organisation - de la collecte - du traitement - de l’analyse - de La Conservation - de L’ accès / Diffusion - de la réutilisation

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DONNÉES EN RECHERCHE
=> Plus on descend vers la base de la pyramide, plus il est difficile d'établir un lien entre les articles, les données sous-jacentes
Données publiées dans les articles scientifiques représentent seulement la « partie émergée de l'iceberg » du BIG DATA
Rôle du scientifique :
Dataset associées aux publis
=> WDC : PANGAEA – NOAA
et les prélèvements
VISIBILITE

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POURQUOI IL NE FAUT NEGLIGER CE PROJET ?
PRELEVEMENTS – ECHANTILLONS (BD Cyber-carothèque)
Rôle du scientifique :
Dataset associées aux publis
=> WDC : PANGAEA – NOAA
PLAN MANAG. DATA
(DMP) – H2020
Données publiées dans les articles scientifiques représentent seulement la « partie émergée de l'iceberg » du BIG DATA
La curation des ech. = un des SOCLES d’un futur DMP en PALEOSCIENCES ?
VISIBILITE

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COMMENT ABORDER LA GESTION CONSERVATOIRE (CURATION) DES CAROTTES SÉDIMENTAIRES ?
PRELEVEMENTS
Rapport Mission carottage
DONNEES
METADONNEES
EN N’OMETTANT AUCUN DES 3 FLUX RELIANT LES 3 POLES COMPOSANT LA CURATION (CAROTTES SEDIMENTAIRES)
EN STRUCTURANT LES 3 POLES COMPOSANT LA CURATION (CAROTTES SEDIMENTAIRES)

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1. De portails internationaux existants
IMLGS (NOAA)
« Index to marine and
lacustrine Geological
Samples»
ICDP / GESEP
« Virtual core repository »
IODP – D.I.S
«Syst. d’information
des données de carottages »
EXPERIENCES & PROJETS INTERNATIONAUX
2. Identifiants pérennes internationaux opérationnels (Persitant ID) - PID des publications ou jeux de données DOI, ARK - Le système international de référencement des échantillons DESC/SESAR-IGSN (International GeoSample Number) - PID des chercheurs ORCIDRESEARCH ID - PID institutions ISNI
IGSN :
EDY-LDB14P1
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Des projets historiques….
Carothèque nat. physique
(anciens projets CALIFF, JURA)
Depuis quelques années
=> proto- cartothèques virtuelles
CONTEXTE NATIONAL :
Identification des labos gérant des carothèques
Initiatives de BDr locales, inégales et toujours non- coordonnées
-MNHN – BG GEOCORES (v2)
-EPOC – BD GEOSCIENCES (v2)
-IFREMER – BD BGMB (v2)
-LGGE – BD EPICA (v2)
-EDYTEM – BDD EDYTEM (v1)
… ailleurs, des listes xls, +/- à jour
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Nice

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LES BESOINS IDENTIFIES
A quelles questions le système d’information devrait répondre ?
Niv 1 : (niveau d’information d’INSPIRE)
- Historique de la prise de la carotte (mission) : qui, pour qui (PI), ou, comment (Logistique, techniques), pourquoi (objectifs scientifiques) => RAPPORT MISSION Carottage
- Où se trouve l’objet physique ? => GESTION DE STOCKS
Niv2 :
- Puis-je échantillonner (reste-t-il du sédiment …), qui contacter ?
- Suivi analytique : Qu’est-ce qui a déjà été fait sur ce prélèvement : Quels types de données existe-t-il ? (acquisition routines, analyses spécifiques)
Niv3 :
- Niveau de la donnée existante (brute, nettoyée )
et la qualité de la données (Protocoles, paramètres …) ?
- Comment retrouver les données à long terme (accès, partage, embargo, …),
- Comment la ré-utiliser (Charte d’utilisation, Licences d’utilisation) ?
Concept du « LIMS »
Laboratory Information management system
=> ENTREPOTS DATA
=> LIMS

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LES BESOINS IDENTIFIES
A quelles questions le système d’information devrait répondre ?
Niv 1 : (niveau d’information d’INSPIRE)
- Historique de la prise de la carotte (mission) : qui, pour qui (PI), ou, comment (Logistique, techniques), pourquoi (objectifs scientifiques) => RAPPORT MISSION Carottage
- Où se trouve l’objet physique ? => GESTION DE STOCKS
Niv2 :
- Puis-je échantillonner (reste-t-il du sédiment …), qui contacter ?
- Suivi analytique : Qu’est-ce qui a déjà été fait sur ce prélèvement : Quels types de données existe-t-il ? (acquisition routines, analyses spécifiques)
Niv3 :
- Niveau de la donnée existante (brute, nettoyée ) et la qualité de la données (Protocoles, paramètres …) ?
- Comment retrouver les données à long terme (accès, partage, embargo, …),
- Comment la ré-utiliser (Charte d’utilisation, Licences d’utilisation) ?
=> ENTREPOTS DATA
=> LIMS
Concept du « LIMS »
Laboratory Information management system
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ETAT ACTUEL : saturation (17km carottes) Dép. Géosciences Marines et Environ. Littoral
Tech. ou chercheurs gèrent archivage (+/- libre-service)  BGMN  BGMB v1
PROJET: stockage pour 20/30ans IFREMER+SHOM  lancement de la construction en Janv. 2015 - lithothèque roches (20°C) = 700 m2 - carothèque (4°C)=450m2  76.000étuisx1m= 38km  € : 50% Région Bretagne + 10% SHOM + 40% IFREMER PROJET GESTION / CURATION
Inventaire précis pour le futur déménagement
Accès contrôlé (Poste avec profil « curateur »)  Outils numérique 2014-2015 : - Particip. «Portail commun Cyber-carothèque» - Develop. Logiciels embarqués Casino+ & Sealog (méta(données) depuis la campagne à la mer) - Restructration BD BGMB v2
Banque de Géologie Marine Nationale BD BGMB
BD BGMN (2000) (ex Base BRGM)
BD BGMB v1 (2006) - Métadonnées carottes + roches (prélèv. + échantillons) - Montée en base des fichiers d’analyses (DATA) (chimiques, granulo, stratigraph. litholog.)
CAROTHEQUES PHYSIQUES
(nouveaux projets)
BD BGMB v2 (2014)
-Interface consultation & visualisation
-Interface saisie des mises à jour (LIMS)
-Gestion de stocks
-Diffusion : Dévelop. service web (2015)

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ETAT ACTUEL : saturation (8km carottes) « Plateforme d'analyses automatisées carottes»
1 IE + 2 TECH. (tps partiel.)
+/- libre-service (gestion tech. ou chercheur)
 BD GEOSCIENCES (portail, métadonnées, suivi )
PROJET de nouvelle carothèque :
 Construction en cours => fin2015 - Carothèque (4°C)=100m2 + échantillon sec = 200m²  11.000 étuis x 1,5m= 16km - € : Plan Campus Université de Bordeaux GESTION / CURATION  Inventaire précis pour le futur déménagement  Accès contrôlé via ITA de la Plateforme  Outils numérique (OASU + CLIMCOR/C2FN) 2014 : « Cyber-carothèque nationale » (nb : Cyber-Caroth. DEMO sur architecture «BD GEOSCIENCES » ) 2015? Outils de gestion plus fin (C2FN, OASU ?) BD GEOSCIENCES -Organiser, centraliser et pérenniser les DONNEES paléoclimat (MySQL) -Géolocalisation carottes (ArcGIS) > BD Carothèque Géosciences (Carottes) (PaléoClimat v2) 2013: - Portail géoloc. des carottes (GoogleMaps API) - Organiser, centraliser et pérenniser les métadonnées - Accès à les fichiers de données (personnels UMR) - Fichier de traçabilité analytique sur une carotte -Proto Gestion stock (localisation dans les caves)
CAROTHEQUES PHYSIQUES
(nouveaux projets)
> BD PaléoClimat v0,v1 (DATA)

http://climcor-equipex.dt.insu.cnrs.fr 14
Dir. Denis-Didier Rousseau (denis.rousseau@lmd.ens.fr), Dir. Adj. Michel Calzas
(michel.calzas@dt.insu.cnrs.fr)
En Paléosciences
intra-labo, inter-labo, inter-instituts ou inter-organismes
-Faible informations des prélèvements (à la source)
-Difficulté gestion des stocks d’échantillons
-Difficulté de suivi des actions analytiques et de synthèse
-Faible gestion des données (plateformes et/ou projets)
-Pas de partage d’informations (métadonnées)
Question des prélèvements et échantillons (CURATION)
N’a JAMAIS été TRAITÉE dans sa GLOBALITÉ parce qu'elle NE PEUT
PAS ETRE TRAITEE à l’échelon d’un seul laboratoire
CAROTTES MUTUALISEES + ACTIONS MULTI-PARTENAIRES
SYNTHESE DES CONSTATS en France
A quel grain faudrait-il traiter cette question ?
=
RUPTURES FLUX D’INFORMATION
DANS LES WORK & DATAFLOW
 LE WORK & DATAFLOW est GLOBAL & NATIONAL

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La Cyber-carothèque
Nationale =
Projet inter-organismes ?
 via des procédures de curation et un outil adapté
CO-PILOTAGE
Coordination de projet
Cécile PIGNOL- Resp. plateau tech. sédimentologie , Géomaticienne EDYTEM – Université de Savoie Mont-Blanc
Chefs projet Informatique
Arnaud CAILLO- Resp. Sys. Informations – OASU – EPOC
Karim BERNARDET- Resp. Sys Informations –DT INSU (soutien C2FN)
EQUIPE PROJET « Curation » créée en mars 2014
COORDINATION SCIENTIFIQUE
MARIN Xavier CROSTA - CNRS INSU
Participation - Bernard DENNIELOU, Gilbert MAUDUIRE - IFREMER
- Eva MORENO (Muséum / Collection ) - MNHN
GLACE Jérôme CHAPPELLAZ - CNRS INSU (+ Curateur LGGE, G TESTE)
CONTINENT Fabien ARNAUD - CNRS INEE + Co-Pil « WP Climcor-Continent »
Développement Informatique
Elodie GODINHO- Dev. Informatique, DT INSU
Arnaud CAILLO- Dev. Informatique - OASU – EPOC
Extraction inventaire BD existantes
Lola Johannes (MNHN) - Vanessa TOSELLO (SISMER – IFREMER), C PIGNOL (EDYTEM)
Direction Denis-Didier Rousseau – Dir-Adj : Michel Calzas
COMMENT organiser le circuit de collecte & diffusion des métadonnées ?
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HISTORIQUE
Portail national Inter-organismes
CNRS – IFREMER – MNHN – INRA
La cyber-carothèque nationale
Une BD modulaire en plusieurs phases
PHASE 3 : Système de gestion d’info. de laboratoire (LIMS)
Métadonnées d’analyse
(quels échantillons, quelles analyses, dispo. du matériel etc.)
PHASE 2 : Rapport de mission «carottage» en ligne
Métadonnées de sondage
(détails des opérations, localisation, noms des carottes etc.)
Outils à développer
PHASE 1
INVENTAIRES (LEGACY)
LABOS
LABOS
LABOS
Outil important à développer
qu’attendent
les labos
GESTION STOCK
Inter-labo
AVENIR

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http://www.climcor-cyber.fr/cores/
/28
PHASE 1 2014 : Maquette du PORTAIL NATIONAL COMMUN
en cours depuis mai 2014
1- GESTION DU LEGACY : Récolte/import des inventaires - recommandée si BD existante dans un labo, - appuis sur le réseau Zones Ateliers INEE «Projet Inter-ZA Archives Sed.»2014 - sinon, du cas par cas
2- CONSULTATION des metadonnées via la maquette Cyber-carothèque (livr. Nov2015) - Consultation des missions, points de carottage, sections, analyses - Requête simples sur métadonnées
1er Trim2015 : Validation de la démarche INTER-ORGANISMES
(CNRS – MNHN – IFREMER – IPEV – INRA – IRD)
Carotte (Métadonnées mini)
Nom mission
Nom carotte
Chef de mission
Site - Lac
Année
Nb sections
LATITUDE
LONGITUDE
Profondeur bathy
Longueur totale
Localisation_archive
Localisation_travail
Pi 1 – PI 2
…/…

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Qualité
-Vérification de la qualité des inventaires existants
-Aider les laboratoires à mettre en oeuvre leur inventaire => protocole (ex : prochainement assistance à ISEM Montpellier M-P LEDRU)
PHASE 1 : LIMITES ACTUELLES (-> Consolidation 2015)
Homogénéisation des vocabulaires  Thésaurus
un travail collectif d’harmonistation Engins de forage (en cours), Campagne ou Mission, Analyses, …
COMMENT ?
Réunir les communautés en groupe de travail Com. Continent = support Co-Pil Climcor, Com. Marines => ?  Table ronde ? Journées Paléocéano, Brest au printemps , Fev2014  Proposer Atelier / Session « Open-data », ASF 2015 (Nov.) à Chambéry
Mise en oeuvre des ID existants  SESAR, ORCID, ISNI

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PHASE 2 : OBJECTIF 2015
1- Dévelop. des modules «Rapport de mission carottage»  TRACABILITE histoire du prélèvement : - Applications synchronisables, type « carnet terrain électronique » - Archivage métadonnées de carottage & données brutes (Photos, données in-situ,….) - Intérop. INSPIRE, Publication annuelle des RM (DOI) à minima pour missions C2FN - Codification syst. des carottes SESAR–IGSN + Localisation du répository d’accueil - Visibilité internationale
CONTINENT
MARIN
GLACE
RM sur le modèle actuel EDYTEM
=> 2015
UMS FLOTTES
IPEV / IFREMER ?
En cours
LGGE
LSCE-CEREGE
A préciser !
AVANTAGES
DT INSU
RAPPORT MISSION
CAROTTAGE
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MARIN
« Rapport de campagne » (UMS FLOTTE / IFREMER)
Rapport de « mission de carottage » (Métadonnées) MARION-DUF. IPEV FLOTTE IFREMER FLOTTE INSU
MAIS la démarche reste inhérente à :
- VALIDATION DEMARCHE PORTAIL COMMUN INTER-ORGANISMES
- REUNION DES ACTEURS OPERATIONNELS
X
METHODE CAPTATION METADONEES
En cours à l’IPEV (DT INSU-IPEV)
En cours de dev. Suite logiciel IFREMER
PHASE 2 (2015) Rapport de mission en ligne (info à la source)
Versement des métadonnées récoltées dans portail commun Cyber-carothèque
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Un exemple d’un workflow opérationnel en 2015
=> Rapport mission OPERATIONS
(Futur flux de données FLOTTE IFREMER)
- Récupère les évènements de CASINO+
-Permet de gérer les opérations et les échantillons
CASINO+
(cahier de quart électronique)
SEALOG
(ex Alamer)
BDD à terre
- BGMB v1
- Autres …
Connecté aux capteurs du navire
Permet d’enregistrer, dater et géoréférencer automatiquement les évènements d’une campagne
Cyber- carothèque nationale

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PHASE 2 & 3 : Nouveaux objectifs 2015 ?
1-PHASE 2 : Développement des modules «Rapports de mission carottage»
Cyber-carothèque
2-PHASE 2 : Développement d’un module «Gestion de stocks» national »
CONSOLIDATION des inventaires EN COURS => outil de mise à jour des FLUX de carottes
PREPARATION des MODALITES DE GESTION DE NOUVELLES carothèques (EPOC) … et des autres ?
 INTERACTION MÉTHODOLOGIQUE ENTRE EPOC&OASU – IFREMER – MNHN – C2FN ?
3-PHASE 3 : Préparation du PROJET NATIONNAL «E-Infrastructure …» ?
Dépôt en Octobre 2015
 Quelles interactions avec les autres réflexions initiées en 2014 ?
Prospective INSU 2014,
« Réflexion sur les carothèques marines et la gestion des prélèvements » Frank BASSINOT, Jean-Pierre VALET
Pôle thématiques / Pole de donnée « Terre Solide » Macia MAIA, Chargée de mission INSU Géosc. marines
« Démarche concernant l’inventaire des données d’échantillons géologiques et échantillons de roches marines»
Belmont-Forum "E-Infrastructures and Data Management Collaborative Research Action »
Jean-Pierre Vilotte, IPGP (SC Co-Lead, Steering Committee)
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Les carothèques sont pleines,
les communautés sont au pied du mur, mais elles semblent mures !
 Aidons-les à se mobiliser pour l’avenir !

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Maquette développée et hébergée par EPOC OASU 2014
=> Transfert pour pérennisation au C2FN via DT INSU (2015)
2.878 carottes issues de 299 missions
http://www.climcor-cyber.fr/cores/

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Une architecture semi-distribuée : Interopérabilité
IHM Usage Privé
+ Base de Données
Carothèque Marine
(EPOC)
Données
IHM Usage Privé
+ Base de Données
Carothèque Marine
(MNHM)
Données
Métadonnées
IHM Usage Privé
+ Base de Données
Carothèque continentale
(EDYTEM)
Données
IHM Usage Privé
+ Base de Données
Carothèque
AUTRE LABOS
LGGE
LSCE, CEREGE,
CHRONO-ENV…
IHM Usage Public
(DT INSU)
Cyber
Carothèque
IHM CNRS
À développer
Méta
Données
Centralisées
(INSPIRE)
Outil centralisé interroge des bases de méta-données délocalisées => données restent dans les labos
PORTAIL
en projet
IHM + Base de Données
Carothèque Marine
et/ou terrestre
(IFREMER)
Méta
Données
Centralisées
(INSPIRE)
Données
BGMB (IFREMER) BDSS1 (SHOM)
SHOM
Portail Nationaux
Pause-café RESOMAR 26/11/2014 : Démonstration de la MAQUETTE + Schéma « Architecture »

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