2. Muchos sucesos de la naturaleza sólo tienen explicación mediante la teoría de la evolución; Darwin aportó numerosos hechos que encajan en su teoría, y que posteriormente se vieron reforzados con nuevas evidencias, constituyendo todos ellos lo que se llamó pruebas de la evolución.
3.
4. Embriológicas: todo animal en su desarrollo pasa rápidamente por los estados de sus predecesores evolutivos.
5. Anatómicas: existen componentes o partes de distintas especies que responden a un mismo plano estructural.
6. Bioquímicas: todos los seres vivos están constituidos por los mismos tipos de moléculas orgánicas fundamentales: glúcidos, lípidos, proteínas y ácidos nucléicos y, por tanto, un mismo orígen.
9. Pruebas embriológicas : Al estudiar el desarrollo embrionario de los animales se descubre que en las fases iniciales existen muchas semejanzas, y más cuanto más próximos son los animales. Por ejemplo, todos los embriones de vertebrados poseen cola y arcos branquiales en las primeras fases del desarrollo embrionario. Más tarde, a medida que avanza el desarrollo, algunos animales conservan estas estructuras, mientras que otros las pierden. Parece evidente que los embriones que presentan características similares tienen un antecesor común. Haeckel resumió diciendo que la "ontogenia resume a la filogenia". La ontogenia es la evolución del organismo individual o de alguna de sus partes desde su concepción en adelante. Mientras la ontogenia dura apenas el tiempo de vida de un ser (por ejemplo 70 años), la filogenia abarca siglos o milenios.
10.
11. Pruebas anatómicas: -Órganos vestigiales: En muchos seres vivos existen órganos atrofiados, no funcionales, que aparecen en antepasados antiguos perfectamente funcionales, pero que con el transcurso de las generaciones dejaron de ser útiles. -Órganos homólogos :tienen la misma estructura interna, aunque su forma externa y su función sean diferentes. Por ejemplo, la aleta de un delfín, un brazo humano y el ala de un murciélago tienen el mismo origen y estructura anatómica. Las especies con estos órganos han sufrido una evolución divergente. -Órganos análogos:poseen una misma función, pero sus estructuras internas son distintas; por ejemplo, el ala de un insecto y la de un ave tienen estructuras internas totalmente distintas pero la misma función, volar. En este caso, hablamos de evolución convergente. Si los órganos desempeñan funciones distintas pero tienen la misma anatomía interna se llaman ÓRGANOS HOMÓLOGOS, como son el ala de un ave o la aleta del delfín, y representan la DIVERGENCIA ADAPTATIVA, por la cual los seres vivos modelan sus órganos según su modo de vida, el ambiente en que están, etc.
12.
13. Pruebas bioquímicas: Cuanto más parecidos son dos organismos, más coincidencias existen entre las moléculas que lo forman. Las moléculas que se suelen estudiar son las proteínas y el ADN. Basándose en ellas, se han podido confeccionar árboles filogenéticos entre especies. Estos árboles, en general, confirman las clasificaciones taxonómicas clásicas, aunque también deparan sorpresas. En el caso de la especie humana, se ha comprobado que el animal con el que tenemos más coincidencias es el chimpancé. Esto no quiere decir que descendamos de este animal, sino que las personas y los chimpancés tenemos un antepasado común.
15. Pruebas biogeográficas: La fauna y la flora de dos regiones son más parecidas cuanto más cercanas están. Esta relación no tendría por qué cumplirse si cada especie se hubiera creado de forma aislada. En cambio, se explica si las especies están relacionadas. Tendrán antepasados comunes y serán parecidas las especies de zonas próximas. Las faunas de América del Sur y de África son diferentes, aunque están relacionadas. Por ejemplo, existen monos en ambos continentes. Se debe a que estos se separaron hace millones de años, por lo que las faunas actuales han evolucionado a partir de esos antepasados comunes. En los archipiélagos alejados de los continentes es frecuente encontrar especies de animales propias de cada isla, pero muy relacionadas entre sí. Se debe a que dichas islas fueron colonizadas por una especie inicial que se repartió por todas las islas y que en cada una de ellas dio lugar a una especie diferente.
