O declínio do comércio com o oriente levou a Coroa Portuguesa a decidir colonizar o Brasil para ocupá-lo efetivamente. Foi adotado o sistema de Capitanias Hereditárias, mas a maioria fracassou devido ao tamanho dos territórios, desinteresse dos donatários e hostilidade indígena. Isso levou à centralização administrativa com a criação do Governo Geral sediado na Bahia em 1548.