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MÓDULO III
PCR
Reacção em
Cadeia da Polimerase:

fotocopiadora molecular

Laboratório Virtual de Biotecnologia

Introdução

O que é a técnica de PCR?

O desenvolvimento da Reacção em
Cadeia

da

Polimerase

(Polymerase

A PCR explora de uma forma
espantosa a função natural de um

Chain Reaction – PCR), em meados

grupo

dos anos oitenta, pode considerar-se

polimerases.

como uma revolução dentro de outra.

encontram-se presentes em todos os

Esta técnica veio possibilitar novas

seres vivos e têm como função copiar

estratégias de análise de genes no

o

âmbito

da

tecnologia

enzimas

denominadas

Estas

material

enzimas

genético

(além

de

de

DNA

corrigirem

anos

ocorrer durante o processo de cópia).

recombinante,

iniciada

nos

setenta.

técnica

permite

Esta

de

a

os

erros

que

podem

Uma reacção de PCR necessita

análise de quantidades ínfimas de

essencialmente

material genético o que possibilita um

sequência de DNA que se pretende

melhoramento das técnicas utilizadas

amplificar, de um par de sequências

no diagnóstico genético, investigação

nucleotídicas

iniciadoras

forense, sistemática, etc.

normalmente

são

De

acordo

com

presença

da

(que

denominadas

Hughes,

primers), de nucleótidos (A, T, G e C)

Director do National Center for Human

e de uma polimerase. Os primers são

Genome Research at the National

pequenas

Institutes of Health, a técnica de PCR

cadeia

“é a tecnologia mais importante dos

laboratório

últimos

empresas

anos”.

A

Mark

da

revista

Science

sequências

simples,
(ou

de

DNA

desenhadas

em

encomendadas

de

de
a

Biotecnologia

refere ainda que, por ser muito mais

especializadas),

simples

complementares às extremidades 3’

todas

e
as

menos dispendiosa
técnicas

que

anteriormente

do

segmento

que
de

DNA

são
relevante.

utilizadas na duplicação de DNA, esta

Assim, durante a reacção de PCR, os

técnica democratizou a investigação

primers irão flanquear a sequência

genética, colocando-a ao alcance de

que

todos os biólogos.

modo,

queremos
é

necessário

informação

sobre

DNA,

sobre

ou

amplificar.
a

obter

Deste
alguma

sequência
as

de

sequências

flanqueantes, para levar a cabo uma
2
reacção

de

misturados
amostra

PCR.
em

de

Os

primers

excesso

DNA

com

ciclo demora apenas alguns minutos

a

e, por isso, todo o processo é muito

a

enzima

Adiciona-se

polimerase.

e

são

ainda

magnésio (cofactor da polimerase) e
os nucleótidos.

rápido (Fig.1).

Desnaturação da amostra
para separar as cadeias de
DNA (95 ºC, 5 min.)

A reacção de PCR consiste numa série
de

ciclos,

cada

um

dos

quais

envolvendo três passos efectuados a

Emparelhamento
dos primers
(55 ºC, 30 s)

diferentes temperaturas:
A desnaturação (Passo 1) consiste na
incubação do DNA a uma temperatura
de 95 ºC para separar as cadeias
simples. Segue-se o emparelhamento
dos primers (Passo 2) que flanqueiam

Desnaturação
(95 ºC, 30 s)

o DNA, diminuindo gradualmente a

Síntese de DNA
(72 ºC, 2 min.)

Figura 1 – Um ciclo de PCR.

temperatura para cerca de 55 ºC.
Esta temperatura varia dependendo
da composição do primer e da sua
complementaridade com o DNA alvo.
Durante este passo, as duas cadeias
complementares
permanecem

do

DNA

desnaturadas

alvo
porque

estão em concentração baixa e não se
encontram para emparelhar. Como
estão

presentes

em

concentração

muito alta, os primers emparelham
com as regiões flanqueantes do DNA
alvo. Finalmente, para completar o
ciclo, é feita a síntese de DNA pela
DNA polimerase a uma temperatura
de 72 ºC (Passo 3). Esta enzima faz a
extensão dos primers, utilizando como
molde a cadeia a que cada primer
está emparelhado.
O ciclo de desnaturação (95 ºC),
emparelhamento (55 ºC) e síntese
(72 ºC) é repetido várias vezes. Cada

O resultado final é a amplificação
das sequências de DNA delimitadas
pelos

dois

primers

utilizados

na

reacção. Na prática obtém-se uma
quantidade enorme de um DNA alvo
partindo de uma mistura complexa
em que esta molécula pode estar
presente

como

cópia

única.

Esta

quantidade é suficiente para que o
DNA

possa

ser

directamente

visualizado num gel de agarose.
As temperaturas elevadas que se
utilizam durante cada ciclo de PCR
requeriam o uso de uma polimerase
estável, ou seja, de uma enzima que
não desnaturasse cada vez que fosse
exposta a temperaturas altas. No final
da década de 80 foi isolada a primeira
enzima
bactéria
bactéria

termoestável
Thermus
vive

a

partir

aquaticus.

junto

a

da
Esta

fontes

hidrotermais (cuja temperatura ronda
3
os

80

ºC)

designada

e

a

Taq

sua

polimerase,

DNA

polimerase,

O

aparecimento

polimerase

e

da

dos

Taq

DNA

termocicladores

mantém-se activa, mesmo quando

permitiu a proliferação desta técnica

exposta

a

de tal modo que, actualmente, está

temperaturas de 95 ºC, fazendo com

ao alcance de virtualmente todos os

que seja ideal para ser utilizada na

cientistas e estudantes.

repetidamente

PCR.
Quando esta técnica começou a

Aplicações da técnica de PCR

ser utilizada, os ciclos de temperatura

A PCR tem tido uma diversidade

eram obtidos através da transferência

de aplicações crescente. É utilizada

manual dos tubos da reacção entre

actualmente

diferentes

em

para ser directamente sequenciado ou

temperaturas

clonado; para mapeamento de genes;

recipientes

banhos-maria
específicas.

a
Esta

postos

actividade

era

para

para

amplificar

diagnóstico

de

DNA:

doenças

entediante para os cientistas e podia

hereditárias e doenças infecciosas;

provocar o aparecimento de erros,

para

uma vez que era difícil manter os

outros, para estudos moleculares de

banhos

evolução. Uma das capacidades mais

à

temperatura

ideal

e

estudos

forenses;

e,

entre

controlar bem os tempos de cada

surpreendentes

desta

banho. Este problema foi ultrapassado

capacidade

amplificar

quando

organismo extintos, alguns há vários

se

inventaram

termocicladores

os

automatizados.

de

técnica

é

DNA

a
de

milhões de anos.

Nestes, os tempos e as temperaturas
de cada fase do ciclo são introduzidos
no

computador

PCR: a fotocopiadora molecular

e

são

executadas

A técnica de PCR está a fazer com

sem

ser

necessário

o material genético o que a invenção

transferir os tubos da reacção de

da prensa fez com o material escrito:

recipiente em recipiente (Fig.2).

está a tornar acessíveis inúmeras

precisamente

cópias de material genético de um
modo rápido e barato. Em princípio
esta

técnica

material

pode

genético

reproduzir
de

o

qualquer

organismo em quantidades ilimitadas.
Deste modo, podemos analisar de um
modo simples o material genético de
qualquer

organismo,

incluindo

o

Homem.

Facilmente

vemos

as

inúmeras vantagens que esta técnica
Figura 2 – Termociclador automatizado.
4
trouxe à Biotecnologia, tendo quase
imediatamente ocupado um lugar de
destaque

em

inúmeras

áreas

da

investigação.
Questões de análise
No

Laboratório

Biotecnologia

Virtual

encontrará

de
uma

animação que ilustra e explica cada
etapa da técnica de PCR (canal 1 da
LVBtv).
1 – Descreva o que ocorre durante
um ciclo da técnica de PCR.
2 – Enumere as principais vantagens
desta técnica relativamente a outras
utilizadas

anteriormente

para

amplificar moléculas de DNA.
3

–

Faça

necessário

uma
para

lista

do

realizar

material
uma

experiência utilizando esta técnica.
4 – Indique as principais áreas onde
se pode aplicar esta técnica.

5
ALA METODOLÓGICA
Todos os pares de primers

Teoria:

amplificam do mesmo modo a

Conclusões:

mesma molécula de DNA?
Princípios:

Registos/Observações:
Pista 1

Conceitos:
Desenho experimental:
Material biológico
DNA alfa-C5
DNA beta-A7
Par de primers 1
Par de primers 2

Pista
1

Pista
2

Pista 2

6

ALA CONCEPTUAL
ALA METODOLÓGICA
Um par de primers

Teoria:

apresenta sempre o mesmo

Conclusões:

resultado,
Princípios:

independentemente da
molécula de DNA a
amplificar?

Registos/Observações:
Pista 1

Conceitos:
Desenho experimental:
Material biológico
DNA alfa-C5
DNA beta-A7
Par de primers 1
Par de primers 2

Pista
1

Pista
2

Pista 2

7

ALA CONCEPTUAL
ALA CONCEPTUAL

ALA METODOLÓGICA

Teoria:

Princípios:

amplificado está
dependente do número

Conclusões:

de ciclos de temperatura
que se efectua?

Registos/Observações:
Pista 1

Conceitos:
Desenho experimental:
Material biológico
DNA alfa-C5
DNA beta-A7
Par de primers 1
Par de primers 2

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1

Pista
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Pista 2

8

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  • 2. Reacção em Cadeia da Polimerase: fotocopiadora molecular Laboratório Virtual de Biotecnologia Introdução O que é a técnica de PCR? O desenvolvimento da Reacção em Cadeia da Polimerase (Polymerase A PCR explora de uma forma espantosa a função natural de um Chain Reaction – PCR), em meados grupo dos anos oitenta, pode considerar-se polimerases. como uma revolução dentro de outra. encontram-se presentes em todos os Esta técnica veio possibilitar novas seres vivos e têm como função copiar estratégias de análise de genes no o âmbito da tecnologia enzimas denominadas Estas material enzimas genético (além de de DNA corrigirem anos ocorrer durante o processo de cópia). recombinante, iniciada nos setenta. técnica permite Esta de a os erros que podem Uma reacção de PCR necessita análise de quantidades ínfimas de essencialmente material genético o que possibilita um sequência de DNA que se pretende melhoramento das técnicas utilizadas amplificar, de um par de sequências no diagnóstico genético, investigação nucleotídicas iniciadoras forense, sistemática, etc. normalmente são De acordo com presença da (que denominadas Hughes, primers), de nucleótidos (A, T, G e C) Director do National Center for Human e de uma polimerase. Os primers são Genome Research at the National pequenas Institutes of Health, a técnica de PCR cadeia “é a tecnologia mais importante dos laboratório últimos empresas anos”. A Mark da revista Science sequências simples, (ou de DNA desenhadas em encomendadas de de a Biotecnologia refere ainda que, por ser muito mais especializadas), simples complementares às extremidades 3’ todas e as menos dispendiosa técnicas que anteriormente do segmento que de DNA são relevante. utilizadas na duplicação de DNA, esta Assim, durante a reacção de PCR, os técnica democratizou a investigação primers irão flanquear a sequência genética, colocando-a ao alcance de que todos os biólogos. modo, queremos é necessário informação sobre DNA, sobre ou amplificar. a obter Deste alguma sequência as de sequências flanqueantes, para levar a cabo uma 2
  • 3. reacção de misturados amostra PCR. em de Os primers excesso DNA com ciclo demora apenas alguns minutos a e, por isso, todo o processo é muito a enzima Adiciona-se polimerase. e são ainda magnésio (cofactor da polimerase) e os nucleótidos. rápido (Fig.1). Desnaturação da amostra para separar as cadeias de DNA (95 ºC, 5 min.) A reacção de PCR consiste numa série de ciclos, cada um dos quais envolvendo três passos efectuados a Emparelhamento dos primers (55 ºC, 30 s) diferentes temperaturas: A desnaturação (Passo 1) consiste na incubação do DNA a uma temperatura de 95 ºC para separar as cadeias simples. Segue-se o emparelhamento dos primers (Passo 2) que flanqueiam Desnaturação (95 ºC, 30 s) o DNA, diminuindo gradualmente a Síntese de DNA (72 ºC, 2 min.) Figura 1 – Um ciclo de PCR. temperatura para cerca de 55 ºC. Esta temperatura varia dependendo da composição do primer e da sua complementaridade com o DNA alvo. Durante este passo, as duas cadeias complementares permanecem do DNA desnaturadas alvo porque estão em concentração baixa e não se encontram para emparelhar. Como estão presentes em concentração muito alta, os primers emparelham com as regiões flanqueantes do DNA alvo. Finalmente, para completar o ciclo, é feita a síntese de DNA pela DNA polimerase a uma temperatura de 72 ºC (Passo 3). Esta enzima faz a extensão dos primers, utilizando como molde a cadeia a que cada primer está emparelhado. O ciclo de desnaturação (95 ºC), emparelhamento (55 ºC) e síntese (72 ºC) é repetido várias vezes. Cada O resultado final é a amplificação das sequências de DNA delimitadas pelos dois primers utilizados na reacção. Na prática obtém-se uma quantidade enorme de um DNA alvo partindo de uma mistura complexa em que esta molécula pode estar presente como cópia única. Esta quantidade é suficiente para que o DNA possa ser directamente visualizado num gel de agarose. As temperaturas elevadas que se utilizam durante cada ciclo de PCR requeriam o uso de uma polimerase estável, ou seja, de uma enzima que não desnaturasse cada vez que fosse exposta a temperaturas altas. No final da década de 80 foi isolada a primeira enzima bactéria bactéria termoestável Thermus vive a partir aquaticus. junto a da Esta fontes hidrotermais (cuja temperatura ronda 3
  • 4. os 80 ºC) designada e a Taq sua polimerase, DNA polimerase, O aparecimento polimerase e da dos Taq DNA termocicladores mantém-se activa, mesmo quando permitiu a proliferação desta técnica exposta a de tal modo que, actualmente, está temperaturas de 95 ºC, fazendo com ao alcance de virtualmente todos os que seja ideal para ser utilizada na cientistas e estudantes. repetidamente PCR. Quando esta técnica começou a Aplicações da técnica de PCR ser utilizada, os ciclos de temperatura A PCR tem tido uma diversidade eram obtidos através da transferência de aplicações crescente. É utilizada manual dos tubos da reacção entre actualmente diferentes em para ser directamente sequenciado ou temperaturas clonado; para mapeamento de genes; recipientes banhos-maria específicas. a Esta postos actividade era para para amplificar diagnóstico de DNA: doenças entediante para os cientistas e podia hereditárias e doenças infecciosas; provocar o aparecimento de erros, para uma vez que era difícil manter os outros, para estudos moleculares de banhos evolução. Uma das capacidades mais à temperatura ideal e estudos forenses; e, entre controlar bem os tempos de cada surpreendentes desta banho. Este problema foi ultrapassado capacidade amplificar quando organismo extintos, alguns há vários se inventaram termocicladores os automatizados. de técnica é DNA a de milhões de anos. Nestes, os tempos e as temperaturas de cada fase do ciclo são introduzidos no computador PCR: a fotocopiadora molecular e são executadas A técnica de PCR está a fazer com sem ser necessário o material genético o que a invenção transferir os tubos da reacção de da prensa fez com o material escrito: recipiente em recipiente (Fig.2). está a tornar acessíveis inúmeras precisamente cópias de material genético de um modo rápido e barato. Em princípio esta técnica material pode genético reproduzir de o qualquer organismo em quantidades ilimitadas. Deste modo, podemos analisar de um modo simples o material genético de qualquer organismo, incluindo o Homem. Facilmente vemos as inúmeras vantagens que esta técnica Figura 2 – Termociclador automatizado. 4
  • 5. trouxe à Biotecnologia, tendo quase imediatamente ocupado um lugar de destaque em inúmeras áreas da investigação. Questões de análise No Laboratório Biotecnologia Virtual encontrará de uma animação que ilustra e explica cada etapa da técnica de PCR (canal 1 da LVBtv). 1 – Descreva o que ocorre durante um ciclo da técnica de PCR. 2 – Enumere as principais vantagens desta técnica relativamente a outras utilizadas anteriormente para amplificar moléculas de DNA. 3 – Faça necessário uma para lista do realizar material uma experiência utilizando esta técnica. 4 – Indique as principais áreas onde se pode aplicar esta técnica. 5
  • 6. ALA METODOLÓGICA Todos os pares de primers Teoria: amplificam do mesmo modo a Conclusões: mesma molécula de DNA? Princípios: Registos/Observações: Pista 1 Conceitos: Desenho experimental: Material biológico DNA alfa-C5 DNA beta-A7 Par de primers 1 Par de primers 2 Pista 1 Pista 2 Pista 2 6 ALA CONCEPTUAL
  • 7. ALA METODOLÓGICA Um par de primers Teoria: apresenta sempre o mesmo Conclusões: resultado, Princípios: independentemente da molécula de DNA a amplificar? Registos/Observações: Pista 1 Conceitos: Desenho experimental: Material biológico DNA alfa-C5 DNA beta-A7 Par de primers 1 Par de primers 2 Pista 1 Pista 2 Pista 2 7 ALA CONCEPTUAL
  • 8. ALA CONCEPTUAL ALA METODOLÓGICA Teoria: Princípios: amplificado está dependente do número Conclusões: de ciclos de temperatura que se efectua? Registos/Observações: Pista 1 Conceitos: Desenho experimental: Material biológico DNA alfa-C5 DNA beta-A7 Par de primers 1 Par de primers 2 Pista 1 Pista 2 Pista 2 8 A quantidade de DNA