Curso MNPS 2014. Aula 2

1. Primeiro planejamento com o MNPS.
Guia básico, não exaustivo.
1 - Copiar todas as imagens DICOM do paciente em uma pasta dentro de: c:mnpsdicom . Exemplo: se o paciente
tem nome “Fulano de Tal”, criar a pasta c:mnpsdicomFulano_de_Tal . Criar uma sub pasta para cada tipo de
imagens, CT, RM, etc.
2 - Se for uma biópsia simples, sem necessidade de fusão com RM, arrastar um (1) arquivo da CT (estereo-CT) e
soltar sobre o ícone (atalho) do MNPShell no desktop.
Atalho do MNPShell

2. 3 - Responder se o conjunto de imagens a que pertence esta imagem ‚ é ou não estereotáxico. No caso da estéreo-
CT, responder SIM ou YES. Se abre o filtro de DICOM.
O filtro Dicom faz a conversão do formato Dicom ao formato interno (proprietário) do MNPS e CAT3D , com
extensão .IMG. Adicionalmente, o filtro Dicom permite ajustar o FOV, eliminar imagens com artefatos ou fora da
sequência, ordenar as sequências em forma correta, entre outras funcionalidades.
MNPS não trata diretamente imagens sem fiducials. Imagens de estereotaxia são encaminhadas diretamente ao
MNPS. Imagens não estereotáxicas vão primeiro ao CAT3D onde viram um volume 3D que pode ser utilizado pelo
sistema de registro e fusão do MNPS.

3. 4- Caso as imagens estejam dispersas por várias subpastas, utilize o terceiro ícone da barra de ferramentas e
navegue pelas pastas até ficar na base das subpastas que contém todas as imagens dicom. Depois vá a “File” e
selecione “Scan Path in Depth” .
Botão para navegar pelas pastas
Alguns sistemas de CT ou MRI dividem as imagens de uma sequência entre várias sub-pastas. Exemplo, criam uma
pasta A e dentro dela as pastas A, B, C, D,... . Em cada uma destas subpastas colocam 20 ou 22 imagens. Neste caso,
navegue até a pasta superior A, e depois acione o “Scan Path in Depth” .

4. 5 - As imagens inicialmente estão todas selecionadas. Para de-selecionar uma imagem, fazer um clique nela e dar
espaço (tecla Space). O Espaço seleciona ou de-seleciona um frame. Também pode de-selecionar fazendo click de
mouse no quadradinho azul da imagem.

5. 6 - Para ajustar o FOV (field of view) clique no ícone do quadradinho com linha de pontos (o quinto ícone da barra
mostrada) Deixar o quadro vermelho um pouco maior que os fiducials. Após a ajuste, terminar com ENTER ou
duplo-click de mouse.

6. 7 – Menu “Options” : podemos renomear o paciente e podemos checar a ordem das imagens . As imagens axiais
também chamadas transversais devem ordenar-se pelo Z . As coronais pelo Y e as sagitais pelo X . Na CT sempre são
axiais.
Caso pretenda criar planos com mais de uma sequência de imagens, o “Rename” permite redefinir o nome do
paciente para evitar colisões. Exemplo: “Fulano de Tal 1” e “Fulano de Tal 2” ou “Fulano T1” e “Fulano T2”.
Sempre é recomendado passar pelo “Sort Image” . Isso permite observar se tem imagem fora da sequência, pois a
reconstrução fica errada. Também permite definir planos que não são “default” , caso do coronal e sagital.

7. 8 - Ao terminar de selecionar os frames dicoms, ajustar FOV, etc, clique no ícone do disquete, ele vai salvar imagens
(*.img) e chamar ao MNPS para iniciar a busca automática dos fiducials.

8. 9 – Criando um novo plano no MNPS. O
MNPS abre uma janela de diálogo onde
deverá ficar definido o tipo de Sistema de
estereotaxia, o tipo de fiducials, a forma
de fixação dos fiducials e onde está
apoiado o semi-arco ou arco Sistema.
Alguns aparelhos tem vários tipos de
fiducials, outros não, em alguns podemos
utilizar a posição “Downward” em outros
não existe.
Após definir todos os parâmetros da
janela, deve fazer CLICK em <OK> ou
apertar ENTER no teclado.
Uma janela de confirmação aparece a
seguir. Estando tudo correto pode
continuar com <OK>.

9. Definição de “UPWARD” e “DOWNWARD”
A posição da barra Z (Z Bar support at) é a posição com relação à cabeça do paciente da barra Z da guia
usada para biópsia ou cirurgia funcional. O lado de posicionamento da barra Z será o lado do paciente onde
se realiza a intervenção. Isto apenas tem importância nos sistemas com semi-arco para calcular ângulo de
trajetórias.

10. MNPS tenta localizar os fiducials automaticamente em cada plano (imagem axial). O usuário deve
aprovar a localização com <ENTER> ou rejeitar com <ESC> . Caso o MNPS não consiga, após três
tentativas, achar os fiducials, o usuário deve entrar os fiducials manualmente nessa imagem.

11. Ordenamento dos fiducials
dentro do MNPS para
sistemas:
- Bramsys
- FiMe
- Macom
- Micromar
- Leksell

12. Ordenamento dos
fiducials dentro do MNPS
para sistemas:
- Riechert-Mundinger
- ZD
(utiliza somente 9
fiducials)

13. Ordenamento dos
fiducials dentro do MNPS
para sistemas CRW

14. 10 - Depois de concluir a localização dos fiducials da última imagem, MNPS abre uma janela de
diálogo para salvar o plano. Podem ser adicionados outros dados como RG do paciente ( ID ), nome
do médico, centro médico e comentários sobre o procedimento. Termine com um CLICK no botão
<OK>.

15. 11 - A seguir, o MNPS entra na janela de “Mosaic”. Geralmente, para um caso de biópsia ou funcional
não temos nada a fazer nesta janela. Pode dar um duplo CLICK sobre qualquer imagem ou CLICK
seguido de ENTER para entrar na janela de planejamento.

16. 12 - Após concluir
localização de
fiducials, as
imagens ficam
registradas em
relação ao Sistema
de estereotaxia.
Cada pixel tem
suas coordenadas
expressas em
cartesianas
estereotáxicas 3D.
Cada movimento
do cursor
(vermelho) tem a
suas coordenadas
reportadas (ver
detalhe).

17. 13 - Para criar um ponto de interesse no sítio alvo, por exemplo ponto a biopsiar, criaremos um POI. Dê um
clique no lugar desejado e clique no ícone POI que está do lado direito da barra de ferramentas inferior. Dê um
nome para o POI. O nome pode ter até 7 caracteres. Após digitar o nome, termine com ENTER. A figura que
segue apresenta a barra de ferramentas do MNPS, que fica na parte inferior esquerda da janela de
planejamento.
POI = “Point Of Interest” . Termo utilizado para marcar pontos dentro do MNPS e CAT3D.
Além do ícone POI da barra de ferramentas, pode utilizar a tecla de atalho <HOME> do teclado.

18. 14 - Para ver as coordenadas dos POIs abra a tabela de POIs no ícone que fica do lado direito do ícone POI.
Para imprimir a tabela de POIs clique no ícone da impressora que fica embaixo do ícone antes mencionado,
selecionar "POI Table"
A figura que segue apresenta a tabela de POIs, nela ficam armazenados todos os POIs que foram definidos no
curso do planejamento. Pode sair da tabela de POIs com click no <OK> para confirmar qualquer alteração feita
na tabela, ou com <CANCEL> para descartar qualquer alteração feita.

19. 15 - Para criar um POI no final de uma trajetória de agulha clique no ícone que parece um trajeto, do lado do
ícone de tabela de POIs, como indica a figura que segue.
A continuação abre uma janela de seleção para fazer a escolha do POI de entrada, pelo qual tem início a
trajetória.
Depois deve digitar o nome do POI destino e terminar com <ENTER> no teclado.

20. 16 - Salvar o planejamento no ícone que parece com um disquete.
Neste ponto o MNPS abre o diálogo de salvar planejamentos antes apresentado :
Ao salvar o planejamento, MNPS grava todos os POIs, ROIs, imagens originais, etc. Os arquivos gerados pelo
planejameto tem extensões : .IMG, .HIS, .ROI, .RST e ficam na pasta IMAGE .

21. 17 – Processando uma MRI não estereotáxica para fundir na CT estereotáxica. Repetir as orientações do epígrafe 1.
Recomendamos que dentro da pasta DICOM do paciente crie a sub-pasta RM ou MRI para copiar a imagens.
18 – Arraste um (1) aquivo de imagem da MRI e solte no ícone do MNPShell. O MNPShell pergunta se a imagem é ou
não de estereotaxia, deve responder “NÃO” com um click sobre o botão <NO> .
Esta resposta faz que o Sistema direcione o processamento destas imagens ao CAT3D, que é o programa do
MNPS-CAT3D encarregado de tartar das imagens sem fiducials

22. 19 – A seguir o filtro DICOM é aberto. A operação do filtro DICOM é similar a descrição dos epígrafes 4,5,6,7 e 8.
Para o caso da MRI reforçamos a importância de ordenar as imagens via “Options”-> “Sort” . Ao final pode
exportar as imagens como indicado no ponto 8.
20 – Confirmar que pode abrir o CAT3D clicando em YES (ou SIM ou SI, dependendo do idioma de instalação do
Windows). O CAT3D pergunta se necessita alinhar as imagens, responder <NO> com um click.
21 – Se apenas quer fundir as imagens, usando o modo automático (recurso mais básico). Volte ao menu
principal do CAT3D, entre em “FILES” e de um click em “EXPORT FOR FUSION” (ver figura que segue). Com isso o
CAT3D envia as imagens montadas como um volume 3D para a pasta Fusion/ do MNPS, junto a dados
necessários para o MNPS iniciar o registro das imagens.

23. 22 – Agora deve voltar ao MNPS, onde já deve estar a tomografia estereotáxica aberta e o planejamento
estereotáxico iniciado.
23 – Estando no MNPS, para iniciar o registro e fusão , fazer click no ícone indicado :
24 – MNPS abre uma janela para selecionar o paciente/sequência de imagens externas (flutuantes) . Pode
selecionar com um click do mouse ou com teclas em forma de setas e terminar a seleção ENTER. A partir deste
ponto o MNPS inicia o processo de registro automático por maiximização da informação mútua (mutual
information maximization, MI = Mutual Information ) .

24. 25 – Observe o progresso do registro multimodal na
imagem que vai evoluindo na parte direita da janela
do MNPS. Veja na figura da esquerda a qualidade da
fusão ao início e no lado direito o estado da fusão
após 40 rodadas do otimizador.
A MI passou de 0.9111 a 1.1324 e os detalhes das
fronteiras entre CT e MRI parecem mais coerentes.
Aperte <ESC> quando estiver satisfeito.

25. 26 – Ao concluir o processo de registro por maximização da MI o MNPS abre uma janela informativa mostrando
a matriz da transformação. Pode tocar qualquer tecla para o programa continuar.

26. 27 – Inicialmente a janela aparece metade
MRI (imagem flutuante) e metade CT, como
mostra a figura ao lado. Esta forma de
apresentação, chamada de “split window”
pode ser modificada redimensionando a
área ocupada pela MRI. Para isso utilizar no
teclado o commando CTRL-F5.
CTRL-F5 abre um retângulo de seleção de
área.
Também pode chegar neste retângulo de
seleção com click no botão “?”, da barra de
ferramentas, e no menu da ajuda selecionar
“^F5 – Fusion Frame Setting” . É equivalente,
apenas mais lento.

27. Modificando a área de apresentação da MRI com o comando CTRL-F5

28. 28 – “Lente Inversora na Fusão” . Este recurso é útil para estudar a qualidade da fusão. Utilize o comando SHIFT-F5.
Para sair da lente dê um click de mouse (botão esquerdo).

29. 29 – Utilizando o Menu Ajuda. Para abrir o menu de ajuda dê click no ícone “?”, indicado na figura, ou aperte a tecla
de função F1.
A maior parte das funcionalidades do MNPS podem ser achadas neste
menu. Depois que o menu está aberto pode clicar em qualquer item
do menu para ativar a função associada.
O CAT3D possui um menu similar.