Los principales ecosistemas acuáticos de la República Dominicana incluyen ríos como el Yaque del Norte y el Yaque del Sur, lagos como el Lago Enriquillo, humedales como la Laguna de Oviedo, y ecosistemas marinos como el Mar Caribe y el Océano Atlántico. Estos ecosistemas acuáticos se dividen en aguas corrientes, aguas estancadas, y masas de agua salada.