O documento discute a integração de código R e texto LaTeX para criar relatórios dinâmicos. Ele descreve como Sweave permite incorporar código R em documentos LaTeX e como isso permite que os relatórios sejam atualizados automaticamente quando os dados ou análises forem modificados. Também fornece instruções básicas sobre como instalar R, LaTeX e editores de código para produzir esses relatórios dinâmicos.
6. Reportes dinâmicos
• Integrando os analises no reporte você tem só
dois files que segurar:
1) os dados e
2) o script (.rnw)
• Objetivos:
– Criar reportes dinâmicos
– Fazer a pesquisa reproduzível
• Quando precise fazer cambios em seus analises
(nos dados ou no código R) um ano o 20 anos
depois só precisa modificar o script e os
câmbios serão feitos automaticamente
7. O que é SWEAVE?
• SWEAVE é uma ferramenta que permite
integrar código R em documentos LATeX.
• Criada por Frederique Leisch é um
conjunto de funções, que já vem com
instalação standard do R.
• O reporte incluirá partes de texto (escritas
em LATeX) e partes de código (em R)
8. O que é o LATeX?
• O LATeX é um conjunto de funções para controlar o TeX
um programa de edição de texto com altas capacidades.
• Basicamente é um processador de texto em que o
usuário tem controle total sobre o typestting.
• O texto é digitado em quaisquer editor de texto, com
vários comandos inseridos que modificam sua
aparência, localização, tamanho, etc
• Logo o script tem que ser compilado e convertido em
PDF ou outro formato de saída.
• Existem varias “distribuições” do LATeX
• Também usado para fazer slides: BEAMER
• Muito usado em Matemáticas, Física e Biologia teórica
10. Como instalar o LATEX?
• Baixar o MikTeX http://miktex.org/
• Vem incluso o TeXworks, o editor de
código.
• Abrir o TeXworks e comprobar que esta
funcionando.
• Fazer testes com os templates inclusos
11.
12. Como instalar o TinnR?
• Editor multiusos serve para R, Python,
Ruby, Markup, etc
• Criado por José Claudio Faria na
Universidade Estadual de Santa Cruz, BA
• Baixar o programa do
http://nbcgib.uesc.br/lec/software/pac-r/tinnr
• Testar a conexão com R
• Testar o compilador do LATeX
14. Como funciona?
Codigo R é separado do
resto por <<>>=
<<nome, opções>>=
Documento formatado para
LATeX
A parte do texto sempre começa
com @
archivo.rnw
16. Um exemplo simples
documentclass[a4paper]{article}
title{Exemplo Sweave 1}
author{Susan Aragon}
begin{document}
maketitle
Em este exemplo integramos partes do exemplo da pagina
do help
texttt{kruskal.test} em um documento LaTeX{} :
<<label=primerChunk, echo=FALSE>>=
data(airquality)
library(stats)
kruskal.test(Ozone ~ Month, data = airquality)
@
que mostra que a distribucão de Ozono
varia significativamente de mes a mes. Finalmente
incluimos um grafico de boxplot dos dados:
begin{center}
<<segundoChunk, fig=TRUE,echo=FALSE>>=
boxplot(Ozone ~ Month, data = airquality)
@
end{center}
end{document}
Cabeçahlo do LAteX
Partes de texto
Partes de Codigo R
Fechamento do LAteX
20. • No .tex file ter cuidado com incluir o caminho (path) exato para a pasta onde
esta o arquivo do estilo Sweave.sty
• Geralmente o Sweave.sty esta na pasta /share/texmt/Sweave da instalaçao R
• Apresentase problemas cuando no caminho se tem espaços, por exemplo se o
path é C:/Program Files/…
• Em este caso é necesario criar uma pasta sem espaços e copiar o Sweave.sty
e redirigir o novo caminho i.e. C:/LocalStyles/share/texmt/Sweave
• Uma melhor solução é indicar o path como um root nos Settings de MIKTeX
(ver Lundholm 2012, pg.21)
21. Alternativas
• KnitR: R e html
• Editor de Codigos
– RStudio: https://www.rstudio.com/
– RAnalyticFlow:
• http://www.ef-prime.com/products/ranalyticflow_en/
• Mais opções em:
• http://www.sciviews.org/_rgui/projects/Editors.html
22. Referencias
• Lundholm, M. 2012. Introduction to Sweave.
• Sartori, N.2006. Sweave = R · LATEX2 A
brief tutorial.
• Murdoch, D. 2010.Using Sweave with
TexWorks 0.3
