Las misiones ninjas se clasifican en rangos del S al D según su dificultad, desde misiones de asesinato de criminales peligrosos (rango S) hasta tareas cotidianas (rango D). Los rangos A y B incluyen misiones de espionaje y combate, mientras que el rango C consiste en protección y captura criminal de bajo riesgo. Cada rango de misión se asigna a ninjas de habilidades y rango correspondientes.