Suivi Transparence mammifères semi-aquatiques - 2015 - GREGE

EVALUATION DE LA FONCTIONNALITE DES
OUVRAGES DE TRANSPARENCE ECOLOGIQUE
POUR LES MAMMIFERES SEMI-AQUATIQUES LE
LONG DE LA LGV SEA TOURS-BORDEAUX
Rapport réalisé pour le compte de
Février 2016

GREGE 2016 – LGV SEA – Evaluation de la transparence des ouvrages hydrauliques pour les mammifères semi-aquatiques.
2
SOMMAIRE
I. CONTEXTE ET OBJET DU DOCUMENT .......................................................................................................4
II. PLAN D’ECHANTILLONNAGE ....................................................................................................................5
III. METHODOLOGIES ....................................................................................................................................6
III.1. LES CAPTEURS D’EMPREINTES.........................................................................................................................6
III.1.1. Les plaques à empreintes et les capteurs flottants........................................................................6
III.1.2. Protocole de suivi...........................................................................................................................7
III.1.3. Dénombrement des passages et identifications ............................................................................8
III.1.4. Analyse des données......................................................................................................................9
III.1.4.1. Caractéristiques des ouvrages.................................................................................................................. 9
III.1.4.2. Données de fréquentation ..................................................................................................................... 11
III.2. LES PIEGES PHOTOGRAPHIQUES ....................................................................................................................15
III.2.1. Objectifs et suivi mis en place ......................................................................................................15
III.2.2. Analyse des données....................................................................................................................17
III.3. RECHERCHE D’INDICES DE PRESENCE DE LA LOUTRE ..........................................................................................17
III.3.1. Protocole de suivi.........................................................................................................................18
III.3.2. Autres données de présence de la Loutre ....................................................................................19
III.4. LES TUBES CAPTEURS D’INDICES POUR LES MICROMAMMIFERES .........................................................................19
III.4.1. Types de tubes et distribution au sein de l’ouvrage.....................................................................19
III.4.2. Protocole de suivi par les tubes capteurs de fèces pour la Crossope aquatique et
les Soricidés ...................................................................................................................................................19
III.4.3. Protocole de suivi par les tubes capteurs de poils pour les micromammifères............................20
III.4.4. Identification des espèces par analyse génétique........................................................................21
III.4.5. Caractéristiques des ouvrages suivis et de leurs abords ..............................................................22
III.4.6. Analyses des données ..................................................................................................................22
IV. RESULTATS............................................................................................................................................. 23
IV.1. EVALUATION DE LA FREQUENTATION A L’AIDE DE CAPTEURS D’EMPREINTES...........................................................23
IV.1.1. Ouvrages dont le suivi a été arrêté ..............................................................................................23
IV.1.2. Ouvrages suivis en 2015...............................................................................................................23
IV.1.2.1. Données générales ................................................................................................................................. 23
IV.1.2.2. Diversité spécifique globale.................................................................................................................... 25
IV.1.2.3. Analyse par groupe d’espèces................................................................................................................ 26
IV.1.2.3.1. Les petits carnivores ........................................................................................................................ 26
IV.1.2.3.2. Les petits micromammifères ........................................................................................................... 29
IV.1.2.3.3. Les grands micromammifères.......................................................................................................... 30
IV.1.2.3.4. Fréquentation des encoches à Musaraignes.................................................................................... 32
IV.1.2.3.5. Les Amphibiens................................................................................................................................ 32
IV.1.2.4. Bilan de la fréquentation des ouvrages.................................................................................................. 33
IV.2. RESULTATS OBTENUS A L’AIDE DES PIEGES PHOTOGRAPHIQUES ...........................................................................39
IV.2.1. Données générales.......................................................................................................................39
IV.2.2. Fréquentation par espèce ............................................................................................................39
IV.2.3. Bilan des informations apportées par les pièges photographiques .............................................41

3
IV.3. EVALUATION DE LA FREQUENTATION PAR LA LOUTRE DES OUVRAGES SUIVIS...........................................................42
IV.3.1. Résultats des prospections...........................................................................................................42
IV.3.2. Données issues des autres techniques de suivi ............................................................................45
IV.3.2.1. Données issues des pièges photographiques......................................................................................... 46
IV.3.2.2. Données issues des capteurs d’empreintes ........................................................................................... 47
IV.3.3. Bilan des données de fréquentation de la Loutre.........................................................................48
IV.4. EVALUATION DE LA FREQUENTATION DES OUVRAGES PAR LES MICROMAMMIFERES.................................................55
IV.4.1. Données générales et taux de captage........................................................................................55
IV.4.2. Espèces identifiées par la génétique............................................................................................56
IV.4.1. Bilan des données de fréquentation des ouvrages par les micromammifères.............................59
V. BIBLIOGRAPHIE...................................................................................................................................... 72
VI. ANNEXES ............................................................................................................................................... 73

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I. CONTEXTE ET OBJET DU DOCUMENT
Les articles 14 des arrêtés du 24 février 2012 et du 21 décembre 2012 prévoient la mise en place de
différents types d’ouvrages visant à assurer la transparence écologique de la ligne SEA Tours-
Bordeaux. Il s’agit notamment d’ouvrages de franchissement des vallées et d’ouvrages hydrauliques
équipés d’aménagements spécifiques visant à assurer au quotidien la circulation, notamment de la
petite faune, et plus particulièrement des Mammifères semi-aquatiques.
Ces ouvrages ont pour objectifs :
 De maintenir une continuité hydraulique et écologique des cours d’eau ou écoulements
d’eau.
 De permettre aux espèces de circuler pour accéder aux milieux initialement présents dans
leurs domaines vitaux de part et d’autre de la ligne.
 De maintenir des échanges suffisants entre les noyaux de population afin d’éviter leur
isolement et leur fragmentation.
Le GREGE, Vienne Nature et la SEPANT sont en charge de l’évaluation de la fréquentation des
ouvrages hydrauliques, témoin de l’efficacité des aménagements mis en place. Le déroulement de
l’étude et sa réalisation sont conformes à la proposition technique soumise à LISEA en janvier 2015.
L’objectif est de suivre la fréquentation des ouvrages de la LGV par les petits mammifères semi-
aquatiques sur différentes typologies représentatives des cours d'eau et des aménagements. Pour
cela, différentes techniques et espèces indicatrices sont utilisées pour évaluer et comparer, en
fonction des paramètres environnementaux locaux, la circulation des espèces à travers
l’infrastructure :
 Suivi de la fréquentation des ouvrages par les petits carnivores pour évaluer la circulation
dans les deux sens et aux deux extrémités. Les indicateurs seront la richesse spécifique par
ouvrage et le nombre de passages par espèce.
 Suivi de la fréquentation par la Loutre de l’ouvrage et des milieux situés en amont de la LGV
pour évaluer la fréquentation des milieux situés en amont de l’infrastructure. L’indicateur
sera le taux d’ouvrages fréquentés et le taux de places de marquage fréquentées à l’amont.
 Suivi de la fréquentation des ouvrages par les micromammifères pour évaluer leur circulation
à l’intérieur des aménagements. Les indicateurs seront la richesse spécifique par ouvrage et
le nombre de passages par espèce.
Les résultats obtenus permettront de mesurer l’efficacité des mesures environnementales mises en
œuvre. Ils permettront en outre de statuer sur l’éventuel cloisonnement résiduel généré par
l’infrastructure.
Ce rapport présente les résultats du suivi réalisé en 2015 sur 45 ouvrages et a été constitué par les
personnes suivantes :
Christine FOURNIER GREGE
Contrôle qualité
Validations scientifiques
Pascal FOURNIER GREGE
Coordination du dossier
Développements techniques
Laurent PALUSSIERE
Nicolas TRANCHANT
SEPANT
VIENNE NATURE
Relecture générale
Catherine BOUT
Estelle LAOUE
Vanessa MAURIE
Pascal FOURNIER
GREGE
GREGE
GREGE
Rédaction du dossier
Cartographie SIG

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Catherine BOUT
Estelle LAOUE
Laurent PALUSSIERE
Nicolas TRANCHANT
GREGE
GREGE
SEPANT
VIENNE NATURE
Réalisation des Inventaires
II. PLAN D’ECHANTILLONNAGE
Pour évaluer la transparence de l’infrastructure, 161 des 176 ouvrages aménagés pour assurer les
déplacements des mammifères semi-aquatiques étaient inscrits dans le cadre d’un programme de
suivi bâti sur cinq années (2015-2019), avec un échantillonnage annuel d’un cinquième des ouvrages
de manière à évaluer chaque ouvrage au cours du programme, et un suivi réitéré chaque année sur
10 ouvrages pour suivre l’évolution de leur fréquentation au cours des années Collectif, 2015.
Ainsi en 2015, ce sont 45 ouvrages qui ont été présélectionnés avec des typologies et des dimensions
variées (Tableau I ; Figure 1 à Figure 5), répartis sur toute la ligne et entre les structures en charge du
suivi. Les caractéristiques des ouvrages suivis sont présentées en Annexe 1.
Tableau I : Synthèse des typologies d’ouvrages suivis et répartition par département et structure
Types d’ouvrages SEPANT VIENNE NATURE GREGE TOTAL
Buse Hydraulique 1 0 0 1
Cadre/Dalot hydraulique 5 8 13 26
Voûte hydraulique 1 0 12 13
Viaduc/ Portique 1 1 3 5
Total 8 9 28 45
Quatre types de suivis ont été associés pour évaluer la fréquentation des ouvrages par la faune :
 Deux méthodes d’inventaire non spécifiques susceptibles de détecter toutes les espèces : les
capteurs d’empreintes et les pièges photographiques.
 Deux méthodes d’inventaires plus ciblées : la recherche spécifique d’indices de Loutre et
l’utilisation de tubes capteurs d’indices de micromammifères.
La distribution des protocoles s’est faite conformément au Tableau II. Toutefois, pour les capteurs
d’empreintes, le nombre d’ouvrages initialement prévu dans le plan d’échantillonnage a varié suite
aux problèmes techniques rencontrés lors de la mise en œuvre. Le détail sera précisé dans la partie
méthodologique concernant cette technique.
Tableau II : Synthèse des techniques de suivis et répartition en nombre d’ouvrages par structure.
Type de suivi SEPANT VIENNE NATURE GREGE TOTAL
Capteurs d’empreintes 7 8 25 40
Pièges photographiques 3 3 9 15
Prospections Loutre 8 9 28 45
Tubes capteurs de poils 3 4 16 23
Tubes capteurs de fèces 3 4 16 23

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III. METHODOLOGIES
III.1. LES CAPTEURS D’EMPREINTES
III.1.1. Les plaques à empreintes et les capteurs flottants
Les plaques à empreintes sont constituées de deux éléments de base couvrant toute la largeur de
l’aménagement : une feutrine imbibée d’une encre spécifique, et, de part et d’autre, des feuilles de
papier (format A4) préalablement imbibées d’un révélateur et séchées. Ainsi, tout animal qui passe
sur la feutrine dans un sens comme dans l’autre, s’imprègne les pieds d’encre puis appose ses
empreintes (instantanément révélées) sur les feuilles disposées sur sa trajectoire. Par conséquent, ce
capteur ne cible pas une espèce en particulier, mais vise à inventorier toute espèce empruntant les
cheminements équipés. Ces plaques à empreintes ont été installées à l’intérieur des ouvrages de
manière à couvrir toute la largeur de chaque banquette (Planche-photos 1).
Cependant, dans le lit, des cheminements « naturels » pouvaient être fréquentés par la faune en
fonction du niveau de l’eau, soit sur chaque rive, soit sur toute la largeur du lit. Ces cheminements
variables dans le temps risquant de biaiser les résultats obtenus sur les banquettes, le choix a été fait
de suivre également leur fréquentation. Pour cela, des capteurs flottants ont été développés et
installés dans les ouvrages dont les lits étaient partiellement ou totalement secs ou cheminables par
la faune, de façon à détecter tout animal empruntant le lit et non les banquettes.
Par la suite dans les dénominations, nous appellerons « Cheminement », l’unité de déplacement des
animaux sur un même niveau et une même rive.
Planche-photos 1 : Exemples de capteurs d’empreintes.
Ouvrage chez Boutrit 1 : les deux banquettes, larges
de 50 cm, présentent des plaques à empreintes et le lit
est équipé de deux capteurs flottants
(V. Maurie – GREGE).
Ouvrage de la Faye : la plaque à empreintes a été
élargie grâce à un élément de 50 cm et un élément de
30 cm, afin de couvrir les 80 cm des banquettes
supérieures. (C. Bout – GREGE).

7
Ouvrage de Baillargeau : les deux banquettes larges de 50cm et le lit ont été équipés de capteurs
d’empreintes ; le lit comporte dans ce cas deux cheminements, un par rive (V. Maurie – GREGE).
III.1.2. Protocole de suivi
Par rapport à l’échantillonnage de départ, composé de 40 ouvrages, trois ouvrages ont été
rapidement abandonnés lors de la mise en œuvre, car présentant soit un chemin carrossable ou une
route ne pouvant être équipés, soit un lit particulièrement large, soit des berges naturelles rocheuses
nécessitant des capteurs d’empreintes spécifiques dont le développement a été reporté :
- PRA1076 La Rune.
- PRA1734 Chalançon 1.
- PRA2740 Le Bois Noir.
Trois sessions de suivi par capteurs d’empreintes ont été menées entre le 15 juin et le 7 décembre
2015, chacune d’une durée d’un mois (Tableau III). La mise en œuvre a été progressive avec des
ajustements techniques réguliers, expliquant le caractère incomplet des suivis de quelques ouvrages
« à problèmes » ou de configuration particulière.
La première session, entre le 15 juin et le 30 juillet, a concerné 36 ouvrages, pour un total de 119
cheminements suivis, dont les neuf premiers cheminements équipés de capteurs flottants
développés dans six ouvrages. Pour le PRA0212 La Godefroy et le PRA0438+2 La Veude de Ponçay,
deux larges banquettes recouvertes de boue lors de la mise en œuvre n’étaient pas équipées lors de
cette session, le temps de développer leurs capteurs flottants. Enfin, l’OHD0592 Moulin de Main n’a
pas été suivi lors de cette session.
Au cours des deux sessions suivantes, menées entre 19 août et le 13 octobre 2015 puis entre le 1er
octobre et le 7 décembre 2015, le suivi a été mené de façon complète « lit + banquettes » sur 33
ouvrages; 140 cheminements ont été suivis, dont 48 équipés de capteurs flottants dans 28 ouvrages.
Le suivi des ouvrages PRA0796 La Pallu, PRA0797 Le Champallu, PRA1806 La Brangerie et PRA2270 La
Grande Eau ont été arrêtés.
Ainsi, sur l’ensemble des 3 sessions, 152 cheminements différents ont été suivis (101 banquettes, un
encorbellement, une berge naturelle, une buse et 48 cheminements de lits), dont 12 abandonnés à
l’issue de la première session.
Parmi les banquettes suivies, sept étant équipées d’une encoche à Musaraigne, et les capteurs ont
été installés de manière à suivre également la fréquentation dans ces encoches.
Chaque session a comporté trois contrôles consécutifs, espacés de 10 à 12 jours, au cours desquels
les feuilles présentant des empreintes ont été relevées, et orientées par rapport à l’ouvrage, à l’aide
d’une codification spécifique, de manière à reconstruire a posteriori le capteur tel qu’il était lors du

8
contrôle, et de connaître ainsi le sens de cheminement des espèces (entrée ou sortie de l’ouvrage,
et/ou vers l’amont/aval). Chaque ensemble de feuilles relevées a ensuite été analysé selon un
protocole standardisé par le GREGE. Cette étape d’analyse permet, d’une part, de déterminer le
nombre de passages et, d’autre part, d’attribuer chacune des voies et des empreintes la constituant
à une espèce ou un groupe d’espèces.
Tableau III : Période des suivis par capteurs d’empreintes, nombre d’ouvrages hydrauliques (OH) équipés et
nombre de capteurs posés pour chaque session de chaque intervenant.
Secteur Session 1 Session 2 Session 3
SEPANT
Entre le 16/06/15 et le 30/07/15
7 OH (14 cheminements dont 0
« cheminement de lit »)
Entre le 26/08/15 et le 9/10/15
7 OH (23 cheminements, dont 7
« cheminements de lit » dans 4 OH)
Entre le 7/10/15 et le 20/11/15
Vienne Nature
Entre le 24/06/15 et le 24/07/15
6 OH (11 cheminements dont
0 « cheminement de lit »)
Entre 19/08/15 et le 22/09/15
« cheminements de lit» dans 4 OH)
Entre 1/10/15 et le 10/11/15
GREGE
Entre le 15/06/15 et le 22/07/15
Entre le 3/09/15 et le 13/10/15
Entre le 3/11/15 et le 7/12/15
21 OH (101 cheminements, dont
33 « cheminements de lit » dans 20 OH)
Total
36 OH
101 cheminements classiques
9 cheminements de lit (6 OH)
33 OH
33 OH
III.1.3. Dénombrement des passages et identifications
Les identifications reposent sur la clé spécifique aux capteurs d’empreintes à encre développée par le
GREGE Maurie, 2013. Cette dernière permet de distinguer les empreintes de petits carnivores
sauvages ou domestiques entre eux (excepté la Belette de l’Hermine, faute d’empreintes de
référence d’Hermine), mais aussi d’autres espèces de mammifères, telles que l’Ecureuil, les Gliridés,
le Ragondin ou le Hérisson par exemple. En revanche, pour les micromammifères, faute
d’empreintes de référence exhaustives des espèces, la clé n’a à ce jour pas encore été finalisée et
seuls deux groupes ont été distingués en fonction de la taille des empreintes : les « petits
micromammifères » correspondant aux petits muridés, aux petits campagnols et aux musaraignes, et
les « grands micromammifères » correspondant aux gros muridés Rattus sp. et aux grands
campagnols Arvicola sp (incluant ainsi le Campagnol amphibie). Le taux d’erreur d’identification des
quatre collaborateurs du GREGE, toutes catégories confondues, est de 1,8 %. En complément, les
passages d’amphibiens ou de reptiles peuvent également être identifiés.
Pour les espèces de taille moyenne (de la Belette au Chien), le nombre de passages est déterminé par
comptage précis à vue. En revanche, pour les petits micromammifères, deux cas de figure se
présentent :
1) Fréquentation constituée de quelques passages bien identifiables et comptables à vue.
2) Fréquentation très intense compliquant la lisibilité et ne permettant pas d’identifier chacun
des passages. Dans ce deuxième cas, une méthode a été développée pour faire une
estimation : toutes les empreintes sont dénombrées dans une bande de 10 cm adjacente à la
feutrine et le nombre obtenu est divisé par le nombre moyen d’empreintes de
micromammifères pour un passage sur une voie de 10 cm (ce nombre moyen a été défini
dans le cadre d’une évaluation expérimentale menée par le GREGE sur 56 planches de

9
référence de micromammifères). C’est cette estimation du nombre de passages qui servira
d’indicateur pour chaque contrôle.
Planche-photos 2 (© GREGE): Lecture des capteurs d’empreintes.
Lors de l’étape d’analyse des empreintes recueillies, les feuilles relevées sont repositionnées de manière à
reconstruire le capteur tel qu’il était lors du contrôle : les passages sont ensuite dénombrés en attribuant les
empreintes observées pour enfin être identifiées. A gauche : une moitié de capteur reconstituée présentant
des passages bien distincts ; A droite : une feuille extraite d’un capteur présentant de nombreux passages
chevauchants.
III.1.4. Analyse des données
III.1.4.1.Caractéristiques des ouvrages
Cinq paramètres caractérisant les ouvrages et pouvant influencer la fréquentation par la faune ont
été évalués : la longueur (L), la largeur (l), la hauteur (h), mais également l’ouverture de l’ouvrage,
c'est-à-dire sa largeur multipliée par sa hauteur (= l x h) et son degré de confinement, c'est-à-dire la
longueur divisée par l’ouverture (= L / (l x h)).
Les figures 1 à 5 présentent la distribution des caractéristiques des ouvrages suivis en 2015.
Par ailleurs, deux secteurs géographiques ont été définis :
- Le secteur Nord, du PRA0133 à OHD1759+5, correspondant au tracé situé au nord de la
Charente et à la partie nord de celle-ci, où les paysages sont à dominante agricole et plutôt
ouverts.
- Le secteur Sud, de l’OHD2166 à OHD2852+7, correspondant au tracé situé au sud
d’Angoulême, où les paysages sont plus forestiers.
La comparaison des caractéristiques des ouvrages suivis entre le Nord et le Sud (Tableau IV) révèle
que les ouvrages suivis au Sud sont en moyenne significativement plus longs et plus confinés que
ceux suivis au Nord (Test de Wilcoxon-Mann-Whitney ; Scherrer, 1984).
Cette tendance devra être confirmée, ou non, avec les nouveaux ouvrages suivis dans les 4
prochaines années, afin de déterminer si cette différence était due à un échantillonnage déséquilibré
en 2015, ou si éventuellement elle pourrait être due à des contraintes géographiques ayant influencé
ces dimensionnements.

10
Figure 1 : Longueur des ouvrages suivis en 2015.
Figure 2 : Largeur des ouvrages suivis en 2015.
Figure 3 : Hauteur des ouvrages suivis en 2015.
0
20
40
60
80
100
120
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
Longueur (m)
0
2
4
6
8
10
12
14
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
Largeur (m)
0
1
2
3
4
5
6
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
Hauteur (m)
Secteur nord Secteur sud

11
Figure 4 : Ouverture des ouvrages suivis en 2015.
Figure 5 : Confinement des ouvrages suivis en 2015.
Tableau IV : Caractéristiques moyennes des ouvrages au Nord et au Sud et différences significatives
(en rose, test de Wilcoxon-Mann-Whitney, p  0,05).
Paramètres des ouvrages Nord (Moyenne  écart-type) Sud (Moyenne  écart-type)
Longueur L 37,3  18,8 63,9  24,8
Largeur l 5,0  3,4 3,4 1.6
Hauteur h 2,7  0,9 2,8 1.1
Ouverture l x h 16,3  15,5 11,1  9.7
Confinement L / (l x h) 5,3  7.4 9,3  6.1
III.1.4.2.Données de fréquentation
Dans le cadre de cette étude, la fréquentation des ouvrages hydrauliques a été évaluée par le
nombre de passages par espèce et/ou groupe d’espèces, ainsi que par la diversité spécifique
(nombre d’espèces sauvages différentes ayant fréquenté l’ouvrage). Les durées des sessions ayant pu
varier de quelques journées, les nombres de passages ont été ramenés à 30 jours lors des analyses
de données à l’ouvrage.
En ce qui concerne les identifications incertaines « Genette/Chat », « Canidé », « Carnivores
indéterminés », ou l’absence totale d’identification (« Espèce indéterminée »), les passages
0
10
20
30
40
50
60
70
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
Largeur x hauteur (m²)
0
5
10
15
20
25
30
35
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
Longueur / (largeur x hauteur)

12
correspondant ont été exclus des analyses à l’exception de la présentation des données générales
collectées.
Après une analyse de la fréquentation générale des ouvrages toutes espèces confondues, les
fréquentations pour chaque secteur géographique ont été comparées pour les groupes des « petits
carnivores », des « petits micromammifères » et des « grands micromammifères ».
Ensuite, des analyses plus précises ont été réalisées distinctement sur ces mêmes groupes, en
considérant que ces derniers ne présentent potentiellement pas les mêmes « préférences »
écologiques pour leurs déplacements. Ainsi, la fréquentation par niveau de cheminement
(aménagements par niveau et lit) pour les ouvrages dont les lits ont été suivis a été étudiée.
Afin d’évaluer l’intérêt pour les micromammifères des « encoches à Musaraigne », un sous-groupe a
été constitué à partir des banquettes qui en étaient équipées et la fréquentation de ces encoches a
été comparée à celle de la zone découverte de la même banquette.
En termes de bilan, chaque ouvrage a été évalué à partir des classes qui ont été constituées pour
chacun des indicateurs (Tableau V) :
1. pour les fréquentations par groupes d’espèces, ces classes ont été définies sur la base des
valeurs les plus hautes observées et de la répartition de l’ensemble des valeurs, en prenant
en compte également les deux seuls référentiels à notre connaissance comparables et
disponibles et obtenu par le GREGE (GREGE, 2015a;b).
2. pour les diversités, la valeur maximale correspond au nombre total d’espèces
potentiellement détectables pour la zone d’étude, avec les limites de la technique (le groupe
Vison sp., la Loutre, le groupe Belette/Hermine, la Fouine, la Martre, le Putois, la Genette, le
Renard, le Blaireau, l’Ecureuil, le Loir, le Lérot, le Muscardin, le Hérisson, les Lagomorphes, le
Ragondin, les petits et grands micromammifères, les Anoures et les Urodèles), soit 20
« espèces » pour la diversité spécifique globale, et neuf pour la diversité spécifique de petits
carnivores.
Dans un premier temps, les niveaux de fréquentation par les petits et des grands micromammifères
ont été combinés pour aboutir à un niveau de fréquentation des micromammifères (Tableau VI).
Ensuite, les niveaux de fréquentation par les micromammifères et les petits carnivores ont été
combinés pour aboutir à un niveau de fréquentation générale de l’ouvrage (Tableau VII).
Enfin, un niveau de transparence a été attribué à chaque ouvrage, basé sur le niveau de
fréquentation générale et la diversité spécifique globale toutes espèces sauvages confondues
(Tableau VIII).
Tableau V : Liste des classes constituées pour chacun des cinq indices utilisés pour déterminer la
fonctionnalité des ouvrages.
Indicateur Valeur ou intervalle Classe attribuée
Diversité spécifique globale
0 espèce Nulle
1 à 4 espèces Très faible
5 à 8 espèces Faible
9 à 12 espèces Moyenne
13 à 16 espèces Elevée
17 à 21 espèces Très élevée
Diversité spécifique de petits carnivores
0 espèce Nulle
1 à 2 espèces Faible
3 à 4 espèces Moyenne
5 à 7 espèces Elevée

13
Indicateur Valeur ou intervalle Classe attribuée
Fréquentation des petits carnivores
0 passage Nulle
0,01 à 4,99 passages Très faible
5 à 9,99 passages Faible
10 à 19,99 passages Moyenne
≥20 passages Elevée
Fréquentation des petits
micromammifères
0 passage Nulle
20 à 39,99passages Moyenne
Fréquentation des grands
micromammifères
0 passages Nulle
Fréquentation des amphibiens
0 passages Nulle
0.01 à 0,99 passages Très faible
>5 passages Elevée
Tableau VI : Niveau de fréquentation par les micromammifères attribué selon les combinaisons de classes de
fréquentation pour chacun des deux groupes concernés.
Fréquentation par les petits
micromammifères
Fréquentation par les grands
micromammifères
Niveau de fréquentation par les
micromammifères
Très faible Nulle Très faible
Très faible Très faible Très faible
Très faible Moyenne Faible
Faible Nulle Très faible
Faible Très faible Faible
Faible Faible Faible
Moyenne Très faible Faible
Moyenne Faible Moyen
Moyenne Elevée Elevé
Elevée Nulle Faible
Elevée Moyenne Elevé
Elevée Elevée Elevé

14
Tableau VII : Niveau de fréquentation générale attribué selon les combinaisons de classes du niveau de
fréquentation par les micromammifères et de fréquentation par les petits carnivores sauvages.
Niveau de fréquentation par les
micromammifères
Fréquentation par les petits
carnivores sauvages
Niveau de fréquentation
générale
Très faible Nulle Très faible
Très faible Faible Faible
Très faible Moyenne Faible
Faible Nulle Très faible
Faible Faible Faible
Moyenne Très faible Faible
Elevée Très faible Moyen
Elevée Moyenne Elevé
Tableau VIII : Niveau de transparence attribué selon les combinaisons de niveau de fréquentation générale
et de la diversité spécifique globale toutes espèces sauvages confondues.
Niveau de fréquentation générale Diversité spécifique globale Niveau de transparence
Très faible Faible Faible
Très faible Moyenne Plutôt faible
Très faible Elevée Assez Bon
Faible Faible Plutôt faible
Faible Moyenne Moyen
Faible Elevée Assez bon
Moyenne Très faible Plutôt faible
Moyenne Faible Moyen
Moyenne Moyenne Assez bon
Moyenne Elevée Bon
Elevée Très faible Moyen
Elevée Faible Assez bon
Elevée Moyenne Bon
Elevée Elevée Très bon
Les tests statistiques utilisés pour réaliser les différentes comparaisons sont présentées dans le
Tableau IX (Scherrer, 1984). Pour tous les tests, les différences ont été considérées significatives pour
p  0,05. Dans certains cas, lorsque les échantillons étaient trop faibles, aucun test statistique n’a pu
être réalisé et seuls les résultats bruts sont présentés et le cas échéant commentés.

15
Tableau IX : Tests statistiques utilisés selon les comparaisons recherchées (Scherrer, 1984)
Comparaisons
Test χ²
d’homogénéité
Test de Wilcoxon-Mann-
Whitney
Test de
Kruskal-Wallis
Petits micromammifères, grands micromammifères, petits carnivores
et Amphibiens : comparaison du nombre total de passages entre les
niveaux de cheminement et le lit
X
Petits micromammifères, grands micromammifères et petits
carnivores : comparaison du nombre moyen de passages par mois
entre les ouvrages du nord et ceux du sud
X
Petits micromammifères : comparaison du nombre de passages
encoche/hors encoche
X
Petits micromammifères, grands micromammifères et petits
carnivores : comparaison du nombre moyen de passages par mois
entre les différentes classes de longueur, de largeur, de hauteur,
d’ouverture et de confinement des ouvrages, respectivement
X
III.2. LES PIEGES PHOTOGRAPHIQUES
III.2.1. Objectifs et suivi mis en place
Le « piège photographique » est une méthode d’inventaire qui permet, grâce à l’installation
judicieuse d’appareils photos à déclenchement automatique, d’obtenir des clichés ou des films des
espèces fréquentant la zone détectée par l’appareil. Compte tenu des résultats en cours d’acquisition
montrant que ce type de matériel aurait une capacité de détection des espèces très variable, de
seulement 50 à 70% des passages mis en évidence par les pièges à empreintes, cette technique est
donc utilisée en complément des autres. Elle vient illustrer les autres suivis, les renforcer dans la
durée et permettre d’assurer des identifications litigieuses, d’évaluer éventuellement le nombre
d’individus circulant en même temps, mais également d’obtenir des informations sur le
comportement des animaux, notamment concernant les rythmes d’activité ou le mode d’utilisation
des cheminements potentiels.
Dans le cadre de cette étude, et lors de cette première session de suivi des ouvrages hydrauliques,
cinq modèles d’appareils ont été utilisés (Tableau X).
Une session de pose dure en moyenne quatre à six semaines avec un à deux contrôles des appareils.
Quinze ouvrages ont fait l’objet d’un suivi par piège photographique. Chaque contrôle d’un piège
photographique comporte les vérifications de l’installation et la récupération des données. Tous les
clichés ont été visionnés, mais seuls les clichés de Mammifères ont été saisis dans une géodatabase
ArcGis dédiée.
Le choix des banquettes ou du lit cheminable à suivre par piège photographique s’est basé sur les
résultats de fréquentation issus des précédents contrôles des capteurs d’empreintes : les ouvrages
les mieux fréquentés (plusieurs passages et/ou plusieurs espèces) ont été privilégiés, ou au contraire
les ouvrages dont la fréquentation était extrêmement faible. Dans ce dernier cas, l’intérêt de la pose
d’un piège photographique était de vérifier si cette faible fréquentation était réelle ou si elle
provenait d’un problème d’ordre technique au niveau des capteurs d’empreintes.

16
Planche-photos 3 : Pièges photographiques installés en complément de capteurs d’empreintes
Ouvrage du Martron : Piège photo Uway VH400HD
orienté pour capter les passages sur une banquette
Ouvrage du ruisseau de Fontgerveau : piège photo
Bushnell Nature View fixé au plafond permettant de
contrôler les passages sur une banquette et dans le lit
Tableau X : Détails du suivi par pièges photographiques
Intervant Ouvrage Période
Durée
(nuits)
Modèle Cheminements ciblés
GREGE
PRA1703
Puymarteau
Du 9/09/15 au
2/10/15
23 Uway VH 400HD Banquettes basses + lit
GREGE
PRA2393
Maury
Du 9/09/15 au
29/10/15
50 Reconyx HC 500 Banquette basse en rive droite
GREGE
PRA2304
La Faye
Du 2/10/15 au
29/10/15
27 Reconyx HC 500 Banquettes en rive droite + lit
SEPANT
PRA0438+2
Veude de Ponçay
Du 30/09/15 au
21/10/15
21 Bushnell TC 119437 Banquettes en rive gauche
Vienne
Nature
PRA1112
Palais
Du 19/10/15 au
10/11/15
22 Moultrie 990 I Banquette et lit, en rive droite
GREGE
PRA2539
Châteauroux
Du 29/10/15 au
26/11/15
28 Reconyx HC 500 Rive droite du lit
GREGE
PRA2424
Fontaine de Barret
Du 29/10/15 au
26/11/15
28 Reconyx HC 500 Banquette basse en rive droite
GREGE
PRA2818
Ruisseau de
Fontgerveau
Du 29/10/15 au
12/11/15
14 Bushnell Nature View Banquette basse + lit
SEPANT
PRAMS00018
Longue Plaine
Du 22/10/15 au
1/12/15
40 Bushnell TC 119437 Banquette en rive gauche + lit
Vienne
Nature
OHD0592
Moulin de Main
Du 10/11/15 au
30/11/15
20 Moultrie 990 I Rive droite du lit
GREGE
PRA2337
La Gorre
Du 26/11/15 au
15/12/15
19 Reconyx HC 500 Lit
GREGE
PRA2473
Balais
Du 26/11/15 au
17/12/15
21 Reconyx HC 500 Lit

17
Intervant Ouvrage Période
Durée
(nuits)
Modèle Cheminements ciblés
GREGE
PRA2525
Martron
Du 26/11/15 au
15/12/15
19 Uway VH 400HD Lit
SEPANT
PRA0212 Du 1/12/15 au
21/12/15
20 Bushnell TC 119437 Banquette en rive gauche + lit
Vienne
Nature
PRA0778
Lière
Du 30/11/15 au
21/12/15
21 Moultrie 990 I Rive droite du lit
III.2.2. Analyse des données
Une série de clichés successifs d’un même animal à un même horaire a été considérée comme une
seule et même observation. Pour chaque observation, ont été notés et saisis, l’horaire du premier
cliché, le nombre total de prises de vue, le nombre d’individus différents observés en même temps,
le lieu de cheminement de l’animal (banquette haute, banquette basse, lit) et toute observation
particulière sur l’animal observé ou son comportement.
Selon la qualité du cliché, la position de l’animal par rapport à l’objectif, sa vitesse de déplacement et
le nombre de clichés successifs, l’identification a été réalisée jusqu’à l’espèce, parfois seulement
jusqu’au groupe d’espèces. L’analyse des clichés et l’identification des espèces ont été faites par
chaque structure, la compilation des données a été traitée par le GREGE.
Dans le cadre de cette étude, les pièges photographiques sont considérés en tant que technique
illustrative, et les données à l’ouvrage ne sont donc pas détaillées. En revanche, certains contacts
d’espèces particulières sont utilisés en tant que données complémentaires, notamment si une
espèce est détectée dans un ouvrage par cette seule technique, en particulier lorsque la pose n’est
pas concomitante des capteurs d’empreintes.
Planche-photos 4 : Exemples d’espèces détectées par les pièges photographiques
Fouine détectée à l’ouvrage de la Maury
(©GREGE).
Loutre détectée à l’ouvrage de Châteauroux (©GREGE).
III.3. RECHERCHE D’INDICES DE PRESENCE DE LA LOUTRE
La Loutre d’Europe, mustélidé semi-aquatique protégé, a été retenue comme espèce indicatrice de
l’évaluation de la fréquentation des ouvrages de la LGV SEA par les petits mammifères. Pour cela, le
suivi de la fréquentation par la Loutre de l’ouvrage lui-même et des milieux situés en amont de la
LGV nous permettra d’évaluer dans la durée l’efficacité des aménagements réalisés à l’intérieur des
ouvrages. L’indicateur sera le nombre d’ouvrages fréquentés, en tenant compte de la disparité de la
qualité des milieux situés en amont.

18
III.3.1. Protocole de suivi
L’inventaire de la Loutre est basé sur la recherche d’indices indirects tels que coulées, empreintes et
surtout épreintes (fèces) caractéristiques de l’espèce. Le protocole le plus couramment utilisé est
celui proposé par l’IUCN pour son inventaire (600m de linéaire de berge parcourus à la recherche
d’indices ; Reuther et al., 2000). Cependant, nous nous sommes orientés vers un autre protocole plus
adapté aux prospections répétées dans le temps et devant montrer une évolution de l’utilisation des
territoires par la Loutre, protocole testé lors des premiers inventaires à l’automne 2014.
Le protocole proposé s’inspire de celui décrit par Chanin (Chanin, 2005), basé sur le repérage, la
sélection et le suivi de places de marquage potentielles, en considérant que l’évolution de la
fréquentation de ces stations prédéfinies est le reflet de l’occupation et/ou de l’utilisation de
l’espace par la Loutre.
Planche-photos 5 : Exemples d’indices caractéristiques de Loutre.
Marquage de la Loutre, épreintes -
Bief amont (E. Laoué - GREGE).
Empreinte, gratté et épreinte de Loutre sur banc de
sable - Le Lary amont (E. Laoué – GREGE).
Dans notre cas, six places de marquage potentielles sont systématiquement visitées à chaque
passage. Elles ont été sélectionnées à partir de la visite d’un nombre supérieur de points d’accès
faciles au cours d’eau (ponts essentiellement), le long desquels 50 mètres ont été parcourus pour
trouver la place adéquate pouvant être facilement suivie jusqu’en 2025. Elles ont été uniformément
réparties en amont du projet. Cependant, en cas d’absence d’indices lors de la visite sur les trois
premières places visitées en amont (par exemple sur des secteurs en cours de colonisation ou des
ruisseaux fréquentés de façon irrégulière par la Loutre), trois places de marquage situées en aval de
l’ouvrage ont alors été visitées pour caractériser la présence de l’espèce sur le cours d’eau lui-même.
Ces places ont été visitées deux fois par an pour rechercher les indices de présence spécifiques. A
chaque passage, les indices découverts sont dénombrés et effacés, afin de pouvoir identifier les
nouvelles fréquentations lors du passage suivant.
En complément, l’ouvrage est systématiquement parcouru pour rechercher des indices de présence
et leur position dans l’ouvrage est notée.

19
III.3.2. Autres données de présence de la Loutre
A l’occasion de toutes les visites de terrain menées par le GREGE, la SEPANT et VIENNE NATURE, tout
indice de circulation de la Loutre aux abords de l’ouvrage a également été noté, pouvant ainsi venir
renforcer le jeu de données recueilli à l’aide des prospections standardisées.
III.4. LES TUBES CAPTEURS D’INDICES POUR LES
MICROMAMMIFERES
III.4.1. Types de tubes et distribution au sein de l’ouvrage
Le suivi consistait à réaliser un sondage sur la moitié des ouvrages inscrits au plan d’échantillonnage,
soit 23 ouvrages, afin de répondre à deux objectifs :
 Mettre en évidence la présence des espèces visées aux abords des ouvrages hydrauliques.
 Evaluer l’importance de la fréquentation à l’intérieur des ouvrages, ainsi que la fréquentation
des aménagements, afin de caractériser l’efficacité des dispositifs mis en place pour assurer
la transparence de l’infrastructure pour ce cortège.
Deux typologies de tubes capteurs d’indices ont été utilisées :
1. Les tubes capteurs de fèces, qui ciblent spécifiquement par l’appât la Crossope aquatique et
les autres Soricidés.
2. Les tubes capteurs de poils, qui sont utilisés afin de capter un panel plus large d’espèces de
micromammifères.
L’un comme l’autre, ces tubes ont été répartis à l’intérieur et à l’extérieur des ouvrages, afin
d’évaluer et de comparer la présence des espèces à l’intérieur de l’ouvrage et à ses abords. Pour
cela, ils ont été distribués à l’intérieur au nombre de trois tubes par niveau de circulation (banquettes
et atterrissements du lit), un sur le tiers amont de l’ouvrage, un au centre, puis un sur le tiers aval. A
l’extérieur, huit tubes ont été disposés, deux par rive et par côté amont / aval.
Le nombre de tubes capteurs d’indices a donc été dépendant du nombre de cheminements dans les
ouvrages, et a été en moyenne de 19 tubes par ouvrage pour les tubes capteurs de fèces (10-26) et
de 23 par ouvrage pour les tubes capteurs de poils (12-32).
III.4.2. Protocole de suivi par les tubes capteurs de fèces pour la
Crossope aquatique et les Soricidés
L’inventaire de la Crossope aquatique au sein des ouvrages a été fait à l’aide de tubes capteurs de
fèces, appâtés avec des larves de mouches congelées maintenues dans un porte-appât.
Conformément au protocole développé par le GREGE (Bout, 2010), les tubes sont laissés en place
durant six nuits consécutives. Lors de leur fréquentation, les micromammifères sont susceptibles d’y
laisser des déjections qui sont alors récoltées. Le contenu des fèces est ensuite analysé par
identification génétique des marqueurs d’espèces, notamment de la Crossope aquatique. Tous les
échantillons ont été conditionnés directement en alcool lors de la phase de récupération sur le
terrain. Ils ont été identifiés avec l’identifiant du site, celui du tube ainsi que la date de collecte. Pour
cette étude, les indices d’un même tube ont été poolés entre eux. En revanche, aucun pool de tubes
n’a été effectué.

20
Planche-photos 6 : Exemples de pose des tubes sur différents cheminements.
Tube collecteur de fèces sur une banquette d’ouvrage
hydraulique (C. Bout - GREGE) Tube collecteur de fèces disposé dans le lit de
l’ouvrage, proche d’un refuge à micromammifères
(C. Bout – GREGE).
Dans le cadre de ce suivi, ce sont 835 tubes capteurs de fèces qui ont été mis en place dans les 23
ouvrages suivis, répartis sur deux sessions, aux périodes suivantes :
Session 1 :
 Du 12 et 13 mai 2015 au 18 et 19 mai 2015.
 Du 10 juin 2015 au 16 juin 2015.
 Du 16 juin 2015 au 22 juin 2015.
 Du 1er
juillet 2015 au 07 juillet 2015.
Session 2 :
 Du 24 septembre 2015 au 1er
octobre 2015.
 Du 28 septembre 2015 au 05 octobre 2015.
 Du 16 octobre 2015 au 23 octobre 2015.
 Du 22 octobre 2015 au 29 octobre 2015.
 Du 04 novembre 2015 au 10 novembre 2015.
III.4.3. Protocole de suivi par les tubes capteurs de poils pour les
micromammifères
Les tubes capteurs de poils visent à détecter différentes espèces de micromammifères. Deux types
ont été utilisés :
 Des tubes de 50 mm de diamètre, appâtés avec du beurre de cacahuètes, afin de cibler les
espèces les plus petites.
 Des tubes de 80 mm de diamètre, ciblant les plus gros rongeurs, tels que Campagnol
amphibie et rats. En effet, ces espèces sont par ailleurs détectées par les plaques à
empreintes, et ces tubes viennent en complément : ils ont donc été disposés uniquement au

21
centre de l’ouvrage sur chaque niveau de cheminement, soit de deux à huit tubes par
ouvrage.
Le dispositif de captage se compose d’une plaquette adhésive et amovible. Ces tubes ont été laissés
en place durant environ deux semaines.
Planche-photos 7 : Exemples de pose des tubes à poils.
Tube collecteur de poils positionné sur une
banquette – Diam. 50 mm (C. Bout - GREGE)
Tube collecteur de poils – Diam 80 mm (C. Bout – GREGE).
Lors de la récupération finale, les capteurs chargés de poils ont été conditionnés individuellement
pour permettre une analyse génétique.
Dans le cadre de ce suivi, ce sont 1020 tubes capteurs de poils qui ont été mis en place dans les 23
ouvrages suivis, répartis sur les deux sessions, allant du 12 mai 2015 au 22 juillet 2015 pour la
première session, puis du 24 septembre 2015 au 13 novembre 2015 pour la deuxième session.
Pour cette technique, les prélèvements des tubes extérieurs aval et amont ont été poolés entre eux,
respectivement, tandis qu’à l’intérieur, les prélèvements de chaque tube ont été analysés de façon
indépendante.
III.4.4. Identification des espèces par analyse génétique
L’analyse génétique permet une identification jusqu’à l’espèce, dès lors que la quantité et qualité de
l’ADN sont suffisantes et que les marqueurs caractéristiques de l’espèce ont été développés. Dans
notre cas, les prélèvements collectés peuvent ne présenter que peu d’ADN (peu de poils ou de l’ADN
dégradé comme dans les fèces), et il s’agissait d’employer une technique présentant un taux
d’identification suffisamment élevé pour répondre à ces contraintes. La méthode choisie repose sur
l’amplification et un séquençage à haut débit de type Miseq de courts fragments (environ 200 paires
de base) très variables du gène cytochrome oxydase 1 (CO1), préalablement sélectionnés afin de
pouvoir identifier la majorité des espèces de vertébrés et invertébrés connus, selon une approche de
type « barcode ». Pour la plupart des espèces, des amorces spécifiques des fragments des gènes
caractéristiques des espèces sont disponibles.
Les fragments séquencés pour chaque échantillon de fèces ou de poils sont ensuite comparés par
une approche de type « blast » aux bases de données disponibles, notamment les bases de données
GENBANK, BOLD (Barcoding of Life), mais également de l’unité génétique de la conservation de
l’Université de Liège au sein de laquelle le GREGE réalise les analyses. La définition des fragments de

22
référence pour chaque espèce potentiellement présente est parfois toujours en cours, expliquant
certains résultats s’arrêtant seulement au genre. Pour le groupe des Neomys, la discrimination de
Neomys fodiens et Neomys anomalus, est désormais réalisable.
Pour les échantillons collectés en 2014 et 2015, il s’agissait de calibrer la procédure complète, c'est-
à-dire tester et évaluer les techniques d’extraction des follicules pileux des plaquettes adhésives,
définir les contraintes pratiques de conditionnement des fèces ou des plaquettes, et évaluer les taux
d’identification avec les protocoles actuels de collecte et d’analyses génétiques à suivre.
Il est important de préciser qu’un prélèvement peut conduire à une ou plusieurs « identifications
d’espèces » car pouvant regrouper plusieurs indices et, même avec une seule fèces, plusieurs
espèces peuvent être détectées du fait des contaminations de l’indice lors du passage d’autres
micromammifères à l’intérieur du même tube (dépôt d’urine, piétinement, etc).
Enfin, en terme de synthèse par station d’échantillonnage, l’indicateur utilisé est le nombre de
contacts pour une espèce donnée, qui correspond au nombre de tubes ayant détecté la dite espèce,
quel que soit le nombre de fèces collectées dans chaque tube.
III.4.5. Caractéristiques des ouvrages suivis et de leurs abords
Cette analyse descriptive a pour objectif d’évaluer l’influence des caractéristiques générales et
locales des ouvrages et des aménagements fréquentés par les micromammifères. Des paramètres
spécifiquement relevés pour le suivi de la fréquentation des micromammifères sont venus compléter
les paramètres descriptifs des ouvrages communs à toutes les techniques.
Une première analyse a été réalisée en prenant en compte divers caractéristiques descriptives des
ouvrages hydrauliques :
 La présence d’un lit cheminable dans l’ouvrage.
 La présence de caches à Musaraignes dans l’ouvrage.
 La présence d’une encoche à Musaraignes dans l’ouvrage.
 La présence simultanée d’une encoche et de caches à Musaraignes.
Une seconde analyse a été réalisée en prenant en compte les paramètres de configuration de pose
liés au positionnement du tube lui-même :
 La localisation dans l’ouvrage : extérieur amont, extérieur aval, tiers intérieur amont de
l’ouvrage, tiers intérieur aval de l’ouvrage et centre de l’ouvrage.
 Le niveau du cheminement : atterrissement du lit, banquette inférieure (50 cm de hauteur),
banquette médiane (100 cm de hauteur) et banquette supérieure (150 cm de hauteur).
 La position du tube : contre la paroi, au milieu de la banquette, dans une cache à
Musaraignes, dans l’encoche à Musaraignes ou à la jonction de l’encoche avec une cache à
Musaraignes.
III.4.6. Analyses des données
Dans le cadre de cette étude, la fréquentation des ouvrages hydrauliques a été évaluée par le
nombre de contacts par espèce, ainsi que par la diversité spécifique observée. Le nombre total de
captages toutes espèces confondues a été pris en compte pour étudier comment se répartissent les
localisations des indices vis-à-vis des ouvrages hydrauliques (intérieur ou aux abords) et entre les
différents niveaux de cheminements. Les taux de captage entre les différentes localisations d’une
part et les différents niveaux d’autre part ont été comparés à l’aide de tests χ² suivis, lorsqu’ils
étaient significatifs (p  0,05), de tests de comparaisons multiples (Scherrer, 1984).

23
IV. RESULTATS
IV.1. EVALUATION DE LA FREQUENTATION A L’AIDE DE
CAPTEURS D’EMPREINTES
IV.1.1.Ouvrages dont le suivi a été arrêté
Les informations sur ces quatre ouvrages suivis de façon incomplète sont données à titre informatif
et ne seront pas prises en compte dans la suite des analyses :
1. L’ouvrage PRA0796 La Pallu a été fortement fréquenté par des usagés humains, et dès le
premier contrôle, la plaque à empreintes de l’unique banquette en rive gauche a été
arrachée. Les empreintes obtenues à l’unique contrôle de cette rive et celles obtenues lors
des trois contrôles du capteur de l’autre rive ont été analysées et 18 passages ont été
comptabilisés au total : trois anoures, neuf chats, deux grands micromammifères, deux petits
micromammifères et deux passages identifiés « Genette/Chat ».
2. L’ouvrage PRA0797 Le Champallu a également été fortement fréquenté par des usagés
humains, avec une disparition régulière des feuilles révélatrices. Onze passages ont été
comptabilisés dans cet ouvrage : un anoure, trois chats, un hérisson, cinq grands
micromammifères et un passage identifié « Genette/Chat ».
3. Sept passages ont été mis en évidence à l’ouvrage PRA1806 Ruisseau de la Brangerie : six
chats et une fouine.
4. Enfin, 36 passages ont été comptabilisés à l’ouvrage PRA2270 La Grande Eau : 29 genettes,
une fouine, deux martres, un petit micromammifère, un passage identifié « Martes sp » et
deux autres identifiés « Genette/Chat ».
Les ouvrages de La Pallu et Champallu ont été abandonnés car présentant une trop forte dégradation
des matériels entre chaque contrôle. Les ouvrages de la Brangerie et de la Grande eau ont été
arrêtés car nécessitant l’installation d’un nombre important de capteurs flottants, faisant dépasser le
nombre d’éléments fabriqués pour l’année 2015. Leur suivi est donc reporté aux années suivantes.
IV.1.2.Ouvrages suivis en 2015
IV.1.2.1. Données générales
Sur l’ensemble des sessions, les 33 ouvrages suivis ont été fréquentés, et des passages ont été
observés pour 133 cheminements des 140 suivis lors des sessions 2 et 3, au cours desquelles les lits
étaient équipés. Au total, 5124 passages ont été comptabilisés dont 48 classés comme « espèce
indéterminée » (Figure 6).
Sur les 5076 passages identifiés, 191 ont été attribués aux Amphibiens (148 anoures et 43 urodèles)
et 4885 aux Mammifères, dont 24% appartiennent aux espèces domestiques avec pour le Chat, 1104
passages dans 32 ouvrages et pour le Chien, 62 passages dans 19 ouvrages, et 1 % qui n’ont pu être
attribué à des espèces domestiques ou sauvages puisque l’identification était incertaine
(« Genette/Chat » et « Chien/Renard »).

24
Figure 6 : Répartition des passages décomptés lors de l’analyse des capteurs d’empreintes et nombre
d’ouvrages fréquentés par chaque groupe. Les « espèces incertaines » regroupent les passages classés
comme « Genette/Chat » ou « Chien/Renard » et les « espèces indéterminés », les passages identifiés
« espèce indéterminée » et « carnivore indéterminé ».
Tous les ouvrages ont été fréquentés par au moins deux espèces sauvages dont 31 par les petits
carnivores. Pour ce groupe, les espèces détectées et leur fréquentation par ouvrage sont détaillées
dans le paragraphe IV.1.2.3.1.
Au sein des mammifères sauvages (Figure 7), les petits carnivores sauvages représentent 13% des
passages, contre 47% de petits micromammifères et 20% de grands micromammifères. Huit autres
espèces de mammifères ont été contactées dans les ouvrages, représentant 20 % des passages de
mammifères mis en évidence (Tableau XI).
Le Ragondin et le Renard sont deux espèces parmi les plus abondantes avec une vingtaine d’ouvrages
fréquentés par chacune, pour un total de 419 et 180 passages, respectivement. Le Hérisson et des
Lagomorphes ont été détectés dans huit ouvrages, contre cinq ouvrages pour le Blaireau et
l’Ecureuil. Enfin, les deux dernières espèces, le Sanglier et le Loir, ont été détectés ponctuellement :
un à deux passages dans un ouvrage chacun, tous les deux en Indre-et-Loire, en septembre pour le
Loir et en novembre pour le Sanglier.
En moyenne, sur 30 jours de suivi, 35 passages toutes espèces sauvages confondues (4-127) ont eu
lieu par ouvrage, dont 15 petits micromammifères (0-74), 6 grands micromammifères (0-47), 5 petits
carnivores (0-13), le reste étant d’autres Mammifères (Ragondin, Renard, Hérisson, Lagomorphe
Blaireau, Ecureuil, Sanglier ou Loir) ou des Amphibiens.
Mammifères
domestiques
1166 passages
(32 OH)
Petits carnivores
483 passages
(31 OH)
Autres mammifères
sauvages
729 passages
(31 OH)
Amphibiens
191 passages
(23 OH)
Espèces incertaines
57 passages
(19 OH)
Espèces
indéterminées
48 passages
(18 OH)
Petits
micromammifères
1720 passages
(33 OH)
Grands
micromammifères
730 passages
(26 OH)

25
Figure 7 : Répartition des 3662 passages attribués aux mammifères sauvages.
Tableau XI : Détection des mammifères, autres que petits et grands micromammifères et petits carnivores,
par département. Entre parenthèses est noté le nombre d’ouvrages suivis par département.
Espèce
Nombre
total de
passages
Nombre d’ouvrages fréquentés
Indre-et-Loire
(7)
Vienne
(5)
Charente
(12)
Charente-Maritime
(5)
Gironde
(4)
Total
(33)
Ragondin 419 7 5 7 1 3 23
Renard 180 6 3 6 4 - 19
Hérisson 56 2 1 4 - 1 8
Lagomorphe 20 3 2 1 2 - 8
Blaireau 39 3 - 2 - - 5
Ecureuil 11 - 2 3 - - 5
Sanglier 2 1 - - - - 1
Loir 2 1 - - - - 1
IV.1.2.2. Diversité spécifique globale
Sur l’ensemble de l’étude, 15 espèces ou groupes d’espèces ont fréquenté les ouvrages sur les 20
potentiellement attendues (Sanglier exclus). A l’échelle d’un ouvrage, entre deux et onze espèces ont
pu être contactées (Figure 8), la plupart des ouvrages présentant une diversité spécifique globale très
faible à faible (24 ouvrages sur 33).
Loutre (29 passages)
Genette (62 passsages)
Belette/Hermine (107
passages)
Fouine (176 passages)
Martre (10 passages)
Martes sp. (51
passages)
Putois (11 passsages)
Putois/Martes sp.
(5 passsages)
Putois/Visons
(1 passage)
Vison/Fouine
(11 passages)
Mustélidé indéterminé
(20 passages)
Blaireau (39 passages)
Renard (180 passages)
Sanglier (2 passages)Ragondin (419
passages)
Lagomorphe (20
passages)Hérisson (56 passages)
Ecureuil (11 passages)
Loir (2 passages)
Petits
micromammifères
(1720 passages)
Grands
micromammifères
(730 passages)

26
Figure 8 : Diversité spécifique détectée par cortège et par ouvrage.
Pour les Amphibiens (« Anoures » + « Urodèles ») et les micromammifères (« petits » + « grands »),
la diversité maximale pour ces groupes est de deux. Les tirets noirs représentent les limites des classes de
diversité (« très faible », « faible » et « moyenne »).
IV.1.2.3. Analyse par groupe d’espèces
IV.1.2.3.1.Les petits carnivores
IV.1.2.3.1.1. Approche par ouvrage
La buse OHDCA10027 Réveillon et l’ouvrage PRA0438+2 Veude de Ponçay sont les deux seuls
ouvrages où aucune espèce de petits carnivores n’a été détectée.
Parmi les 31 ouvrages fréquentés par des petits carnivores, cinq espèces ont été observées (Tableau
XII) :
- La Genette a été détectée dans sept ouvrages, en Charente, Charente-Maritime et en
Gironde, pour un total de 62 passages. L’absence de détection de l’espèce en Indre-et-Loire
et en Vienne est certainement liée une répartition moins large dans ces départements situés
en limite nord de son aire de répartition.
- Le groupe Belette/Hermine a été contacté dans 15 ouvrages, répartis sur l’ensemble du
tracé, avec un total de 107 passages décomptés.
- La Fouine est l’espèce la plus fréquente, avec 27 ouvrages fréquentés et 176 passages
comptabilisés sur l’ensemble du tracé.
- La Martre est un peu moins fréquente, puisqu’elle n’a été détectée que dans sept ouvrages
localisés de l’Indre-et-Loire à la Charente, avec un total de 10 passages. Cependant, ce chiffre
0
2
4
6
8
10
12
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
37 86 16 17 33
Nombred'espècesougroupesd'espèces
Amphibiens
Micromammifères
Autres mammifères sauvages
Loutre
Petits carnivores

27
est certainement sous-estimé car pour 51 passages, l’identification n’a pas permis de séparer
Martre et Fouine (Martes sp.) dans 18 ouvrages et dans cinq d’entre eux, les deux espèces
ont été enregistrées laissant supposer que d’autres passages de Martre sont inclus dans ce
groupe « Martes ».
- Au total, onze passages de Putois ont été comptabilisés dans cinq ouvrages, deux en Indre-
et-Loire (OHD0183 Billonnière et PRA0212 Godefroy), un en Vienne (PRA0794 Lière), un en
Charente (PRA2414 Pompinier 1) et un en Charente-Maritime (PRA2525 Martron). Tous ces
passages ont été observés entre septembre et décembre (nombre de passages observés
chaque mois par ordre chronologique : trois, six, un et un).
Tableau XII : Détection des petits carnivores - nombre total de passage et nombre d’ouvrages positifs par
département (NB : Entre parenthèse est noté le nombre d’ouvrages suivis).
Espèce
Nombre
total de
passages
Nombre d’ouvrages fréquentés
Indre-et-Loire
(7)
Vienne
(5)
Charente
(12)
Charente-Maritime
(5)
Gironde
(4)
Total
(33)
Genette 62 - - 3 3 1 7
Belette/Hermine 107 3 3 4 2 3 15
Fouine 176 3 4 12 4 4 27
Martre 10 1 2 4 - - 7
Martes sp 51 3 2 7 4 2 18
Putois 11 2 1 1 1 - 5
Putois/Martes 5 1 1 1 1 - 4
Putois/Vison 1 - - - 1 - 1
Vison/Fouine 11 3 - 3 3 1 10
En moyenne, 1,8 espèce de petits carnivores a été détectée par ouvrage (Figure 9). Vingt-cinq des 31
ouvrages positifs aux petits carnivores présentent une diversité spécifique faible, avec de un à deux
espèces contactées. La diversité spécifique restant moyenne (3 à 4 espèces contactées) pour les six
autres ouvrages.
Figure 9 : Diversité spécifique de petits carnivores par ouvrage. Les tirets noirs représentent les limites des
classes de diversité (« faible », « moyenne » et « élevée »).
0
1
2
3
4
5
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
37 86 16 17 33
Nombred'espècesougroupes
d'espèces

28
Par ailleurs, les résultats montrent une fréquentation des ouvrages globalement faible, puisque 28
ouvrages sur les 31 où des petits carnivores ont été contactés, présentent une fréquentation très
faible (en moyenne 2,0 passages par mois) à faible (en moyenne 7,2 passages par mois). La
fréquentation pour les trois derniers ouvrages restant moyenne, avec en moyenne 11,5 passages par
mois.
De plus, les ouvrages au nord présentent une fréquentation par mois significativement plus faible
que les ouvrages au sud, avec en moyenne 3,0  3,8 passages par mois contre 5,3  2,9 (test de
Wilcoxon-Mann-Whitney : U=62, p=0,010).
Enfin, si on confronte ces résultats avec les caractéristiques des ouvrages, sur les cinq paramètres
testés, aucun ne semble influencer la fréquentation par les petits carnivores (test de Kruskal-Wallis ;
longueur : χ²=7,030, ddl=3, p=0,071 ; largeur : χ²=5,724, ddl=4, p=0,221 ; hauteur : χ²=1,601, ddl=3,
p=0,659 ; ouverture : χ²=3,453, ddl=5, p= 0,631 ; confinement : χ²= 4,483, ddl=3, p=0,214).
Figure 10 : Fréquentation des ouvrages, rapportée à 30 jours, par espèce ou groupe d’espèces de petits
carnivores. Les tirets noirs représentent les limites des classes de fréquentation
(« très faible », « faible » et « moyenne »).
IV.1.2.3.1.2. Approche au cheminement
Afin d’étudier si les passages des espèces se répartissent ou non de façon homogène entre les
différents niveaux de cheminements, deux groupes d’ouvrages ont été définis : les ouvrages munis
d’un seul niveau de banquette et dont le lit était aussi suivi par capteurs (11 ouvrages concernés), et
les ouvrages munis de deux niveaux de banquette et dont le lit était aussi suivi par capteurs (14
0
2
4
6
8
10
12
14
16
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
37 86 16 17 33
Nombredepassagesrapportéà30jours
Loutre Genette Belette/Hermine
Fouine Martre Martes sp
Putois Putois/ Martes Putois/Vison
Vison/Fouine Mustélidé indéterminé

29
ouvrages concernés). Les autres configurations d’ouvrages n’ont pas été prises en compte, car trop
peu nombreuses pour avoir un échantillonnage de passages suffisant.
Les analyses par espèce pour ces deux groupes d’ouvrages montrent que pour toutes les espèces
pour lesquelles le test χ² d’homogénéité était applicable, les passages ne se font pas de façon
homogène entre le lit et les banquettes. Ainsi pour la Genette, la Belette/Hermine, la Fouine, le
groupe des Martes (incluant la Fouine, la Martre et les Martes sp.), les banquettes sont
significativement plus fréquentées que les lits (Tableau XIII). Pour les ouvrages avec deux niveaux de
banquette, il semble même que ce soit le niveau 2 qui soit le plus utilisé.
Pour le Putois, les passages semblent répartis de façon plus homogène entre le lit et les banquettes,
mais l’échantillonnage reste trop faible pour confirmer statistiquement cette tendance.
La Loutre quant à elle a été significativement plus fréquemment détectée dans le lit que sur les
banquettes dans les ouvrages munis d’un seul niveau de cheminement, mais il n’a pas été possible
de conclure pour les ouvrages à deux niveaux.
Tableau XIII : Répartition du nombre de passages des petits carnivores dans le lit et sur les banquettes, selon
leur niveau, et résultat du test χ² d’homogénéité. Deux groupes ont été définis : les 11 ouvrages munis d’un
seul niveau de banquette et dont le lit était aussi suivi, et les 14 ouvrages munis de 2 banquettes et dont le
lit était aussi suivi. Seules les données des sessions 2 et 3 ont été prises en compte, tous les lits n’ayant pas
été suivis en session 1. (NT = test statistique non applicable ; en rose les différences significatives).
Identification
Ouvrages avec un seul niveau de banquettes Ouvrages avec deux niveaux de banquettes
Nbre d’OH
fréquentés
Lit Niveau 1
Test χ²
d’homogénéité
ddl = 1
Nbre d’OH
fréquentés
Lit Niveau 1 Niveau 2
Test χ²
d’homogénéité
ddl = 2
Genette 3 0 20
χ²=20,0
p << 0,001
3 1 0 12 NT
Belette/Hermine 4 2 15
χ²=9,94
p < 0,002
4 2 6 0 NT
Fouine 8 2 13
χ²=8,07
p < 0,05
14 0 9 64
χ²=98,6
p << 0,001
Martre 1 0 3 NT 2 0 0 2 NT
Fouine + Martre
+ Martes sp
8 2 30
χ²=24,5
p << 0,001
14 2 14 72
χ²=95,5
p << 0,001
Putois 2 2 1 NT 3 3 0 5 NT
Loutre 2 15 1
χ²=12,3
p < 0,001
3 2 4 0 NT
IV.1.2.3.2.Les petits micromammifères
Les 33 ouvrages suivis ont tous été fréquentés par les petits micromammifères. Le nombre moyen de
passages de petits micromammifères par mois a été de 20,0  16,6 au nord et de 11,1  17,3 au sud,
mais ces différences ne sont pas significatives (Test de Wilcoxon-Mann-Whitney : U=83, p=0,07).
Dans le cadre de cette étude, les quatre classes de fréquentation sont représentées, cependant la
classe de fréquentation « très faible » est de loin la plus représentée, comportant 19 ouvrages sur les
33 ouvrages, pour une moyenne de 4,3 passages par mois. Les classes « faible » et « moyenne »
comptent chacune quatre ouvrages, pour une moyenne respective de 13,8 et 24,0 passages par
mois. Seul trois ouvrages présentent une fréquentation élevée, avec en moyenne 57,2 passages par
mois.

30
Parmi les cinq paramètres de caractéristiques des ouvrages testés, aucun ne semble influencer la
fréquentation par les petits micromammifères (test de Kruskal-Wallis ; longueur : χ²=2,960, ddl=3,
p=0,398 ; largeur : χ²=7,167, ddl=4, p=0,127 ; hauteur : χ²=3,015, ddl=3, p=0,389 ; ouverture :
χ²=9,167, ddl=5, p= 0,103 ; confinement : χ²=3,931, ddl=3, p=0,269).
Figure 11 : Fréquentation des ouvrages, rapportée à 30 jours, par les petits micromammifères. Les tirets noirs
représentent les limites des classes de fréquentation (« très faible », « faible », « moyenne » et « élevée »).
Les petits micromammifères ont fréquenté les lits et les banquettes, de façon homogène dans les
ouvrages à un niveau de banquette, alors que dans les ouvrages à deux niveaux, ils ont
significativement plus fréquenté le lit que les banquettes (Tableau XIV).
IV.1.2.3.3.Les grands micromammifères
Des grands micromammifères ont été détectés dans 23 ouvrages sur les 33 suivis. Par ailleurs, tout
comme les petits carnivores, il existe une différence géographique de résultats, mais dans ce cas, ce
sont les ouvrages du nord qui sont significativement plus fréquentés que les ouvrages du sud, avec
12,8  14,8 passages par mois contre 1,4  2,0 (test de Wilcoxon-Mann-Whitney : U=37, p<0,001). En
effet, les six ouvrages présentant une fréquentation moyenne (en moyenne 11,8 passages par mois)
à élevée (en moyenne 38,6 passages par mois) se situent tous sur le secteur nord, alors que le
secteur sud regroupe les sept ouvrages non fréquentés par ce groupe, les deux tiers des ouvrages à
fréquentation très faible (en moyenne 1,6 passages par mois pour tous les ouvrages de cette classe)
et un ouvrage faiblement fréquenté, sur les quatre concernés (en moyenne 7,43 passages par mois
0
10
20
30
40
50
60
70
80
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
37 86 16 17 33

31
pour tous les ouvrages de cette classe). Cette différence pourrait résulter du caractère plus agricole
de la partie nord avec une potentiellement de plus fortes densités de Surmulots.
Parmi les cinq paramètres testés, au regard des résultats des tests de Kruskal-Wallis, la longueur,
l’ouverture et le degré de confinement influencent la fréquentation par les grands
micromammifères (test de Kruskal-Wallis ; longueur : χ²=11,3086, ddl=3, p=0,0102 ; largeur :
χ²=4,705, ddl=4, p=0,319 ; hauteur : χ²=7,692, ddl=3, p=0,0528 ; ouverture : χ²=11,994, ddl=5,
p=0,035 ; confinement : χ²= 12,853, ddl=3, p=0,005), cependant les tests de comparaison multiple
n’ont pas permis de déterminer quelles classes de valeurs pour ces paramètres différaient entre-
elles.
Figure 12 : Fréquentation des ouvrages, rapportée à 30 jours, par les grands micromammifères.
Les tirets noirs représentent les limites des classes de fréquentation
(« très faible », « faible », « moyenne » et « élevée »).
Les grands micromammifères ont fréquenté préférentiellement les lits, à la fois dans les ouvrages à
un niveau de banquette que dans les ouvrages à deux niveaux de banquettes (Tableau XIV).
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
37 86 16 17 33

32
Tableau XIV : Répartition du nombre de passages des micromammifères dans le lit et sur les banquettes,
selon leur niveau, et résultat du test χ² d’homogénéité. Deux groupes ont été définis : les 11 ouvrages munis
d’un seul niveau de banquette et dont le lit était aussi suivi, et les 14 ouvrages munis de 2 banquettes et
dont le lit était aussi suivi. Seules les données des sessions 2 et 3 ont été prises en compte, tous les lits
n’ayant pas été suivis en session 1. (en rose les différences significatives).
Identification
Ouvrages avec un seul niveau de banquettes Ouvrages avec deux niveaux de banquettes
Nbre d’OH
fréquentés
Lit Niveau 1
Test χ²
d’homogénéité
ddl = 1
Nbre d’OH
fréquentés
Lit Niveau 1 Niveau 2
Test χ²
d’homogénéité
ddl = 2
Petits
micromammifères
11 182 215
χ²=2,74
p > 0,5
14 268 73 48
χ²=223,7
p << 0,001
Grands
micromammifères
8 404 79
χ²=218,7
p << 0,001
8 51 7 10
χ²=218,7
p << 0,001
IV.1.2.3.4.Fréquentation des encoches à Musaraignes
Les résultats de l’étude de 2014 ont montré que les petits micromammifères fréquentaient les
encoches à Musaraignes. En 2015, 47 des 78 passages de petits micromammifères enregistrés sur les
sept banquettes présentant une encoche ont eu lieu sous l’encoche. Cette tendance à préférer un
cheminement sous l’encoche n’est pas significative à l’échelle des cinq ouvrages concernés. Pour
autant, la fréquentation des encoches est significativement supérieure à celle de la partie découverte
de la banquette pour l’ouvrage PRA2546 Les Quatre Puits (test du χ² d’homogénéité : χ²=9,6, ddl=1,
p=0,002) confirmant tout l’intérêt du dispositif pour ce cortège.
Pour le cortège des « grands micromammifères », aucune conclusion ne peut être tirée car aucune
fréquentation n’a eu lieu par ce groupe sur les sept banquettes concernées par les encoches.
Tableau XV : Nombre de passages sous et hors encoche pour micromammifères sur les 7 banquettes
présentant une encoche. (En rose, les différences significatives)
Nom d’ouvrage Cours d’eau
Petits micromammifères
Encoche Hors encoche
OHD2218 Chez Boutrit 1 0 0
PRA2304 La Faye 0 3
PRA2539 Le Châteauroux 5 8
PRA2546 Les Quatre Puits 42 18
PRA2799 Le Baudet 0 2
47 31
IV.1.2.3.5.Les Amphibiens
Les capteurs d’empreintes n’ont pas permis de mettre en évidence la présence d’amphibiens pour
huit des 33 ouvrages suivis. Parmi les 25 ouvrages restants, repartis sur l’ensemble du tracé, excepté
en Gironde : 21 ont été fréquentés par des Anoures et 16 par des Urodèles (Figure 13).
La fréquentation par ce groupe est jugée globalement assez faible puisque une fréquentation très
faible à faible a été attribuée pour 17 des 25 ouvrages fréquentés, bien que sept ouvrages aient été
fortement fréquentés.

33
Figure 13 : Fréquentation des ouvrages, rapportée à 30 jours, par groupe d’Amphibiens. Les tirets noirs
représentent les limites des classes de fréquentation (« très faible », « faible », « moyenne » et « élevée »).
Les Anoures ont un peu plus fréquentés le lit que les aménagements : sur les 95 passages décomptés
dans les 28 ouvrages où les lits étaient équipés, 66 ont eu lieu dans le lit contre 29 sur les
aménagements (test χ² d’homogénéité : χ²=14,41, ddl=1, p< ,001).
Les Urodèles ont été détectés majoritairement sur les aménagements : sur les 40 passages
décomptés dans les 28 ouvrages où les lits étaient équipés, 39 ont été observés sur les
aménagements contre un seul dans le lit (test χ² d’homogénéité : χ²=187,69, ddl=1, p<<0,001).
IV.1.2.4. Bilan de la fréquentation des ouvrages
Les 33 ouvrages suivis cette année ont été fréquentés (dont 31 par les petits carnivores) (Carte 1 et
Carte 2) avec une moyenne de 35 passages de mammifères sauvages par mois par ouvrage, soit plus
d’un par nuit.
Sur les 140 cheminements suivis en sessions 2 et 3 (suivis complets banquettes + lits), seuls six
d’entre eux, deux banquettes (banquettes basse en rive droite au PRA2393 La Maury et celle en rive
gauche au PRA1703 Le Puymarteau) et quatre demi-lits n’ont jamais été fréquentés.
0
2
4
6
8
10
12
PRA0133
PRAMS00018
OHD0183
PRA0212
OHDCA10027
PRA0373
PRA0438+2
OHD0592
PRA0718
PRA0778
PRA0794
PRA1112
PRA1703
OHD1759+5
OHD2166
OHD2218
PRA2304
PRA2337
OHD2380
PRA2393
PRA2414
PRA2424
PRA2473
OHD2475
OHD2504
PRA2525
PRA2539
PRA2546
OHD2553+5
OHD2768+8
PRA2799
PRA2818
OHD2852+7
37 86 16 17 33
Urodèles
Anoures

34
L’analyse des fréquentations par les petits carnivores et les petits et grands micromammifères ainsi
que l’analyse de la diversité spécifique toutes espèces sauvages confondues a permis d’attribuer un
niveau de transparence à chacun des ouvrages suivis (Tableau XVI). Ainsi, il a été jugé :
- « Faible » pour trois ouvrages.
- « Plutôt faible » pour sept ouvrages.
- « Moyen » pour 14 ouvrages.
- «Assez bon » pour sept ouvrages.
- « Bon » pour seulement un ouvrage : PRA0133 La Gérandière.
- « Très bon » pour seulement un ouvrage : OHD0592 Moulin de Main.
La dominante reste donc à une fréquentation jugée très inférieure à l’optimal, puisque 24 des 33
ouvrages suivis présentent un niveau de transparence faible à moyen. Toutefois, ces résultats
restent très encourageants et justifient pleinement la poursuite des suivis pour mettre en évidence
progression croissante avec le temps de l’utilisation des passages.
En effet, l’habituation des espèces et la reconstitution des abords des ouvrages sont deux
composantes indéniables de l’utilisation des aménagements, comme le suggère la comparaison avec
les résultats d’une session de suivi en 2014 sur cinq ouvrages réitérés cette année 2015. De nouvelles
espèces y ont été détectées : la Loutre et le Renard au PRA2304 La Faye ; le Renard à l’OHD2504 La
Cabourne ; le Ragondin, le Renard et des grands micromammifères au PRA2546 Les Quatre Puits ; et
le groupe Belette/Hermine, la Fouine, le Ragondin et des grands micromammifères au PRA2799 Le
Baudet. Dans le cas de l’ouvrage PRA2818 Ruisseau de Fontgerveau, aucun passage de mammifères
sauvages n’avait été observé en 2014, alors qu’en 2015, le groupe Belette/Hermine, la Fouine, le
Ragondin, le Hérisson, et les deux groupes de micromammifères ont été contactés. Il convient de
préciser que l’équipement du lit en 2015 n’est pas à l’origine de cet augmentation de la
fréquentation détectée, puisque 62 des 82 passages décomptés dans cet ouvrage ont eu lieu sur les
banquettes.
Une disparité géographique a pu être mise en évidence lors de la comparaison des ouvrages du nord
et du sud, qui pourrait résulter d’une influence combinée de la répartition géographique des espèces
et de leurs densités, notamment au regard des paysages bordant l’infrastructure, plutôt que d’une
influence des caractéristiques des ouvrages. En effet, pour l’heure, les analyses ne mettent pas en
évidence d’influence nette des paramètres étudiés sur la fréquentation des espèces, alors qu’il existe
une disparité Nord/Sud de la longueur et du confinement des ouvrages.
Enfin, d’un point de vue technique, l’installation des capteurs flottants a démontré un cheminement
des espèces non négligeable dans le lit, puisque 29 % des passages comptabilisés y ont eu lieu,
justifiant ainsi le caractère indispensable du suivi de cette zone cheminable une fois hors d’eau. Ce
dispositif permet ainsi d’assurer un recensement quasi exhaustif des passages de la petite faune. La
technique est particulièrement sensible avec des Amphibiens détectés dans 23 des ouvrages, avec
une évaluation des flux en dehors de l’eau.

35
Tableau XVI : Synthèse des classes attribuées par indicateur et par ouvrage et niveau de transparence attribué.
Département
Nom
d’ouvrage
PK
Fréquentation par
les petits
micromammifères
Fréquentation par
les grands
micromammifères
Fréquentation
par les
amphibiens
Fréquentation par
les petits carnivores
(Loutre incluse)
Niveau global
de
fréquentation
Diversité
spécifique de
petits carnivores
sauvages (Loutre
incluse)
Diversité
spécifique
globale (toutes
espèces
sauvages)
Niveau global
de
transparence
Indre-et-
Loire (37)
PRA0133 13,3
36,2
8
Moyenne 46,98 Elevée 6,51 Elevée 4,88 Très faible Moyenne 2 Faible
1
0
Moyenne Bon
PRAMS00018 13,3
50,3
9
Elevée 11,48 Moyenne 6,09 Elevée 1,17 Très faible Moyenne 1 Faible 8 Faible Assez bon
OHD0183 18,3
11,5
7
Faible 6,38 Faible 1,18 Faible 5,67 Faible Faible 3 Moyenne
1
1
Moyenne Assez bon
PRA0212 21,2 8,57
Très
faible
1,43 Très faible 4,29 Moyenne 0,48 Très faible Très faible 1 Faible
1
0
Moyenne Moyen
OHDCA10027 37 0,25
Très
faible
1,51 Très faible 4,03 Moyenne 0,00 Nulle Très faible 0 Nulle 4 Très faible Faible
PRA0373 37,3
21,4
3
Moyenne 5,48 Faible 0,00 Nulle 1,19 Très faible Faible 2 Faible 7 Faible Moyen
PRA0438+2 43,8
32,1
6
Moyenne 2,16 Très faible 0,00 Nulle 0,00 Nulle Très faible 0 Nulle 5 Faible Plutôt faible
Vienne (86)
OHD0592 59,2
30,0
0
Moyenne 32,03 Elevée 0,81 Très faible 13,38 Moyenne Elevée 4 Moyenne 9 Moyenne Très bon
PRA0718 71,8 5,48
Très
faible
1,15 Très faible 1,73 Faible 0,58 Très faible Très faible 1 Faible 7 Faible Plutôt faible
PRA0778 77,8 3,75
Très
faible
13,85 Moyenne 1,44 Faible 0,58 Très faible Faible 1 Faible 7 Faible Moyen
PRA0794 79,4 1,15
Très
faible
10,10 Moyenne 0,87 Très faible 3,75 Très faible Faible 3 Moyenne
1
1
Moyenne Assez bon
PRA1112 111,2
46,7
3
Elevée 36,63 Elevée 2,88 Faible 1,73 Très faible Moyenne 2 Faible 7 Faible Assez bon
Charente
(16)
PRA1703
170,2
6
17,4
5
Faible 9,80 Faible 0,00 Nulle 9,80 Faible Faible 3 Moyenne 8 Faible Moyen
OHD1759+5
175,9
5
15,0
0
Faible 0,92 Très faible 0,00 Nulle 0,61 Très faible Faible 1 Faible 4 Très faible Plutôt faible
OHD2166 216,6 3,67
Très
faible
0,00 Nulle 0,92 Très faible 1,22 Très faible Très faible 2 Faible 8 Faible Plutôt faible
OHD2218 221,8 0,92
Très
faible
0,00 Nulle 4,29 Moyenne 5,20 Faible Faible 2 Faible 6 Faible Moyen
PRA2304
230,4
5
5,51
Très
faible
2,45 Très faible 0,61 Très faible 4,29 Très faible Très faible 3 Moyenne 9 Moyenne Moyen
PRA2337 233,7 7,65
Très
faible
3,98 Très faible 5,51 Elevée 11,02 Moyenne Faible 3 Moyenne 9 Moyenne Assez bon

36
Département
Nom
d’ouvrage
PK
Fréquentation par
les petits
micromammifères
Fréquentation par
les grands
micromammifères
Fréquentation
par les
amphibiens
Fréquentation par
les petits carnivores
(Loutre incluse)
Niveau global
de
fréquentation
Diversité
spécifique de
petits carnivores
sauvages (Loutre
incluse)
Diversité
spécifique
globale (toutes
espèces
sauvages)
Niveau global
de
transparence
OHD2380 238,1
74,3
9
Elevée 0,00 Nulle 0,92 Très faible 3,98 Très faible Faible 2 Faible 7 Faible Moyen
PRA2393 239,3 5,60
Très
faible
1,98 Très faible 1,32 Faible 5,27 Faible Faible 2 Faible 8 Faible Moyen
PRA2414
241,4
4
7,58
Très
faible
2,31 Très faible 0,66 Très faible 7,58 Faible Faible 3 Moyenne 7 Faible Moyen
PRA2424 242,5 1,65
Très
faible
0,33 Très faible 0,00 Nulle 7,25 Faible Faible 2 Faible 6 Faible Moyen
PRA2473
247,3
4
9,23
Très
faible
0,66 Très faible 1,65 Faible 10,22 Moyenne Faible 5 Elevée
1
1
Moyenne Assez bon
OHD2475
247,5
8
2,31
Très
faible
0,00 Nulle 0,00 Nulle 1,32 Très faible Très faible 1 Faible 2 Très faible Faible
Charente-
Maritime
(17)
OHD2504
250,4
8
3,63
Très
faible
0,00 Nulle 1,98 Faible 9,23 Faible Faible 1 Faible 5 Faible Moyen
PRA2525 252,5
13,5
2
Faible 1,98 Très faible 0,66 Très faible 7,25 Faible Faible 3 Moyenne 9 Moyenne Assez bon
PRA2539 253,9
10,5
5
Faible 0,00 Nulle 2,64 Faible 8,57 Faible Très faible 3 Moyenne 7 Faible Plutôt faible
PRA2546 254,6
36,5
9
Moyenne 0,33 Très faible 1,32 Faible 6,26 Faible Faible 2 Faible 7 Faible Moyen
OHD2553+5 255,3 3,96
Très
faible
0,00 Nulle 0,33 Très faible 8,90 Faible Faible 2 Faible 5 Faible Moyen
Gironde (33)
OHD2768+8 276,9 4,29
Très
faible
0,33 Très faible 0,00 Nulle 1,65 Très faible Très faible 2 Faible 4 Très faible Faible
PRA2799 279,9 0,92
Très
faible
1,22 Très faible 0,00 Nulle 2,14 Très faible Très faible 2 Faible 5 Faible Plutôt faible
PRA2818
281,8
3
4,72
Très
faible
2,36 Très faible 0,00 Nulle 2,36 Très faible Très faible 2 Faible 6 Faible Plutôt faible
OHD2852+7 285,4
14,4
9
Faible 8,09 Faible 0,00 Nulle 5,06 Faible Faible 2 Faible 5 Faible Moyen

37
Carte 1 : Evaluation de la transparence écologique de la LGV SEA pour les mammifères semi-aquatiques : nombre de passages par espèces de carnivores dans les ouvrages suivis par capteurs d’empreintes de la zone Nord.

38
Carte 2 : Evaluation de la transparence écologique de la LGV SEA pour les mammifères semi-aquatiques : nombre de passages par espèces de carnivores dans les ouvrages suivis par capteurs d’empreintes de la zone Sud.

39
IV.2. RESULTATS OBTENUS A L’AIDE DES PIEGES
PHOTOGRAPHIQUES
IV.2.1.Données générales
Sur les 373 jours de suivi de quinze ouvrages par pièges photographiques, 2525 clichés ont été
recueillis et visionnés : 45,7 % de ces clichés concernent des mammifères, le reste étant soit des
oiseaux, soit des passages humains, soit des déclenchements intempestifs ou trop lents.
IV.2.2.Fréquentation par espèce
Les pièges photographiques ont permis de détecter 308 passages. Seize espèces de mammifères plus
ou moins courantes dans les ouvrages ont pu être observées (dont quatre espèces de petits
carnivores):
- La Genette (un passage, un ouvrage),
- la Fouine (neuf passages, 3 ouvrages),
- la Martre (un passage, un ouvrage),
- la Loutre (six passages, deux ouvrages),
- le Renard (15 passages, sept ouvrages),
- le Blaireau (un passage, un ouvrage),
- le Ragondin (147 passages, huit ouvrages),
- le Rat surmulot (56 passages, quatre ouvrages),
- des Mulots (16 passages, cinq ouvrages),
- le Chat domestique (neuf passages, cinq ouvrages),
- le Chien (cinq passages, trois ouvrages),
- le Lièvre (sept passages, un ouvrage),
- le Lapin de Garenne (un passage, un ouvrage),
- le Hérisson (un passage, un ouvrage),
- le Chevreuil (deux passages, un ouvrage),
- le Sanglier (un passage, un ouvrage).
En plus de ces passages identifiés à l’espèce, 30 passages supplémentaires ont été comptabilisés,
mais dont l’espèce n’a pu être clairement identifiée : quatre passages attribués aux petits
micromammifères, un passage « Martes sp », et 25 passages de « mammifère indéterminé ».

40
Planche-photos 8 : Illustrations pour quelques espèces détectées (©GREGE)
Fouine (ouvrage La Maury) Mulot (ouvrage Fontaine de Baret)
Loutre (ouvrage Châteauroux) Blaireau (ouvrage La Faye)
Renard (ouvrage La Maury) Hérisson (ouvrage La Gorre)

41
IV.2.3.Bilan des informations apportées par les pièges
photographiques
Dans le cadre de cette étude, les pièges photographiques présentaient essentiellement un intérêt
illustratif. Cependant, ils peuvent s’avérer utiles pour préciser une identification d’un passage
observé sur un capteur d’empreintes, observer certains comportements ou même, plus rarement,
détecter une nouvelle espèce.
Le piège photographique installé à l’ouvrage PRA0212 Godefroy a notamment permis de préciser les
espèces correspondant aux passages identifiés en tant que « Lagomorphe » à l’aide des plaques à
empreintes : le Lièvre (sept passages) et le Lapin de garenne (un passage). De plus, les passages de
micromammifères, dont l’espèce a pu être identifiée par cette technique, correspondent
exclusivement à du mulot ou du rat surmulot.
Des pièges photographiques orientés vers le lit ont permis de constater des passages entre deux
capteurs flottants (Planche-photos 9). En effet, dans certains ouvrages, les dimensions standard des
capteurs flottants n’étaient pas adaptées à la largeur du lit, un espace était donc présent au milieu
du cours d’eau.
Planche-photos 9: Comportement d’évitement des capteurs observé chez le Ragondin et le Rat surmulot à
l’ouvrage PRA2818 Ruisseau de Fontgerveau.
Pour trois ouvrages, les pièges photographiques ont montré la présence d’au moins une nouvelle
espèce, par rapport aux capteurs d’empreintes : le Blaireau au PRA2304 La Faye, le Chien au
PRA2473 Chez Balais, et enfin, la Loutre et le Renard au PRA2393 La Maury.
Très peu de passages de grande faune ont été mis en évidence dans les ouvrages (deux chevreuils et
un sanglier). Cette absence de contact ne signifie pas une absence de fréquentation des ouvrages par
ces espèces, mais elle résulte dans bon nombre de cas des modalités de pose des appareils. En effet,
les pièges photographiques visent bien souvent les capteurs et ces espèces ont donc pu cheminer en
dehors du champ de détection.
Pour autant, de manière à mutualiser les suivis, la solution consisterait à accroître la durée de pose
dans un même ouvrage de manière à pouvoir positionner l’appareil de deux façons
complémentaires : la première pose serait centrée sur les capteurs d’empreintes et lors du premier
contrôle, l’appareil pourrait être réorienté afin d’inventorier les passages de grande faune.
Enfin, les pièges photographiques ont révélé une présence humaine régulière dans les ouvrages (en
plus des intervenants du chantier), et également la présence d’espèces domestiques comme le
Chien. Ce type de fréquentation pourrait constituer un paramètre de perturbation, dont l’intensité

42
n’a pas été évaluée au cours du présent suivi mais qu’il serait intéressant de relever lors des
prochains suivis.
IV.3. EVALUATION DE LA FREQUENTATION PAR LA
LOUTRE DES OUVRAGES SUIVIS
IV.3.1.Résultats des prospections
Au total, ce sont 252 places de marquages potentielles ou transects relatifs à 45 ouvrages qui ont été
repérés, géolocalisés et contrôlés, dont 104 points et 16 transects amont, 45 points ouvrages et 87
points aval (Tableau XVII). Parmi les 474 point-contrôles réalisés, 55 se sont révélés positifs (soit 12
%), correspondant à 34 places différentes (soit 14 %) (Tableau XVIII). Toutefois, les résultats diffèrent
entre les parties sud et nord de la ligne.
Sur les 28 ouvrages suivis des bassins versants de la Charente et de la Dordogne (écoulements situés
au sud du ruisseau de la Péruse) sur lesquels la présence de la Loutre est bien confirmée depuis les
états initiaux, 12 d’entre eux (43%) ont été positifs à partir de l’ouvrage avec 22 places de marquage
positives au moins une fois sur les 95 visitées (soit 23 %), dont 14 à deux reprises. Sur ces 12
ouvrages positifs, six ont été confirmés à la fois en amont et à l’ouvrage, quatre uniquement au
niveau de l’ouvrage et jamais en amont (PRA 1734 Chalançon 1, PRA2337 la Gorre, PRA2393 la
Maury, et PRA2546 Les Quatre Puits) et deux uniquement en amont dont un viaduc (PRA2740 le Bois
Noir et OH PRA2777 le Meudon Sud). Ces résultats confirment donc la nécessité de maintenir les
prospections amont, malgré une plus forte probabilité de détection dans l’ouvrage qui constitue une
place de marquage préférentielle.
Au nord du tracé (Vienne et Indre et Loire), secteur où l’espèce est en phase de recolonisation, sur 17
ouvrages suivis, ce sont 108 places de marquage (dont 70 à partir de l’ouvrage) qui ont été
contrôlées, comptabilisant 199 point-contrôles. Sur ces 108 places de marquage, seulement deux se
sont révélées positives, au niveau de l’ouvrage du Moulin de Main (OHD0592) affluent de la Veude,
comprenant le point ouvrage, positif lors des deux passages et un point aval, positif une fois, soit
trois contrôles positifs sur 199 effectués (1,5%).
Tableau XVII : Caractéristiques des ouvrages et répartition des points prospectés.
Dpt
Nom de
l’ouvrage
Cours d'eau
Lineaire
amont
Total de
points
prospectés
Nb de
points
ouvrage
Nb de
points
amont
Nb de
transects
amont
Nb de
points aval
37 VIA0079 L'Indre >15 km 11 1 6 4
37 PRAMS00018 La Longue Plaine 1000 m 7 1 1 5
37 PRA0133 La Gérandière 1 3-5 km 6 1 5
37 OHD0183 La Billonnière 300 m 5 1 1 3
37 PRA0212 La Godefroy 1,5-3 km 6 1 5
37 OHDCA10027 Réveillon Buse 0 1 1
37 PRA0373 Le Réveillon 5-10 km 6 1 2 3
37 PRA0438+2
La Veude de
Ponçay
3-5 km 7 1 3 3
86 OHD0592 Moulin de Main 1,5-3 km 12 1 6 5
86 PRA0718 L'Envigne 10-15 km 9 1 7 1
86 PRA0778 La Lière amont 1000 m 2 1 1

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