Prezentace Jiřího Jiráta

1. Reaxys
Jiří Jirát, Elsevier Freelance Trainer

2. Agenda
• Co je Reaxys?
• Co obsahuje a jaké primární zdroje informací zahrnuje?
• Pro koho je určen?
• Jaká je přidaná hodnota pro různé typy uživatelů?
• Online ukázka
2

3. Co je Reaxys?

4. Co je Reaxys?
 Pracovní nástroj č. 1 pro výzkumníky v chemii a příbuzných
oborech
 Rozsáhlá databáze chemických vlastností a reakčních dat
reprezentovaných a uspořádaných podle chemie jako
organizačního prvku
 Zdroj přesných a validovaných experimentálních dat. Odpovědi
vysoké kvality, které lze použít s důvěrou.
 Jednoduché rozhraní, se kterým lze snadno pracovat.
Analytické a plánovací nástroje nabízejí nové a rychlé funkce,
které pomohou identifikovat a plánovat syntézu molekul.
 Webová aplikace, která zefektivňuje chemický výzkum a
pomáhá dosáhnout lepších výsledků. Snadný přístup na adrese
www.reaxys.com

5. J. Org. Chem.
Co je Reaxys? J. Med. Chem.
J. Am. Chem. Soc.
• Chemie
• ~200 let organické, organokovové a
anorganické chemie
Heterocycles
• Experimentálně validované struktury, chemická
a fyzikální data z článků a patentů
• Založen na CrossFire Beilstein, CrossFire
Applied Spectroscopy
Gmelin a Patent Chemistry Database
• Intuitivní J. Of Mass Spectrometry
• Snadné příjemné webové rozhraní, dostupné
kdekoli a kdykoli bez omezení, bez nutnosti
instalace
• Umožňuje chemikům hledat a filtrovat data Biomolecular Spectroscopy
vlastností, navrhovat optimální syntézní cestu,
zobrazovat vícekrokové reakce.
• Vytvořena vědci pro vědce Biochemical Pharmacology
• Pracovní nástroj
• Pomáhá vědcům z oblasti „life sciences“ a
chemie v průmyslu i akademickém prostředí v Bioorganic and Med.
jejich denní práci
• Nabízí podporu při rozhodování při hledání
relevantních a validovaných chemických
Chemistry
informací
• Pomáhá snížit čas a námahu nutnou při
sestavování plánů syntéz
Chem. of Natural
Compounds
Experimental Physiology

6. Co chce chemik vědět?
1. Co to je za látku?
• Je nová? Patentovaná?
• Jaké jsou její fyzikální charakteristiky
(mol. hmotnost, bod tání, atd?)
2. Co dělá, jak působí?
• Je to reagent? Rozpouštědlo?
• Jakou má bioaktivitu? Jaké jsou
farmakologické účinky?
• Je toxická?
3. Jak ji mohu připravit?
• Jak ji mohu modifikovat?
• Jak ji mohu vylepšit?

7. Kde můžete Reaxys potřebovat
TO: CHMINF-L@listserv.indiana.edu
SUBJECT: [CHMINF-L] Looking for Information
My patron is looking for a prep of CAS RN 1603-02-7 which is 4-pyrmidinol, 2,5,6-triamino- 4-
(hydrogen sulfate).

8. ‘Standardní’ stará metoda hledání odpovědí –
prohrabat se literaturou
TO: CHMINF-L@listserv.indiana.edu
SUBJECT: [CHMINF-L] Looking for Information
One of our searchers at found these two references through . These may provide
information relevant to query:
Bisheterocyclic synthesis and antimicrobial studies on some biologically significant 2-[N-(3'-
chloro-4'-substituted azetidinone-2)]amino-6-hydroxypurines. Sharma, Pratibha; Kumar,
Ashok; Sharma, Shikha. School of Chemical Sciences, Devi Ahilya University, Indore, India.
Indian Journal of Chemistry, Section B: Organic Chemistry Including Medicinal Chemistry
Dvě citace, žádná data (2004), 43B(2), 385-388. Publisher: National Institute of Science Communication, CODEN:
IJSBDB ISSN: 0376-4699.
Journal written in English.
Synthesis of guanine. Chen, Xin; Wang, Ying. China Pharm. Univ., Nanjing, Peop. Rep.
China. Zhongguo Yiyao Gongye Zazhi (1992), 23(1), 32-3. CODEN: ZYGZEA Journal written
in Chinese. Message-----
-----Original
Nezodpovědělo otázku From: xxxxxx
Tazatel chce vědět jak, ne jestli a kde
To: CHMINF-L@listserv.indiana.edu
My patron is looking for a prep of CAS RN 1603-02-7 which is 4-pyrmidinol, 2,5,6-triamino- 4-
(hydrogen sulfate).

9. Reaxys extrahuje cenné chemické vlastnosti a
detaily reakcí z časopisů a patentů...
1H
NMR
300
MHZ

10. ... a nabízí co žádná jiná databáze nemá...
• > 29 miliónů reakcí
(jak jsou látky připravovány)
• vlastnosti pro
> 18 miliónu sloučenin

11. Stovky prohledávatelných polí

12. Interoperabilita se Scopusem a Science Direct –
úplné řešení pro výzkumníky

13. Výhody Reaxysu
• “Více než prostý součet částí”
• Jedno rozhraní ke třem kvalitním, ale odděleným samostatným produktům:
CrossFire Beilstein, Gmelin a Patent Chemistry Database
• Hledání relevantních dat rychleji, snadněji a efektivněji
• Zpřístupnění analytických a hodnotících nástrojů založených na „chemickém“ hodnocení k bohaté
sadě dat umožní vědcům a společnostem zvýšit produktivitu
• Snížené náklady na zaučení a instalaci
• Intuitivní webová aplikace a jednoduchý start umožňují uživatelům využít maximum už od začátku
• Žádné náklady na údržbu
• Reaxys je hostován Elsevierem a zákazníci mají automaticky přístup k posledním vylepšením a
okamžitě mají prospěch z rychlého vývojového cyklu
• Interoperabilita a možnosti exportu přidávájí významnou hodnotu
• Vestavěné odkazy na plné texty u vydavatelů (vč. ScienceDirect) a patentových úřadů
• Možný přístup k vlastní knihovně pomocí OpenURL
• Data mohou být exportována a použita v různých „in house“ aplikacích

14. Pro koho je Reaxys?

15. Navržen k navracení jasných odpovědí
• Jaká chemie se týká daného tématu?
• Které sloučeniny mají určité fyzikálně-chemické vlastnosti?
• Které sloučeniny vykazují určité biologické efekty?
• Existuje tato sloučenina a pokud ano, co je o ní známo?
• Je toxická?
• Jaké jsou její fyzikální charakteristiky (bod tání, rozpustnost, atd?)
• Jsou známy nějaké biologické účinky?
• Jak mohu získat danou sloučeninu? Melting Point
Solubility
• Mohu ji vyrobit, pokud ano, jak? Pharm.Effect
• Mohu ji koupit?
• Mohu vyrobit něco podobného?
• Mohu to udělat lépe?

16. Jak může Reaxys zodpovědět otázky výzkumníků?
Stačí jednoduchý dotaz, Reaxys jim dá přesnou odpověď s detailními
experimentálními údaji a odkazy na plný text, pokud je potřeba.
"...výhoda je, že
reakční data jsou již
vyextrahována z
odkazovaných
článků, zatímco
SciFinder vrátí
seznam odkazů,
které je nutno
objednat a pak
přečíst “
subject librarian,
USA

17. Jedinečné nástroje, které ušetří dny čtení
• Vytvoření kompletního syntézního
plánu se všemi experimentálními
detaily
• Každý krok je z jiné publikace
• Komplexní problémy normálně
vyžadující týdny hledání mohou být
vypracovány během minut
“What you just showed
would have taken me
a week to do”
Dr Andy Liepa, CSIRO
Chief Research Scientist and
namesake of Liepa
phenanthrenes synthesis

18. Pro koho je Reaxys?
• Reaxys pomáhá procesu objevování v syntetické chemii a příbuzných
disciplinách
Procesní inženýr
Medicinský chemik Syntézní chemik Chemický inženýr
Informační specialista

19. Hodnota Reaxysu pro medicinské chemiky a
cheminformatiky
Možnost vyhnout se zbytečným experimentům kvůli chybně spočteným datům, díky použití
experimentálně ověřených měřených údajů o sloučeninách dodaných přímo až ke stolu,
• Bod tání/varu, rozpustnost
• Rozdělovací koeficient oktanol/voda
• Disociační konstanta pKa
• Bioaktivita a toxikologická data, např.:
• Inhibiční/efektivní koncentrace (např. IC/EC50)
• Vazebné/disociační konstanty (Ki/kd)
Vyhnout se těžkopádnému sběru dat použitím “Substance Profiles“ – shromáždění všech dat o jedné
látce do jednoho záznamu
Snadné porovnání vlivu struktury látky na její vlastnosti
• export struktur s jejich daty do tabulek: XLS, WORD, PDF
• spojení dat z Reaxysu s interními/externími daty pomocí formátů jako např.
SDF (Structure-Data-File), RDF (Reaction-Data-File), MolFiles, Smiles, XML
Objevit příbuzné koncepty v jiných publikacích díky propojení „cited by“ s databázi Scopus

20. Hodnota Reaxysu pro syntetické chemiky
• Nejlepší rozsáhlý zdroj informací o reakcích, a to včetně „historického“ obsahu, který
je velmi špatně pokryt jinde: časopisecká literatura (1771- ); patentová literatura (1886- )
• Možnost vyhnout se přehlédnutí relevantních a cenově efektivních reakcí
• Nalezení rychlých a vyčerpávajících odpovědí na jakoukoli otázku týkající se syntézy
• Texty popisující reakční postupy extrahované z patentových publikací + reakční data
doručená až na pracovní plochu
• Okamžitá validace reakcí založená na datech v kontextu
• Hodnocení a filtrování založené na chemickém pohledu
• Rozhodnutí, které látky syntetizovat a které kupovat, založená na označeních dostupnosti
(commerial-/inhouse*-availability).
• Rychlé nalezení „nejlepších“ – nejefektivnějších/nejekonomičtějších – reakcí
• Měřené fyzikální/spektrální “otisky prstů“
• Rychlé porovnání produktů pomocí porovnání vlastních dat s publikovanými výsledky
• Synthesis Planner, který vybírá a přidává „nejlepší“ reakce k vícekrokové syntézní strategii
• Hledání reakcí napříč publikacemi a vývoj nejefektivnější syntézní strategie
* Může být vyvinuto ve spolupráci.

21. Hodnota Reaxysu pro chemické a procesní
inženýry
• Ohromné množství různých měřených vlastností sloučenin přímo na pracovní ploše (ne
jen základní vlastnosti)
• Možnost vyhnout se nepotřebnýcm drahým experimentům
• Hluboce indexovaná reakční data (výtěžek, teplota, tlak, čištění, reakční enthalpie, …)
• Okamžité ohodnocení reakčních podmínek a jejich relevantnost
• Textové/formulářové zadávání dotazů („Generate structure by name” nebo hledání
pomocí názvu, CAS RN, INChI-Key nebo sumárního vzorce)
• Podporuje odlišné potřeby vyhledávání různých uživatelských skupin

22. Novinka – prohledávání databáze PubChem
• Integrované prohledávání látek z databáze PubChem
• spolupráce týmu Reaxys a PubChem
• strukturní hledání Reaxysu současné prohledává i látky z PubChem
• snadné vyfiltrování sloučenin, které jsou pouze v PubChem
• přímé odkazy do PubChem

23. Reaxys Xcelerate
• Placená nadstavba nad systémem Reaxys zahrnuje:
• AutoPlan
• automatické plánování syntézy
• sestavení syntéz pro neznámé molekuly na základě podobnosti
• Analysis View
• přehledná vizualizace výsledků, možnost výběru vlastních parametrů pro klastrování
• klastrování dat na základě vybraných taxonomií (látky, reakce, rozpouštědla, katalyzátory)
• Enhanced Reporting
• obohacené možností sestavování reportů, možnost anotování a sdílení s týmem
• … a další
• 2D alignment – struktury ve výsledném zásahu zarovnané tak, aby se blížily zobrazenému dotazu
• taxonomie – zlepšení přehlednosti a možnost snadnějšího sestavování složitých dotazů (první sada:
rozpouštědla, reakce a katalyzátory, během r. 2012 sloučeniny a rozšířená klasifikace katalyzátorů)

24. Mezinárodní ohodnocení Reaxysu
Žebříček světových univerzit v chemii – 2010
http://www.arwu.org/SubjectChemistry2010.jsp
 Všech 10 nejlepších výzkumných univerzit a
 40 z nejlepších 50 výzkumných univerzit

25. Děkuji za pozornost. Dotazy?
Ing. Jiří Jirát, PhD
Jiri.Jirat@vscht.cz