Este documento describe el modelado de la estructura teórica de la quinasa dependiente de ciclina 1 (CDK1) mediante homología, simulación de dinámica molecular y acoplamiento. Los autores verificaron la calidad del modelo de CDK1 y simularon su interacción con el inhibidor flavopiridol para comprender mejor cómo mejorar la unión de los inhibidores mediante modificaciones químicas. Concluyeron que los inhibidores más potentes requerirían múltiples enlaces de hidrógeno, cadenas later
4. OBJETIVO
Modelar la estructura teórica de CDK-
1 y simular interacciones con sus
inhibidores para conocer las
modificaciones químicas y
optimización necesaria para
mejorarlos.
5. EXPLICACIÓN
Homología
◦ Mejorar la eficiencia y racionalidad para el
desarrollo de inhibidores de CDK1.
Fue verificada la buena calidad de la
estructura para analizar.
Dinámica molecular
◦ Conocer las propiedades estructurales.
◦ Detalles de unión del complejo
Flavopiridol-CDK1.
6. EXPLICACIÓN
Acoplamiento y modelamiento
farmacofórico
◦ Estudiar interacción entre otros
inhibidores y los residuos centrales.
◦ Así conocer la estructura necesaria de los
inhibidores de la unión a CDK1.
15. CONCLUSIÓN
Para diseñar inhibidores más potentes
◦ Tiene que haber múltiples dadores y
aceptores de puentes de H.
◦ La cadena lateral que se extiende al
bolsillo más grande debe ser prolongado
Grupos hidrófobos- Unión al bolsillo
hidrofóbico.
Terminación átomos polares- Unión a Leu83
◦ Algunos átomos de oxigeno deben ser
reemplazados por átomos de nitrógeno y
sulfuro en la apertura del bolsillo.
