Ngs 4

•

0 gefällt mir•391 views

BioinformaticsInstitute

Quake
Сайт: http://www.cbcb.umd.edu/software/quake/
На сервере программа находится в /storage/labnas/NGS/4/Quake
Запуск bin/quake.py
Четвертое домашнее задание
1. Оценка качества работы Quake
Исправить риды с помощью Quake (используя k=15), и приложив их и исходные
риды к геному, оценить:
● False positives — количество ошибок в изначальных данных, которые не
были исправлены
● False negatives — количество правильных нуклеотидов, замененных на
неверные
● True negative — количество исправленных ошибок
Мутациями принебречь
2*. Улучшить потребление памяти Quake
Снова необязательное бонусное задание
В файле correct.cpp есть строчка:
bithash *trusted = new bithash(k);
Она вызывает конструктор bithash (bithash.cpp, bithash.h), который создает бит
сет размером 4k. Для k=19 это уже 32Гб. Попробуйте изменить класс bithash так,
чтобы память использовалась более экономно, при этом сильно не замедлив
выполнение программы.
Данные:
Папка: /storage/labnas/NGS/4/
Данные: SRR350492_1.fastq
Тестовые данные: test.fastq
Референсный геном: MG1655-K12.fasta
P.S. Презентация с основами matplotlib, может кому пригодится http://mit.spbau.ru/files/
scipy.pdf

Empfohlen

CodeFest 2014. Круглов И. — События на каждом углу. Путешествие в мир системн...CodeFest

Teach your dockers to use CRanesPavel Emelyanov

PostgreSQL + PostGIS + TimescaleDB - storage for monitoring systemsIvan Muratov

Доклад "Docker в Badoo: от восторгов к внедрению" на DevOps MeetupBadoo Development

Чем заняться вечером, если я знаю сколько будет ++i + ++i / Андрей Бородин (Y...Ontico

Профилирование Node.jsDenis Chistyakov

SOA: строим свой service mesh / Иван Круглов (Booking.com)Ontico

pgconf.ru 2015.avito postgresql recoveryМихаил Тюрин

Empfohlen

CodeFest 2014. Круглов И. — События на каждом углу. Путешествие в мир системн...CodeFest

Teach your dockers to use CRanesPavel Emelyanov

PostgreSQL + PostGIS + TimescaleDB - storage for monitoring systemsIvan Muratov

Доклад "Docker в Badoo: от восторгов к внедрению" на DevOps MeetupBadoo Development

Чем заняться вечером, если я знаю сколько будет ++i + ++i / Андрей Бородин (Y...Ontico

Профилирование Node.jsDenis Chistyakov

SOA: строим свой service mesh / Иван Круглов (Booking.com)Ontico

pgconf.ru 2015.avito postgresql recoveryМихаил Тюрин

Роман Иманкулов-«Быстрые и масштабируемые приложения с Sync API»Tanya Denisyuk

От Make к AnsibleIvan Grishaev

Дмитрий Лазаренко-«Живая миграция и отказоустойчивость контейнеров в гибридно...Tanya Denisyuk

Консервация процессов в домашних условияхOpenVZ

Call of Postgres: Advanced Operations (part 2)Alexey Lesovsky

Реализация восстановления после аварий / Сергей Бурладян (Avito)Ontico

Docker & Puppet: как их скрестить и надо ли вам это?Anton Turetsky

Абак Прессit-people

Реалтайм статистика скорости работы нативных и веб-приложений у реальных поль...Ontico

Девять кругов ада или PostgreSQL Vacuum / Алексей Лесовский (PostgreSQL-Consu...Ontico

Использование Hadoop в Badoo, Валерий Старынин (Badoo)Ontico

nginx.CHANGES.2015 / Игорь Сысоев, Валентин Бартенев (Nginx)Ontico

Hacking PostgreSQL. Обзор архитектуры.Anastasia Lubennikova

Java GC tuning and monitoring (by Alexander Ashitkin)aragozin

Современная операционная система: что надо знать разработчику / Александр Кри...Ontico

Последние новости постгреса с PGCon / О.Бартунов, А.Коротков, Ф.Сигаев (Postg...Ontico

Андрей Светлов-«Делаем своё решение для оптимальной загрузки кластера»Tanya Denisyuk

Технологии хранения для больших проектов / Сергей Платонов (RAIDIX)Ontico

Настройка Kubernetes: tips ans tricksMike Prokopchuk

Управление контейнерами в облакахAleksey Zalesov

Ch06 multalignBioinformaticsInstitute

Ngs 2014 troshinVladislav Troshin

Weitere ähnliche Inhalte

Was ist angesagt?

Роман Иманкулов-«Быстрые и масштабируемые приложения с Sync API»Tanya Denisyuk

От Make к AnsibleIvan Grishaev

Дмитрий Лазаренко-«Живая миграция и отказоустойчивость контейнеров в гибридно...Tanya Denisyuk

Консервация процессов в домашних условияхOpenVZ

Call of Postgres: Advanced Operations (part 2)Alexey Lesovsky

Реализация восстановления после аварий / Сергей Бурладян (Avito)Ontico

Docker & Puppet: как их скрестить и надо ли вам это?Anton Turetsky

Абак Прессit-people

Реалтайм статистика скорости работы нативных и веб-приложений у реальных поль...Ontico

Девять кругов ада или PostgreSQL Vacuum / Алексей Лесовский (PostgreSQL-Consu...Ontico

Использование Hadoop в Badoo, Валерий Старынин (Badoo)Ontico

nginx.CHANGES.2015 / Игорь Сысоев, Валентин Бартенев (Nginx)Ontico

Hacking PostgreSQL. Обзор архитектуры.Anastasia Lubennikova

Java GC tuning and monitoring (by Alexander Ashitkin)aragozin

Современная операционная система: что надо знать разработчику / Александр Кри...Ontico

Последние новости постгреса с PGCon / О.Бартунов, А.Коротков, Ф.Сигаев (Postg...Ontico

Андрей Светлов-«Делаем своё решение для оптимальной загрузки кластера»Tanya Denisyuk

Технологии хранения для больших проектов / Сергей Платонов (RAIDIX)Ontico

Настройка Kubernetes: tips ans tricksMike Prokopchuk

Управление контейнерами в облакахAleksey Zalesov

Was ist angesagt? (20)

Роман Иманкулов-«Быстрые и масштабируемые приложения с Sync API»

От Make к Ansible

Дмитрий Лазаренко-«Живая миграция и отказоустойчивость контейнеров в гибридно...

Консервация процессов в домашних условиях

Call of Postgres: Advanced Operations (part 2)

Реализация восстановления после аварий / Сергей Бурладян (Avito)

Docker & Puppet: как их скрестить и надо ли вам это?

Абак Пресс

Реалтайм статистика скорости работы нативных и веб-приложений у реальных поль...

Девять кругов ада или PostgreSQL Vacuum / Алексей Лесовский (PostgreSQL-Consu...

Использование Hadoop в Badoo, Валерий Старынин (Badoo)

nginx.CHANGES.2015 / Игорь Сысоев, Валентин Бартенев (Nginx)

Hacking PostgreSQL. Обзор архитектуры.

Java GC tuning and monitoring (by Alexander Ashitkin)

Современная операционная система: что надо знать разработчику / Александр Кри...

Последние новости постгреса с PGCon / О.Бартунов, А.Коротков, Ф.Сигаев (Postg...

Андрей Светлов-«Делаем своё решение для оптимальной загрузки кластера»

Технологии хранения для больших проектов / Сергей Платонов (RAIDIX)

Настройка Kubernetes: tips ans tricks

Управление контейнерами в облаках

Andere mochten auch

Ch06 multalignBioinformaticsInstitute

Ngs 2014 troshinVladislav Troshin

Biodb 2011-02BioinformaticsInstitute

Vvedenie v bioinformatiku_5_1BioinformaticsInstitute

Biodb 2011-everythingBioinformaticsInstitute

Biotech2012 spring 11_gene_therapyBioinformaticsInstitute

Ch04 motifsBioinformaticsInstitute

Vvedenie v bioinformatiku_5_3BioinformaticsInstitute

Ch09 combinatorialpatternmatchingBioinformaticsInstitute

Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днкBioinformaticsInstitute

Slides 3BioinformaticsInstitute

Vvedenie v bioinformatiku_2BioinformaticsInstitute

Ngs 2 0_0BioinformaticsInstitute

Ch06 rnaBioinformaticsInstitute

"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр ПредеусBioinformaticsInstitute

Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...BioinformaticsInstitute

Biodb 2011-04BioinformaticsInstitute

Slides 1BioinformaticsInstitute

Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)BioinformaticsInstitute

Biodb 2011-03BioinformaticsInstitute

Andere mochten auch (20)

Ch06 multalign

Ngs 2014 troshin

Biodb 2011-02

Vvedenie v bioinformatiku_5_1

Biodb 2011-everything

Biotech2012 spring 11_gene_therapy

Ch04 motifs

Vvedenie v bioinformatiku_5_3

Ch09 combinatorialpatternmatching

Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк

Slides 3

Vvedenie v bioinformatiku_2

Ngs 2 0_0

Ch06 rna

"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус

Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...

Biodb 2011-04

Slides 1

Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)

Biodb 2011-03

Ähnlich wie Ngs 4

Legacy в коробочке. Dev-среда на базе Kubernetes / Илья Сауленко (Avito)Ontico

Леонид Васильев "Python в инфраструктуре поиска"Yandex

Tdd webpack + testem + mocha + chaiMichael Chernobrov

KubernetesSQALab

Kubernetes and dockerAndrey Sinitsyn

Moscow Jenkins Meetup #1. Pipeline для инженеров. Обзор экосистемыOleg Nenashev

Истинный DevOps. Секрет 42.Nikita Borzykh

C++ CoreHard Autumn 2018. Ускорение сборки C++ проектов, способы и последстви...corehard_by

Автоматизируй это. Кирилл Тихонов ➠ CoreHard Autumn 2019corehard_by

Hunting for a C++ package managercorehard_by

Drupal code sprint для новичковOvadiah Myrgorod

Ähnlich wie Ngs 4 (11)

Legacy в коробочке. Dev-среда на базе Kubernetes / Илья Сауленко (Avito)

Леонид Васильев "Python в инфраструктуре поиска"

Tdd webpack + testem + mocha + chai

Kubernetes

Kubernetes and docker

Moscow Jenkins Meetup #1. Pipeline для инженеров. Обзор экосистемы

Истинный DevOps. Секрет 42.

C++ CoreHard Autumn 2018. Ускорение сборки C++ проектов, способы и последстви...

Автоматизируй это. Кирилл Тихонов ➠ CoreHard Autumn 2019

Hunting for a C++ package manager

Drupal code sprint для новичков

Mehr von BioinformaticsInstitute

Graph genome BioinformaticsInstitute

Nanopores sequencingBioinformaticsInstitute

A superglue for string comparisonBioinformaticsInstitute

Comparative Genomics and de Bruijn graphsBioinformaticsInstitute

Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...BioinformaticsInstitute

Knime & bioinformaticsBioinformaticsInstitute

Плюрипотентность 101BioinformaticsInstitute

Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...BioinformaticsInstitute

Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)BioinformaticsInstitute

Biodb 2011-05BioinformaticsInstitute

Biodb 2011-01BioinformaticsInstitute

Ngs 3 1BioinformaticsInstitute

Ngs 1 0_0BioinformaticsInstitute

Ngs 7BioinformaticsInstitute

Ngs 6BioinformaticsInstitute

Ngs 2BioinformaticsInstitute

Ngs 1 2BioinformaticsInstitute

Vvedenie v bioinformatiku_5_2BioinformaticsInstitute

Vvedenie v bioinformatiku_4BioinformaticsInstitute

Mehr von BioinformaticsInstitute (19)

Graph genome

Nanopores sequencing

A superglue for string comparison

Comparative Genomics and de Bruijn graphs

Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...

Knime & bioinformatics

Плюрипотентность 101

Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...

Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)

Biodb 2011-05

Biodb 2011-01

Ngs 3 1

Ngs 1 0_0

Ngs 7

Ngs 6

Ngs 2

Ngs 1 2

Vvedenie v bioinformatiku_5_2

Vvedenie v bioinformatiku_4

Ngs 4

1. Quake Сайт: http://www.cbcb.umd.edu/software/quake/ На сервере программа находится в /storage/labnas/NGS/4/Quake Запуск bin/quake.py Четвертое домашнее задание 1. Оценка качества работы Quake Исправить риды с помощью Quake (используя k=15), и приложив их и исходные риды к геному, оценить: ● False positives — количество ошибок в изначальных данных, которые не были исправлены ● False negatives — количество правильных нуклеотидов, замененных на неверные ● True negative — количество исправленных ошибок Мутациями принебречь 2*. Улучшить потребление памяти Quake Снова необязательное бонусное задание В файле correct.cpp есть строчка: bithash *trusted = new bithash(k); Она вызывает конструктор bithash (bithash.cpp, bithash.h), который создает бит сет размером 4k. Для k=19 это уже 32Гб. Попробуйте изменить класс bithash так, чтобы память использовалась более экономно, при этом сильно не замедлив выполнение программы. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/4/ Данные: SRR350492_1.fastq Тестовые данные: test.fastq Референсный геном: MG1655-K12.fasta P.S. Презентация с основами matplotlib, может кому пригодится http://mit.spbau.ru/files/ scipy.pdf