Panorama de l'IST pour le doctorant (épisode 2)

Panorama de l'Information Scientifique et
Technique pour le doctorant
Episode 2

©Club photo et Maxime Storn

Céline Andrieu, Alain Marois – Bibliothèque Michel Serres
Philippe Eyraud – Bibliothèque du LMFA

Rappels...

Episode 1
● Se situer dans l'environnement de l'IST
● Optimiser l'utilisation des sources d'information
scientifiques et techniques
● Comprendre l'évaluation de l'information scientifique
● Mettre en place une stratégie de veille

Formation Doctorants Episode 2 - Bibliothèque 26/05/2011 2

Ce qu'on vous propose aujourd'hui

Episode 2 :
● Gérer ses références bibliographiques et les utiliser dans
sa production, en fonction du logiciel choisi :
● Zotero
● Mendeley
● Publier et archiver sa production


Gérer ses références bibliographiques
et les utiliser dans sa production


Trop de références bibliographiques

sur une idée originale de Valentin Vivier


Gérer sa bibliographie
● S'organiser
● Capitaliser

● Privilégier le fond sur la forme

● Partager des références, collaborer

● Découvrir de nouveaux travaux ?


Des outils dédiés


Besoins* classiques...et émergents

*données 06/2010

sur une idée originale de Martin Fenner

Zotero


Zotero
● Extension du navigateur Firefox + services en
ligne (http://www.zotero.org)
● = > Windows + Mac + Linux

● Gratuit...

● ...comptes « premium » si besoin

● Opensource

● Institutions + vaste communauté

● Nombreux styles bibliographiques

● Évolution rapide


Zotero : l'appui institutionnel

+


Un couteau suisse


Installation de Zotero


Installation : autoriser et redémarrer Firefox
1

Comme toute extension Firefox, vous
devez redémarrer votre navigateur
pour finaliser l'installation

Cliquer sur Installer...
2

3

Une fois Firefox redémarré, Zotero
apparaît dans la liste des modules
complémentaires


Il vous est proposé de vous créer un
compte sur le site zotero.org. Ce n'est
pas obligatoire...

...mais cela vous permettra d'utiliser les
fonctionnalités de synchronisation et
de collaboration de l'outil


Utilisation de Zotero


La barre d'outils La recherche

Votre bibliothèque et
vos marqueurs Détail d'une référence


Zotero :: Collecter des références


Zotero :: Organiser sa bibliothèque


Zotero :: Citer des références


Zotero :: Exporter pour BibTeX


« Avant toute chose : avoir du style »

Répertoire public des styles zotero.
Respecte le standards CSL1.0.

Les fichiers de styles sont chargés
automatiquement (« Install »)


Zotero :: Synchroniser et collaborer


La confidentialité en question

« Tout ou rien » : vous ne pourrez pas
(pour l'instant) restreindre la visibilité de
certaines collections; idem pour les
notes


Les groupes Zotero
3 types de groupes

Les groupes permettent de partager
des notices, notes et fichiers entre
membre en maitrisant finement la
confidentialité

Private Groups : pas de profil public; page du
groupe visible pour membres invités; invisible
dans les recherche
Public, Closed Membership : pqge publique
possible; sur invitation ou validation d'une
demandre; collections visible ou pas au sein de
la bibliothèque
Public, Open Membership : adhésion libre;
visibilité; pas de stockage de fichiers


L'avenir de Zotero


Zotero : aide, information
Blog de Zotero

Zotero francophone, communauté fr
autour de Zotero

Tutoriels vidéo en ligne

Forums actifs sur Zotero.org


Mendeley


Mendeley
● Logiciel à installer + service en ligne
(http://www.mendeley.com)
● Windows + Mac + Linux

● Modèle de Last.fm (partage de musique)

● Version beta, gratuit, mais...

●...business model en évolution, mais...

●... « what is free now will remain free »

● Société basée à Londres


Mendeley


Installation de Mendeley


Téléchargement : option 1

Par défaut, téléchargement suite à l'initialisation d'un compte


Téléchargement : option 2

Il est aussi possible d'installer l'outil sans créer de compte à priori

Mendeley est disponible sur de nombreuses plateformes


Installation : les plugins Word et OpenOffice
1 2

4
3

Compatibilité OpenOffice

Compatibilité Word 2003 - 2007


Vue d'ensemble de l'interface « Desktop »
Barre d'outils
Moteur de recherche

Collections, collections
partagées, corbeille

Liste des références

Filtres (auteurs, journaux,
tag, mots clés auteur)

Détails, tag et annotations,
références citées


Créer sa bibliothèque de références


Ajouter des références : via Mendeley Desktop

Différentes stratégies :
● Ajout d'un document ou d'un répertoire de documents
● « Watch a folder », pour l'import automatique de PDF
● Ajout de références au format EndNote, BibTeX, RIS, etc.

Ajout par « glisser-déposer » de fichiers PDF...

...et Mendeley extraira les descriptions du document
PDF automatiquement


Ajouter des références : utiliser l'import web
1

Un simple lien placé dans la barre d'adresse 2
permet d'importer directement des résultats
de recherche à partir des sites compatibles

Choisir les références dans la fenêtre
dédiée, annoter, ajouter des tag


Import web : installation et compatibilité
http://www.mendeley.com/import

Compatible avec Firefox, Chrome, Safari, Internet Explorer...

Les principales sources d'information scientifique


Synchronisation de sa bibliothèque de
références

Synchronisez votre bibliothèque Mendeley
Dekstop avec votre compte en ligne

Gestion et édition en ligne de vos références


Si vous disposez d'un lot de fichiers PDF
1
Indiquez le dossier à importer contenant les
PDF

3 Mendeley va chercher les informations décrivant
les documents dans les bases de données
2 d'information scientifique

L'importation se déroule automatiquement et les références
correspondant aux documents PDF apparaissent


Si vous venez de EndNote
1

Sélectionner les références à exporter

Exporter en Xml, ou .txt avec le style RefMan(RIS)

Dans Mendeley, choisir le format d'import
RIS ou EndNote Xml suivant le format
d'export EndNote
2

De la même manière, Mendeley peut
importer des listes de références aux
formats BibTeX, Zotero.sqlite, OVID,...


Gérer sa bibliothèque de références


Des fonctions de gestion simples et utiles
Collections créées par défaut :
●Toutes les références

●Ajouts récents Triez rapidement vos listes en
●Mes favoris cliquant sur les entêtes de colonne
●Références à vérifier

●Mes publications

●Publications non classées

Affichez le PDF attaché à la référence pour lecture

Créez vos propres collections

Les références peuvent être marquées
comme « à lire », « lues », « favorites »

Filtrez vos listes de références de façon aisée


Recherche incrémentielle et suggestion de recherche
Recherche dans les références et
les PDF de toutes les collections

Suggestion de termes au
court de la frappe

Mise à jour de la liste de Mise en contexte et surlignage
résultats au cour de la frappe des termes recherchés


Utilisation avancée du moteur de recherche

champs:terme à rechercher

Exemples :
● author:harnad

● keyword:Bacteria

● publication:nature

● tag:tools

● title:« open access »


PDF : lecteur intégré et recherche de mots-clés
Outils d'exploitation avancée : notes,
surlignage manuel, lecture plein écran, etc.

Ouverture des PDF
dans des onglet dédiés

Surlignage du terme recherché dans le PDF


PDF : surlignez et annotez vos documents

Annotation (avec auteur et date) Notes générales

Listes des annotations avec leurs
liens pour une navigation aisée

Passage surligné manuellement


Classez et renommez automatiquement vos fichiers
Tools > Option > File Organizer

L'outil de gestion des fichiers et ses options

Classement et nommage paramétrables


Classez et renommez automatiquement vos fichiers

PDF (et autres fichiers) joints renommés

Fichiers organisés automatiquement en arborescence


Prenez soin de vos métadonnées : homogénéisation des
noms de journaux, auteurs, tag, etc.

2

Mendeley modifie automatiquement
les références en conséquence

1 Les entrées d'index peuvent être glissée-déposée les
unes sur les autres pour homogénéiser leurs valeurs

Passage surligné manuellement


Citer en utilisant ses références


Citer dans Word et OpenOffice 1/2
Cliquer sur « Insert Citation » dans
la barre d'outil Mendeley de Word

2

1

Placer son curseur à l'emplacement de
l'appel de citation dans votre texte

3

Dans Mendeley, choisir la référence à citer


Citer dans Word et OpenOffice 2/2
Cliquer sur « Send Citation to Word »

4

5

L'appel de citation est intégré au format
choisi à l'emplacement du curseur


Éditer une bibliographie dans Word ou OpenOffice
Cliquer sur « insert Bibliography »

2 Choisir un style bibliographique

Vous pouvez changer le style :
Finaliser son texte avec
le document se met à jour
tous les appels de citation

1

Positionner son curseur à l'endroit
où doit figurer la bibliographie
3

La bibliographie est générée automatiquement


Produire une simple liste de références formatées

Sélectionnez des références La liste est au format sélectionné

Déplacez les dans votre document (« drag & drop »)

Cela fonctionne aussi par copier-coller


Un vaste choix de styles bibliographiques

Ooo : « Choose Citation Style »
Word : « Other citations from Mendeley »

Recherchez et sélectionnez un style


Utiliser LaTeX / BibTeX : options de synchronisation de
la bibliothèque de références
Tools > Options > BibTeX
Prise en compte de caractères spéciaux

Mise à jour automatique du fichier .bib

Un ou plusieurs fichiers. On peut
imaginer le mettre sur un dossier
Clés BibTeX éditables si besoin partagé...
référence par référence


Partager, collaborer, s'intégrer à une
communauté en gérant son identité
numérique


Rendre une collection publique
Les critères de publication des collections sont paramétrables
pour chacune d'entre elles indépendamment des autres

Rendez vos collections
publiques via « Edit Settings »

D'autres usagers pourront s'abonner
à vos collections publiques. Vos
modifications seront répercutées
dans les Mendeley Desktop des
autres membres abonnées. Les
membres abonnées à une collection
sont visibles, ainsi que l'auteur d'une
collection


Créer une collection partagée pour collaborer

Une collection partagée entre membres n'est
visible uniquement que par ses membres.
Vous pouvez inviter vos contacts à partager
une collection que vous avez créée.
Les références sont alors visibles et
modifiables par tous les membres partageant
la collection.
Les fichiers PDF peuvent être mis en commun
et annotés collaborativement.


Compléter son profil et sa liste de publications :
l'identité numérique du chercheur

Liste des publications du
chercheur, mise à jour via une
collection Mendeley

CV du chercheur
Statistiques sur ce
chercheur

Contacts du chercheur

Contacter ce chercheur

Collections publiques
du chercheur


Mendeley : un réseau social pour les chercheurs ?

“ We define social network sites as web-
based services that allow individuals to
(1) construct a public or semi-public
profile within a bounded system, (2)
articulate a list of other users with
whom they share a connection, and (3)
view and traverse their list of
connections and those made by others
within the system.
”
Boyd, D.M., et N.B. Ellison. Social network sites: Definition, history, and scholarship.
Journal of Computer-Mediated Communication 13, 2007, 210-230. Available from
world wide web: <http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html>.


Paramétrer la confidentialité de son profil

Se tenir informé

Plusieurs niveaux de confidentialité


Valoriser son travail bibliographique et son expertise

Créer par simple copier-coller
une liste de publication mise à
jour automatiquement Inclure un bouton vers son profil
dans votre signature de courriel
ou sur son blog de chercheur


Trouver de l'aide


Mendeley : participer, suivre l'évolution

Suggérez Suivre les mises à jour

Votez

Etat

Commentez


Statistiques et sérendipité

Données globales

Articles les plus lus

Données par disciplines

>

Auteurs les plus lus


JabRef


Installation

Nécessité d'avoir le logiciel
Java installé

Choisir son fichier
d'installation

1

2

Télécharger la dernière
version stable


Langue d'utilisation
Options → Preferences

Profitez du français !!


Ouvrir un fichier .bib

Intégrer une base bibtex


Visualiser une base

Onglet « bases »

Fichier source bibtex

Visualisation de la notice


Créer une nouvelle entrée manuellement

Ajout d'une notice à la
main

Format de notice selon
type de document


Créer une nouvelle entrée manuellement

Baguette magique :
création automatique de la
clé bibtex


« Recherche internet »
1

2

Interrogation de bases sur
internet...depuis JabRef

Rapatriement
automatique des notices


Finalement, quel outil choisir ?
Voir Cadiou, C. & Sarah-Blin, S., 2010. Principaux logiciels de gestion
bibliographiques utilisés au Cemagref : récapitulatif des avantages et
inconvénients. Available at: http://tinyurl.com/RefMagSoftCompareCadiou2010
[Consulté mai15, 2011].


JabRef
Les «+»
● compatible avec Windows, Linux et Mac

● gestion des fichiers joints

● création de groupes de références

● accès aux bases par onglets

Les « - »
● encore quelques soucis avec Open Office

● pas de partage de données

● l’interface reste moins intuitive que celle des autres logiciels

● pas de gestion des doublons

● importation irrégulière à cause de la répartition des champs en

onglets (le contenu d’un champ vide peut se retrouver dans BibTeX)

Cadiou, C. & Sarah-Blin, S., 2010

Zotero
Les «+»
● La capture de pages web très facile, le téléchargement de PDF et la

compatibilité avec de nombreux catalogues et bases de données
● Outil gratuit et open source

● Requêtes dynamiques

● Chronologie, rapport, liste biblio : faciles à éditer

● Accès distant : synchronisation possible d’une base sur un serveur

de Zotero ou sur un serveur interne WebDav

Les « - »
● L’interface pourrait être améliorée

● Espace de stockage limité à 500 Mo par compte gratuit sur serveur

● On ne peut gérer qu’une bibliothèque et on ne peut pas

synchroniser ou partager une sous-collection
● Liens avec traitement de texte pas toujours très fiables


Mendeley
Les «+»
● Interface claire et intuitive

● Le collaboratif avec «Shared Collection»: partage d’une sélection de

références et de leurs documents attachés
● Tags personnalisés

● Gestion des PDF performante (moteur de recherche, annotations...)

● Consultation, édition, et alimentation en ligne de la base

● Réseau social, partage avec la communauté de chercheurs

Les « - »
● Espace de stockage limité à 500 Mo par compte

● Pas plus de 10 participants par "SharedCollection"

● Pas de détection des doublons

● Pas de gestion et création de styles élaborée

● Les nouvelles fonctionnalités ou capacités de stockage sont payantes


Publier et archiver sa production


Droit d'auteur ?
● Vos droits par rapport à votre éditeur et vos lecteurs
● Vos devoirs envers les auteurs que vous citez
● Protection des œuvres littéraires et artistiques, sur tout
support (œuvre originale et mise en forme pour être
communiquée)
● Droits moraux / Droits patrimoniaux


Droits moraux

● Perpétuels, transmissibles aux héritiers
● Droit de paternité : revendiquer la paternité de l’œuvre
et exiger la mention de son nom lors de l'exploitation
(citation)
● Droit de divulgation, de présentation au public et au
respect de l’œuvre


Droits patrimoniaux

● Droit de reproduction : autoriser ou non la
reproduction d'une œuvre, sa traduction, son adaptation
● En contrôler sa distribution, importation, reproduction ,
citation, prêt.
● Droit de représentation
● Rémunération de l'auteur


Droits patrimoniaux

● L'auteur peut par contrat céder ses droits patrimoniaux
ou consentir une licence à un tiers (éditeur) :
rémunération de 5 à 15 %
● Pas de rémunération pour la rédaction d'un article ou
d'un ouvrage collectif (cession gratuite souvent tacite)


Alternative : licences Creative Commons

● Logique inverse : quelques droits réservés (choix de
l'auteur)
● En accord parfait avec le principe du libre accès
● Licences perpétuelles (70 ans après la mort de l'auteur)
et irrévocables (on ne peut revenir sur la licence
accordée)


Creative Commons 101
● 4 attributs combinables, 6 contrats différents :
● BY : attribution, paternité (droit moral)
● NC (Non Commercial) : pas d'utilisation commerciale de
l’œuvre dérivée
● ND (No Derivate works) : reproduction sans
modification
● SA (Share Alike) : partage aux conditions identiques


Licences Creative Commons


La production scientifique de l'ECL

Toutes les informations sur le
dépôt et la rédaction de la thèse


Circuit de la thèse

Vade-mecum : circuit de la thèse


Valoriser sa production dans une
archive ouverte


HAL (Hyper Articles en Ligne)

Se créer des alertes

Les derniers dépôts par discipline


HAL (Hyper Articles en Ligne)
● « Archive ouverte » pluridisciplinaire destinée au dépôt et à la diffusion de
documents
● => communication scientifique directe

● Donne libre accès à l’information scientifique et technique

Types de documents présents dans HAL :
● Publications dans des revues à comité de lecture

● Conférences invitées dans des congrès

● Proceedings à comité de lecture

● Publications dans des revues sans comité

● Communications à des congrès, symposiums

● Séminaires, workshops

● Chapitres dans les ouvrages

● Livres et ouvrages

● Thèses...


Pourquoi déposer dans HAL ?
Accessibilité + visibilité
Consultation et dépôt ouverts à tous
Visibilité scientifique internationale :
● du chercheur

● du laboratoire

● de l’établissement ou de l’institution

● des équipes de recherches par rapport aux financeurs (ANR…)

Dépôt fortement préconisé par l’ECL et le CNRS

Simplicité + pérennité
Dépôt simple et rapide : un auteur archive pour les co-auteurs
Possibilité d’ajout de nouvelles versions du document
Pérennité et stabilité des URL (Archivage des données au CINES)


Pourquoi déposer dans HAL ?
Intérêt pour la publication
Taux de citation plus élevé pour un article déposé dans une archive
ouverte
Accroissement du facteur d’impact de la revue
Augmentation du cycle de vie de l’article
Extraction et export de bibliographie (rapport d’activité…)
Dépôt simultané dans arXiv

Plagiat / Responsabilité scientifique
Le dépôt permet :
● de garantir la paternité de l’œuvre

● de prendre date

Responsabilisation du déposant (aucun dépôt ne peut être retiré)
Validation de la teneur scientifique et technique du document


Les différentes versions d'un document
scientifique

●Pre-print : version auteur d'un article avant
évaluation par les pairs (document de travail ou
document soumis pour publication)

●Post-print : version auteur finale d’un article après
évaluation par les pairs (généralement acceptée pour
publication)

● Pdf éditeur : version publiée par l'éditeur sur son
site, avec mention du titre du journal

Politique des éditeurs scientifiques sur le dépôt dans HAL
SHERPA RoMEO


Politique des éditeurs scientifiques sur le dépôt dans HAL
SHERPA RoMEO
Des couleurs sont attribuées aux éditeurs selon les droits de dépôts accordés aux auteurs :
● vert : pré-print et post-print ou pdf éditeur

● bleu : post-print ou pdf éditeur

● jaune : pré-print

● blanc : archivage non accepté

Dépôt ? Editeur Editeur Editeur Vert Editeur Blanc
Vert Vert Pdf éditeur Dépôt non
Editeur Pré-print Post-print accepté
AIAA X
AIP X X X*
ASME X
Cambridge X X X**
Elsevier X
IEEE X X X
IOP X X
*Sur site perso ou
Springer X X institutionnel uniquement
Wiley X X
** 1 an d’embargo


Déposer dans HAL : vérification, authentification,
inscription
Après vérification
● du droit accordé par l'éditeur

● de l'accord des co-auteurs

● que l'article n'est pas déjà déposé

1

Interroger sur les
documents en
texte intégral
2
3


Déposer dans HAL : saisie des « métadonnées »


Déposer dans HAL : saisie des auteurs


Déposer dans HAL : dépôt des fichiers


Déposer dans HAL : confirmation par e-mail après
vérification humaine


Questions ?

Céline Andrieu 04.72.18.67.44 celine.andrieu@ec-lyon.fr
Alain Marois 04.72.18.64.50 alain.marois@ec-lyon.fr
Philippe Eyraud 04.72.18.65.00 philippe.eyraud@ec-lyon.fr


Ressources

● Hull, Duncan, Defrosting the Digital Library: A survey of bibliographic tools for the next generation web. [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur
le world wide web :
<http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web>.

Hull, Duncan, Steve R Pettifer, et Douglas B Kell. Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS
●

Comput Biol 4, Octobre 2008, e1000204+. Disponible sur le world wide web : <http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204>
● Mendeley Teaching Presentation [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur le world wide web :
<http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation>
● Reiswig, Jennifer. Mendeley. 98, Avril 2010, 193-194. PubMed Central Link. [cité 31 Mai 2010]. Disponible sur le world wide web :
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/>
● Readwriteweb, Curt Hopkins Of. Mendeley Throws Open the Doors to Academic Data. The New York Times Avril 2010. [cité 31 Mai 2010].
Disponible sur le world wide web :
<http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html>
● Henning, Victor, et Jan Reichelt. Mendeley - A Last.fm For Research? Dans eScience, IEEE International Conference on, Vol. 0 of, 327-
328, [Los Alamitos, CA, USA]: IEEE Computer Society, 2008

Pochet, Bernard. La rédaction d’un article scientifique. Petit guide pratique adapté aux sciences appliquées et sciences de la vie à l’heure
●

du libre accès. [Gembloux (Belgique)]: Les Presses agronomiques de Gembloux, 2009 [cité 24 mai 2011]. Disponible sur le world wide web :
<http://orbi.ulg.ac.be/handle/2268/24998>.


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