Presentación de Daniel Amariles para el módulo avanzado Nuevas herramientas de GBIF II: Portal 2013 y NPT Startup'. Incluye información sobre el NPT Startup RC1 y sobre cómo instalarlo, y sobre el nuevo portal de datos de GBIF y su API.

1. GBIF Governing Board 20
Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF II
Portal 2013 y NPT Startup
Daniel Amariles
Líder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de
Colombia
Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
Sábado, 5 de Octubre, 2013

2. RESUMEN
El desarrollo del nuevo portal de GBIF ofrece una API
completa para la consulta de datos publicados en la
red.
Esta es una introducció n al nuevo sistema, para
aquellos que consideran construir aplicaciones web
que usen la nueva API.
Esta presentació n corresponde al
mó dulo 6B del curso de
entrenamiento para Nodos en el
GB20, realizado en Octubre de
2013 en Berlín, Alemania.
Aquí también se presentaráuna introducció n al
desarrollo del NPT Startup y sus características
principales.

3. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico

4. INTRODUCCIÓN AL
NPT STARTUP
“NPT Startup es un
sitio Drupal que
establece una
presencia en la web
para nodos
participantes de
GBIF..”

5. Sitio demo
http://nptstartup.gbif.org/
https://github.com/gbif/gbif-npt-startup/releases
Repositorio en GitHub
http://vimeo.com/63640790
Vídeo de presentation
INTRODUCCIÓN AL
NPT STARTUP

6. CARACTERISTÍ CAS DEL
NPT STARTUP
• Información sobre biodiversidad proveniente del Portal
de Datos de GBIF y de Encyclopedia of Life.

7. CARACTERÍ STICAS DEL
NPT STARTUP
• Carácteristicas comunes en los sitios web como
noticias, foros y blogs. Así que el sitio puede ser usado
por un Nodo Participante de GBIF como sitio de
comunicación.

8. CARACTERÍ STICAS DEL
NPT STARTUP
• Incluye una lista de chequeo taxonó mica inicial para el país,
generado por la unió n nombres científicos que se extraen de
los datos de registros bioló gicos de especies dentro del país
disponibles en la red de GBIF.
• Los datos sobre biodiversidad de una especie son mostrados
como mapas estáticos de distribució n de especies.

9. CARACTERÍ STICAS DEL
NPT STARTUP
• Más información disponible acerca de una especie
incluyendo descripción y multimedia proveniente de
Encyclopedia of Life (EOL).

10. CARACTERÍ STICAS DEL
NPT STARTUP
A nivel de país, El NPT Startup muestra algunas cifras
sobre la actividad de publicación de datos.

11. CARACTERÍ STICAS DEL
NPT STARTUP
• Muestra artículos científicos e informes usando datos
de los medios de GBIF, publicados por autores del país
y/o acerca de biodiversidad del país.

12. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico

13. INTRODUCCIÓN AL PORTAL
DE DATOS 2013

14. SECCIONES PRINCIPALES

15. BÚSQUEDA DE ESPECIES
Resultados
de la
búsqueda
Filtros
- Taxonomía base
- Taxones
principales
- Rango
- Estado
- Habitat
- Tipo de nombre

16. VISTA DE LA ESPECIE
Informació n
general
Contenido
externo
Cifras
básicasInformation
taxonó mic
a
Distribució n de registros

17. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico

18. API DEL PORTAL DE DATOS
Una interfaz para
acceder a los datos
publicados en la red
de GBIF usando
servicios Web.

19. API DEL PORTAL DE DATOS
API del Registro del Portal :
http://portaldev.gbif.org/developer/registry
API de todos los servicios web de GBIF:
http://dev.gbif.org/wiki/display/POR/Webservice
+API
“Todos los servicios reciven parámetros como
una cadena de consulta codificada como
parámetros GET clave=valor y responden con
un contenido tipo json”

20. API DISPONIBLE
• Checklist Bank Services: Name usage
• Checklist Bank Services: GBIF Backbone Taxon Lookup
• Checklist Bank Services: Search Service
• Checklist Bank Services: Metrics
• Registry Services: Node
• Registry Services: Organization
• Registry Services: Network
• Registry Services: Technical Installation
• Registry Services: Dataset
• Registry Services: Dataset Search Service
• Occurrence Services: Occurrence Record
• Occurrence Services: Search Service
• Occurrence Services: Download Service
• Cube Metrics Services: Occurrence Service
• Crawler Services: Dataset Crawl Service

21. Names API
http://api.gbif.org/lookup/name_usage/?name=oenanthe&kingdom=plants
Dataset API
http://api.gbif.org/dataset/52a423d2-0486-4e77-bcee-6350d708d6ff
Organization API
http://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862
Names Usage API
http://api.gbif.org/name_usage/1
Occurrence search API
http://api.gbif.org/occurrence/search?TAXON_KEY=6746
EJEMPLOS DE LLAMADOS AL API

22. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico

23. CONSULTANDO UNA
ORGANIZACIÓN
Obtener el UUID de la organizació n
10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862

24. URL Base API + URL término + UUID
Organizació n
CONSULTANDO UNA
ORGANIZACIÓN
http://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862
Construye la URL de llamado al API:
Usa el cliente REST para
EXPLORAR EL CÓDIGO

25. USANDO LOS DATOS DEL
API
Ejemplo: http://data.sibcolombia.net/publicadores/provider/3

26. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico

27. API DE MAPAS v1.0
“¿Busca sobreponer contenido de GBIF
en su mapa? Pruebe con este servicio
flexible y fácil de usar para la
renderización de capas”
http://uat.gbif.org/developer/maps

28. Este servicio está diseñado para ser usado con los clientes de
mapas más comunes tales como el API de Google Maps o con
Leaflet JS.
Estas bibliotecas permiten visualizar las capas de GBIF con otro
contenido, tales como los que vienen de proveedores de Servicios
Web de Mapas (WMS). Cabe anotar que el API de Mapas no es un
WMS ni tampoco soporta funcionalidades WFS.
http://leafletjs.com/
MAPPING API v1.0

29. PERSONALIZANDO EL CONTENIDO
DE LA CAPA
El formato de la URL es el siguiente:
Con los siguientes parámetros obligatorios:
type: TAXON, DATASET, COUNTRY o PUBLISHER
key : La clave apropiada según el type seleccionado (clave de
taxón, UUID del conjunto/publicador o código ISO de país de 2
letras)
http://api.gbif.org/map/density/tile?x={x}&y={y}&z={z}

30. PERSONALIZANDO EL CONTENIDO
DE LA CAPA
• Basis of record
– Fossil
– Living specimen
• Year Range
– Observations year range
– Specimens’ year range
– Other year ranges
El parámetro layer es un campo opcional y multievaluado en el
cual son declaradas las capas para ser combinadas por en el
servidor en el mosaico.
&layer=OBS_2010_2020&layer=SP_2010_2020&layer=OTH
_2010_2020&layer=LIVING&layer=FOSSIL
Ejemplo:

31. DANDOLE ESTILO A LA CAPA
“Para dar estilo a la capa configurada se puede hacer a
través del parámetro colors o del párametro palette.”
&colors=%2C100%2C%23FF000033%7C100%2C10000%2C
%2300FF0033%7C10000%2C%2C%230000FF33
Usando el parámetro colors:
&palette=greens
Usando el parámetro palette:

32. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando las capas del API de mapas
7. Ejercicio práctico

33. USANDO LOS DATOS DEL
API
Contruir una consulta
al API de Mapas de
GBIF
Configura la capa en tu navegador
de mapas

34. USANDO LOS DATOS DEL
API
Ejemplo: http://maps.sibcolombia.net/

35. Í NDICE
1. Introducció n al NPT Startup
2. Introducció n al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico

36. EJERCICIO PRÁCTICO:
EXPERIMIENTANDO EL API
DEL PORTAL
1. Explora los datos con un cliente REST
2. Intenta imaginar có mo le gustaría usar esos
datos en su aplicació n o portal.
3. Haz uno o más prototipos visuales acerca de
có mo integrar esos datos
4. Tarea: Implementar un cliente JSON para obtener
los datos

37. HERRAMIENTAS DE
SERVICIOS WEB
Clientes REST recomendados
Advanced REST client
Google Chrome extensions
http://code.google.com/p/rest-client/
https://chrome.google.com/webstore/detail/advanced-rest-client/hgmloofddffdnphfgcellkdfbfbjeloo

38. PROTOTIPADO VISUAL
Herramienta recomendada de
prototipado visual
https://cacoo.com/

39. GBIF Governing Board 20
Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF II
Portal 2013 y NPT Startup
Daniel Amariles
Líder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de
Colombia
Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
Sábado, 5 de Octubre, 2013