SlideShare ist ein Scribd-Unternehmen logo
1 von 4
Downloaden Sie, um offline zu lesen
Tutorial GTK
         garlic


Visualisasi Molekul dengan garlic
                     garlic, free molecular visualization program,                       bisa menjalankannya dengan perintah
                     protein structure, DNA structure, PDB, mo-                          garlic. Dan sebuah window pun akan
                     lecular rendering, biological macromolecule,                        dihadirkan kepada Anda. Sebuah
                     unix, linux, free software download, open                           antarmuka yang menyebalkan apabila
                     source software, Damir Zucic.                                       kita belum menyelam ke dalamnya, dan
                                                                                         harus diakui sebagai antarmuka yang


H
         arus diakui bahwa sekolah-        lebih lebih stabil daripada program           luar biasa seiring dengan penggunaan.
         sekolah di Indonesia kebanyakan   molekular lainnya, menurut sang               (Hampir) semua dari kontrol program
         menggantungkan dirinya kepada     pembuat, DR. Damir Zucic. Segala              garlic dapat dilakukan dengan
program-program yang proprietary.          visualisasi yang Anda buat akan               menggunakan keyboard. Hampir semua
Bahkan terkadang sampai kalangan           membuat Anda terus, terus, terus, dan         perintah dapat diberikan dalam bentuk
beberapa universitas pun berpendapat       terus ingin mencipta, dengan bantuan          pendek tiga karakter. Berikut ini kita
bahwa software proprietary adalah solusi   garlic. Mari...                               akan melihat perintah-perintah alam
yang terbaik untuk komputasi,                                                            garlic.
mengingat tren pasar dan ketersediaan      garlic dan cara                                ADD ADD        Melakukan ekspansi pada.
dukungan dari vendor. Sebagai              penggunaannya                                                 seleksi yang sedang aktif.
pendukung free software, alangkah          garlic lahir pada akhir bulan September        ANG ANGLE Mendefinisikan derajat.
baiknya apabila kita mampu menerobos       1998, ketika sang penciptanya                  ATO ATOMS Mengubah gaya penggam-
ke setiap pelosok ilmu pendidikan dan      memerlukan visualisator yang baik                             baran untuk atom.
meningkatkan produktivitas dengan          untuk gambar molekul. Bosan mencoba-           BAC BACKBONE
menggunakan free software tersebut.        coba dengan RasMol, akhirnya sang                             Menggambar tulang belakang
Tulisan kali ini akan menerobos ke         jenius ini mempelajari pemrograman X                          (backbone).
bidang ilmu yang mempelajari molekular     dan mempersembahkan garlic sebagai             BACKG BACKGROUND
dan memperkenalkan garlic untuk            proyek pertamanya yang serius. Nama                           Mengubah warna latar
meningkatkan daya kreasinya.               garlic dapat diartikan sebagai sebuah inti                    belakang window utama.
    Ya, Anda dapat menggunakan garlic      yang dilengkapi dengan berbagai                BG BACKGROUND
untuk memvisualisasikan molekul,           pelengkap di luarnya, kurang lebih sama                       Sama seperti BACKG.
struktur protein, struktur DNA,            seperti bawang putih. garlic juga dapat        BON BONDS Mengubah gaya
makromolekul biologi dan hal sejenis       diartikan sebagai singkatan dari GNU,                         penggambaran rangka.
lainnya dalam suatu antarmuka yang         Analysis and Rendering, LInux, serta C         CAT CATCH Mengaktifkan suatu struktur.
mudah. Jauh lebih mudah apabila Anda       (bahasa C).                                    CEN CENTER Mengubah sistem koordinat
menggunakan program pengolah citra             Anda bisa mendapatkan garlic di                           internal.
ataupun pengolah vektor untuk              situsnya, http://pref.etfos.hr/sources/        COL COLOR Mengatur warna.
membuatnya secara manual. Dan jauh         garlic/. Anda bisa membaca petunjuk            COM COMPARE
                                                              langkah demi langkah                       Membandingkan dua sekuens.
                                                              untuk melakukan             DIS DISCARD Mengabaikan perubahan pada
                                                              kompilasi yang telah                       struktur.
                                                              ditulis dengan sangat       DOC DOCK       Menyiapkan dua struktur
                                                              baik. Apabila                              untuk docking.
                                                              menggunakan Debian,         EXE EXECUTE Menjalankan script garlic.
                                                              Anda dapat                  EXI EXIT       Keluar dari sesi garlic.
                                                              memberikan perintah         EXP EXPAND Sama seperti ADD.
                                                              apt-get install garlic      FAD FADING Mengubah parameter color
                                                              garlic-doc. garlic telah                   fading.
                                                              dimasukkan sebagai          FG FOREGROUND
                                                              paket standar dari                         Mengubah warna window
                                                              distro Debian GNU/                         utama.
                                                              Linux.                      FON FONT       Mengubah font.
                                                                  Asumsikan garlic        FOREG FOREGROUND
     Gambar 1. Antarmuka garlic                               telah terinstalasi, Anda                   Sama seperti FG.


50     INFOLINUX MEI 2003                        www.infolinux.web.id
Tutorial garlic
                                                                                                  Tutorial GTK

HID HIDE     Menyembunyikan atom yang                   Memanipulasi buffer.           1        Memindahkan kembali permukaan
             telah dipilih.                 SHO SHOW    Menampilkan atom terpilih.              slab pada sumbu sesuai arah positif.
HYB HYBONDS Membuat tulang-tulang           SLA SLAB    Mengubah parameter slab.       2        Melakukan rotasi pada struktur
             hidrogen.                      SSB SSB     Mengubah gaya                           searah jarum jam pada sumbu x.
IGN IGNORE Tidak melakukan apa-apa.                     penggambaran untuk rangka      3        Memindahkan kembali permukaan
LAB LABELS Menampilkan label.                           disulfida.                              slab pada sumbu z sesuai arah:
LOA LOAD     Membuka file.                  STE STEREO Mengubah ke modus steroe.                negatif.
LOG LOG      menulis perintah ke dalam      TAG TAG     Meng-assign tag untuk suatu    4        Melakukan rotasi pada struktur
             file log.                                  struktur.                               searah jarum jam pada sumbu y.
MON MONO Berpindah ke modus mono.           TAK TAKE    Sama seperti CATCH.            5        Memindahkan struktur pada sumbu
MOV MOVE     Mendefinisikan object yang     TBG TEXT_BACKGROUND                                 z sesuai arah positif.
             ingin dipindahkan.                         Mengubah warna teks latar.     6        Melakukan rotasi berlawanan arah
NEI NEIGHBORHOOD                            TFG TEXT_FOREGROUND                                 jarum jam pada sumbu y.
             Menampilkan atau menyem-                   Memeriksa warna teks.          7        Melakukan rotasi berlawanan arah
             bunyikan object tetangga.      TIT TITLE   Menambahkan judul ke                    jarum jam pada sumbu z.
PAU PAUSE    Melakukan pause (untuk                     window utama.                  8        Melakukan rotasi berlawanan arah
             eksekusi script).              TRA TRANSLATE                                       jarum jam pada sumbu x.
PLA PLANE    Manipulasi plane.                          Menerjemahkan struktur.        9        Melakukan rotasi searah jarum jam
PLO PLOT     Melakukan plot untuk           VEN VENN    Menggambar diagram Venn.                pada sumbu z.
             averaged hydrophob.            WHE WHEEL Menggambar roda helikal.         delete   Memindahkan permukaan slab yang
POS POSITION Memindahkan struktur ke        WIN WINDOW Mengatur lebar sliding pada              dekat pada sumbu z sesuai arah
             lokasi tertentu.                           window.                                 positif.
QUI QUIT     Sama seperti EXIT.                                                        enter    Memindahkan permukaan slab yang
RAD RADIUS Mendefinisikan ukuran jari-         Setiap perintah tersebut dapat                   dekat pada sumbu z sesuai arah
             jari bola.                     diketikan setiap saat. Selain perintah              negatif.
RAM RAMACHANDRAN                            pada garlic, ada baiknya bagi kita untuk   /        Memindahkan struktur ke kiri.
             Menggambar plot                mengetahui tombol-tombol keyboard          *        Memindahkan struktur ke kanan
             Ramachandran.                  yang dapat digunakan untuk                 -        (minus) memindahkan struktur ke
REA READ     Sama seperti LOAD.             mempercepat navigasi. Anda juga bisa                atas
REG REGISTER Melakukan registrasi garlic.   menggunakan mouse dan mengklik pada        +        (plus) memindahkan struktur ke
RES RESTRICT Membatasi seleksi aktif.       tombol yang tersedia. Untuk                         bawah.
ROT ROTATE Melakukan rotasi atas            penggunaan keyboard, garlic                F1       Memindahkan permukaan warna
             struktur.                      menggunakan tombol fungsi (F1, F2...)               belakang pada sumbu z sesuai arah
SAV SAVE     Menyimpan ke dalam file.       dan keypad yang terletak di bagian kanan            positif.
SCA SCALE Memilih skala hydrophobicity.     keyboard. Berikut ini adalah referensi     F2       Memindahkan permukaan warna
SEL SELECT Memilih atom.                    singkat untuk navigasi menggunakan                  belakang pada sumbu z sesuai arah
SEQ SEQUENCE                                keyboard.                                           negatif.




  Gambar 2. Membuka struktur dari file                              Gambar 3. Merotasikan struktur



                                                  www.infolinux.web.id                                 INFOLINUX MEI 2003        51
Tutorial GTK
         garlic




     Gambar 4. Memindahkan struktur                                   Gambar 5. Mendekatkan struktur




     Gambar 6. Memodifikasi ukuran rangka                             Gambar 7. Mengubah gambar atom menjadi gambar bola

F3     Memindahkan permukaan warna          Mulai! Mulai! Mulai!                              apabila distro Anda meletakkannya
       depan pada sumbu z sesuai arah       Berikut ini kita akan memodifikasi sebuah         di tempat yang berbeda. Perhatikan
       positif.                             struktur asam amino tunggal yang                  juga prefix kompilasi apabila Anda
F4     Memindahkan permukaan warna          disediakan dalam bentuk yang sangat               melakukan kompilasi sendiri. Berikan
       depan pada sumbu z sesuai arah       sederhana menjadi bentuk visualisasi              perintah:
       negatif.                             yang mencengangkan! Anda bisa                      loa /usr/share/doc/garlic/examples/
Escape Kembali ke modus penggambaran        melupakan mouse untuk sementara.                   trp.pdb
       utama.                               Setiap langkah akan melibatkan
                                            penggunaan tombol-tombol keyboard.                Sekarang, seharusnya area kerja
    Efek dari kontrol-kontrol tersebut      Langkah-langkahnya adalah:                        garlic Anda telah menampilkan
masih dapat dimodifikasi ukurannya          1 . Jalankan garlic. Setelah dijalankan,          sebuah struktur asam amino. (lihat
dengan tombol pengubah berikut ini:              garlic akan menampilkan sebuah               Gambar 2.)
 shift          besar                            window.                                  3 . Bermain-mainlah dengan tombol
 alt_shift      besar sekali                2 . Kita perlu menggunakan sebuah                 4,6,2 dan 8 untuk melakukan rotasi.
 control        kecil                            struktur yang telah disediakan garlic.       Anda juga dapat menggunakan
 shift_control kecil sekali                      Untuk itu, kita perlu membuka                perintah rot untuk merotasikan
                                                 sebuah file dengan nama trp.pdb.             struktur. Contoh penggunaan
   Sehingga penekanan alt_shift / akan           File tersebut umumnya terletak di /          perintah rot adalah: rot x 90 untuk
memindahkan struktur ke kiri dalam jarak         usr/share/doc/garlic/examples/.              merotasikan struktur sebesar 90
yang sangat besar.                               Cobalah mencari ke lokasi lain               derajat pada sumbu x. Setelah


52     INFOLINUX MEI 2003                         www.infolinux.web.id
Tutorial garlic
                                                                                                Tutorial GTK




     Gambar 8. Memberikan kesan membara pada atom                   Gambar 9. Penambahan plane dan label

     mencoba, kembalikanlah struktur        8 . Sekarang kita
     dalam pandangan awal. (lihat                akan bermain-
     Gambar 3.)                                  main dengan
4.   Bermain-mainlah dengan tombol /             warna. Anda
     ,*,- dan + untuk melakukan                  bisa mencoba
     perpindahakan posisi struktur. Anda         untuk
     dapat pula menggunakan perintah             memberikan
     pos untuk memindahkan struktur ke           perintah col
     posisi yang spesifik. Contoh                dengan nilai-
     penggunaan pos adalah: pos 0 0 0            nilai berikut
     yang akan memindahkan struktur ke           sebagai
     tengah-tengah layar. Setelah selesai        parameternya:
     mencoba, berikan perintah pos 0 0           red, green,
     0. (lihat Gambar 4.)                        blue, yellow,
5.   Berikan perintah pos 0 0 -120               cyan, magenta,
     untuk mendekatkan struktur ke mata          white, yellow-
                                                                        Gambar 10. Sentuhan personal struktur asam amino
     kita. (lihat Gambar 5.)                     green, cyan-
6.   Berikan perintah bon 0 untuk                grezen, cyan-blue, magenta-blue,       melakukan loa sebanyak jumlah struktur
     menggambar rangka dengan ukuran             magenta-red, orange, hot, cold, cpk.   apabila semuanya disimpan di dalam
     pixel 0. Karena digambar dengan             Setelah mencoba-coba, berikan          file. Kemudian berikan perintah cat
     ukuran pixel 0, maka rangka menjadi         perintah col hot. (lihat Gambar 8.)    <n> untuk memilih struktur dimana n
     tidak kelihatan. Anda juga bisa        9 . Sebagai sentuhan akhir, berikan         adalah nomor urut struktur dimulai dari
     mencoba ukuran rangka yang lain             perintah plane dan label. Bagaimana    1. Setelah berhasil memilih suatu
     dengan memberikan nilai dari 0              pendapat Anda tentang struktur         struktur, Anda bebas untuk
     sampai 5 untuk perintah bon.                asam amino kita sekarang?              memodifikasinya seperti langkah-
     Setelah mencoba-coba, berikan               Bagaimana perbandingan dengan          langkah sebelumnya. Untuk keluar tanpa
     perintah bon 4. (lihat Gambar 6.)           gambar awal? (lihat Gambar 9.)         menyimpan Anda bisa menggunakan
7.   Berikan perintah ato bal untuk         10. Kreasikan struktur asam amino           perintah dis all. Untuk menyimpan
     menggantikan gambar atom menjadi            Anda dengan menekan tombol F1,         berikan perintah sav.
     gambar bola. Untuk memperindah              F2, F3, dan F4. Jadikanlah ini             Bagaimana kesan Anda tentang
     gambar atom, Anda mungkin                   sebagai sentuhan personal Anda         program ini? Belajar kimia dan biologi
     menginginkan parameter ba2 untuk            yang penuh kreativitas! (lihat         menjadi lebih menyenangkan ? Mari kita
     perintah ato. Selain bal dan ba2,           Gambar 10.)                            buktikan bahwa sekolah akan lebih
     Anda bisa juga mencoba big, bi2,                                                   menyenangkan apabila kita menggu-
     spa, sp2. Setelah mencoba-coba,           Berikut ini adalah petunjuk bagi Anda    nakan sistem operasi GNU/Linux dan
     berikan perintah ato ba2. (lihat       yang ingin bekerja dengan beberapa          free software lainnya. Salam.
     Gambar 7.)                             struktur sekaligus. Anda harus              Noprianto (noprianto@infolinux.co.id)


                                                  www.infolinux.web.id                                INFOLINUX MEI 2003    53

Más contenido relacionado

Andere mochten auch

Sejarah linux & Distribusinya
Sejarah linux & DistribusinyaSejarah linux & Distribusinya
Sejarah linux & DistribusinyaShofi Asriani
 
Pengenalan linux dasar dan ubuntu
Pengenalan linux dasar dan ubuntuPengenalan linux dasar dan ubuntu
Pengenalan linux dasar dan ubuntuHendri Destiwanto
 
Modul Pelatihan Linux Fundamental
Modul Pelatihan Linux FundamentalModul Pelatihan Linux Fundamental
Modul Pelatihan Linux FundamentalAnjar Hardiena
 
Romi mandrakedesktop
Romi mandrakedesktopRomi mandrakedesktop
Romi mandrakedesktopMas Suwondo
 
100 perintah dasar linux
100 perintah dasar linux100 perintah dasar linux
100 perintah dasar linuxALI FIKRI
 
Pengenalan gimp 2
Pengenalan  gimp 2Pengenalan  gimp 2
Pengenalan gimp 2Mas Suwondo
 
modul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gis
modul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gismodul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gis
modul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gisMohd. Yunus
 

Andere mochten auch (8)

Sejarah linux & Distribusinya
Sejarah linux & DistribusinyaSejarah linux & Distribusinya
Sejarah linux & Distribusinya
 
Pengenalan linux dasar dan ubuntu
Pengenalan linux dasar dan ubuntuPengenalan linux dasar dan ubuntu
Pengenalan linux dasar dan ubuntu
 
Modul Pelatihan Linux Fundamental
Modul Pelatihan Linux FundamentalModul Pelatihan Linux Fundamental
Modul Pelatihan Linux Fundamental
 
Romi mandrakedesktop
Romi mandrakedesktopRomi mandrakedesktop
Romi mandrakedesktop
 
100 perintah dasar linux
100 perintah dasar linux100 perintah dasar linux
100 perintah dasar linux
 
Pengenalan gimp 2
Pengenalan  gimp 2Pengenalan  gimp 2
Pengenalan gimp 2
 
modul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gis
modul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gismodul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gis
modul pelatihan pengolahan data spasial menggunakan quantum gis
 
Linux Fundamental
Linux FundamentalLinux Fundamental
Linux Fundamental
 

Mehr von Mas Suwondo

Adri multimedia-pengajaran
Adri multimedia-pengajaranAdri multimedia-pengajaran
Adri multimedia-pengajaranMas Suwondo
 
Noprianto studio
Noprianto studioNoprianto studio
Noprianto studioMas Suwondo
 
Mulyadi tuningkarnel
Mulyadi tuningkarnelMulyadi tuningkarnel
Mulyadi tuningkarnelMas Suwondo
 
Noprianto bongkar
Noprianto bongkarNoprianto bongkar
Noprianto bongkarMas Suwondo
 
Adam opensource4all
Adam opensource4allAdam opensource4all
Adam opensource4allMas Suwondo
 
Michael opensource
Michael opensourceMichael opensource
Michael opensourceMas Suwondo
 
Dadan kameravidiowebcam
Dadan kameravidiowebcamDadan kameravidiowebcam
Dadan kameravidiowebcamMas Suwondo
 
Choirul winpcbutut
Choirul winpcbututChoirul winpcbutut
Choirul winpcbututMas Suwondo
 
Choirul windarilinux
Choirul windarilinuxChoirul windarilinux
Choirul windarilinuxMas Suwondo
 
Choirul integrasilinuxwin
Choirul integrasilinuxwinChoirul integrasilinuxwin
Choirul integrasilinuxwinMas Suwondo
 
Petunjuk Penggunaan Linux Blankon
Petunjuk Penggunaan Linux BlankonPetunjuk Penggunaan Linux Blankon
Petunjuk Penggunaan Linux BlankonMas Suwondo
 
Membuat Kalender Dengan OO Draw
Membuat Kalender Dengan OO DrawMembuat Kalender Dengan OO Draw
Membuat Kalender Dengan OO DrawMas Suwondo
 

Mehr von Mas Suwondo (17)

Adri multimedia-pengajaran
Adri multimedia-pengajaranAdri multimedia-pengajaran
Adri multimedia-pengajaran
 
Reza ssh
Reza sshReza ssh
Reza ssh
 
Noprianto vnc
Noprianto vncNoprianto vnc
Noprianto vnc
 
Noprianto studio
Noprianto studioNoprianto studio
Noprianto studio
 
Noprianto gnome
Noprianto gnomeNoprianto gnome
Noprianto gnome
 
Mulyadi tuningkarnel
Mulyadi tuningkarnelMulyadi tuningkarnel
Mulyadi tuningkarnel
 
Noprianto bongkar
Noprianto bongkarNoprianto bongkar
Noprianto bongkar
 
Adam opensource4all
Adam opensource4allAdam opensource4all
Adam opensource4all
 
Michael opensource
Michael opensourceMichael opensource
Michael opensource
 
Dadan kameravidiowebcam
Dadan kameravidiowebcamDadan kameravidiowebcam
Dadan kameravidiowebcam
 
Choirul winpcbutut
Choirul winpcbututChoirul winpcbutut
Choirul winpcbutut
 
Choirul windarilinux
Choirul windarilinuxChoirul windarilinux
Choirul windarilinux
 
Choirul integrasilinuxwin
Choirul integrasilinuxwinChoirul integrasilinuxwin
Choirul integrasilinuxwin
 
Berfikir lokal
Berfikir lokalBerfikir lokal
Berfikir lokal
 
Guidance redhat
Guidance redhatGuidance redhat
Guidance redhat
 
Petunjuk Penggunaan Linux Blankon
Petunjuk Penggunaan Linux BlankonPetunjuk Penggunaan Linux Blankon
Petunjuk Penggunaan Linux Blankon
 
Membuat Kalender Dengan OO Draw
Membuat Kalender Dengan OO DrawMembuat Kalender Dengan OO Draw
Membuat Kalender Dengan OO Draw
 

Noprianto garlic

  • 1. Tutorial GTK garlic Visualisasi Molekul dengan garlic garlic, free molecular visualization program, bisa menjalankannya dengan perintah protein structure, DNA structure, PDB, mo- garlic. Dan sebuah window pun akan lecular rendering, biological macromolecule, dihadirkan kepada Anda. Sebuah unix, linux, free software download, open antarmuka yang menyebalkan apabila source software, Damir Zucic. kita belum menyelam ke dalamnya, dan harus diakui sebagai antarmuka yang H arus diakui bahwa sekolah- lebih lebih stabil daripada program luar biasa seiring dengan penggunaan. sekolah di Indonesia kebanyakan molekular lainnya, menurut sang (Hampir) semua dari kontrol program menggantungkan dirinya kepada pembuat, DR. Damir Zucic. Segala garlic dapat dilakukan dengan program-program yang proprietary. visualisasi yang Anda buat akan menggunakan keyboard. Hampir semua Bahkan terkadang sampai kalangan membuat Anda terus, terus, terus, dan perintah dapat diberikan dalam bentuk beberapa universitas pun berpendapat terus ingin mencipta, dengan bantuan pendek tiga karakter. Berikut ini kita bahwa software proprietary adalah solusi garlic. Mari... akan melihat perintah-perintah alam yang terbaik untuk komputasi, garlic. mengingat tren pasar dan ketersediaan garlic dan cara ADD ADD Melakukan ekspansi pada. dukungan dari vendor. Sebagai penggunaannya seleksi yang sedang aktif. pendukung free software, alangkah garlic lahir pada akhir bulan September ANG ANGLE Mendefinisikan derajat. baiknya apabila kita mampu menerobos 1998, ketika sang penciptanya ATO ATOMS Mengubah gaya penggam- ke setiap pelosok ilmu pendidikan dan memerlukan visualisator yang baik baran untuk atom. meningkatkan produktivitas dengan untuk gambar molekul. Bosan mencoba- BAC BACKBONE menggunakan free software tersebut. coba dengan RasMol, akhirnya sang Menggambar tulang belakang Tulisan kali ini akan menerobos ke jenius ini mempelajari pemrograman X (backbone). bidang ilmu yang mempelajari molekular dan mempersembahkan garlic sebagai BACKG BACKGROUND dan memperkenalkan garlic untuk proyek pertamanya yang serius. Nama Mengubah warna latar meningkatkan daya kreasinya. garlic dapat diartikan sebagai sebuah inti belakang window utama. Ya, Anda dapat menggunakan garlic yang dilengkapi dengan berbagai BG BACKGROUND untuk memvisualisasikan molekul, pelengkap di luarnya, kurang lebih sama Sama seperti BACKG. struktur protein, struktur DNA, seperti bawang putih. garlic juga dapat BON BONDS Mengubah gaya makromolekul biologi dan hal sejenis diartikan sebagai singkatan dari GNU, penggambaran rangka. lainnya dalam suatu antarmuka yang Analysis and Rendering, LInux, serta C CAT CATCH Mengaktifkan suatu struktur. mudah. Jauh lebih mudah apabila Anda (bahasa C). CEN CENTER Mengubah sistem koordinat menggunakan program pengolah citra Anda bisa mendapatkan garlic di internal. ataupun pengolah vektor untuk situsnya, http://pref.etfos.hr/sources/ COL COLOR Mengatur warna. membuatnya secara manual. Dan jauh garlic/. Anda bisa membaca petunjuk COM COMPARE langkah demi langkah Membandingkan dua sekuens. untuk melakukan DIS DISCARD Mengabaikan perubahan pada kompilasi yang telah struktur. ditulis dengan sangat DOC DOCK Menyiapkan dua struktur baik. Apabila untuk docking. menggunakan Debian, EXE EXECUTE Menjalankan script garlic. Anda dapat EXI EXIT Keluar dari sesi garlic. memberikan perintah EXP EXPAND Sama seperti ADD. apt-get install garlic FAD FADING Mengubah parameter color garlic-doc. garlic telah fading. dimasukkan sebagai FG FOREGROUND paket standar dari Mengubah warna window distro Debian GNU/ utama. Linux. FON FONT Mengubah font. Asumsikan garlic FOREG FOREGROUND Gambar 1. Antarmuka garlic telah terinstalasi, Anda Sama seperti FG. 50 INFOLINUX MEI 2003 www.infolinux.web.id
  • 2. Tutorial garlic Tutorial GTK HID HIDE Menyembunyikan atom yang Memanipulasi buffer. 1 Memindahkan kembali permukaan telah dipilih. SHO SHOW Menampilkan atom terpilih. slab pada sumbu sesuai arah positif. HYB HYBONDS Membuat tulang-tulang SLA SLAB Mengubah parameter slab. 2 Melakukan rotasi pada struktur hidrogen. SSB SSB Mengubah gaya searah jarum jam pada sumbu x. IGN IGNORE Tidak melakukan apa-apa. penggambaran untuk rangka 3 Memindahkan kembali permukaan LAB LABELS Menampilkan label. disulfida. slab pada sumbu z sesuai arah: LOA LOAD Membuka file. STE STEREO Mengubah ke modus steroe. negatif. LOG LOG menulis perintah ke dalam TAG TAG Meng-assign tag untuk suatu 4 Melakukan rotasi pada struktur file log. struktur. searah jarum jam pada sumbu y. MON MONO Berpindah ke modus mono. TAK TAKE Sama seperti CATCH. 5 Memindahkan struktur pada sumbu MOV MOVE Mendefinisikan object yang TBG TEXT_BACKGROUND z sesuai arah positif. ingin dipindahkan. Mengubah warna teks latar. 6 Melakukan rotasi berlawanan arah NEI NEIGHBORHOOD TFG TEXT_FOREGROUND jarum jam pada sumbu y. Menampilkan atau menyem- Memeriksa warna teks. 7 Melakukan rotasi berlawanan arah bunyikan object tetangga. TIT TITLE Menambahkan judul ke jarum jam pada sumbu z. PAU PAUSE Melakukan pause (untuk window utama. 8 Melakukan rotasi berlawanan arah eksekusi script). TRA TRANSLATE jarum jam pada sumbu x. PLA PLANE Manipulasi plane. Menerjemahkan struktur. 9 Melakukan rotasi searah jarum jam PLO PLOT Melakukan plot untuk VEN VENN Menggambar diagram Venn. pada sumbu z. averaged hydrophob. WHE WHEEL Menggambar roda helikal. delete Memindahkan permukaan slab yang POS POSITION Memindahkan struktur ke WIN WINDOW Mengatur lebar sliding pada dekat pada sumbu z sesuai arah lokasi tertentu. window. positif. QUI QUIT Sama seperti EXIT. enter Memindahkan permukaan slab yang RAD RADIUS Mendefinisikan ukuran jari- Setiap perintah tersebut dapat dekat pada sumbu z sesuai arah jari bola. diketikan setiap saat. Selain perintah negatif. RAM RAMACHANDRAN pada garlic, ada baiknya bagi kita untuk / Memindahkan struktur ke kiri. Menggambar plot mengetahui tombol-tombol keyboard * Memindahkan struktur ke kanan Ramachandran. yang dapat digunakan untuk - (minus) memindahkan struktur ke REA READ Sama seperti LOAD. mempercepat navigasi. Anda juga bisa atas REG REGISTER Melakukan registrasi garlic. menggunakan mouse dan mengklik pada + (plus) memindahkan struktur ke RES RESTRICT Membatasi seleksi aktif. tombol yang tersedia. Untuk bawah. ROT ROTATE Melakukan rotasi atas penggunaan keyboard, garlic F1 Memindahkan permukaan warna struktur. menggunakan tombol fungsi (F1, F2...) belakang pada sumbu z sesuai arah SAV SAVE Menyimpan ke dalam file. dan keypad yang terletak di bagian kanan positif. SCA SCALE Memilih skala hydrophobicity. keyboard. Berikut ini adalah referensi F2 Memindahkan permukaan warna SEL SELECT Memilih atom. singkat untuk navigasi menggunakan belakang pada sumbu z sesuai arah SEQ SEQUENCE keyboard. negatif. Gambar 2. Membuka struktur dari file Gambar 3. Merotasikan struktur www.infolinux.web.id INFOLINUX MEI 2003 51
  • 3. Tutorial GTK garlic Gambar 4. Memindahkan struktur Gambar 5. Mendekatkan struktur Gambar 6. Memodifikasi ukuran rangka Gambar 7. Mengubah gambar atom menjadi gambar bola F3 Memindahkan permukaan warna Mulai! Mulai! Mulai! apabila distro Anda meletakkannya depan pada sumbu z sesuai arah Berikut ini kita akan memodifikasi sebuah di tempat yang berbeda. Perhatikan positif. struktur asam amino tunggal yang juga prefix kompilasi apabila Anda F4 Memindahkan permukaan warna disediakan dalam bentuk yang sangat melakukan kompilasi sendiri. Berikan depan pada sumbu z sesuai arah sederhana menjadi bentuk visualisasi perintah: negatif. yang mencengangkan! Anda bisa loa /usr/share/doc/garlic/examples/ Escape Kembali ke modus penggambaran melupakan mouse untuk sementara. trp.pdb utama. Setiap langkah akan melibatkan penggunaan tombol-tombol keyboard. Sekarang, seharusnya area kerja Efek dari kontrol-kontrol tersebut Langkah-langkahnya adalah: garlic Anda telah menampilkan masih dapat dimodifikasi ukurannya 1 . Jalankan garlic. Setelah dijalankan, sebuah struktur asam amino. (lihat dengan tombol pengubah berikut ini: garlic akan menampilkan sebuah Gambar 2.) shift besar window. 3 . Bermain-mainlah dengan tombol alt_shift besar sekali 2 . Kita perlu menggunakan sebuah 4,6,2 dan 8 untuk melakukan rotasi. control kecil struktur yang telah disediakan garlic. Anda juga dapat menggunakan shift_control kecil sekali Untuk itu, kita perlu membuka perintah rot untuk merotasikan sebuah file dengan nama trp.pdb. struktur. Contoh penggunaan Sehingga penekanan alt_shift / akan File tersebut umumnya terletak di / perintah rot adalah: rot x 90 untuk memindahkan struktur ke kiri dalam jarak usr/share/doc/garlic/examples/. merotasikan struktur sebesar 90 yang sangat besar. Cobalah mencari ke lokasi lain derajat pada sumbu x. Setelah 52 INFOLINUX MEI 2003 www.infolinux.web.id
  • 4. Tutorial garlic Tutorial GTK Gambar 8. Memberikan kesan membara pada atom Gambar 9. Penambahan plane dan label mencoba, kembalikanlah struktur 8 . Sekarang kita dalam pandangan awal. (lihat akan bermain- Gambar 3.) main dengan 4. Bermain-mainlah dengan tombol / warna. Anda ,*,- dan + untuk melakukan bisa mencoba perpindahakan posisi struktur. Anda untuk dapat pula menggunakan perintah memberikan pos untuk memindahkan struktur ke perintah col posisi yang spesifik. Contoh dengan nilai- penggunaan pos adalah: pos 0 0 0 nilai berikut yang akan memindahkan struktur ke sebagai tengah-tengah layar. Setelah selesai parameternya: mencoba, berikan perintah pos 0 0 red, green, 0. (lihat Gambar 4.) blue, yellow, 5. Berikan perintah pos 0 0 -120 cyan, magenta, untuk mendekatkan struktur ke mata white, yellow- Gambar 10. Sentuhan personal struktur asam amino kita. (lihat Gambar 5.) green, cyan- 6. Berikan perintah bon 0 untuk grezen, cyan-blue, magenta-blue, melakukan loa sebanyak jumlah struktur menggambar rangka dengan ukuran magenta-red, orange, hot, cold, cpk. apabila semuanya disimpan di dalam pixel 0. Karena digambar dengan Setelah mencoba-coba, berikan file. Kemudian berikan perintah cat ukuran pixel 0, maka rangka menjadi perintah col hot. (lihat Gambar 8.) <n> untuk memilih struktur dimana n tidak kelihatan. Anda juga bisa 9 . Sebagai sentuhan akhir, berikan adalah nomor urut struktur dimulai dari mencoba ukuran rangka yang lain perintah plane dan label. Bagaimana 1. Setelah berhasil memilih suatu dengan memberikan nilai dari 0 pendapat Anda tentang struktur struktur, Anda bebas untuk sampai 5 untuk perintah bon. asam amino kita sekarang? memodifikasinya seperti langkah- Setelah mencoba-coba, berikan Bagaimana perbandingan dengan langkah sebelumnya. Untuk keluar tanpa perintah bon 4. (lihat Gambar 6.) gambar awal? (lihat Gambar 9.) menyimpan Anda bisa menggunakan 7. Berikan perintah ato bal untuk 10. Kreasikan struktur asam amino perintah dis all. Untuk menyimpan menggantikan gambar atom menjadi Anda dengan menekan tombol F1, berikan perintah sav. gambar bola. Untuk memperindah F2, F3, dan F4. Jadikanlah ini Bagaimana kesan Anda tentang gambar atom, Anda mungkin sebagai sentuhan personal Anda program ini? Belajar kimia dan biologi menginginkan parameter ba2 untuk yang penuh kreativitas! (lihat menjadi lebih menyenangkan ? Mari kita perintah ato. Selain bal dan ba2, Gambar 10.) buktikan bahwa sekolah akan lebih Anda bisa juga mencoba big, bi2, menyenangkan apabila kita menggu- spa, sp2. Setelah mencoba-coba, Berikut ini adalah petunjuk bagi Anda nakan sistem operasi GNU/Linux dan berikan perintah ato ba2. (lihat yang ingin bekerja dengan beberapa free software lainnya. Salam. Gambar 7.) struktur sekaligus. Anda harus Noprianto (noprianto@infolinux.co.id) www.infolinux.web.id INFOLINUX MEI 2003 53